社会对高等教育需求的提升为独立学院的产生营造了良好的氛围，国家高等教育投入的相对减少以及公办高校办学资源的制约，直接刺激了独立学院的产生。民办高校，尤其是本科层次民办高校的缺乏，为独立学院留出了发展空间。1999年，以浙江大学城市学院成立为标志，短短几年间，我国独立学院获得了快速的发展，据2007年教育事业统计，全国共有独立学院318所，在校生186.6万人，占全国民办高等教育在校生总数的53.4%；其中，独立学院本科在校生165.7万人，占全国民办本科高等教育在校生总数的88.7%。独立学院的发展，有力地促进了地方高等教育的发展。在独立学院出现最早的浙江省，在不增加国家教育投资的前提下，独立学院多渠道、多形式地吸纳社会资金，实现了优质本科教育资源的增容。由于独立学院的专业设置主要面向地方社会经济发展的需要，创办独立学院顺应了高等教育大众化的发展趋势，到2007年，在教育部备案的浙江省独立学院达到20所。目前，浙江独立学院招生数约占浙江本科招生总数的1／3。
第二节 公办与民营结合--独立学院的发展
独立学院是1999年在浙江省率先出现的。1999年5月在党中央、国务院作出进一步扩大高等教育阶段招生规模重大决策之后，浙江省依托普通高校，吸引社会力量，利用银行贷款，组建了若干所具有独立法人资格、经济独立核算的二级学院。独立学院的招生计划由省级教育行政部门单独下达，按照教学成本收费，国家不拨教育经费。在文凭方面，开始时多数独立学院均颁发母体高校的毕业证书（浙江大学城市学院除外），所有符合条件的独立学院毕业生均可以获得母体高校的学士学位证书。随后的几年时间里，全国各地纷纷仿效，相继办起了一批二级学院。
在二级学院发展的初期阶段，由于思想上准备不足，研究上尚未起步，政策上缺乏指导和规范，导致一部分二级学院在招生、收费、毕业等环节上出现了一系列不规范的问题，直接影响社会稳定。为此，教育部在2003年接连出台《关于规范并加强普通高校以新的机制和模式试办独立学院管理的若干意见》（下面简称《若干意见》）、《教育部关于对各地批准试办的独立学院进行检查清理和重新报批工作的通知》两个文件。两个文件的出台，为“规范独立学院办学和促进其健康发展指明了方向，创造了条件”。是年6月，教育部部长周济在普通高等学校以新的机制和模式试办独立学院工作会议上谈到了独立学院“优”、“独”、“特”三个特征。独立学院的“优”指的是母体优质资源与社会优质资源的组合；“独”指的是独立学院在办学和管理上与母体相对独立，独立学院有独立的法人资格、独立颁发证书、独立校园、独立财务核算。“特”指的是独立学院在制度上的创新，引入民办运行机制。
至此，独立学院作为一种新的办学模式，得到了政府的正式规范。
一、独立学院的主要办学模式
按照教育部的《若干意见》，普通本科高校是独立学院的申请者，申请者对独立学院的教学和管理负责，并保证教学质量。独立学院的合作者，可以是企业、事业单位，社会团体或个人，也可以是其他有合作能力的机构。合作者负责提供独立学院办学所需的各项条件和设施。根据独立学院的申请者与合作者性质的不同，大体可以将其分为以下四种主要模式。
（一）普通高校独立办学模式
自行贷款模式下的独立学院，其申请者和合作者实际上都是它的母体，这部分独立学院有的也有其他合作单位，但是这些合作单位往往虚置，部分是母体内部的公司，部分是为建立独立学院而成立的公司。独立学院的办学资金主要依靠银行贷款，通过学费来还贷。这种模式下的独立学院，其最初的形式是“二级学院”。“二级学院”的本质就是在普通高校内部设立“校中校”，采取与公费学生不同的收费政策与录取分数线。这种“双轨制”办学，违反了国家政策，部分“二级学院”经过规范之后成为现在的独立学院。
在这种模式中，浙江工业大学之江学院是代表之一。浙江工业大学之江学院是由浙江工业大学独立设置的二级学院，创建于1999年7月。之江学院的校址原为杭州船舶工业学校，该校1999年并入浙江工业大学。之江学院的创办和建设过程，同时也是原杭州船舶工业学校的归并和转变过程。
