在环境污染及治理的公共财政投入问题上，主要的财政支出称为“环境污染治理投资”。这里的“环境污染治理投资”指在工业污染源治理和城市环境基础设施建设的资金投入中，用于形成固定资产的资金，包括工业新老污染源治理工程投资、建设项目“三同时”环保投资，以及城市环境基础设施建设所投入的资金。一直以来，我国的环境污染治理投资总额占国内生产总值比重极为低下，2000年环境污染治理投资总额占国内生产总值比重为1.13％，2002年上升为1.3％，2004年则进一步上升为1.4％。尽管这一数字近年来处于上升的趋势中，但总量明显不足。我国县及县以上工业企业“三废”排放及治理情况表明，污染治理项目本年完成投资额，1995年为98.73亿元，占当年财政总支出的1.44％，占当年GDP的0.17％；2000年总投资额为239.44亿元，占财政总支出的1.51％，占当年GDP的0.27％。与世界各国比较，我国财政用于治理“三废”的投资处于低水平阶段。目前全世界各国用于环保经费占GNP的比重为0.5％～2％左右，其中：发达国家为1％～2％，发展中国家为0.5％～1％。一般来说，使环境得到保护的最低投资底线要占GNP的1.5％左右，理想投入水平为GNP的2％左右。与此同时，我国的环境污染治理投资的结构性矛盾比较突出，环境污染治理投资绝大部分用于工业污染源治理和城市环境基础设施建设，用于农村的比例严重偏低。可见我国财政用于环保的支出与实际需要相差很大，有待进一步倾斜。在实际中，这主要是由于我国长期以来的“城乡分治、一国两策”的制度安排，中央政府与地方政府在农村环境污染治理投资中的长期缺位，以致我国的农村环境保护甚至难以列入地方政府的事权范围，更谈不上政府对农村环境的保护责任。
2005年4月，中华环保联合会在全国范围内开展一项调查显示，环境问题仍然是公众最关注的社会问题之一。全国公众最关心的、排在首位的环境问题是饮用水源污染问题，特别是一些中小城市和农村的水源污染。
在参加调查的410多万人中，有21％的公众（即873452人）最关心水源污染问题。全国公众关心的其他环境问题依次为：空气污染（18％）、生活垃圾污染（12％）、工业废物处置（8.8％）、植被破坏和沙漠化（7.6％）、水资源短缺（7.4％）、噪声污染（7.3％）和汽车尾气污染（6.5％）。此次调查结果还显示，社会公众和专家均大力支持我国“十一五”期间加大环境保护的投入，制订并实施新的环保税费经济政策。2004年环保投资占GDP比率为1.3％，有高达96.5％的公众认为“十一五”期间环保投入占GDP的比率应当继续提高，有24.7％的公众认为应大幅提高。有高达95％的专家认为，在“十一五”期间环保投入占GDP比重应该在1.5％以上，其中69％的专家认为应在“十五”期末的基础上再提高0.4到0.7个百分点。环保投入应以国家与地方政府为主，专家们提出“十一五”期间国家还应大力加强农村环境保护。
目前我国农村还有绝对贫困人口2610多万、低收入人口4977万人，城乡收入及生活水平差距很大，农村的环境问题已凸显出来。公众与专家对农村环境十分担忧，特别是中、西部地区的广大农村。因此，在国家“十一五”环保规划中应将农村环境综合整治列为生态保护目标，国家和地方政府予以政策、资金投入上大力支持。
农村和农业生态环境污染主要是由于畜禽养殖、农药化肥施用、生活垃圾和农作物秸秆等主要农业污染源污染引起的，而高投入、高消耗、高排放的粗放型经济发展模式已对农村资源环境造成很大压力。一是化肥施用量大。化学肥料的投入是农业生产系统和农业生产赖以持续发展的重要物质基础，作物吸收、土壤残留和环境损失是农田生态系统化肥营养元素的3个主要去向。尽管化肥在农业发展中有着不可替代的作用，但由于其使用量逐年增加，无机化现象愈来愈严重，致使化肥利用率下降，营养元素通过地表径流、农田排水的渗漏、淋洗流失到水环境中，导致地表水体的富营养化和地下水污染。研究表明，我国氮肥利用率为30％～40％、磷肥利用率为10％～15％、钾肥利用率为40％～60％。根据国家环保总局规划财务司和国家环保总局环境规划院的统计数据表明，农业生产中全国平均施用化肥达到了375kg／公顷，最高的省份高达642.81kg／公顷，大大超过发达国家设置的225kg／公顷的安全上限；而且更为严重的是，化肥施用比例失衡，氮肥用量偏高、钾肥偏低，重化肥、轻有机肥的现象普遍存在，致使土壤酸化、地力下降。