司法职业主义要求法官坚持思维职业化，与平民的大众化思维、政治思维、经济思维、道德思维形成隔离。正如前所述，与西方司法理念博大精深的体系相比，我国司法理念十分匮乏，法官职业思维方式也几乎被忽略。近年来，随着法治进程推进和司法改革深化，理念的需求终于日益凸现，法官法律思维在司法中的地位和作用也得到了普遍重视。但是意识形态的惯性深层次地滞碍着法官思维方式的变革，再加上传统司法体制和审判机制的桎梏，使当今法官思维几乎仍然是传统平民式的追求实质目标而轻视形式过程的实质性思维。这一问题在广大农村基层法院中法官中尤为突出。这对于当代中国法治具有相对大的危害性。
所谓实质性思维，又称实质主义思维，指法官注重法律的内容、目的和结果，而轻视法律的形式、手段和过程，也表现为注重法律活动的意识形态，而轻视法律活动的技术形式，注重法律外的事实，而轻视法律内的逻辑，与其相对的是形式主义思维。这种实质性思维属于非理性的法律思维，与现代司法理念所倡导的法官职业理性思维相比具有以下特点：
1.是一种泛道德主义思维。主要体现为“情理”重于法律，“民意”重于“法理”。其过分强调法律的道德性，强调“法不阿贵”、“为民申冤”传统价值信念，法官把法律与事实揉合在一起，使每个案件的处理在规则的一般性和普遍性以外，考虑了事实的个别性和特殊性。在广大农村基层法院中，这一倾向尤为突出。正如苏力教授所说：“在中国，基层法院法官在处理司法问题时一个主要的关注就是如何解决好纠纷，而不是如何恪守职责，执行已有的法律规则。”在广大乡土社会语境中，正义观念并不像一般西方思想家对正义理性的界定，它是一种以人情为基础的以伦理为本位的正义观。这套朴素的“正义观”深深植根于乡民的精神观念和社会生活之中，在乡土社会中有着巨大的、高度的稳定性、延续性、群体认同性和权威性，它事实上成为了一种更为常用、更容易接受的法律样式——民间法。乡民们习惯用自己朴素的感觉来评价法院的裁判。迫于民间法的压力，在加上基层法院法官绝大多数的身份实质具有双重性——法律人和当地乡民，法官与普通乡民有着对当地社会“正义观”极其相似或者近似的理解。基层法院的法官往往有意识或无意识在严格的规则之治与适当的自由裁量之间左右平衡，甚至作出倾向“情理”、“民意”放弃法律和法理的选择。
2.是一种片面中立性思维。主要体现为以“折衷主义”或“中庸之道”的思维方式冲击审判公正。“中庸之道”是儒家的道德标准，主张对人处事采取不偏不倚、调和折衷的态度，“折中主义”的意思亦然。在这种绝对“公正”意念主使下，我国法官在遇到难以断定谁是谁非时，惯常作法是对原、被告“各打五十大板”。
3.是一种直觉模糊性分析判断思维。中国传统的思维方式一个重要特点是模糊性。它使人们在认识客观事物时，总是满足于通过事物的表面现象直觉得到的第一印象，而不习惯或者说不愿意作周密、详尽的分析。模糊性思维方式对我国法官职业思维产生较大的危害。特别是当职业思维受到诸如审判机制缺陷在内等因素的限制后，更是难脱模糊痕迹。如法官在原、被告双方对同一事实分别举出相反的证据，但都没有足够的依据否定对方证据时，往往是依直觉主观判断对证据作出确认，而不是依照法律规定结合案件情况，判断哪方提供的证据证明力较大。
4.是一种重实体轻程序的思维。由于长期奉行“以事实为依据，以法律为准绳”原则，我国司法界主流观念中，一直对关注实质正义有着特殊强烈的偏好，程序正义长期被置于可忽略的境地。突出体现在法官包揽调查取证，先定后审，开庭流于形式上，甚至不惜通过超期羁押、刑讯逼供等暴戾程序，以牺牲当事人的人格尊严为代价去追求个案的客观真实。我国法官群体中存在着的实质性思维，带有浓厚“人治”色彩的实质性思维，对当代中国法治具有相当大的危害性：（1）实质性思维属于非理性的法律思维，缺乏具有普遍性的严格的法律术语，导致法律术语贫乏；（2）实质性思维导致的司法平民化，导致行外人士任意干涉职业法官的活动。判决被作为民意的载体，法官被当作民意代表，因此法院被当作政府的衙门，司法机关及其法官的独立地位无法确立；（3）实质性思维不讲究严格的解释与推理技术，更多的听凭直觉与经验，法律任凭官员任意解释和自由裁量，因而导致擅断和舞弊之风；（4）实质性思维只考虑结果与目的，不考虑过程与手段，导致程序非正义；（5）实质性思维导致法律的确定性和可预测性很低，导致法律非法治化。“舍法取义”的结局是“有治法，而无法治”。
