2005年中央农村工作会议明确提出，国家财政支农资金增量要高于上年，国债和预算内资金用于农村建设的比重要高于上年，其中直接用于改善农村生产生活条件的资金要高于上年。这“三个高于”表明，中央已下决心调整国民收入分配格局，特别是调整国家建设资金的投向和结构，由以城市建设为主向更多地支持农村建设转变。其中，“直接用于改善农村生产生活条件”的项目主要是指改善农村基础设施建设的节水灌溉、人畜饮水、农村道路、农村水电、草原围栏、户用沼气等“六小工程”。农村基础设施建设的重点是加大对种子工程、畜禽水产良种工程的投入，加强动植物保护体系、农产品市场体系、农产品质量标准和检验检测认证体系建设，大力支持农业和农村经济结构调整。扩大以工代赈规模，继续搞好扶贫开发工作。目前财政部已安排2006年支持“三农”资金3226亿元，这是最基本的保证。而有关专家预计，如果加上用于农村合作医疗、职业教育等方面的配套支出，2006年中央财政支农资金有可能突破4000亿元。
4.2.2.农村义务教育供给的公共财政问题
当前，我国教育的发展取得了历史性的突破。农村已初步普及九年义务教育，基本扫除了青壮年文盲，这些都是投入不断加大的明显的例证。农村中小学经费的投入总额，政府拨款数和生均经费到2004年为止，农村小学和初中教育的总经费分别增长了1070亿和574亿，比2000年分别增长了74.35％和87.69％，比全国平均的教育费用的增幅分别提高了7个百分点和10个百分点。同时，在农村小学和初中的教育总经费中，政府拨款所占的比例也增幅显着。到2004年，全国农村小学、初中教育经费中，政府拨款所占的比例已经分别占到82.75％和76.65％，分别比2000年提高16个百分点和14个百分点，比全国平均数量高出了7.8个百分点和13.8个百分点。
尽管如此，仔细分析就能发现，我国的公共财政在教育资源配置中存在着诸多的不合理之处，其中几个关键性的不合理性主要是在以下五个方面：
一是农村义务教育的投入严重不足。根据国家统计局2005年公布的数据，以2003年全国教育经费支出和财政预算内教育经费支出构成为例，在全国6475万在校普通初中生中，农村学生的比重是61.2％，而教育经费支出占初级中学总经费支出的48.3％；教育部、国家统计局、财政部关于2004年全国教育经费执行情况统计公告显示，全国普通初中生人均预算内事业费支出（含城镇和农村）为1246.07元，其中，城镇普通初中生人均预算内事业费支出为1577.87元，农村普通初中生人均预算内事业费支出为1073.68元，农村初中生人均支出仅为城镇初中生人均支出的68.1％。11246.2256万普通小学生人均预算内事业费支出为1129.11元。其中，城镇普通小学生人均预算内事业费支出为1441.11元，农村普通小学生人均预算内事业费支出为1013.80元，农村生人均经费仅为城镇的70.0％；全国普通小学生人均预算内公用经费支出为116.51元，比上年的83.49元增长39.55％。其中，农村普通小学生人均预算内公用经费支出为95.13元，比上年的60.91元增长56.18％。尽管增长较快，但农村普通小学生人均预算内公用经费支出仅为城镇的64.3％。
二是中央财政与地方各级财政对农村九年义务教育投入比例不协调，农村教育仍然是相对薄弱的环节，如何实现公平的投入面临严峻挑战。教育部、国家统计局、财政部关于2004年全国教育经费执行情况统计公告显示，中央和地方各级政府预算内教育拨款（不包括城市教育费附加）为4027.82亿元，比上年的3453.86亿元增长16.62％。其中，中央本级教育支出299.45亿元，比上年的240.20亿元增长24.67％，高于中央财政经常性收入增长比例12.64个百分点。但2004年我国各类学校教育经费情况数据显示，中央财政的教育经费大约92％用于高等教育，占当年高等学校教育经费总支出的41％；只有1.1％和0.9％分别投入中学和小学，相应占当年中小学教育经费总支出的1.19％和0.46％。地方几乎承担了农村中小学教育的全部开支，而地方财政的教育经费支出又主要是靠市县级公共财政，中央和省级财政主要分摊农村义务教育经费明显过低。据国务院发展研究中心的一项调查，目前我国义务教育投入中，乡镇负担78％左右，县财政负担约9％，省地负担约11％，而中央财政只负担2％左右。中央财政负担的太少，而乡镇财政则不堪重负。从国外农村公共财政支出的经验数据来看，我国当前农村公共财政支出中，中央和省级财政要承担农村义务教育经费的70％左右。
三是我国东、中、西部区域间教育经费投入差距很大。区域经济发展水平差距较大，相应地各地人均财产差距也很大，而教育投入又主要由地方负担，造成教育特别是基础教育均等化水平很低。已有的调查表明，以小学生人均经费而言，东部沿海经济发达地区的中小学生人均教育经费是西部欠发达地区的10倍之多。当然，各区域内部也存在着较大差距。如东部各省省内不同区域之间义务教育同样存在着很大差距：江苏省有苏南与苏中、苏北的差距，浙江省有浙东南、杭嘉湖、宁绍温与浙西北、金衢丽之间的差距。
四是城乡之间经费水平差距很大，不平衡现象十分突出，农村教育经费严重不足，城市教育经费情况普遍好于农村。我国的农村基础教育通常由县、乡两级政府负责筹措资金，而县、乡两级教育通常是将负担转给了农民，低收入者较多地承担了基础教育特别是义务教育的成本。2003年城市小学和初中的人均教育经费分别是农村的1.89倍和1.91倍。全国31个省、市、自治区的农村小学、初中预算内人均事业费最高与最低相差分别为10倍和8倍。
