清代沿袭明制，官俸也很低。正一品官年俸薪白银180两，七品知县一年才45两。另按俸银每两给俸米一斛。在外文官俸银同京官，但无俸米，武官俸银只及同级京官的一半。这点工资，自然无法满足官员们的日常开支和办公所用，同时还必须花数以百计的礼金去聘请必须具备的幕客，还要打点上司，送往迎来。而且朝廷还不断要求官员们“捐俸”、“减俸”，以满足军事行动带来的国家开支，使得官员的正常收入与生活益显窘迫，随之而来的是种种变相贪污的“陋规”。以至于“贪官污吏遍天下，虽有参劾，不过十分之一，其他虫墨端较之明季更甚”。
于是雍正接受了山西巡抚诺敏的建议，实行“耗羡归公，高薪养廉”的办法，从提取的耗羡银中拿出一部分，发给总督巡抚到知县巡检各级官员作为养廉费用。雍正五年（1727），谕称：“将惟正之供，赏给养廉，朕今施恩干官者，实施恩干民之意。无非欲百姓等摧科不扰，皆乐业干田问；官员等俯仰裕如，成尽心干官守。倘官员不知副朕爱民之苦心，仍有作奸犯科、隐粮逋赋及侵渔公帑、剥削民膏者，在天理国法俱难姑容，加以重惩更无可贷，思之惧之”。各官员养廉银的数目，依官职高低而定，各省之间因政务繁简及提解的多少不同而又有若干区别。从而使总督一年的养廉银为13000两至30000两，知县每年的养廉银达400两至2265两。在京官员则给吏、户、兵、刑、工五部尚书、侍郎发双俸，兼管部务的大学士给双俸银和俸米，汉人小官也予以加俸银俸米。
“火耗归公，推行养廉”不但相对减轻了人民的负担，同时也改善了清政府的财政状况，使官吏贪污、吏治败坏的情况大有好转，其积极作用是不言而喻的。孟森先生总结这一历史情况时说：“养廉自督抚至杂职，皆有定额，因办公有差务，作正开销，火耗不敷，别支国库，自前代以来，漫无稽考之瞻官吏，办差徭，作一结束。虽未能人预算决算财政公开轨道，而较之前代，则清之雍乾可谓尽心吏治矣。”
§§§第五节 帝国设计上的添砖加瓦
清朝海关通关文书
密折奏事，彼此监督。古代臣对君的报告名目繁多，常用的有章、表、议、疏、启、书、记、札子、封事等。清代沿袭前明制度，用题本和奏本两种形式。题本是较正式的报告，由通政司转送内阁申请拟旨，再呈送皇帝，手续繁复，又易泄密。奏本不用印，手续较简，但也要做公文旅行，毫无机密可言。奏折的要旨就在一个“密”字，它由皇上亲拆亲行，任何第三者都无权拆看，有很强的保密性。因此为了巩固君权、严惩贪官、澄清吏治，为了确知各项实情，推行其政治主张，对于其父所创立的密折制度不但予以承认，并且进而扩大其使用范围，把它从作为少数人的告密文书变为广大官员都可以使用的正式官文书，雍正登基的第十四天，便下了一道收缴前朝密折的谕旨，使密折逐步形成了一种固定的文书制度。终康熙一朝密奏者只有百余人。而雍正朝却多达1100多名，逐步扩大到各省督抚、藩、臬、提、镇等。何等官职才有资格密奏，谁也说不清。与其说依品级，不如说视与皇帝的关系而定。到了雍正后期，甚至连知府、同知副将等一些微职也可特许准奏。
在雍正钦定的规章里，从缮折、装匣、传递、批阅、发回本人，再缴进宫中，都有一定的程序，不允许紊乱。按照密折的内容，分别规定用素纸、黄纸、黄绫面纸、白绫面纸四种缮写，并使用统一规格的封套。密折须本人亲笔，臣工缮写完后，加以封套、固封，装入特制的折匣，用宫廷锁匠特制的铜锁锁住，坊间锁匠配制的钥匙是绝对打不开密折匣的。密折派专人送达。“此等奏折，皆本人封达朕前。朕亲自阅览，亲笔批发，一字一句，皆有朕之心思，无一件假手与人，亦无一人赞襄于侧，非如外廷宣布之谕旨尚有阁臣等之撰拟也。”
雍正严格要求大小臣工保守奏折内容和朱批的机密，并以泄密对他们不利相威胁，如雍正发现浙闽总督觉罗满保、山西巡抚诺岷、江苏布政使鄂尔泰、云南巡抚杨名时的这种情况，决定停止他们书写奏折的权力，以示惩罚。
文书制度的改革，往往是出于政治的需要，清代密折制度的产生，反映了清代君权与臣权的此消彼长，清朝鉴于明代阁臣弄权和太监批红的弊病，将臣工报告政务的主要文书，逐渐由题本改用奏折。题本文字冗长，处理手续繁杂，各督抚提镇的题本，要先经过通政使司，再转送内阁，经十余道票拟手续后，才能呈报皇帝批阅，皇帝也只能依照内阁票拟的程式化的批语加以可否。这样皇帝裁决政务总处于被动地位，不能适应皇帝独裁政务的需要。康熙时设南书房，用一部分职位低的文人协助议政，用少数人写告密文书的奏折，加强了对下情的了解。雍正则使奏折成为与题本并行的正式官文书，这样奏折文书由皇帝亲自处理，部分剥夺了内阁票拟权。奏折制的实行对君臣间的权力进行了再分配，在这种分配中，皇帝的权力得到巩固和加强，处理国家政务，皇帝居于主动和支配地位。
