二是合理选择农村公共财政支出重点。首先确保农村基层政权运转与义务教育这一最低标准与要求的实现。中央政府在农村税费改革中提出“三个确保”的具体要求，确保农民负担明显减轻不反弹，确保乡镇机构和村级组织正常运转，确保农村义务教育经费正常需要。而要真正实现这“三个确保”的具体要求，则必须依靠中央政府和省级政府对县乡基层政府增加适量的转移支付资金的支持。
三是建立完善农村公共财政转移支付监督制度。具体内容包括：组建以政府监督为主体的多方结合的监督框架、建立监测信息系统，实现数据共享、完善财政转移支付监督约束机制等。
（三）加快建设农村科技推广服务体系
1.加大公共财政对农业科技的投入。要把农业科研投入放在公共财政支持的优先位置，充分利用世贸组织的“绿箱”政策，在保证已有的农业科技专项经费落实的基础上，逐年增加财政对农业科技的投入力度，建立政府保护农业的新机制。各级政府要把农业科技投入作为预算保障的重点，结合农业科技投入对农业发展贡献的情况，合理制订农业科技投入计划。省、市及县（市）、区每年公共财政对农业科技投入的增长速度要高于其财政收入的年增长速度，省、市及县（市）、区科技三项经费的1／3要用于农业科技项目的研究与开发，高新技术产业发展基金或科技成果转化资金适当向农业高新技术成果转化项目倾斜，各省、市及县（市）、区每年从国际合作专项、引智项目经费中安排不少于1／3的比例用于支持重大农业国际合作项目，重点实验室建设专项资金的1／3要用于农业类重点实验室建设，要安排一定比例的科技创新示范工程建设经费用于支持民营科研所和农业龙头企业技术开发机构建设，继续加大对农业科技示范园区、农技推广体系的财政支持力度。
各县（区）科技部门对本地区实施的国家级和市级各类农业科技项目要安排一定的经费予以配套。
2.建立多元化、多层次、多渠道农业科技投入体系。各级政府要加大对农业科技投入的引导支持力度和政策导向作用，通过财政直接投入、税收优惠等多种财政投入方式，鼓励、吸引社会各方面对农业科技的投入，增强政府投入调动全社会科技资源配置的能力，促进企业、风险资本、个人等社会力量投入农业科技，逐步形成政府公共财政投入为引导、企业投入为主体、金融信贷与风险投资为支撑、社会投入为补充的农业科技投融资体系。通过税收优惠和财政补贴等政策引导和鼓励企业增加农业、农村科技投入，使之成为科技投入的重要组成部分。建立高效的风险投资体系，鼓励以企业为主体建立农业科技创新风险投资公司和创业风险投资基金；省、市、县（市、区）政府建立农业科技创新风险投资引导基金，引导社会资金流向农业科技创业风险投资的企业。支持企业、个人等社会力量投资建立农业科技基金会，专门支持农业科技研究、开发、推广和奖励农业科技人员，社会力量资助非关联的农业科技机构和高等学校研究开发新产品，其资助额可以全额在当年应纳税所得额中扣除。鼓励和引导政策性金融机构和商业金融机构加大对农业科技的支持力度，积极开展科技开发融资、担保和保险服务。
3.加大重点领域及优先主题投入。努力保证应用基础研究、高新技术研究、重大科学技术的联合攻关以及新技术转化推广的资金需要，合理安排科研机构（基地）正常运转经费、科研项目经费、科技基础条件经费等的比例。中央和省级公共财政重点用于支持市场机制不能有效解决的基础研究、前沿技术研究、社会公益研究、重大共性关键技术研究等公共科技活动，并加大对农业科技成果转化的支持力度，通过“绿箱”政策等有效形式，增加农业科技研究和科技成果转化资金，其他具有良好市场前景的农业科技项目和科技企业、农业技术服务机构建设等，政府以项目形式给予支持。近期农业科技投入主要向重点领域及优先主题倾斜，以种植业、畜牧业、海洋渔业、林业、农业资源环境、精准农业与农村信息化为重点研究领域，加大对若干优先主题的投入，保障我国建设社会主义新农村对农业科技的需求。
4.改革农业科技项目管理制度，建立科学公正的科技项目招投标和评估制度。通过改革农业科技项目管理制度，实行项目的专家论证、项目中期考核评估、项目结束评审鉴定等方法，加强对科技兴农资金使用和项目进展情况的综合管理。强化科技项目的主动设计力度，推行科技项目的招投标制与课题管理制，实行“公开招标、统一受理、专家评审（评标）、择优委托、跟踪管理和服务”的科技项目管理模式。要积极探索计划、财办、财政及农口等省、市级部门涉农科技资金集中使用的办法，打破科技经费投入“本地、本级”的束缚，树立“不求所在、但求所用”的观念。科技管理部门要会同涉农部门制订重大农业科技项目立项、招标、评估和管理办法，并建立农业专家库，每年由科技管理部门组织专家推出若干涉及全市农业发展的重大技术难题和重大农业科技项目，面向市内外各类、各种所有制涉农科技单位和农业企业实行公开招标、择优立项。同时，加强科技项目的全过程管理和绩效评价，推行重大项目监理制，强化中期评估和验收考评，建立评审专家和项目负责人信用制度，努力提高科技经费的使用绩效。