1985年编写完成的《秦皇岛港史（古、近代部分）》（“中国水运史丛书”）对渤海、黄海海上交通网络的重要海港——秦皇岛进行了通史性的考察，填补了先前秦皇岛港史研究的空白。1987年徐德济主编的《连云港港史（古、近代部分）》（“中国水运史丛书”）论及连云港（海州）在古代黄海、东海海上交通中的地位。1989年吴振华的《杭州古港史》（“中国水运史丛书”）系统考察了杭州各个时期腹地经济状况、港航条件以及市舶管理等方面的变迁。此外，武汉大学出版社出版的高鼎传编《江阴港史》首章“古代的江阴港”阐述了古代江阴港的港航条件以及宋代江阴市舶司状况。
20世纪80年代，一些研究者还撰文对温州、登州、胶州、上海等港口的历史做了专题研究。1981年周梦江《宋代温州港的开辟及其原因》论文认为，宋代温州港繁荣的原因在于：首先，宋代温州设有市舶务，成为官方对外贸易口岸。其次，当时温州农业基础雄厚，漆器制作、造纸、陶瓷业、造船、制盐等手工业发达。1988年，张健的论文对宋元时期温州海外贸易的发展状况进行了论述。1988年李步青、王锡平的文章探讨了登州港的变迁，根据文章观点，登州港在汉代成为南北沿海交通的枢纽，同时发挥着军事要塞的作用，这种双重角色一直持续至清初，之后，其地位被芝罘和青岛取代。山东胶州古港在东亚丝绸之路发展上地位并不重要，故而相关研究文章很少。1985年李晓发表专题文章探讨胶州港在历史上的兴衰，论文作者认为，胶州港的兴起可以追溯至唐代，初唐出于对高丽海上经略的需要，在胶西设板桥镇，置镇将掌捍胶州湾。北宋时期，胶西板桥镇成为宋丽贸易口岸之一，北宋朝廷亦曾遣使自板桥镇起航前往高丽。1987年张忠民《清前期上海港发展演变新探》一文考察了清朝前期上海港及其沙船贸易的变迁状况。
福建沿海的泉州、福州等港口，历史上主要是我国对东南亚海上交通的门户，但它们在对日本、琉球以及朝鲜海上交通中也发挥了重要作用。20世纪80年代，已有学者对此做过探讨。关于泉州在东亚海交史上的地位，1980年陈高华的《北宋时期前往高丽贸易的泉州舶商——兼论泉州市舶司的设置》论文曾有过考察，文章认为，泉州海商群体以及泉州港在北宋-高丽之间贸易中扮演了关键角色。
1981年，朱振声的论文阐述了福州在中琉海上交通史上的地位。文章指出，明代最初在泉州设“来远驿”接待琉球贡舶，15世纪中叶以后，琉球贡舶纷纷改由福州登岸，1474年，泉州来远驿移至福州，更名为“柔远驿”，自此，福州港成为中琉往来的枢纽。文章还介绍了福州市内的柔远驿、进贡厂、球商会馆、南郊琉球墓群以及长乐琉球蔡夫人墓、庙等等涉琉遗迹。同时期，考察福州对琉关系的文章还有徐恭生所撰《福州与那霸关系史初探》和《福州仓山区琉球墓初探》。
由于研究条件的限制，长期以来，国内学界对于海上丝绸之路所连接的域外海交要冲的研究一直十分薄弱。1982年，王仁波根据日本学者所赠的历史和考古资料，结合自己参观访问的成果，撰文对公元7至10世纪中日交流门户——大宰府进行了系统介绍。文中虽无作者自己的探究性成果，但在当时国际学术交流有限、国外学术资料入手困难的情况下，作者能够将考察的视野扩大到海外，实属难能可贵。
20世纪90年代，宁波、扬州、温州、上海、登州等港口城市史的研究进一步深化，而且有关乍浦、台州海门港的历史研究开始受到关注。
20世纪90年代，林士民《海上丝绸之路的著名海港——明州》和乐承耀《宁波古代史纲》出版。较之1989年推出的《宁波港史》，这两本书有关古代部分的探究更为深入细致。林士民的著作注重遗迹、遗物资料的运用，而乐承耀的著作则更多借助文献史料进行总结归纳。另外，贺文彬的《双屿港与明代的走私贸易》和毛德传的《十六世纪的“上海”——双屿历史地理考略》论述了明代宁波近海的私商贸易港口——双屿港。这期间，有关宁波旧城天封塔地宫、天宁寺塔、余姚江滨船场遗址以及月湖周边遗迹的考古资料得到整理和发表。
