这些措施，适合当时东北边防斗争的需要和特点。这是因为，黑龙江至外兴安岭地区距东北腹地遥隔数千里；同沙俄这样的入侵者斗争，单靠当地人民的部落武装，是无法制止其侵略的。必须筹划全边，扼要屯兵戍卫，在适当地点控制一定兵力作机动，才能对付沙俄飘忽不定的反复侵扰。为此，需要建立相当数量的驿站和粮站，开辟水陆交通线和筹集运输工具，从而保障反击作战的胜利。并在反击胜利后，建立一条较完整的边界防守线，才有利于长期的边防斗争。
作好一切准备之后，康熙还是先礼后兵，派人送信给雅克萨的俄军头目，命令他趁早退出雅克萨。沙俄军不但不肯退出，反而向雅克萨增兵，跟清朝搞对抗。康熙二十二年（1683）九月，清勒令盘踞在雅克萨等地的沙俄侵略军撤离清领土。侵略军不予理睬，反而率兵窜至爱珲劫掠，清将萨布素将其击败，并将黑龙江下游侵略军建立的据点均予焚毁，使雅克萨成为孤城。但侵略军负隅顽抗。康熙二十四年（1685）正月二十三日，为了彻底消除沙俄侵略，康熙命都统彭春赴爱珲，负责收复雅克萨。
四月，清军约3000人在彭春统率下，携战舰、火炮和刀矛、盾牌等兵器，从爱珲出发，分水陆两路向雅克萨开进。五月二十二日抵达雅克萨城下，当即向侵略军头目托尔布津发声通牒。托尔布津恃巢穴坚固，有兵450人，炮3门，鸟枪300支，拒不从命。清军于五月二十三日分水陆两路列营攻击。陆师布于城南，集战船于城东南，列炮于城北。二十五日黎明，清军发炮轰击，侵略军伤亡甚重，势不能支。托尔布津乞降，遣使要求在保留武装的条件下撤离雅克萨。经彭春同意后，俄军撤至尼布楚（今涅尔琴斯克）。清军赶走侵略军后，平毁雅克萨城，即行回师，留部分兵力驻守爱珲，另派兵在爱珲、墨尔根（今黑龙江嫩江）屯田，加强黑龙江一带防务。
沙俄侵略军被迫撤离雅克萨后，贼心不死，继续拼凑兵力，图谋再犯。康熙二十四年（1685）秋，莫斯科派兵600增援尼布楚。当获知清军撤走时，侵略军头目托尔布津率大批沙俄侵略军再次窜到雅克萨。俄军这一背信弃义的行为引起清政府的极大愤慨。次年初，康熙接到奏报，即下令反击。黑龙江将军萨布素再一次进军雅克萨。清军2000多人进抵雅克萨城下，将城围困起来，勒令沙俄侵略军投降。托尔布津不理。八月，清军开始攻城，托尔布津中弹身亡，改由杯敦代行指挥，继续顽抗。八月二十五日，清军考虑到沙俄侵略者死守雅克萨，必待援兵，且考虑隆冬冰合后，舰船行动、马匹粮秣等不便，于是在雅克萨城的南、北、东三面掘壕围困，在城西河上派战舰巡逻，切断守敌外援。侵略军被围困近年，战死病死很多，826名侵略军，最后只剩150人。雅克萨城旦夕可下，沙皇急忙向清廷请求撤围，遣使议定边界。清答应所请，准许侵略军残部撤往尼布楚。
雅克萨反击战结束后，由于沙俄政府忙于在西方跟德意志、瑞典争夺波罗的海控制权，在西亚跟土耳其争夺黑海出海口；此外，沙皇彼得大帝正当年幼，其姐索菲亚当权，内部不稳，因此无力大规模地东侵，只好接受清政府的建议。康熙二十八年（1689），中俄双方进行谈判。清朝代表是领侍卫内大臣索额图，沙俄代表是戈洛文·费要多罗。
戈洛文提出以黑龙江为界，河北岸划归俄罗斯帝国，南岸属于中华帝国。索额图根据史实，说明黑龙江两岸一直是中国领土，是俄国强行占领了中国的土地，要求归还尼布楚和雅克萨等地。双方各不相让，谈判进入僵局。第二天，索额图根据康熙皇帝的意图，提出作出让步，两国以尼布楚为界。在此基础上，双方同意中俄边界以额尔古纳河和格尔必齐河为界，再沿外兴安岭向东直到海边。河东岭南归中国，河西岭北归俄国。俄罗斯则保证拆毁雅克萨城堡，把军队撤离中国领土。