之江学院依托浙江工业大学，通过转制和改造，在功能上实现了由中专教育逐步向高等教育转变，在管理上实现由中专教育管理模式逐步向高校教育管理模式进而向独立学院管理体制转变。
（二）普通高校与企业合作模式
公办高校与企业的合作模式在独立学院中较为普遍。公办高校负责独立学院的教学与管理工作，以学校的无形资产作价入股，企业主要是以现金的方式投入，为学院的基础建设提供支持。母体从独立学院中抽取比例不等的管理费。有学者对全国17所独立学院的管理费上交情况进行了抽样调查，发现上交学费30%的2所，上交20%的7所，上交15%的3所，按20%入股的1所，按结余40%上交的1所，未上交的3所。
在这种模式中，华中科技大学武昌分校较为典型。华中科技大学武昌分校是由华中科技大学和武汉军威企业集团合作举办的独立学院。该校校园以及校园内的教学、管理、生活等设施由武汉军威企业集团等负责提供，教学及管理工作由华中科技大学负责。学生在校期间按华中科技大学武昌分校的学籍进行管理，毕业生颁发华中科技大学武昌分校的毕业证书。在资金投入方面，华中科技大学武昌分校注册资本为人民币6000万元。其中，华中科技大学以无形资产出资1800万元，占30%，军威企业集团以现金出资4200万元，占70%。在管理费的提取方面，华中科技大学按每年实际学费总额的20%提取后不参加其他财产的分配，同时也不承担风险和损失。
（三）普通高校、政府、企业的混合合作模式
地方政府介入独立学院，独立学院成为官产学合作的结晶与载体。从办学经费来看，独立学院除了企业投资与银行贷款外，还包括政府的财政投入，这就拉近了独立学院与普通高校的距离。虽然在没有政府财政投入的独立院校中，也有国有资产的投入，但是，这些国有资产的投入往往是一次性的，而且以无形资产投入的居多。政府经常性财政经费的投入，更加凸显了独立学院的公办性质。
高校、政府、企业合作的典型代表是浙江大学城市学院。成立于1999年7月的浙江大学城市学院，是教育部和浙江省人民政府批准设立，由杭州市人民政府、浙江大学合作办学，并与浙江省电信实业集团共同发起创办的独立学院。学院实行新型管理体制和运行机制，浙江大学校长担任学院董事会董事长，杭州市副市长出任法定代表人与副董事长，另一副董事长由浙江省电信实业总公司的代表担任。八名董事中，浙江大学与杭州市政府各三人、浙江省电信实业总公司两人。
（四）普通高校与政府联办的模式
这种由地方政府和公办高校合作创办的独立学院，其所有权性质应为公有，属于公办学校。从其主体构成和行为特征看，地方政府是此类独立学院的举办方之一。由于此类独立学院的举办者中包含了政府，所以，按照《民办教育促进法》的规定，此类独立学院并不符合民办学校的法律特征。
但是与原有的公办高校相比较，此类独立学院也有明显的不同，突出反映在以下两点：一是此类独立学院并不是由政府单一举办，地方政府与高校的合作关系必然体现在其产权关系、管理制度等方面；二是此类独立学院的培养经费主要来源于学费，而不是像其他公办高校那样，有稳定的政府财政经费拨款。因此，此类独立学院的基本特点可以概括为国有民办，即其属于公办学校，但是按照民办学校的模式生存和发展。
浙江大学宁波理工学院是一所由宁波市政府和浙江大学共同举办的独立学院，是宁波市引进名校办学机制，实施科教兴市、强市战略的产物，也是浙江大学适应新形势要求，充分发挥自身雄厚的办学实力，为地方经济、社会快速发展服务，培养急需专业人才而创办的一所高校。浙江大学宁波理工学院列入了宁波市“科教兴市”的“一号工程”，征地80公顷，由宁波市人民政府投资6.3亿元建设教学和行政区，由浙江大学负责办学与管理。学校选派了学术造诣高、管理能力强的专家教授担任学院和主要部处的领导，派出以教授、副教授为主的教学经验丰富的教师担任相关课程的任课教师，体现出名城名校优势互补、高水平高起点办学特点。
二、独立学院发展过程中的争议
