相比之下，关于来华耶稣会士传教策略的研究关注较多，主要论文有陈雪花的《浅议利玛窦“合儒”》（《浙江学刊》1991年第4期）、陈典松的《浅论利玛窦“补儒”》（《孔子研究》1993年第2期）、康志杰的《利玛窦论》（《湖北大学学报》1994年第2期）、郭熹微的《试论利玛窦的传教方式》（《世界宗教研究》1995年第1期）、曹雪稚的《利玛窦与“南昌传教模式”》（《江西社会科学》2007年第3期）、王冬青的《明代耶稣会在华传教中的日本经验》（《云南社会科学》2008年第1期）、吴莉苇的《从利玛窦和艾儒略的传教策略看晚明基督教与儒学对话机制的缺失》（《复旦大学学报》2009年第4期）等文。其中，郭熹微的《试论利玛窦的传教方式》（《世界宗教研究》1995年第1期）一文指出，利玛窦的传教士方式既合乎实际又不违背基督教精神，这种方式并不是利玛窦别出心裁的独创，而是与其所处的文化氛围及耶稣会创建的历史背景有关，受到了欧洲文艺复兴和宗教改革时代精神的影响。吴莉苇的《从利玛窦和艾儒略的传教策略看晚明基督宗教与儒学对话机制的缺失》一文，比较了利玛窦和艾儒略的传教方式，认为艾儒略的天主教本位主义更为突出。
明清时期，欧洲许多天主教修会都曾派人到中国传教，但中国学术界一直比较重视对耶稣会的研究，而很少探讨其他几个修会在中国的活动。进入21世纪后，这种局面发生了改变。例如，汤开建在《明清之际方济各会在中国的传教》一文中，对方济各会在华活动的历史进行了探讨。此后，崔维孝对16-18世纪西班牙方济会在中国的活动进行了更加全面的研究，为后人打下了良好的基础。
吴旻、韩琦等人则分析了巴黎外方传教会士与“礼仪之争”之间的关系。张先清等人研究了多明我会在福建等地的传教活动进行了研究，并且分析了多明我会与“礼仪之争”之间的关系。李天纲的《中国礼仪之争：历史·文献和意义》（上海古籍出版社1998年版）、张国刚的《从中西初识到礼仪之争》（人民出版社2003年版）、张铠的《中国与西班牙关系史》（大象出版社2003年版）也都涉及明清时期不同的天主教修会。不过，总体上来看，对于天主教其他修会在中国的传教活动，还是研究不足，需要加强，特别是加强对中外文原始文献的发掘与利用。
2.关于中西文化交流的研究
自20世纪80年代起，中国学术界出现了研究文化的热潮。在此背景下，关于中国与西方相互之间文化传播、交流、冲突及融合方面的研究显得格外突出，概述性的主要著作有：沈福伟的《中西文化交流史》（上海人民出版社1985年版）、周一良主编的《中外文化交流史》（河南人民出版社1987年版）、张维华的《明清之际中西关系简史》（齐鲁书社1987年版）、李亚宁的《明清之际的科学、文化与社会——17、18世纪中西文化关系引论》（四川大学出版社1992年版）、陈卫平《第一页与胚胎——明清之际的中西文化比较》（上海人民出版社1992年版）、林仁川等人的《明末清初中西文化冲突》（华东师范大学出版社1999年版）、沈定平《明清之际中西文化交流史——明代：调适与会通》（商务印书馆2001年版）、张国刚等人的《中西文化关系史》（高等教育出版社2006年版），等等。这些著作，全面地勾画出了中西文化交流的历史过程，也是研究者必读的入门之作。
在中西文化史的研究中，许多学者将“西学东渐”作为重点。例如，徐海松的《清朝士人与西学》（东方出版社2000年版）一书，探讨了清初西方文化传入中国的背景与渠道，分析了清朝知识界对西方文化的各种反应，很有学术深度。吴伯娅的《康雍乾三帝与西学东渐》（宗教文化出版社2002年版）一书，剖析了康雍乾三帝的海外政策、三帝对西教与西学的认知和态度，并且涉及清代前中期中西关系史中的其他一些问题。何兆武的《明末清初西学之再评价》（《学术月刊》1999年第1期）一文，从文艺复兴以来世界历史的发展趋势、当时中国的社会特点、东渐西学的性质这三个方面着手，认为明末清初天主教传教士所输入的神学体系与当时中国的时代要求是相背离的，19世纪末的新教传教士则对中国的社会转型发挥了更大的推动作用。乔凌霄在《明清之际的文化心态与西学传播效应》（《安徽史学》1999年第2期）一文中提出，虽然晚明耶稣会士传入的西学并未包括当时西方最先进的科学成就，但在中国科学技术从中古走向近代的历程中打上了深刻的印记，作者甚至认为在西学的影响下，“中国学者也作出了一些近代科技性质的成就”。黄兴涛的《清代初中期西学影响经学问题研究述评》（《中国文化研究》2007年第1期）一文，比较系统地梳理了近百年来中国学术界关于西学对清代初中期经学影响问题的研究概况。
从哲学及思想史的角度来考察西学东渐，是学者们非常感兴趣的论题，成果也比较多。90年代，孙尚杨通过剖析徐光启、李之藻、杨廷筠等明末士大夫的思想，探讨了中西文化的差异，以及徐光启等人对西方文化的认识、吸收与融通。