清朝雍正皇帝推行密折制度，有其特定的背景和条件。雍正通过密折了解下情，震慑和控制臣下，和亲信大臣密议大政，成为推行雍正新政的得力措施，提高了政府的行政效率。杨启樵先生在《雍正帝及其密折制度研究》一书中认为：密折制是雍正推行专制政治的有效手段。之一，皇帝可以直接处理庶务，强化其权利；之二，有效地控制了官员，使他们互相牵制，效忠于皇上。密折制度和军机处相辅而行，适应了清代封建专制主义中央集权制度发展的需要，使密折制度的功能得到最大限度的发挥使，雍正时的君主专制达到登峰造极的程度。尽管奏折制度仅是一种文书制度，但它对政治的影响之大，远远超过一般衙门的兴废，它涉及到君臣间权力的分配，皇帝政令的施行，吏治的整饬，行政效率的提高，是官僚政治上的重大变化，可谓是一种奏折政治。
设军机处，强化君权。中国的封建历史是以皇权为核心的专制统治，可是由于国家机器的运转体系，历代封建王朝的行政大权却是集中在中枢机关，由宰相来实现的。因此皇权和相权必然发生矛盾。秦朝首创丞相制，丞相为百官之长，掌行政大权；汉承秦制，三公中仍以司徒为重。直到东汉初，光武帝起用掌管文书的小官尚书，专司章奏和出纳王命，才分夺了丞相的部分权力。然而以后尚书令又取代宰相的地位，三国曹魏时，用职位低下的中书令取代尚书之权。南北朝又以侍中（门下省长官）参预政事，钳制中书。隋则确立了三省分权制，以内史（中书）省领旨，门下省审核，尚书省执行，三省长官同为宰相，互相牵制，皇权因此有所加强。唐虽承隋制，但为了抑制中书权力，更以品级较低的官员加“同中书门下平章事”或“同中书门下三品”职衔，参预政事，相权实际掌于“同中书门下三品”之手。宋统一后，皇帝独揽大权，设二府中书省、枢密院、三司盐铁司、度支司、户部司，各掌行政、军事、财政之职，互不统摄，直接受命于皇帝。明初，废除了历代相传的宰相制度，而将政务分归六部，而六部听命于皇帝，一切军政大权最终皆归于皇帝之手。然而明中叶以后，却因皇帝惰于听政，大权又旁落于皇帝的秘书班子内阁手中。
清朝继承明制，“大小官相继，盖鉴前代而损益之”，同时还保留了诸王“合议制”等民族统治的特点，以诸王和八旗旗主为议政王，与皇帝共议大政，并且统摄六部之事，即以诸王分掌朝廷诸部院全部要职，严重地阻碍了皇帝独揽大权的统治。顺治皇帝首设内阁，以抑制八旗旗主和诸王的权力。但直到康熙之初，军政大权还是分掌于议政王大臣之手，而以辅政大臣的专权为尤甚。康熙亲政后，首夺鳌拜之权，继而重用南书房，起草诏令，削夺了议政王与内阁的部分权力。但尽管如此，“满臣重权，汉六部九卿奉行文书而已，满人謦款，无敢违者”。雍正继位，奋起图治，一洗历代相权分立和清初诸王议政之弊，另以军机大臣代宣王命，军机处就是在这样的历史条件下产生的。
军机处设立的直接原因，是雍正七年（1729），西北发生了与准噶尔的战争，为紧急处理军务而设立的。初因“内阁在太和门外，保直者多，虑泄事机”，而军机房值庐在隆宗门附近，“地近宫廷，便于宣召，宜于迅速处理军务。”在清初，重要的军政机构有三个：一是议政处，二是内阁，三是军机处。议政处源自关外，主要由王公贵族组成，称议政大臣，参画机要。后设内三院，即后来的内阁。军务归议政处，政务归内阁。过去军事机要掌于议政处，机务出纳掌于内阁，自军机处成立以后，军事权力集于一处。“凡当命将出师，征剿情形皆令以邮函直达，圣神烛照，洞悉机宜，军机大臣承旨书宣，帅臣等仰凭授算”，军机处虽因军务而设，但其职掌并不限于此，“厥后军国大计，罔不总揽。”一切机要章奏均由军机大臣拟旨，皇帝朱批，内阁则票拟一般例行公事，从此“承旨出政”都在军机处了。议政王大臣徒具空名，形同虚设，议政处的权力逐渐减弱，到乾隆朝撤销。一切政务都由军机大臣和军机章京处理，但均无定额，少则2人，多则9人。主要职掌：每日晋见皇帝，商承处理军政要务，以面奉谕旨名义，对各部门、各地方发布指示；面奉谕旨，起草公文，由朝廷直接寄发，称为“廷寄”，封函标明“某处某官开拆”字样，由兵部捷报处发送；誊录保存公文，就是将皇帝批阅的奏折，誊录副本，称为“录副奏折”。