五是农村公共财政支出结构不合理。根据1993年中共中央、国务院颁布的《中国教育改革发展纲要》，在20世纪末，全国教育经费占国民生产总值的比例达到4％，可是1999年全国教育经费为2179.52亿元，仅为国民生产总值的2.47％，少投入1.53个百分点；而与目前世界各国公共教育经费投入平均占国民生产总值5％左右的水平相比，更是相差2.53个百分点。
根据教育部、国家统计局和财政部公布的《2004年全国教育经费执行情况统计公告》显示，2004年政府教育投入总量继续增加，为7242.6亿元，比上年增长16.66％。其中，国家财政性教育经费为4465.86亿元，比上年增长15.98％。公告显示，国家统计局调整后的2004年国内生产总值为159878亿元，据此，国家财政性教育经费占国内生产总值的比例为2.79％。
2003年国内生产总值为117252亿元，国家财政性教育经费占国内生产总值的比例为3.28％。2004年国家财政性教育经费占国民生产总值的2.79％，低于2003年3.28％的比例。全国有19个省、自治区、直辖市预算内教育经费占财政支出比例比上年有不同程度的下降。国务院1993年在《中国教育改革和发展纲要》中明确提出，逐步提高国家财政性教育经费支出占国民生产总值的比例，20世纪末要达到4％，但至今未能实现这个目标。
2003年我国义务教育总投入中，国家公共财政性投入占79.57％，而OECD国家1998年对义务教育为主体的初、中等教育的财政性投入则占到总投入的90.9％（平均值）。1995-1996年，美国初、中等教育经费的97.6％来自政府投入。由此看出，我国义务教育的政府投入远低于这些国家20世纪末的平均水平。义务教育整体投入不足、区域发展失衡以及城乡差别的扩大是我国当前和今后相当长一段时期内农村公共财政教育支出面临的主要问题。
1997年，全国农村义务教育经费预算内拨款为430亿元，占当年农村义务教育经费总投入的54.8％；2002年，拨款达到了990亿元，占当年农村义务教育经费总投入的78.2％；到2004年，全国农村义务教育经费（不含县镇）总投入达1644.77亿元，比2003年增加了279.52亿元，增幅达20.47％，财政预算内拨款占农村义务教育总投入的比例达80.61％，同时，国家也加大了对农村义务教育的专项支持力度。2002年，中央财政用于农村义务教育的支出为359亿元，占全国财政预算内农村义务教育支出的36.3％。2003年有所下降，但2004年中央财政安排用于农村义务教育的专项资金超过100亿元，比2003年增长72％，此外，还逐步确立了“以县为主”的农村义务教育管理体制，使我国农村义务教育取得了突破性进展，农村义务教育经费短缺的局面得到了一定程度上的改善。2000年农村税费改革后，各地逐步取消了教育集资和教育附加费，农民负担大幅减轻，但义务教育投入却更为紧张。为此，中央政府提出，在税费改革中要确保“农村中小学正常运转”，中央财政逐步增加了对农村义务教育的投入。虽然，中央和各省加大了对农村义务教育的支持力度，对于占中国义务教育人口80％的农村学校，仍不能解决其经费短缺的现实问题。尤其是中、西部地区，许多县乡政府是“吃饭财政”，税费改革后，县乡财政收入锐减，上级的转移支付甚至连“养人”都不够，教师工资欠账严重。很显然，国家公共财政还未从根本上解决农村义务教育经费投入问题，农村义务教育的发展面临新的困难。
1980年至2004年间，国家公共财政支出中教育经费支出从1980年的114.15亿元增加到2004年的3850.62亿元，年平均增长13％。我国教育经费占国民生产总值比重从1980年的2.53％上升到1988年的2.79％，年平均递增0.17％。东南亚国家和地区1960年教育支出占国民生产总值的百分比平均为2.5％，1989年上升为3.7％；一些欠发达国家同期教育支出比率也分别为1.3％～3.1％（世界银行1995年），而我国的公共教育支出占国民生产总值的百分比，1980年、1985年、1990年、1995年、2000年分别为2.53％、2.53％、2.49％、2.09％、2.44％。1998年开始回升，最高的2003年为3.28％，而到2004年又下降为2.79％。可以看出，我国的公共教育支出比率，还不及东南亚国家和地区20世纪60年代的水平，而尤为严重的是，公共教育支出的比率呈下降趋势，低于1995年世界平均公共教育经费占国民生产总值4.9％的比例，也低于欠发达国家平均4.1％的水平。从国家教育支出的增长速度来看，我国的公共教育支出的增长速度远落后于发展中国家的平均水平。
4.2.3.农村环境污染及治理的公共财政问题
每年的6月5日前后，也就是“六·五”世界环境日前后，国家环保总局都会发布年度《中国环境状况公报》，报告的大部分是有关城市的内容，如城市空气质量、部分城市污染程度、酸雨污染趋势、地表水水质、近岸海域海水水质、城市声环境质量、辐射环境质量、耕地面积、生态状况、气候等。而对农村环境污染问题总是涉及较少。事实上，随着农村经济快速发展、人民群众的物质生活水平不断提高，农村近年来的环境不断恶化，而且我国农村环境恶化的速度高于城市。这是因为不少地区农村的发展是以牺牲环境为代价的，一些乡镇企业的农民为“脱贫致富”，宁可容忍环境污染对所在集体和本人所造成的危害，只求经济的发展。