2.农村公共产品供给体制不适应保障公共服务的要求。长期实行的城乡分割二元体制，使农村公共事业发展缓慢，城乡在基础设施和社会事业发展等方面差距扩大。虽然我们已经在农村改革中迈出了关键的两大步：第一步实行以家庭承包经营为核心的农村经营体制改革，第二步以农村税费改革为核心的国民收入分配关系改革，减轻了农民负担，调动了农民的生产积极性，但是巩固改革成果的任务仍然十分繁重。特别是目前虽然取消了农业税，减轻了农民负担，但造成农民负担重的一些深层次问题还没有根本解决，很多问题凸现出来。如多数地方县乡财力紧张，农村基层政府和村级组织运转困难，农村公益事业发展缺乏资金；基层政府职能转变滞后，乡镇机构多、人员多；农村一些地方乱收费的不良现象有所抬头等。这些情况表明农民负担反弹的压力依然很大，必须不失时机地推进农村综合改革。
2006年9月温家宝总理在全国农村综合改革工作会议上所作的《推进农村综合改革，为新农村建设提供体制保障》讲话中指出：以促进农村上层建筑变革为核心的农村综合改革是农村改革的第三步。农村综合改革要在试点基础上全面推进。有条件的地方要在全省范围内开展试点，暂不具备条件的省份要进一步扩大市、县试点范围，力争五年或更长一点的时间基本完成乡镇机构、农村义务教育和县乡财政管理体制这三项改革任务。
一、推进乡镇机构改革
1．转变政府职能。转变政府职能是乡镇机构改革的核心。要重点从农村工作的现实状况出发，从农民群众的愿望出发，从社会主义市场经济条件下建立公共行政体制的要求出发强化乡镇政府三个职能：①为农村经济发展创造环境，包括稳定农村基本经营制度，维护农民的市场主体地位和权益，加强对农村市场的监管，组织农村基础设施建设，完善农业社会化服务体系。②为农民提供更多的公共服务，加快农村教育、卫生、文化、体育、环境保护等社会事业发展。③为农村构建和谐社会创造条件，加强社会管理中的薄弱环节，开展农村扶贫和社会救助，化解农村社会矛盾，保持农村社会稳定。推动农村民主政治建设和村民自治，提高基层自治能力。在履行好政府职能的同时，要把不应该由政府承担的经济和社会事务交给市场、中介组织和村民自治组织。
2．创新农村工作机制。①规范乡镇政府行政行为，工作程序、工作手段要合法合规，依法维护农村秩序和保护农民利益。②把服务作为联系群众的一条重要纽带，搞好为农服务。为农民提供高质量、高效率、低成本的服务，促进农业发展和农民增收。
3．合理调整乡镇政府机构。①改革和整合乡镇事业站所，精简富余人员。2006年开始五年内乡镇机构编制只减不增。②根据职能定编定岗定员，按照公开公正公平的原则竞争上岗。在人员精简过程中，妥善安置乡镇干部，不能简单地将他们推向社会。③上级部门要为基层改革创造好的环境，不得干预乡镇机构设置和人员配备。④县级党委、政府要加强具体指导，保证乡镇政府正常运转和基层干部队伍思想稳定。
二、推进农村义务教育改革
教育公平是最基本的公平，农村的未来和农村孩子的希望都在于教育，因此义务教育是农村最大的公共事业。
1．全面推进农村义务教育经费保障机制改革。建立和完善政府投入办学、各级责任明确、财政分级负担、经费稳定增长的农村义务教育经费保障机制。这是推进农村义务教育改革的重点。①各级财政都要增加对农村义务教育的投入，不断提高农村义务教育经费保障水平。②保障农村义务教育经费要约法三章：不准减少本级政府对农村义务教育应承担的经费投入；不准挪用学校公用经费发放教师津贴；不准再乱收费加重学生的经济负担。③教师工资必须列入财政预算，切实予以保证。