在中国政府作了让步的情况下，经平等协商，中俄双方正式签订了《尼布楚条约》。条约规定：外兴安岭以南、格尔必齐河和额尔古纳河以东至海的整个黑龙江流域、乌苏里江流域的土地，全部属于中国；外兴安岭与乌第河之间的地区，暂行存放，留待以后再议。凡一、二人越界捕猎或盗窃，立即械系，送回本国处罚；凡数十人结伙，持械越界、杀人掠夺者，捕拿送回本国，处以死刑。两国人民持有护照者，可以过界往来互市；订约以前的逃人，不必遣返；订约以后，两国不收逃犯。俄国人在雅克萨所建的城障，应立即拆除，在此居住的俄国人，应全部迁回本土；和好已定，两国永敦睦谊，自来边境一切争执永予废除，倘各严守约章，争端无自而起。
《尼布楚条约》的内容，曾用满文、汉文、蒙文、俄文和拉丁文5种文字刻成了界碑。这个条约明确划分了中俄两国的东西边界，从法律上肯定了黑龙江和乌苏里江流域（包括库页岛在内）的广大地区，都是中国的领土。沙俄同意把入侵雅克萨的军队撤回，清朝同意把贝加尔湖以东原属中国的尼布楚土地让给俄国。
雅克萨之战的胜利，是中国人民在反击外来侵略者的斗争中获得重大胜利，它有效地遏制住了沙俄侵略的步伐，保证了中国东北边疆的领土完整与安宁，保护了边境各民族的和平发展。
但也有些人认为，《尼布楚条约》的签订是康熙的战略失误。面对当时仅仅是一个公国身份的莫斯科，康熙以煌煌天朝上国，却做出了与当时大国地位不相符的妥协，闻一多先生在他的《七子之歌》中就表明了《尼布楚条约》是个不平等条约：“……吾国自《尼布楚条约》迄旅大之租让，先后丧失之土地，失养于祖国，受虐于异类，臆其悲哀之情，盖有甚于《邶风》之七子。……”
其实不然，签订该条约是康熙冷静考虑了当时战略形势后的正确选择。一方面这时内乱刚平，清政府不愿大量用兵对外作战，不主张单纯用武力解决俄国入侵黑龙江流域的问题。而在与俄国长期交涉的过程中，康熙逐渐懂得，没有强大的武装，不建立巩固的边防，不经过激烈的战争，不可能劝说俄国放弃侵略，撤出中国领土；同时，清政府也懂得，中俄两国都是封建大国，不可能用军事力量彼此压服，只能通过和平谈判，商定两国都可以接受的边界线，才能有边境上的安定，才能保持长期的和平。鉴于这一认识，就是在雅克萨战争期间，清政府也没有放弃和平解决同沙俄入侵的争端问题。康熙帝就曾多次写信给沙皇，一面谴责俄国对中国的侵略，一面建议他们撤军谈判。因此，一经沙皇要求停战谈判，清政府就立即下令停止对雅克萨的进攻，并于1687年单方面撤离雅克萨，等待俄国使团到来。
另一方面，也是至关重要的一个因素，就是已经占领外蒙古的噶尔丹，对中原虎视眈眈，狼子野心。康熙要同时面对已经开战的沙俄和来势汹汹、即将开战的噶尔丹南北两个敌人，当然要选择先解决一个问题再处理另一个问题。所以清廷立即与俄国签订了和约，在制止了沙俄入侵的基础上，腾出手来对付已经占领了整个外蒙古的噶尔丹。反之，如果康熙不签订尼布楚和约，就必然面临正北、东北两线作战。以当时清朝的实力、必然有所不及，战线太长，难以应付。《尼布楚条约》保住了已经收复的黑龙江中下游领土，使康熙可以集中力量对付噶尔丹。在清朝国力未达鼎盛时，这是正确的选择。连当时沙俄的谈判代表在签约之后都说：“我们丢掉了三十年来开发的黑龙江领域，而中国人可以放手对付噶尔丹了。”
