5.3.3技术障碍
农业循环经济的发展必须以先进的科学技术作为依托，我国在提高资源利用效率的某些技术上取得了一定突破，但总体看来，先进技术的开发和应用明显滞后于需求。广大的农民以及中小企业大部分都没有独立的能力去进行技术创新，也缺乏雄厚的资金实力去购买同行业的先进技术。农业废物利用技术是废弃物的再利用技术，通过这些技术实现产业废弃物和生活废弃物的资源化处理；清洁生产技术是无废少废生产技术，通过这些技术实现生产过程的零排放和制造产品的绿色化。由于长期以来环境科技在我国没有得到应有的重视，导致在农业循环经济的推进过程中常常心有余而力不足。由于我国科技基础薄弱，自主开发能力差，导致了我国大量农业循环型企业仍以牺牲环境为代价来达到经济增长的目的，难以自觉地实施循环经济战略。
另外，生产主体对循环链的技术路线比较模糊，没有建立完善的技术支撑体系，没有计算废弃物再生利用产生的巨大效益，使某些废弃物不能按循环经济流程进行处理，使循环链发生断裂，造成循环链不循环的现象，而这些没能再循环的废弃物则形成了新的污染源。
5.3.4资金障碍
农业循环经济的发展需要资金的投入。目前我国正处在改革发展的关键时期，经济体制、社会结构、利益格局和思想观念都处在调整和变动当中。国家面临的矛盾和问题较多，经济实力有限，没有专项资金用来支持农业循环经济发展，一些先进适用的技术设备和工艺水平难以得到推广，依靠政府投资来帮助企业完成从工艺技术水平落后到依托先进的科学技术的转换显然是不现实的。政府虽出台了一些优惠政策来保护和扶持农业循环经济发展，但大部分没有落到实处，需要自行拓宽融资渠道筹措资金进行技术提升。
我国经济发展水平较为落后，在经济发展和环境保护之间，人们优先选择了经济发展。特别是在广大落后的农村和西部地区，人们根本没有循环经济的意识，即便有循环经济的意识，他们也不会自觉遵守循环经济的规则。毕竟，衣食住行才是最重要的。其实，发达资本主义国家，历史上也曾以牺牲环境为代价来获取经济发展，只是当初人们的环境保护意识还没有觉醒，没有意识到环境危害的后果而已。农业循环经济是一种理想的经济发展模式，但也难免给经济发展带来一些暂时的消极影响。比如，它会延缓经济发展速度、增加企业的生产成本、限制企业扩大生产规模、减少就业、减少政府财政收入等，有时甚至会与政府的经济政策相冲突。因此，如何在经济发展和循环经济间找一个平衡点，是我们迫切需要解决的问题。遗憾的是，在经济发展水平较为落后的今天，发展——不管是可持续还是不可持续的——始终是被放在第一位的。所以，由于农业循环经济的长效缓释性，在市场经济利益至上、发展首位的观念下，社会各行业必然将资金投入到那些见效快、周期短的领域中去，这就造成了农业循环经济发展领域资金支持不足的尴尬境地。
从国家对农业财政资金的投入来看，20世纪90年代以来，虽然政府对农业加大了投入，但是如果扣除农业税收以后，政府对农业的净财政转移就打了折扣。如果进一步扣除通货膨胀对价格的影响，那么，政府在90年代对农业的净财政转移数量并没有显著增加（1998年、1999年、2001年除外）。并且，从农业占财政支出比例来看，20世纪90年代农业财政支出比例反而有所下降。例如，1978年农业财政支出比例为13.4％。1990年为10.0％，到2001年只有5.5％，1998、1999和2001年三年较大幅度增加的财政资金主要用于大江大河的治理，增加额中直接用于农林牧渔生产的比重并不高，对农业循环经济的投入多用于农业循环经济的宏观环境建设（如退耕还林还草工程、丘陵山区的集雨工程等），而用于农业循环经济微观生产建设（关系着农业循环经济农村的大范围发展）的投入则微乎其微，难以对农业循环经济外部性的内在化起决定性作用。
因而，农业循环经济缺乏利益驱动机制，发展缓慢自然在情理之中。
5.3.5体制障碍
（1）农业生产制度障碍