这时期扬州城市史研究的成果有：扬州考古工作队的《扬州城考古工作简报》、蒋忠义等的《近年扬州城址的考古收获与研究》、王勤金的《述论运河对唐代扬州城市建设的影响》、赖琼的《扬州城市的空间变迁》和诸祖煜的《唐代扬州坊市制度及其嬗变》。较之以前，1990年代的扬州城市史研究将焦点放在了城市空间格局的考古学和历史学考察上。
温州港史研究方面，1990年周厚才编著的《温州港史》（“中国水运史丛书”）全面论述了自先秦至当代温州港形成、发展的历史，书中有关历代温州港海内外交通贸易的章节，为探讨温州在东亚海上交通史上的地位与作用提供了基础成果。另外，1998年倪尔爽论文分析了南宋温州海外贸易发达的原因。他认为，南宋温州港口条件、区域经济发展以及造船业的繁荣为温州海外贸易发展提供了前提条件，另外，南宋中国经济格局的变化、政府对于海外贸易的鼓励政策和有效管理也是温州海外贸易发达的要因。相比于宁波、扬州等历史悠久的港城，上海港在古代东亚海上丝绸之路中的地位并不突出，然而，上海港史的研究有利于我们探明东亚海上丝绸之路的衰落过程。20世纪90年代初出版的《上海港史（古、近代部分）》（“中国水运史丛书”）和《上海港：从青龙镇到外高桥》具有相当高的学术水准，成为上海港史研究必备的参考论著，两书对于开埠之前上海港的国内外通航状况均有论述。
北方登州港史研究继续受到重视，1994年出版的《登州古港史》（“中国水运史丛书”）标志着登州港史研究步入一个新的台阶。该书梳理了先秦至清代登州港的变迁历史，还对隋唐到北宋时期登州港在中朝、中日之间海上交通中的作用进行了系统阐述。此外，1993年沈定平的文章对明代南方港口（以漳州、泉州、广州为例）和北方港口（以登州为例）的发展状况进行了比较。作者认为，由于处在国际海上贸易主要通道的交汇点上，漳州、泉州、广州自然就成为中国国内市场与国际市场交汇转运的门户。与此形成对照，明代登州港在明中叶以后一度成为我国大陆腹地与辽东及朝鲜官私往来的要津，但明代晚期的海禁政策和辽东战事使登州失去了发展为商港的可能性。
位于浙江宁波和温州之间的台州海门港，先前并不为学界所注意。1995年《海门港史》（“中国水运史丛书”）论述了台州湾唐宋时期的章安古港以及元明清继之而起的海门港的演变历史。杭州湾北岸的平湖乍浦港，曾是清代重要的对日贸易大港，然而相关研究长期被人们所忽视。1994年和1997年，徐明德两度撰文对清代乍浦港进行探讨，填补了这方面的研究空白。
20世纪90年代，在福建港口古代对日、对韩交流研究方面也取得了一些新的成果，例如：徐天贻、郑丽生的《有关福州“琉球馆”的几则史实》一文等进一步探讨了福州市内的涉琉遗迹。傅宗文于20世纪90年代初完成的《刺桐港史初探》一书中也包含了不少有关宋元明三个时期泉州对朝鲜、日本及琉球贸易的内容。
21世纪以来，古代宁波、扬州港史研究取得了令人瞩目的进步，研究内容趋于细化、深化，多学科交叉的方法得以普遍运用，国际学术交流更加频繁。一批注重实证、视野宽广、思维缜密的研究成果开始主导本领域研究的发展趋势。
2000年以后，宁波港研究的专著有：傅璇琮主编的《宁波通史》、林士民的《三江变迁——宁波城市发展史话》和《再现昔日的文明——东方大港宁波考古研究》、刘恒武的《宁波古代对外文化交流——以历史文化遗存为中心》以及陆敏珍的《唐宋时期明州区域社会经济研究》。《宁波通史》共分《史前至唐五代卷》、《宋代卷》、《元明卷》、《清代卷》以及《民国卷》，合计约210万字，是迄今关于宁波历史研究内容最为周详的著作。林士民的著作汇集了作者多年从事宁波考古发掘与研究的成果。刘恒武的专著虽然侧重探讨宁波港古代对外交流的史实，但对宁波港区、官署、寺宇以及仓储等遗迹亦有详细论考。陆敏珍的专著系作者博士论文，该书从人口、交通、农业、水利、商业以及城市等多个维度入手，解析了唐宋时期明州地区社会经济的历史变迁。另外，宁波市文化局于2002年组织研究者对宁波有关海上丝绸之路的文化遗存资料进行全面整理，编纂了《中国·宁波“海上丝绸之路”文化遗存图录》和《“海上丝绸之路”——中国宁波》两本资料集。2006年，宁波“海上丝绸之路”申报世界文化遗产办公室和宁波市文物保护管理所等单位联合编纂了《宁波与海上丝绸之路》论文集。
