言及2000年以后的研究进展，就必须提到2005年7-11月蓬莱水城又一次出土的3艘古船，据研究，其中两艘系高丽古船。这是近10年来我国北方海域最重要的古船考古发现。2006年8月，蓬莱市专门举办了蓬莱古船国际学术研讨会，会议共收到海内外学术论文44篇，来自中国、韩国、日本以及欧洲的与会者围绕蓬莱水城发现的古船展开研讨，论题不仅覆盖蓬莱古船的用材、船型、船舶结构以及建造技术等诸多细节问题，而且涉及我国沿海其他地区以及韩国的古船考古发现。从会后编辑出版的《蓬莱古船国际学术研讨会文集》中，可以看出近年来东亚海域航船研究的最新趋势。此外，袁晓春的论文《海上丝绸之路与14世纪中韩航海交流——以蓬莱高丽古船为中心》，重点针对2005年蓬莱市登州古港发现的两艘高丽古船展开探讨。该文指出，蓬莱高丽古船年代为14世纪，其制作工艺既采用了韩国传统的木栓固定船底板技术，又吸收了中国古船水密舱壁和肋骨技术。
近10年涌现出来的著作有：席龙飞的《中国造船史》、王冠倬的《中国古船图谱》以及辛元欧的《上海沙船》等。席龙飞和王冠倬的著作都对我国北方沿海以及江浙古代海船有所论述。《上海沙船》是一部系统论述我国沙船型海船历史演变的专著，该书对沙船船型特点、船体结构、船舶属具、造船工艺以及操驾技术等方面展开了详细考察。
相关论文包括：金健人的《古代东北亚海上交流史分期》、袁晓春的《韩国新安沉船与中国古代沉船之比较研究》、何锋的《12世纪南宋沿海地区舰船数量考察》以及陈潇俐等的《浙江宁波和义路出土古船的树种鉴定和用材分析》。简要内容如下：
金健人文章依据船舶航海技术给海上交通方式带来的变革，将古代东北亚海上交流史分为三个阶段。第一阶段为桴筏漂流期，年代在距今3000年（公元前1000年）以前；第二阶段称作舟船近海航行和远海漂流期，大致在距今3000年至距今2500年之间；第三阶段为船舶跨海航行期，船舶跨海航行从距今2500年以来逐渐得以实现。
袁晓春《韩国新安沉船与中国古代沉船之比较研究》一文，根据新安沉船与我国古代沉船的比较研究指出，新安沉船属中国福船，造船方法上采用了中国传统的“船壳法”，并且推测新安沉船应为三桅木帆船。
何锋论文论及两宋时期温州、明州造船场的造船年额，文章根据文献史料指出，1090-1114年温州和明州的造船年额约为600只，所造船舶多为300料船。
1127-1130年两地船场年造300料船达到700只左右。这一数据反映出宋代温州和明州两地造船业的发达状况。
陈潇俐等人论文对2003年宁波和义路出土古代沉船的材料做了科学分析，鉴定结果显示，这艘古船的船板使用杉木，龙骨用荔枝，隔舱板用香樟，不同部位采用不同材性的树种作为制作材料，具有较高的科学性和实用性。
根据上文关于我国学界东亚海域船舶研究学术史的整理，我们可以看到，虽然近30年来受到古船考古发掘的驱动，相关研究取得了明显进展，但是在史学探究和多学科合作研究方面尚有许多欠缺。此外，相比于韩国、日本学界在中国古代海船研究领域取得的成果，我国学界对于韩国、日本古代海船研究的关注程度则远远不够。这一现状的改善需要寄托于学界未来的投入和努力。
二、东亚航海贸易、市舶机构以及海疆政策研究
顾名思义，“海上丝绸之路”以丝绸为主要交易物品，然而，这并不否定以“海上丝绸之路”为媒介展开的跨区域物质文化交流的丰富性与多元性，“海上丝绸之路”贸易活动研究亦以涉及陶瓷、茶叶、香料等各种商品的航海交易为考察对象。
另外，历史上中国航海贸易的发展以及各时期特色，在很大程度上受到中央政府市舶制度以及海疆政策制约与规定。因此，“海上丝绸之路”航海贸易与沿线诸国海政是两个密不可分的环节。就东亚而言，我国东部沿海市舶机构以及海疆政策研究，无疑是我国学界东亚“海上丝绸之路”研究的一个重点，20世纪80年代起，我国相关研究成果层出不穷，进入21世纪以来，更是涌现出一批严谨扎实的高质量学术论著。本节将对相关学术进展做一回顾。