目前，我国的农业生产制度是在土地集体所有的基础上，通过实行家庭联产承包责任制而形成的。一般以户为生产单位，以家庭成员个人的劳力为基础，使用自有生产资料从事农业生产经营活动。它是我国现行的双层经营体制的基础层次。农户在生产中的行为是理性的，在一定程度上具有经济人的本质，是以追求自身收益最大化和生存最大化为目标，他们是“理性的小农”。我国现阶段的农业循环经济由于具有外部性、缺乏利益驱动和信息不对称，才造成了农业循环经济发展缓慢。由于农业循环经济既涉及各种商品，又关系资源环境这个公共资产，需要市场经济机制和法律政策的协同和合作，需要公众积极参与以及信息的引导，否则可能发生“市场失灵”和“政策失灵”，信息不对称、不完全、不透明，会引起“逆向选择”，导致市场和政策的双失灵。
（2）机制障碍
我国是发展中国家，正进入社会全面转型时期，市场机制还不够健全，政府须在发展农业循环经济中发挥较大的推动作用。特别是农业循环经济关系着资源环境之类的公共资产和公共服务功能。在市场经济条件下，政府的重要职能之一是公共服务，因而政府积极引导和推进农业循环经济是履行职责的明智选择。但是，国家的财政能力是有限的，发展农业循环经济、实现可持续发展需要政府明智引导，却不可能完全依靠政府，必须依靠广大的生产者和消费者，有效运用信息传播和引导，充分调动各方积极性。在市场经济条件下，能够全面调动生产者和消费者积极性的机制是市场本身。从这个意义上说，农业循环经济是一种能够实现资源节约，环境保护与经济发展共赢的经济模式，是解决我国面临的发展与环境、资源矛盾的战略举措。
另外，农业循环经济在发展过程中缺乏懂知识、懂技术又懂管理的新型农民。农民是应用农业循环经济模式的主体，由于我国农民受教育年限普遍较低，当农业循环经济模式搬到农村的时候，对这些不懂技术的农民来说只知道秸秆可以还田、当做饲料、燃料，并不懂得把秸秆及畜禽粪便变成可再生资源加以利用。另一方面，大多数农民家庭比较贫困，由于设计规模及运行流程不合理，造成后期运行成本过高，使政府补贴部分工程成了摆设。
5.4中国农业循环经济发展存在障碍的原因分析
分析造成我国农业循环经济发展障碍的原因，主要有利益驱动机制的缺乏、有效的激励与政府导向不够、公众环境意识落后、农业循环经济发展的法律体系不健全、信息不对称以及农业循环经济发展制度不完善等。
5.4.1利益驱动机制的缺乏
农业循环经济产品在市场上缺乏竞争力，市场环境遭到破坏，在政府没有出台实质性倾斜政策的前提下，农业循环经济的发展也就缺少了利益驱动机制，形成了农业循环经济发展困难的局面。长久以来，农民关心的问题一直是如何在短期内解决温饱和改善自己的生活。因此，农民是否愿意接受农业循环经济建设往往是从短期的经济利益出发，看是否能即时为他们增加收入。经济效益是建立在一定的环境和生态条件基础之上的。忽略环境，单一地追求短期的经济效益，虽然在短期内收入可能会增长，但当环境和生态条件恶化后，经济效益也不可避免地大倒退，甚至永久性地丧失。例如，为追求短期的高回报率，农民大多愿意使用化肥、农药；但长期、大量地使用化肥和农药，会造成农产品污染、土壤结构变坏、土壤肥力下降、水体富营养化现象的发生等一系列问题。当这些问题出现时最后受损的还是农民自己。相反，如经营者能多注意环境和生态效益，虽然在短期内经济效益较低，但随着环境和生态条件不断改善，农产品质量的提高，环境方面的效益便能转变成经济效益，经济发展的动力也就能得到维持和加强。再如退耕还林、还草，虽然短期内直接经济效益较低，但却能够有效地改善生态环境，增加土壤肥力，减少水土流失，保证其他农田维持稳定的产量。当树木成林的时候，无论是用材林、防护林或经济林，都能够有丰厚的收益。无可否认，在短期内，环境效益和经济效益之间似乎存在着一定的矛盾。但长远来看，两者应该是统一的。目前，我国农业循环经济除了为了扶持试点地区国家投入大量的物力、人力和资金外，其他地区对农业循环经济的生产者不但没有给予一定的补贴，甚至连一些普通的金融政策也没有享受到。