5.4.2有效激励和政府导向不够
由于农业循环经济发展是一项长期性的事业，属于市场失灵领域，因此，必须依靠政府的介入，通过激励和约束政策来进行宏观调控，才能确保农业循环经济的顺利发展。
市场机制作用在于市场主体追求自身经济利益的最大化和市场能够把正确的市场信号传递给所有的市场主体。否则，如果存在市场垄断、市场信息不全或不对称，外部性以及公共物品等情况都会使市场机制失灵。发展农业循环经济的目标是实现经济效益、生态效益和社会效益的协调统一。那么农业循环经济的生态效益和社会效益就是农业循环经济的外部效益，单纯的市场机制作用只能实现发展农业循环经济的经济效益，但并不能同时兼顾发展农业循环经济的社会效益和生态效益，直接达到发展农业循环经济的目标要求（孙怀通、张伟红，2006）。很显然，农业循环经济有一定程度的外部性，依靠市场作用有限，必须加强政府的导向作用。良好的政策导向，可以形成经济激励机制，刺激农业循环经济的发展。用政策激励手段促进农业循环经济的发展，是发达国家推进农业循环经济的宝贵经验（宋亚洲、韩宝平，2006）。由于我国目前的政策导向主要还是侧重于经济行为，而把环境行为置于次要地位，这极大地挫伤了农业循环型主体的积极性，不利于农业循环经济的发展。
另外，政府在农业循环经济方面的资金投入力度不够、比例失调。政府用于农业循环经济发展的资金在整个财政支出中的比例偏低，难以很好地发挥其引导作用。
5.4.3公众环境意识落后
公众态度也是选择生产方式的主要依据。如果消费者在购买时优先考虑对资源进行循环利用的企业品牌或者利用废弃物作原料的产品，必然会刺激企业发展循环经济的积极性。一方面很多消费者还没有这方面的意识，另一方面企业和消费者之间存在的信息不对称也使有绿色消费意识的消费者难以判断企业是否循环利用了资源。在日常生活中，一些必不可少的资源节约利用更是离不开公众的参与。目前农业循环经济发展的主体对我国资源和环境严峻的形势缺乏深刻认识，对发展农业循环经济的迫切性和重要性体会不深，对经济发展和环境保护之间的关系和两者之间的矛盾不够了解。公众及业主的资源和环境意识较差，对推进农业循环经济发展，提高农业资源利用效率的参与不足。
生产和消费是经济活动的两个最重要环节。生产者和消费者的环境意识如何，将对农业循环经济产生重大影响。但是，在我国，无论生产者还是消费者，其环境意识都令人担忧。生产者为实现利润的最大化，不顾一切地生产和销售新产品，强调产品的更新换代，从而造成产品使用的短效性（即低使用），不能物尽其用。这种经济增长方式至少带来两个问题：一是资源的极大浪费，二是废物的大量排放。其最终结果是经济的不可持续发展，与农业循环经济的目标背道而驰。在消费者方面，环境意识缺乏表现在两个方面：一是消费者片面追求物质享乐，在不断购置新产品的同时，又源源不断地将尚未完全使用的旧产品当做废弃物淘汰并排入环境，人为地缩短产品的使用寿命；二是消费者不能自觉抑制非环保产品，为非环保企业提供了市场，造就了非环保企业的生存空间。消费者的这种过度消费和盲目消费，一方面刺激了生产，加剧了资源，特别是不可再生资源的消耗，另一方面加大了废弃物的排放量，加剧了环境污染，同样导致经济的不可持续发展，阻碍农业循环经济的实现。
5.4.4法律体系不健全
尽管我国已经颁布了与循环经济发展有关的《节约能源法》和《清洁生产促进法》，2004年修订的《固体废弃物污染环境防治法》也添加了关于循环经济部分内容，但是在支持农业循环经济发展方面，还没有形成完整的法律体系和框架。
大量与资源循环利用有关的法规都是由国务院或其下属部门制定的行政法规或部门规章，通常是以“规定”、“试行”、“暂行”等形式出现，缺乏法律的有效性和执行力，无法确保农业循环经济发展措施的有效实施。现有的法规过于原则化和抽象化，操作性不强，法规内容多为对要求的描述，对具体的技术指标、操作程序、利用要求以及违反规定应承担的责任没有做出明确的规定，相关人员遇到实际的情况时其实无具体法则可依，加上寻租行为引起的腐败主义及官僚主义，使管制效果大打折扣。另外，有些立法人员自身对农业循环经济发展的内涵理解不深，现有法规中关于农业循环经济发展的内容没有体现出“循环”的理念，现有的法律体系从总体上看仍然属于污染预防型立法模式。此外，现行法规对生产者和消费者的责任和义务也缺乏有效的约束，对企业违反规定损害环境的行为处理力度不够，不利于促进企业从源头推行节能防污措施，在很大程度上影响了农业循环经济的健康发展。