根据马克思辩证唯物主义观点，任何事物的发生都有其根本原因。笔者认为，我国法官实质性思维方式形成和延续，主要有以下深层次因素：
1.历史因素。一个国家或民族的法律文化是长期法律实践活动的结晶，它经过人们世世代代思考、完善和沉淀，深深地植入该民族的心灵，成为该民族的文化历史传统和民族心里的精神产物。它一旦形成便带有极大的历史惯性而很难改变，并通过统治者的自觉沿袭或潜意识地借鉴而对以后的立法和司法活动产生深刻影响。同样，我国法官思维方式作为法律意识形态范畴，深深地打上社会传统文化的烙印。如“片言折狱”、“法本原情”等法律文化传统，传统汉语语言模糊性特点，法官行政官员化的组织传统等都是催生法官实质性思维的重要历史因素。
2.诉讼观念上的误区和模糊认识。这是历史因素在当前公众诉讼意识上的遗毒。主要表现为：（1）片面的工具主义法律观念。这种观念片面强调法律仅仅是治理社会的工具，忽视了法律作为最高标准的价值，即一切手段和目的都必须服从合法性标准的指引；（2）过度的国家主义法律观念。它与法官的中立性思维相对立，强调司法权的国家属性，要求司法权放弃中立的地位，主动介入诉讼和社会生活；（3）泛行政主义的法制观念。把法院当作处理地方行政事务的工具，将法院视为党委或政府的一个职能部门，将法官视为普通公务员。因此，在法院人事管理上不能遵循司法特有的规律和要求，直接影响法官职业化建设。（4）泛道德主义的法制观念。这是与法官职业思维的普遍性相对立的一种观念。其过分强调法律的道德性，认为法官必须具有同情心，法律要具有扶贫济困的功能，鼓励法官在无节制的同情心的趋势下，离开合法性的前提，单纯用道德和感情去判决法律争议。
3.司法制度上的障碍。司法制度作为法官职业思维方式赖于生存和发展的土壤，其缺陷对法官职业思维方式的培育障碍是相当关键的一面。
（1）法官管理存在行政化趋势。司法职能本质上是“反行政”的，但我国法官管理带有浓厚行政化色彩。一是法官等级的行政化，法官之上，婆婆太多。有院长、副院长、庭长、副庭长，完全是行政管理模式。同时，级别较高的法官还决定较低级别的法官职务的升迁。法官与庭长、院长之间存在明显的命令与服从的关系。二是审判管理的行政化。这一趋势最明显的表现是院长、庭长审批案件制度、上下级法院内部请示制度等，这些制度违反了公开审判、直接言词原则和回避制度，直接导致审判分离，责任不清等后果，也严重制约了法官职业思维的养成。（2）法官缺乏独立性。虽然宪法规定了法院的地位，但并没有完全实现我国法院体制的现状是，法院的人、财、物受制于地方，这使得地方各级人民法院无力抗衡地方权力的干预。法院整体尚不独立，法官独立更无从谈起。（3）法官遴选机制不健全。长期以来，我国一直将法官视为政法干部，强调其行政性，而忽视了其技术性和职业的专门化。直到《法官法》的颁布，才规定法官任职资格，但相比之下条件仍然过低。由于法官选任“门槛”过低，导致法官职业大众化。其实，司法审判工作是一种专业性很强的法律实务工作。没有经过专门的、长期的法律专门技能训练的人不可能成为高素质的法官。很难想象，连基本职业素质都不具备的法官能掌握缜密的法律逻辑思维或辨证的推理方法。（4）法官保障制度不健全。《法官法》虽然就法官的任职条件、任免、等级、培训、奖惩、辞职辞退、退休、申诉等作了详细规定，但实际执行情况并不好。我国的法官一直在套用公务员的行政级别，而且其地位和待遇都较同级政府官员低。法官的地位和待遇与其在审判体系中所承担的重要角色不相称，既难以使法官产生职业荣誉感和责任感；又造成法官队伍不稳定，优秀人才流失。（5）审判机制不科学。主要表现为：庭审程序执行不严，当庭认证、当庭宣判的适用率低下，延缓了法官职业思维方式培养效率；合议制特别是陪审员合议制流于形式，形成一些法官在审判时或主观臆断，或滥用职权，造成法官思维方式随意性较大；审判透明度不够。审判公开制度执行不彻底，由于缺乏公众监督，法官在审判中对自己思维能力要求降低，久而久之，一些法官在这种审判环境下养成模糊性思维习惯。