1.航海贸易研究
20世纪80年代以前，有关东亚航海贸易的专题研究成果并不多见，一些早期的中日、中朝关系史概论性书籍中对于古代中日、中朝间经济往来都有言及，例如：张政烺等著的《五千年来的中朝友好关系》一书中，由宿白执笔的“五代宋辽金元时代的中朝友好关系”一章对于中朝海上贸易着墨尤多，论述了五代宋元历朝与王氏高丽之间的贸易行程、贸易品以及往来人员，高丽带到的五代宋的物品有金器、银器、青瓷以及锦、绫、罗等各种丝织品，而宋朝输往高丽的物品除了书籍、金银器、漆器等器物之外，川锦、浙绢、绡等丝织品也是大宗。虽然宿白沿循概论性著作的写作惯例，并未展开钩沉探微式的细节考证，但其论点为日后有关古代中朝贸易研究指出了方向。
就探究性成果而言，对日贸易史方面的可以举出南栖的《台湾郑成功五商之研究》，对韩贸易史方面则有：宋晞的《宋商在宋丽贸易中的贡献》、朴真奭的《十一-十二世纪宋与商丽的贸易往来》以及张存武著的《清韩宗藩贸易》。其中，南栖论文指出，明清朝代更替之际，郑成功一族垄断了中日间贸易并从中获得抗清的财政资源，郑氏集团的对日贸易品主要是筹办于长江三角洲地区的生丝和丝绸，而对日航运曾以厦门为枢纽港。朴真奭的论文详细论述宋丽贸易的史实，文中列表整理了1031-1071年宋商前往高丽的情况，同时对宋丽之间的贸易品做了罗举介绍。
进入20世纪80年代，东亚航海贸易史研究趋于繁荣，陈高华和吴泰合著的《宋元时期的海外贸易》、朴真奭的《中朝经济文化交流史研究》和任鸿章的《近世日本与日中贸易》等专著付梓出版。与之同时，其他一些东亚交流史概论性著述也都对这一课题有或详或简的探讨。这时期，一批问题意识强、剖析细致的论文拓展了相关认知体系的广度、深度和高度。以下选择一部分代表性的成果加以介绍。
1980年陈高华的《北宋时期前往高丽贸易的泉州舶商——兼论泉州市舶司的设置》一文和1986年魏能涛的《明清时期中日长崎商船贸易》是当时具有标杆意义的两篇学术论文。
陈高华的文章以郑麟趾编纂的《高丽史》为主，以《宋史》、《续资治通鉴长编》和《东坡奏议》为辅，将北宋各个时期泉州商人赴高丽贸易的状况进行了整理罗列。文章指出，在海商籍贯明确的北宋赴高丽贸易活动记录中，泉州商人赴高丽贸易频次最高、最为活跃。
魏能涛文章将明末至清晚期以日本长崎为枢纽港的中日贸易分作三个时期：
“1.唐船贸易的兴起与发展（公元1635-1683年）；2.清朝开关后唐船贸易的兴盛与衰退（公元1684-1737年）；3.官商额商十三家办铜贸易和唐船贸易的终结（公元1739-1866年）。”文章运用了《明实录》、《华夷变态》、《长崎荷兰馆日记》等中日史料，提取贸易品、商船的相关数据制作成统计表格。应该说，这种富于实证性且广泛吸收了日本学界相关成果的论文，在20世纪80年代中期我国中日贸易史研究领域中并不多见。论文研究显示，明末至清晚期中国输往日本的贸易品始终以生丝、丝织品和糖为大宗。中国对于日本产品的需求，自清朝开关以后以铜材为主。
同时期揭载的相关论文还有：赵丰的《古代中朝丝绸文化的交流》、任鸿章的《从渤海与日本交聘看唐代东北地区与日本的经济交流》、李培浩和夏应元的《宋代中日经济文化交流》、方安发的《元代中日贸易简论》、全汉昇的《明中叶后中日间的丝银贸易》、朱亚非的《略论明后期的中日贸易》和任鸿章的《明末清初郑氏集团与日本的贸易》，以及安双成和关嘉录的《清代的两起中日民间贸易活动》。
上述论文中，全汉昇的文章论考最为精细。他认为，明中叶以后长江下游生丝和丝绸生产趋于规模化，其产品大量外销，从而带来了中日丝银贸易的繁荣。