§§§第四节 康熙三次亲征准噶尔
康熙三征噶尔丹
在雅克萨失败以后，沙皇俄国丧失了对中国东北侵略的借口，不甘心的沙俄又一次把目标转向中国的西北，挑拨蒙古和清朝的关系。就在尼布楚条约签订的第二年，唆使准噶尔部（蒙古族的一支）的首领噶尔丹进攻漠北蒙古。
早在元朝灭亡之后，蒙古部落就退归塞外，驻扎在大沙漠南北，逐渐形成漠北、漠南、漠西三大部。这些蒙古部族之间相互攻击，还经常南下骚扰。后来，清帝努尔哈赤和皇太极采用征讨、联姻和结盟的办法，征服了漠南蒙古。清朝设立蒙古衙门（后改为理藩院），把漠南蒙古分为六盟、二十四部、四十九旗。漠北蒙古又叫喀尔喀蒙古，继漠南蒙古之后，也跟清朝建立了朝贡关系。可是，这时居住在天山以北和伊犁河流域的漠西蒙古不肯合作。漠西蒙古又称厄特，在清代也称卫拉特，是由明朝制造“土木之变”的瓦刺发展起来的，厄鲁特蒙古包括杜尔伯特、士尔扈特、和硕特、准噶尔四都。其中准噶尔部最强大，它兼并了和硕特部和杜尔伯特部，把土尔扈特部排挤到俄国伏尔加河流域一带，又把和硕特部的人赶到了青海、西藏。当噶尔丹当上准噶尔部的头目之后，准噶尔部的势力达到了鼎盛阶段。
噶尔丹是清代厄鲁特蒙古准噶尔部首领巴图尔珲台吉的第六子。史书说噶尔丹“生而神异，有大志，好立奇功，父母欲立之为洪（珲）台吉”，早年赴西藏当喇嘛，先是在扎什伦布寺拜四世班禅为师，尔后到拉萨在达赖喇嘛门下学经。由于他禀性聪颖，很得五世达赖的赏识。康熙九年（1670），其兄僧格在准噶尔贵族内讧中被异母兄弟车臣台吉和卓特巴巴图尔的杀害。次年，噶尔丹自西藏返回，并率领僧格旧部与车臣台吉和卓特巴巴图尔联军，在阿尔泰山地区展开激战。车臣兵败被杀，卓特巴巴图尔携幼弟达哩及残部逃亡青海。夺得准噶尔部统治权。
噶尔丹虽然出身喇嘛，却极具军事才干。凡遇战事，他战略战术得当，指挥果断，无所畏惧，身先士卒，奋力拼杀；所以每战必胜，自己则“身不着一矢”，由此树立崇高威信。噶尔丹在掌握准噶尔的统治权后，便接受了臣僚提出的“近攻计”，对卫拉特诸部和邻近部族发动了一系列征服战争，不断壮大实力。噶尔丹在掌握准噶尔的统治权后接受了臣僚提出的“近攻计”，对卫拉特诸部和邻近部族发动了一系列征服战争，不断壮大实力。
准噶尔的政治中心原在和布克赛尔，噶尔丹后来将它北迁至额尔齐斯河源头之一的喀喇额尔齐斯河，并以此为根据地，先后打败政敌车臣台吉和卓特巴巴图尔联军，又挥戈攻袭鄂齐尔图车臣，再败叔父楚琥尔。公元1678年，噶尔丹终于统一卫拉特诸部。五世达赖赐噶尔丹以“丹津博硕克图汗”的称号。
随后，噶尔丹又占领哈密、吐鲁番，不久又扩张到南疆。并开始西征，夺取了中亚大片土地。攻占了中亚的费尔干纳盆地。这时期准噶尔汗国的游牧地，北达阿尔泰山，西抵巴尔喀什湖以南哈萨克人的广阔游牧区，东至叶尼塞河上游，还统治了天山以南的广大地区，势力所及达中亚的撒玛尔罕、布哈拉、乌尔根齐地区，俨然成为中亚地区的一大强国。通过一系列的西征，噶尔丹不仅拓疆千里，解除了来自汗国西部的军事威胁，而且在军事实力和物资供应等方面，为挥戈东进做了充足的准备。