进入21世纪，学者们继续探讨这个问题，主要论著有李天纲的《跨文化诠释：经学与神学的相遇》（新星出版社2007年版）、张晓林的《天主实义与中国学统》（学林出版社2005年版）、刘耕华的《诠释的圆环：明末清初传教士对儒家经典的诠释及其本土回应》（北京大学出版社2005年版）。这些著作从更深的层面研究了西方天主教与中国正统思想之间的关系。有些文章则重点考察明清时期中西两种异质文化之间的冲突，如蒋国保的《撞击、颉颃、拒斥——明末清初中西文化之争论纲》（《浙江学刊》1991年第5期、杨建华的《明清之际浙江地区中西文化的冲撞》（《浙江学刊》1991年第3期）、赵世瑜的《寺庙宫观与中西文化的冲突》（《中国史研究》1992年第4期）、许序雅的《来华传教士对中西社会产生的不同影响及其原因》（《浙江师范大学学报》1993年第1期）、刘耘华《明末清初入教儒士的“新人”意识及其文化意义》（《天津社会科学》2005第2期），等等。这些文章通过分析中西文化之间的冲突，使人们加深了对中国文化本身的认识。
16世纪欧洲天主教来到中国时，发源于印度的佛教早已在中国立足生根。一些学者考察了明清时期天主教与佛教的关系，并发表了许多文章，主要有孙尚杨的《利玛窦对佛教的批判及其对耶稣会在华传教活动的影响》（《世界宗教研究》1998年第4期）、陈永革的《以儒辩天与以佛辩天：晚明佛教丛林对天主教义的论难》（《宗教学研究》2001年第4期）、马晓英的《晚明天主教与佛教的冲突及其影响》（《世界宗教研究》2002年第4期）、赵伟的《利玛窦对中国佛教早期传播经验的借鉴》（《天津社会科学》2006年第6期）、戴继城的《对朱国桢<；达观始末>；一文的辩正——兼驳利玛窦对紫柏的有关评述》（《宗教学研究》2007年第1期）、戚印平的《远东耶稣会士关于易服的天、释关系》（《浙江学刊》2003年第3期）、林中泽的《从利玛窦书信和日记看晚明的天、释关系》（《学术研究》2009年第4期），等等。此外，还有学者探讨过天主教与中国其他宗教之间的关系，从而拓宽了研究领域，如李琼的《明清之际民间宗教信仰对基督教在华传播的影响》（《甘肃理论学刊》2003年第9期）、陈可培的《利玛窦的<；畸人十篇>；与道教思想》（《东方论坛》2007年第6期），等等。
18世纪，以中国康熙皇帝为一方，以罗马的天主教教皇为另一方，就是否允许中国天主教徒参加中国传统的祭祖与祭孔等仪式发生了激烈的冲突，这就是著名的“中国礼仪之争”，并且一直延续到20世纪30年代。这场争论，不仅对当时的中西关系产生了巨大影响，而且“扩大到整个社会文化思想界，成为18世纪以来一个世界性的热门话题，可以说它是中外历史上空前规模的‘中西文化大讨论’”。
20世纪后期，关于“中国礼仪之争”同样受到学者们的高度重视，研究成果颇丰，主要专著有：李天纲的《中国礼仪之争：历史·文献和意义》（上海古籍出版社1998年版）、顾卫民的《中国与罗马教廷关系史略》（东方出版社2000年版）、张国刚的《从中西初识到礼仪之争：明清传教士与中西文化交流》（人民出版社2003年版）、吴苇莉的《中国礼仪之争：文明的张力与权力的较量》（上海古籍出版社2007年版）等。
主要论文有：陈钦庄等人的《中西文化的一次剧烈冲突：论明清时期的“中国礼仪之争”》（《浙江学刊》1992年第2期）、林金水的《明清之际士大夫与中西礼仪之争》（《历史研究》1993年第2期）、阮炜的《明末的名词、礼仪之争和士大夫基督教徒》（《世界宗教研究》1993年第3期）、宝成关的《中西文化的第一次激烈冲突——明季南京教案文化背景剖析》（《史学集刊》1993年第4期）、张垣的《敬祖与敬主：儒教与基督教一种文化功能的比较》（《贵州社会科学》1993年第1期），等等。前面已提及一些文章，如吴旻和韩琦的《礼仪之争与中国天主教徒》、张先清的《多明我会士黎玉范与中国礼仪之争》，则反映了进入21世纪之后中国学者对此问题的研究进展。
21世纪学术界快速兴起的另一个热点是关于天主教传教士与汉学的研究，主要著作有吴孟雪的《明代欧洲汉学史》（东方出版社2000年版）、许明龙的《黄嘉略与早期法国汉学》（中华书局2004年版）、吴莉苇的《当诺亚方舟遭遇伏羲神农》（中国人民大学出版社2005年版）、张西平的《传教士汉学研究》（大象出版社2005年版）、张国刚的《欧洲早期汉学史：中西文化交流与西方汉学的兴起》（中华书局2009年版）、张国刚等人的《明清传教士与欧洲汉学》（中国社会科学出版社2010年版）、李向玉的《汉学家的摇篮；澳门圣保禄书院研究》（中华书局2006年版）等。
主要论文有张西平的《西方汉学的奠基人罗明坚》（《历史研究》2001年第3期）、张国刚的《明清传教士的当代中国史——以16-18世纪在华耶稣会士作品为中心的考察》（《社会科学战线》2004年第2期）、吴莉苇的《明清传教士中国上古编年史研究探源》（《中国史研究》2004年第3期）、陈辉的《耶稣会士对汉字的解析和认知》（《浙江大学学报》2007年第4期）等。