自独立学院产生之日起，在高教界就存在着两种迥然不同的观点：一种观点认为是集公办、民办优势于一体的两全其美的好模式；另一种观点认为是导致公办院校国有资产流失、同时又挤压一般民办院校成长的两败俱伤的畸形产物。两种观点争论不休，难有统一意见。
（一）对国有资产流失的担心
独立学院兼有“公办”与“民办”性质，产权主体包括公立高等学校在内的两个或两个以上，由于试办独立学院是一种新的尝试，没有现成的经验可以借鉴，部分独立学院的产权关系在办学之初没有进行严格的界定，这为后来的产权矛盾埋下了伏笔。由于独立学院区别于普通公办大学，在监管环节上缺乏有效措施。2005年度对独立学院基本办学条件和资产权属核查发现，全国300多所独立学院中有相当一部分存在这样那样的问题，包括租赁土地和教学行政用房办学、自有土地和教学行政用房不达标、资产未过户等等，其中有189所资产未过户到独立学院名下，存在明显的教育风险和国有资产流失的可能性。
但是，如果仅仅是因为独立学院使用了国有资产并采用民办运行机制就担心国有资产流失，是没有道理的。事实上，独立学院的民办机制并不表明其所有权属性，不同模式的独立学院，其所有权结构存在较大的差别。
高校独立办学模式下的独立学院，其产权的终极所有者为其母体。普通高校与政府联办模式下的独立学院，其终极所有者为母体与地方政府。
这两种模式下的独立学院，性质相当于公办高校。营利性企业介入下的独立学院，其性质就成了混合所有制，而不再是完全公有。虽然独立学院在办学合约中没有确定最终产权的归属（或者界定的产权归属不符合国家法律法规），但是独立学院各主体之间围绕着办学目标存在着相互监督和约束的关系，合约规定的利益分配（成本投入）比例可以认为是各方对学院资产归属的一个认同。
因此，独立学院本身并不是导致国有资产流失的原因，这就如同所有制一样，不能因为是混合所有制，就认为会导致国有资产流失。导致国有资产流失的，主要还在于法律缺失和管理不善。国有资产可能流失的问题在公办高校也同样存在，并非独立学院所特有。
（二）挤压民办高校的争论
不少民办高校对“独立学院”的迅猛增长提出质疑。经过十多年的自我发展和积累，全国目前仅有几十所民办高校获得批准招收本科生，而短短几年之内就有几百所“非公非私”的独立学院“冒”了出来，在招生时又打着名牌高校的旗号，对真正的民办高校形成很大冲击。当然，独立学院与民办高校在发展上，的确受到了一些不公平的待遇。例如，民办高校和独立学院在申请本科学历教育的进入门槛上存在明显的差异，民办高校“专升本”有非常严格的准入条件，要求连续三年招收专科生的经验，校园占地面积不少于500亩等，而在开始时独立学院的申办条件中校园面积只要求150亩。
但是我们可以设问，如果没有独立学院的出现，民办高校的发展是不是就会一帆风顺呢？我们在前面分析过，民办高校出现的时间远早于独立学院，但是民办高校在我国的发展，迟迟没有大的动作，没有分担起高等教育大众化的重任，这当中固然有国家政策对其的制约，但是，归根到底还是社会对民办高校缺乏认同感。
事实上，民办高校与独立学院各有优势，走错位发展的路线能形成共赢的局面。2007年，全国共有独立学院在校生186.6万人，占全国民办高等教育在校生总数的53.4%；其中，独立学院本科在校生165.7万人，占全国民办本科高等教育在校生总数的88.7%。民办高校与独立学院的在校生规模大体平衡，但是独立学院以本科教育为主，而民办高校则以专科教育为主，两者错位发展态势非常明显。
三、独立学院运行中的问题
独立学院在短短几年时间里获得了突飞猛进的发展，为我国高等教育的大众化作出了重大贡献。但是我们也发现，独立学院受自身体制机制的制约以及外围环境的影响，在发展过程中暴露出了各种矛盾，这些矛盾直接影响着独立学院的进一步发展。
（一）传统办学理念与新型办学实际之间的矛盾
独立学院根植于母体，其管理人员主要由母体委派，因此，独立学院的管理人员一般具有较强的高校管理经验。但是，正是由于长期在母体高校工作，对高校的办学理念往往会产生路径依赖。