为实现统一蒙古的事业，噶尔丹必须首先要同清朝争夺对喀尔喀蒙古的控制权。在这个过程中，噶尔丹认识到，面对周边强大邻邦，他必须要有一个相对稳定的外围环境，需要运用外交手段寻找靠山。。1671年夏天，噶尔丹派出使者把他已经控制准噶尔局势的情况通过克拉斯诺亚尔斯克将军苏马洛科夫转告了沙俄当局，双方一拍即合，因为自16世纪8O年代起，沙俄东越乌拉尔山，开始向西伯利亚地区殖民扩张的同时，也开始了侵略中国北部边陲的活动，沙俄的根本目的是“极力通过和平手段把卫拉特王公和执政者变成俄国的臣民，把从属于这些王公和执政者的居民变成替俄国国库提供实物税的属民，并把他们居住的地区变成俄国的领土”。1671—1682年，沙俄接连派出使团到噶尔丹处活动，对噶尔丹既利诱又威胁。作为回应，俄国通过贸易的方式，给予了噶尔丹大量火器支援，这些火器在以后的战争中给清军带来了不小伤亡。俄国的目的旨在一方面稳住噶尔丹，确保邻边不发生战事，以期以“和平手段”实现根本目标；另一方面可集中力量加紧展开对黑龙江流域、外贝加尔湖和喀尔喀地区的侵略。就噶尔丹方面看：“自元政权被明政权取代以来，蒙古贵族……时怀恢复元朝统治之志……甚至以后准噶尔首领与清政府的几次斗争，在准噶尔贵族来说，也有恢复大元江山的意思。”
这时候的清政府由于因三藩、台湾问题尚未解决，清政府只得一边加强警戒，一边仍以“优恤”“柔远”抚之。康熙二十二年（1683）“七月乙卯，赐厄鲁特噶尔丹博硕克图汗敕日：……自尔父兄历世相承，虔修礼好，敬贡有年，延及尔身，笃尽悃忱，赏捧重赏，大沛恩泽。尔承此宠赐，当益戴德意，弹心敬顺”。清1681年平定了吴三桂之乱，1682年收复台湾后，就将注意力转移到早已警戒多年的北部及西部边疆问题上来，解决西部、北部问题的时机业已成熟。针对北部，在和平努力迄无结果的情况下，决定以武力收复雅克萨；针对西部，康熙帝派使者到噶尔丹那里，叫他把侵占的地方还给漠北蒙古。噶尔丹自以为有沙俄撑腰，十分骄横，不但不肯退兵，还以追击漠北蒙古为名，大举进犯漠南。康熙二十九年（1690）噶尔丹军队在沙俄的怂恿下挥师东下，侵入内蒙古汛界之内击溃清军，深入乌兰布通，距京师七百里乃止，时“京师戒严”，情况危急，尽管噶尔丹声称“我攻我仇喀尔喀耳，不敢犯中华界”，但康熙帝则“以噶尔丹借端内犯，志不在小，不大惩之反为后害，且不可使喀尔喀无故地游牧”，决定下诏亲征。
7月2日，康熙帝命皇兄和硕裕亲王福全为抚远大将军，皇长子副之，率一路大军出古北口；命皇弟和硕恭亲王常宁为安北大将军，和硕简亲王雅布、多罗信郡王鄂札副之，率另一路大军出喜峰口；内大臣佟国纲、佟国维、索额图、明瓣、阿密达等参赞军务。是月6日起，二路10万大军陆续出发，14日，康熙也启程北上，亲征噶尔丹，24日，因病从波罗河屯（今河北隆化）半路返回。
康熙二十九年（1690）八月初一，福全率领的清军抵达乌兰布通。战前，噶尔丹向康熙皇帝提出“圣上君南方，我长北方”的分治建议，遭到拒绝，激战随后展开。噶尔丹驻乌兰布通峰顶，于峰前布设“驼城”——将骆驼蒙以湿毡，环列如城，军士于隙间发矢铳，迎战清军。清军集中火力大炮，猛轰“驼城”，继之以步兵冲锋。经激战，准噶尔军不支，噶尔丹率残兵败退。清军也遭重大损失，国舅佟国纲战死。
噶尔丹回到漠北，表面向清朝政府表示屈服，暗地里重新招兵买马。1694年，康熙帝约噶尔丹会见，订立盟约。噶尔丹不但不来，还暗地派人到漠南煽动叛乱。他扬言，他们已经向沙俄政府借到了鸟枪兵六万，将大举进攻。内蒙古各部亲王纷纷向康熙帝告发。