这样，军机处便由最初只“秉庙谟、商戎略”的皇帝办事机构，很快成了“军国大计，罔不总揽”的“隐然执政之府”；而原是一国政府的内阁却成为“闲曹”，内阁职能削弱的同时，封疆大吏的职权也有所下降，稍微大一点的地方事情，都要上奏折请示，秉承皇帝旨意办理。这样皇帝对官员驱之如指臂，使中央与地方真正融为一体，在皇帝的绝对统治下行施国家机构的职能。诚如章学诚所说：“彼时以督抚之威严，至不能弹一执法县令、詈无之吏，但使操持可信，大吏随欲挤之死，而皇览能烛其微……而叹当时清节孤直之臣遭逢如此，虽使感激杀身，亦不足为报也”。军机处的建立，削弱了诸王权势，加强了雍正的统治，使清朝皇帝乾纲独断，保证了各项措施的顺利推行，因而为迅速稳定社会秩序，恢复经济繁荣，奠定了良好的基础。
改土归流，消除割据。土司制度是在唐宋时期羁縻州县制的基础上发展而成的，其实质是“以土官治土民”，利用各少数民族的首领进行间接统治。土司可以世袭，对辖区内的行政有自主权，但按时向朝廷交纳贡赋，调兵从征职位的继承必须得到朝廷的批准。元明清三代中央政府在西南和中东南的少数民族地区，继续推行土司制度。由于土司可以世袭，掌握地方行政权力，有的还拥有自己的武装，因此往往形成割据势力，使中央政府的政令不能够真正得到贯彻，不利于中央对地方的统治和民族国家的统一。所谓“改土归流”，是指取消土司的世袭和继承由中央政府选派有一定任期的流官直接管理少数民族地区政务的制度。明成祖朱棣是实施“改土归政策的第一个皇帝，但明朝的“改土归流”地区限，西南绝大部分地区仍然实行土司制度。
清代的改土归流，在清初即已开始，最早在顺治十六年（1659），云南元江傣族土知府那嵩反抗清兵，被吴三桂镇压，元江土司便被改流。清平西王吴三桂在向西南进军的
过程中，把那些不愿服从清政府统治的土司或革除，或另立，开了清代南方民族地区改土归流的先声。到康熙年间剪灭以吴三桂为首的三藩叛乱时，清军进入西南地区，同样裁革了一些土司，但这两次的改流活动规模都很小，主要针对反抗清军的土司。
大规模的改土归流活动在雍正时期拉开序幕。一方面，经过顺康两朝的努力，国内的局势比较安定，北方边疆地区基本稳定，而贵州苗疆的反乱为清政府提供了对附近土司进行改流的借口。1726年，雍正帝采纳大臣鄂尔泰“取消土司世袭制度，设立府、厅、州、县，派遣有一定任期的流官进行管理”的建议，鄂尔泰提出“臣思前明流、土之分，原因烟瘴新疆，未习风土，故因地制宜，使之向导弹压。今历数百载，以夷治夷，即以盗治盗，苗、倮无追赃抵命之忧，土司无革职削地之罚。直至事上闻，行贿详结，上司亦不深求，以为镇静，边民无所控诉”。因此易生叛乱，如果将土司统治改为中央政府的流官统治，则苗疆就会太平无事，国家也就达到安定团结的局面。在设立府县的同时，添设军事机构。清政府在改土归流地区，清查户口，丈量土地，征收赋税，建城池、设学校，同时废除原来土司的赋役制度，与内地一样，按地亩征税，数额一般少于内地。“改土归流”的地区，包括滇、黔、桂、川、湘、鄂六省；涉及的民族有苗族、彝族、布依族、侗族、瑶族、水族、白族、傣族等。云南、贵州“改土归流”的目标基本实现。
雍正帝的改土归流，打击了土司的世袭特权和利益，减轻了西南少数民族的负担和灾难，促进了这一地区社会经济与文化的进步，为中国境内各民族最终实现事实上的平等奠定了坚实的基础。
摊丁入亩，士民一体。在以农业为主的封建王朝中，赋税是统治者为维护国家机器运转而强制征收的，是国家的根本大计，是国家为实现其职能的需要，凭借政治权力，组织财政收入的一个重要手段，是国家存在的经济表现。它不但是维持公共权力的经济基础，对于经济发展也起着重要的杠杆作用。
在中国历史上，夏、商、周时实行贡赋制度，史载：“自虞、夏时，贡赋备矣。”当时还没有土地税或地租，春秋末鲁国实行“初税亩”，“履亩而税”，即不分公田、私田，凡占有土地者均须按亩交纳土地税。初税亩”的出现，标志着我国从奴隶制赋税向封建制赋税制转化的开端。