很大程度上是由于我们对潜意识的后弗洛伊德信念，它有可能忽视这个自我理解的挑战的深度。然而，在我们通常所讲的潜意识与认知主义中心智过程据说是潜意识这种意义的潜意识之间存在差别：我们通常假定潜意识可以被带入意识——如果不是通过自我意识的反思，就是通过像心理分析那样的训练有素的步骤。另一方面，认知主义假定，存在虽然是心智的但完全不能带入意识的过程。因此我们完全没有觉知到控制心智意象产生的规则或者是控制视觉加工的规则；我们无法觉知到这些规则。的确，有种典型说法是，如果这些认知过程出现在意识层面，那么它们就不可能是快速的和自动的了，因而也就不能正常地发挥作用。在一个明确的表达中，这些认知过程甚至被认为是模块化的（由有意识的心智活动无法渗透的独特的子系统组成的）。这样，认知主义挑战了我们如下的信念：意识和心智要么是同样的东西，要么二者之间存在本质的或必然的联系。
当然，弗洛伊德也挑战了意识和心智等同的观念。另外，他当然认识到区分心智和意识必然会带来自我或者认知主体的不统一，这一点稍后我们会谈到。然而，不太确定的一点是，弗洛伊德是否进一步质疑心智和意识之间存在本质的或必然的关系。就像丹尼特谈到的那样，弗洛伊德在他关于潜意识信念、欲求以及动机的论证中，留下了这样的可能性，即这些潜意识过程属于隐藏在精神（psyche）深处的我们自我的片断。尽管还不清楚弗洛伊德字面上所谓的片断的程度，但是认知科学确实接受了其本意的（literal）观点，如果不是脑中小人的（homuncular）观点的话。正如丹尼特所言，“尽管新理论（认知主义）充满了深思熟虑的想象的小人隐喻——像大脑中小人的子系统来回地传送信息，寻求帮助，服从和自愿——但这些实际的子系统被认为是有机机器的毫无疑问的无意识小块，它与肾或膝盖骨一样缺少观点或内在生活。”换句话说，对“富于幻想的小人隐喻”中的这些“亚人”系统的刻画只是暂时的，因为最终所有这样的隐喻都会被“清除”（discharged）——对这种作为神经网络或AI 数据结构的无我过程的活动风暴而言，它们被替换掉了（they are traded in）。
然而，我们前理论的、日常的信念是，认知和意识——尤其是自我意识——属于同一领域。认知主义直接与这种信念背道而驰：在决定认知领域的时候，它直接跨过了意识/潜意识的区分。认知领域由那些一定要具有明确的表征层次的系统组成，而不必由那些有意识的系统组成。当然，一些表征系统是有意识的，但是它们没有必要拥有表征或者意向状态。这样，对认知主义者而言，认知与意向性（表征）是不可分离的一对，而不是认知与意识。
认知领域的这种理论划分被认知主义者认为是“非常重要（no small importance）的经验主义的（empirical）发现”，并且再次表明了由认知主义带来的显着转变。但是现在出现了一个问题：我们似乎正在失去对我们最熟悉亲密的东西——我们的自我感（our sense of self）——的把握。如果意识，更不用说自我意识，对认知来说是非本质的，并且如果在诸如我们这样的有意识的认知系统中，意识仅仅等同于一种心智过程，那么认知主体是什么呢？它是所有既是有意识也是潜意识的心智过程的集合吗？或者诸如意识它只不过是所有其他心智过程中的一种。在任何一种情形中，我们的自我感都受到了挑战。因为我们通常设想：成为自我就要有一个连贯统一的“观点”（point of view），一个稳定和不变的有利点，从这里我们思考、知觉和感知。的确，这种我们有（是？）一个自我的感觉是如此的无可争议，以至于对它的置疑或否定，即使是来自科学，都会让我们觉得是荒谬的。可是，如果有人要扭转局面并要求我们去寻找自我，那么我们将会被迫去寻找它。像通常一样，丹尼特以其特有的风格表明了这一点：“你通过眼睛进入大脑，沿着视神经前进，绕着大脑皮层迂回，巡视每一个神经元，接着在你觉察到以前，你在运动神经脉冲的峰值上见到日光（emerge into daylight），搔着脑袋想知道：自我究竟在哪里呢？”
