治疗慢性支气管炎合并感染的抗菌药物的毒副作用有：
（1）神经系统损害。青霉素G、哌拉西林等剂量过大可诱发癫痫；氨基糖苷类药物可引起听神经的损害；甲硝唑可引起周围神经病变；链霉素可引起口周和手足麻木；氨基糖苷类、林可霉素等偶可致神经肌肉接头阻滞。
（2）肾脏损害。氨基糖苷类、两性霉素B、万古霉素等可引起肾脏损害，老年人及原有肾脏疾病患者应慎用或减量使用。
（3）肝脏损害。氨苄青霉素、苯唑西林及某些头孢菌素类可引起转氨酶升高；红霉素偶可致黄疸。
（4）血液系统损害。氯霉素可引起贫血、粒细胞或血小板减少，并可导致再生障碍性贫血而产生严重后果；青霉素类、头孢菌素类、磺胺药、两性霉素B、新生霉素类、灰黄霉素等偶可致白细胞或血小板减少，或凝血机制异常。
（5）消化道反应。口服抗菌药物可出现恶心、呕吐、腹泻等症状，餐后服药可减轻。另外，长期应用广谱抗菌药物者需警惕肠道菌群失调和二重感染的发生。
（6）变态反应。青霉素类最易发生过敏性休克，故用前须详细询问过敏史并做皮试。青霉素类与头孢菌素类可发生交叉过敏。有些药物如青霉素类、头孢菌素类、氨基糖苷类、磺胺类可引起药物热、药疹、多形红斑、紫癜等，甚至发生大疱松解性皮炎。
（7）伪膜性肠炎，伪膜性肠炎即抗菌药物相关性肠炎。临床表现为严重腹泻，水样便，每日可达10～30次，有时伴血便和大量黏液，典型者可出现乳白或棕绿色伪膜，可伴发热、腹痛、腹胀、恶心、呕吐，甚至危及生命。常见诱发此病的药物有：克林霉素、青霉素类和头孢菌素类及磺胺类药物。