二是农药使用量高。根据国家环保总局的统计数据表明，单位农地面积农药平均使用量全国平均水平达7.5kg／公顷，最高的省份高达25.25kg／公顷。特别在蔬菜、水果等经济作物中，农药使用不合理、不科学，对农药使用的安全间隔期考虑欠缺，其污染状况比粮食作物严重。农药品种使用结构不合理，高毒、高残留有机磷农药施用量占农药施用总量的25％以上。三是畜禽污染物排放量大。已有专家进行过测算，一头牛一年的粪便排放量相当于60个人一年的粪便排放量的总和，而粪便和污水工程处理率均不超过10％。根据国家环保总局的统计数据表明，畜禽养殖污水排放量相当于全国工业废水排放量的60％以上。污染源点多、面广、治理难度大，畜禽养殖污染物处理率低是当前我国农村环境污染面临的最大问题。
四是农村生活污水和垃圾污染严重。当前，我国农村环境保护规划普遍滞后，村镇功能布局不合理，城镇化水平低，农村生活污水和生活垃圾处理等环境基础设施不足。与此同时，由于农业生产使用化肥、农药、农膜的大幅增加，畜禽水产养殖面积的不断扩大和饵料的超量投放，以及大量农村生活污水和垃圾的无序排放，农业、农村生态环境承受的污染负荷急剧增加，农村生态环境和农产品安全问题日趋突出，严重制约了农业、农村经济的可持续发展。
农村环境问题产生的原因很多，也很复杂，其中较为突出的是人口压力大、滥垦、滥牧、滥伐、滥采、滥用水资源、粗放农业、畜禽养殖、生活污水乱排、城市污染向农村转移、乡村企业污染加剧、农民环境意识不强等因素。
环境污染和生态破坏制约农业持续发展、威胁农民生命财产安全、影响农村稳定，解决农村环境问题任重道远。中国政府在《国家环境保护“九五”计划和2010年远景目标》中，提出环境保护的目标是：到2010年，将环境污染控制在20世纪90年代中期的水准，基本建立比较完善的环境管理体系和与社会主义市场经济体制相适应的环境法规体系。面对素质较低的乡村产业与人口膨胀，中国农村的环境问题正在成为困扰中国政府和中国农民的最大问题之一。加大农村公共财政的农村的环境问题的治理与保护投入，已显得尤其迫切。
4.2.4.农村医疗卫生供给的公共财政问题
从20世纪90年代以来，医疗价格上涨的幅度远远超过农民收入的增长，卫生费用占GDP的比重从80年代的3％左右上涨到2004年的5.5％，这一期间卫生费用的增加主要来自居民的直接付费。
资料来源：《中国统计年鉴》，中国统计出版社2005年版。
中国卫生总费用由三部分组成（政府财政卫生支出、社会保险及其他卫生支出、个人现金卫生支出）。1978-2004年，政府财政卫生支出占卫生总费用比重从32.16％下降到17.04％，社会保险和其他卫生支出所占比重从47.41％下降到29.3％，个人现金卫生支出由20.43％上升到53.6％，2004年，政府卫生支出1293.6亿元，占卫生总费用支出的17.04％。社会保险和其他卫生支出2225.4亿元，占卫生总费用的29.3％。个人现金卫生支出4071.4亿元，占卫生总费用的53.6％。卫生总费用占GDP比重1997-2003年上升，2004年有所回落。
从全国来看，1978-2004年，政府财政卫生支出从35.44亿元增长到1293.01亿元，增长额接近37倍。但是，政府财政卫生支出在卫生总费用中所占比重却从1978年的32.16％下降为2004年的17.04％，占国内生产总值比重由历史最高水平（1983年）的1.31％降为2004年的0.95％，占财政支出比重也从历史最高水平的6.11％，降为2002年的3.92％。2003年“非典”以后，中共中央、国务院作出一系列重大决策，强化政府的公共卫生职能，不断加大对公共卫生的投入，加强疾病控制体系和医疗救治体系建设，大力推行新型农村合作医疗制度，加强农村医疗卫生体系建设，加强对重大传染病的防治工作。2004年，全国疾病预防控制体系建设项目总投资108.57亿元，突发公共卫生事件医疗救治体系建设项目总投资114亿元，补助地方重大疾病防治经费15.3亿元，补助地方卫生事业专项资金37亿元（其中88％用于农村），2004年的政府预算卫生支出上升至1293.01亿元，占财政支出的比重上升至4.54％，占GDP的比重上升至0.95％①。