然而，我们的问题更深入。无法在狂暴的亚人活动风暴中找到一个连贯统一的自我是一回事。这种无力的局面（inability）当然会挑战我们的自我感，但是这种挑战是有限度的。我们仍然可以设想确实存在一个自我，但是我们根本无法以这种方式找到它。也许，就像让保罗·萨特（Jean‐PaulSartre）所主张的，自我太亲密了，所以我们不能通过转回到自身而发现它。
然而，认知主义的挑战更为严峻。根据认知主义，认知没有意识也可以进行，因为它们之间没有本质的或必然的联系。现在，无论是自我任何其他什么东西，我们一般都设想意识是它的核心特征。由此可以推断，认知主义挑战了我们的信念：自我的最核心特征对认知是必要的。换言之，认知主义的挑战并不是简单地主张我们找不到自我，而是它更进一步地暗示：自我甚至对认知而言是不必要的。
在这点上，科学与经验之间的紧张应该是明显和真实的。如果认知在没有自我的情况下仍能进行，那么为什么我们仍然有自我的体验呢？我们不能简单地不加解释地抛弃这种经验。
直到最近，大多数哲学家还是对这个问题不屑一顾，他们认为围绕这个问题的困惑与认知科学的目的毫无关系。然而，这种情感态度（mood）开始转变了。实际上，一位卓越的认知科学家雷·杰肯道夫（Ray Jackendoff）最近就出了一本尝试处理这些问题的着作。杰肯道夫的工作是重要的，因为它直接面对了认知主义揭示的意识、心智和自我之间成问题的关系。他的工作对我们的目标也是有益的，因为它给我们提供了一个范例，这个范例展示了用纯理论的方式处理科学与经验之间的关系，在方法上和经验上（empirically）都是不完善。由于这些原因，在本章的最后我们将简洁地探讨一下杰肯道夫的方案。
3.5经验与计算心智
现在我们看到，在认知主义这里，认知主体被一分为二：一方面，认知在于无意识的符号计算；另一方面，认知在于有意识的经验。杰肯道夫的工作关注认知这两个方面成问题的关系，他把它们称为计算心智与现象心智（phenomenal mind）。
意识到计算心智与现象心智之间的关系是多么成问题是重要的。这个问题集中在意向性与意识是如何相关的。我们已经看到，认知主义在认知的这两个方面划定了泾渭分明的界限。然而，我们的认知似乎是以一种与意识密切联系的方式被指向这个世界。因而注意：我们的认知是以某个方式被指向这个世界：当我们经验它的时候，认知被指向这个世界。例如，我们感知到这个世界是三维的，肉眼可见的，彩色的，等等；我们并没有感知到它是由亚原子颗粒组成的。这样我们的认知被指向一个经验世界（experientialworld），用现象学的术语说就是指向一个活生生的（lived）世界。那么，如果意向性和意识是有根本区别的，当我们有意识地经验世界时认知是怎样产生的呢？这个问题是首要的，因为就像杰肯道夫提到的那样，通过假设一个无法通达意识的计算心智，认知主义“对什么是有意识的经验没有给出任何说明”。
杰肯道夫称这个问题为“心智-心智问题”（mind‐mind problem），因为它集中在计算心智与现象心智之间的关系。用他的话说就是：结果是：心理学现在担心的不是两个领域——大脑和心智，而是三个：大脑、计算心智和现象心智。结果笛卡尔的身心问题被分解为两个单独的问题。“现象学的身心问题”……就是大脑如何拥有经验？“计算的身心问题”就是大脑如何实现推理？另外，我们还有心-心问题，也就是，计算状态与经验之间是什么关系呢？
从我们对认知主义的陈述中可以清楚地看到，认知主义假设的动机是杰肯道夫所谓的“计算的身-心问题”，即被解析为推理的思想在物理和机制上是如何可能的问题。另一方面，“心-心问题”与成熟形式的意向性和意识问题相对应：作为符号计算的认知是如何跟经验世界联系的呢？