5.4.5信息不对称
由于现实中的市场是不完备的，信息总是不完全的，道德风险和逆向选择问题对于所有市场来说都是各有特点。因此，市场失灵是普遍存在的，增大了政府规制的难度。在发展农业循环经济过程中所涉及的信息不对称主要表现在以下几个方面：
①循环型企业与农民对循环经济认识的不对称循环经济在我国农村还是刚刚起步，对农业循环经济的研究大多停留在理论探索阶段，农民对循环经济相关知识知之甚少，根本搞不清楚循环经济是一种怎样的经济发展模式。而循环型企业及其相关职能部门没有对循环经济发展的模式进行有效的宣传与教育，致使农民对循环经济的信息处于不清楚甚至是无知状态。
②主管部门与产生废弃物单位之间的信息不对称由于利益驱动，产生废弃物的单位并不严格按照环境信息披露的规则，对一些废弃物信息进行披露，而对其进行封锁；一些主管部门出于地方保护主义，纵容这些单位对废弃物信息的保密，从而导致对这些单位废弃物排放信息掌握和披露的局限性。
③循环型企业与产生废弃物单位之间的信息不对称同样是出于利益的考虑，产生废弃物的单位会将废弃物特征的信息“隐藏”起来，都说自己的废弃物有很高回收利用价值。而以废弃物为原料的循环型企业在获取废弃物信息的质量、及时性、全面性上处于劣势，只能根据对整个市场的估计决定其支持价格，有时候会形成错误的判断，导致投资损失。
④循环型企业与科研院所之间的信息不对称循环型企业是循环经济的直接实践者，对循环工艺优缺点的信息非常清楚，但他们通常会对废弃物的回收利用率及产生一次污染方面的信息进行隐瞒，致使从事循环型技术工艺研究的科研院所在与循环型企业的技术交流过程中处于信息不对称状态。
5.4.6制度框架不完善
农业循环经济的发展一次性投入较高，投资回收期较长，虽然从长远看来其污染治理的成本低于末端治理模式，但由于短期内经济效益不显著，又缺乏有效的激励机制和优惠政策，企业自身难以筹集足够的资金来采用新工艺和更换新的技术设备，只能以技术水平和附加值都较低的处理方式来进行生产，企业发展缓慢。目前，我国农业循环经济发展的制度不完善主要集中表现为以下三个方面：
①市场经济制度的缺陷，难以摆脱制度的路径依赖，从而新的制度很难确立首先，按照传统经济学理论，在封闭经济体系中，市场配置资源的理想结果是实现“帕雷托最优”。但是，随着资源和环境制约问题的日益严重，经济发展受到了有限的资源和环境容量条件的约束后，情况发生了变化，即使在微观经济均衡发展的情况下，资源有效利用、环境科学保护以及经济可持续发展等目标也无法通过市场机制而自动均衡实现，导致“市场失灵”和“政府失灵”。经济机制的缺陷导致自由市场经济不可能自发地实现循环发展，这将成为影响农业循环经济推行的制度瓶颈。其次，由于已形成制度的路径依赖机制的作用，使得已形成制度在运行中会存在较强的“惯性”，特别是在该制度下的既得利益集团会要求保持或安于现状，懈于甚至阻碍新的制度的建立。在中国，由于传统制度既得利益集团的阻挠，加上传统制度的“惯性”作用，必然使得农业循环经济的发展制度的真正建立、健全是一个长期渐进过程。
②有效制度供给严重不足，阻碍农业循环经济发展的规模化由于经济主体具有追求尽可能大的利益的内在特性，在无外力干预下，它总是会不顾社会利益而追求单个利益最大化。从这个角度来说，越来越严重的资源与环境问题是有效制度供给不足的结果。一个最主要的表现就是环境和一些公共资源的产权不明晰，使其成为人人都可免费使用的资源。市场机制和政府宏观调控在解决产权不明晰带来的外部性问题上都是失灵的，所以缺乏行之有效的制度供给成为阻碍农业循环经济发展的一个重要因素。
③我国传统的经济增长方式制约了农业循环经济发展目标的实现改革开放30年来，我国的经济增长方式有很多是以资源的高消耗、环境的高污染为特征。目前我国正处于工业化的中期阶段，这又是产生废物污染最多的阶段。随着经济不断增长，资源与环境制约日益增强，资源和环境现状再也经不起传统经济发展方式带来的资源过度消耗和环境污染。因此，必须要转变经济增长方式和发展循环经济。但传统的经济增长方式具有惯性，使得转变增长方式很难一蹴而就。再加上现阶段我国仍以经济建设为中心，经济效益仍是考核政绩的主要指标之一。各地区为了发展本地经济，很有可能选择急功近利的经济政策来获取政绩，使得农业循环经济发展目前也仍然只是在技术层次上的探索，仍然处于发展的初级阶段。