赵丰的论文也关注古代东亚丝绸贸易，文章对历代中朝之间丝绸的外交馈赠和贸易交换状况做了论述。任鸿章的两篇论文都是弥补我国大陆中日贸易史薄弱环节的成果，1984年论文提出，唐朝渤海政权维持与日本的政治交往的基础在于贸易利益的追求；1988年文章系统论述了郑氏集团对日贸易的历史。李培浩和夏应元的论文对宋代中日贸易进行了综合论述。与上述宏观研究文章形成对照的是，安双成和关嘉录利用满文档案题本论述了清代的两件中日民间贸易活动个案，对于当时的中日贸易史研究而言，这种以稀见史料为依据的微观考察，展示了一种可贵的研究范式。
值得一提的是，这时期中琉贸易史研究也有所进展，代表论文有：谢必震的《试论明代琉球的中介贸易》、林仁川的《明代中琉贸易的特点与福建市舶司的衰亡》。谢必震的研究最为深入。他认为，明代琉球利用自身地理位置的优势，在东亚及东南亚贸易体系中扮演了中介角色。琉球将对中朝贡贸易所获丝绸、瓷器、漆器和文房用具等物品输往周边其他各国，并从海外诸国交易胡椒、苏木以及香料等物品，然后转销宗主国中国，由此赢取巨额的贸易利润。琉球“中介贸易”在客观上沟通并且维续了中国与日本、朝鲜以及东南亚各国之间的商业交往，同时也为明朝海禁压制之下的中国私人海外贸易提供了一条孔道。相关研究成果后亦收入作者于1996年出版的《中国与琉球》一书。
此外，还有若干论文聚焦于港口贸易史研究。20世纪80年代前期，与“海上丝绸之路”概念的提出相呼应，有研究者对明州、泉州这两个东亚海域枢纽港的对外丝绸贸易史进行了梳理。这些文章虽无精详的考证，但这种聚焦于海港丝绸贸易的考察，无疑有利于夯实“海上丝绸之路”概念的基础。这时期，徐明德、林树建等浙江学者还撰写论文，对浙江沿海港口古代对外贸易状况进行了探讨。
20世纪90年代，涉及古代中日贸易的论文可以举出：周爱萍的《中国货币向日本的流入与影响》、李金明的《隋唐时期的中日贸易与文化交流》、朱亚非的《明代沿海城镇对日贸易浅谈》，等等。其中，周爱萍论文的主题，以前鲜有中国学者做过系统整理，该文论述了中国钱币流入日本的最早时间、历代流入日本钱币的种类、流入方式及其对日本社会经济的影响。
有关中琉航海贸易的文章有：陈汉诚的《明代福州市舶司的兴废与中琉朝贡贸易》、徐晓望的《明代漳州商人与中琉贸易》。陈汉诚的论文以福州市舶司变迁为条贯，考察了中琉朝贡贸易的相关史实。徐晓望的论文针对漳州商人在明代中琉贸易中的角色进行了论述，论文强调，漳州商人在明代中琉民间贸易中发挥了主导作用。
中朝贸易史研究方面代表性论文有：孙建民和顾宏义的《宋朝与高丽“朝贡贸易”考论》、陈高华的《从<；老乞大>；<；朴通事>；看元与高丽的经济文化交流》。孙建民和顾宏义的论文指出，宋丽“朝贡贸易”表面上是两国之间的经济联系形式，然而对于宋廷而言，其政治、军事意义更为重要。陈高华的论文根据元代高丽文献《老乞大》、《朴通事》中有关元代高丽和中国商人活动细节的记载，探讨了元丽贸易的状况。
此外，一些研究者撰文论述了浙江、福建地区与东亚诸国航海贸易的历史，其中包括：姚文仪的《古代浙江地区对外贸易述略》、虞浩旭的《论唐宋时期往来中日间的“明州商帮”》、胡沧泽的《唐宋时期福建与日本的经济文化交流》、韩昇的《清初福建与日本的贸易》以及竺菊英的《开埠前宁波对外贸易历史地位探析》，等等。
2000年以后，东亚航海贸易史方面成果的质与量都有显著提高，然而，研究力量向明清时代倾斜，唐宋元对日、对韩贸易研究较之以前并无明显增量。黄纯艳的《宋代海外贸易》一书，研究了宋代海外贸易与宋代商业、财政、政治、社会生活以及东南沿海区域社会经济的相互作用关系，虽然该书着眼于宋代海外贸易整体样态的考察，其中亦不乏对宋丽、宋日贸易的论述。赵莹波的《宋日贸易再考——海上丝绸之路东亚贸易圈的形成》分析了以博多为据点的宋日民间贸易在东亚贸易圈中的作用。张雪慧的《试论元代中国与高丽的贸易》对元日贸易的渠道、形式、规模以及商品种类做了考察。另外，张伟的《略论明州在宋丽民间贸易中的地位》、姚培锋和金毅的《试论宋代浙东沿海市镇的海外贸易及其影响》等论文则分析了宋代浙东对外贸易的历史状况。