近年发表的相关论文从各个角度探讨了宁波港城的变迁轨迹。例如：刘恒武、王力军的《试论宁波港城的形成与浙东对外海上航路的开辟》一文，研究了唐代以前宁波三江沿岸聚落与城邑的变迁以及浙东对外海上交通的发展，认为晚唐时期宁波作为东亚海域重要港城的地位得以确立。王结华的《句章故城考》一文结合考古调查资料和文献史料，对宁波句章故城城址地望进行了探讨。万明的论文《明代嘉靖年间的宁波港》论述了明代嘉靖年间宁波港的演变。作者认为，嘉靖初至中叶，宁波由传统的官方朝贡贸易港转变为国际民间贸易大港，港口结构发生变化，双屿港、烈港、岑港等成为宁波的外港，其中，双屿港最为繁盛，同时，航线拓展至东南亚、印度洋。此外，一些论文比较考察了古代明州与国内其他港口的不同特点，其中代表性的论文有：李军的《宋元“海上丝绸之路”繁荣时期广州、明州（宁波）、泉州三大港口发展之比较研究》、王元林的《广州、宁波等中国沿海外贸港口比较刍议》等。
近10年来，有关古代扬州的研究成果有：李廷先的《唐代扬州史考》、李裕群的《隋唐时代的扬州城》、陈彝秋的《唐代扬州城坊乡里考略》、陈双印的《五代时期的扬州城考》、李久海的《论扬州宋三城的布局和防御措施》、阮铮铮等的《历史时期扬州城址变迁的遥感考古研究》、周运中的《港口体系变迁与唐宋扬州盛衰》、张可辉的《敦煌写本<；诸山圣迹志>；所载扬州城考补》、陈双印和张郁萍的《扬州城“四面十八门”再考辨》、赖琼的《历代扬州城市平面布局考》和王慧的《扬州新罗侨民历史遗迹研析》，等等。上述成果中不乏严谨扎实的佳作，显而易见，目前扬州城市史研究已经趋于精细化，而这一趋势的出现很大程度上应该归功于数十年来扬州城市考古取得的斐然成果，在我国古代地方性城市的考古发掘与研究方面，扬州无疑处于领先地位。
就近年的上海古代港史研究而言，邹逸麟《淞浦二江变迁和上海港的发展》以及吴松弟的《明清时期我国最大沿海贸易港的北移趋势与上海港的崛起》和《唐朝至近代长江三角洲港口体系的变迁轨迹》影响较大。吴松弟倾向于将长江三角洲地区的港口组群看作为一个相互联系并且具有一定层级性的体系，进而在这一港口体系中考察上海港的变迁。他在《唐朝至近代长江三角洲港口体系的变迁轨迹》一文中指出：“长江三角洲最重要的贸易港从唐代的扬州转移到宋元明时期的宁波及外港双屿港，近代开埠之前又转移到上海，大致呈现出自西北向东南，再自南向北转移的发展趋势。”
2000年以来，有关其他东亚海上交通港口的研究成果有：徐顺平的《温州历史概述》、吴庆洲的《斗城与水城——古温州城址规划探微》、孙晓丹的《历史时期温州城市的形成与发展》、朱龙和董韶华合撰的《登州港与东方海上丝绸之路》、刘恒武和袁颖合撰的《浅论乍浦-舟山港口统合的历史过程》、王连胜的《海上丝绸之路——普陀山高丽道头探轶》。2009年，“舟山普陀与东亚海域的文化交流”国际学术研讨会在宁波召开，会议研讨成果结集出版，填补了先前舟山诸港历史研究的不足。
总结上文关于东亚海上丝绸之路港口研究史的梳理可以看出，与国内各港历史的研究日新月异形成对照，我国学界有关海上丝绸之路沿线日、韩港口变迁的探讨，基本处于空白状态。尽管一些研究者在东亚航路、航海贸易、外交往来等研究方面论及日本列岛和朝鲜半岛沿海的重要港口，但针对日、韩个别港口演变历史的探究性文章几近于零。反观欧美及日本学界，海洋史研究者往往超越国别界限，根据整体知识系统建构的需要，将探索范围延伸到各个关联地域。必须指出，海上丝绸之路实际上是一个由港口和航线编织而成的庞大网络，若仅关注我国古代沿海港口的研究，则很难对这个网络的演变规律作出科学客观的解读。诚然，我们或可从海外学界直接获取既有的港史研究成果，然而，如果我们期待海上丝绸之路研究最终能够成为审视全球历史演变的独立视角的话，那么就有必要在海上丝绸之路这一认知体系之下针对海外港口展开独立的考察与思考。