2．加快教育部门自身改革。现在全社会对子女教育都非常重视，对学校期望很高。在增加教育投入的同时，更要重视提高办学水平和教育质量。①深化教育人事制度改革，切实加强农村教师队伍建设。教师素质和教学水平事关农村义务教育改革的成败。要严格教师准入制度，创新教师补充机制，建立教育教学质量监测考评制度，促进农村教师提高素质。②合理配置城乡教育资源，逐步缩小城乡之间义务教育发展差距。各级政府都要调整教育经费支出结构，向农村倾斜。开展城乡学校对口支援，鼓励城市教师到农村任教，建设农村中小学现代远程教育体系，让农村孩子也能享受到优质教育资源。③合理调整农村中小学布局，提高农村义务教育办学质量。要从当地实际出发，按照方便学生上学、不增加学生经济负担、保证教学质量的原则，调整学校布局，改善办学条件，加强教学管理，提高教育资源利用效率。
三、推进县乡财政管理体制改革
1．增强基层财政保障能力。增强基层财政保障能力是县乡财政管理体制改革的重点。县乡财政管理体制改革要着眼于解决两个问题：（1）解决财政分配的公平性和有效性问题，也就是在城乡之间逐步实现公平分配财政支出，用好纳税人的钱，办好老百姓的事。（2）解决县乡财政困难、保证基层运转，防止基层通过乱收费弥补财政不足。按照这样的要求，县乡新的财政管理体制框架要体现财权与事权相匹配，以事权定财权，以责任定财权，对加强的职能要增加财力支持，对弱化的职能要减少支出；要体现财力支出向公共服务倾斜，向基层倾斜，切实增强乡镇政府履行职责和提供公共服务的能力。
2．不断增加对农业和农村的投入。（1）财政新增教育、卫生、文化等事业经费主要用于农村，国家基本建设资金增量主要用于农村，政府征用土地收益用于农村的比例要有明显增加，保持农村公共基础设施、社会事业发展和农民生活环境改善等方面的投入不断增长。同时，进一步加大支农资金整合力度，提高资金使用效益。（2）进一步完善转移支付制度。增加一般性转移支付，规范专项补助。中央和地方财政给基层的税费改革转移支付和公务员工资改革、发展农村教育等补助一定要落实到位，不能把支出缺口留给乡镇一级。中央财政将逐步增加对困难县乡的补助，省、市两级财政对基层的转移支付力度也要进一步加大，逐步增加基层财力，确保乡镇机构和村级组织正常运转。
3．改善县乡财政困难状况。
（1）继续“省直管县”财政管理体制和“乡财县管乡用”财政管理方式改革试点。
（2）要研究进一步理顺省以下财政分配关系，完善省以下财政体制，努力改善县乡财政困难状况。
（3）逐步化解乡村债务，明确责任，分类处理。当前关键是锁定旧债，防止出现新的债务。要从农民群众和乡村干部最关心、矛盾最集中的债务着手，逐项突破，优先化解农村义务教育负债。
四、其他方面的改革
乡镇机构、农村义务教育和县乡财政管理体制三项改革，直接关系到巩固税费改革成果和改革农村上层建筑。此外，也要统筹开展农村其他方面的改革。金融服务和土地征用两项改革直接关系农村的发展和稳定，农村基层组织建设关系到社会主义新农村建设的顺利实施。
1．农村金融体制改革。新农村建设的瓶颈就是金融，据调查，目前农业发展、农村基础设施建设对信贷资金的需求，大概只能满足20%，而且大量的资金从农村抽到城市去了。因此要以改善农村金融服务为目标，推进农村金融改革。构建商业金融、合作金融和政策性金融相结合的农村金融服务体系。继续发挥政策金融和合作金融的重要作用，同时通过政策引导、法规约束等方式，促进商业银行增加对农村经济社会发展的信贷支持。
2．加快土地征用制度改革。推进工业化和城镇化，必然要占用一部分土地。但征用土地要遵循以下原则：要落实最严格的土地管理制度，节约用地，少占耕地；要保护农民利益，给农民合理补偿，让农民分享发展成果；要加强土地出让收入管理，纳入地方预算；要坚持市场化运作，公开透明，防止腐败。
3．加强农村基层组织建设。农村基层组织建设要以乡、村领导班子建设和基层队伍建设为重点，以农村党的建设“三级联创”活动为载体，以改革创新为动力，更新观念、强化功能、改进方法、提高能力，不断增强农村基层组织的生机和活力，切实为建设社会主义新农村提供坚强的组织保证。