洋学虽然是在封建统治者的庇护下为加强幕藩体制而培育和发展起来的，但随着洋学的性质从单纯的关注技艺之学发展到对包括治国之道在内的各种社会科学的关注，封建意识形态便包裹不住其思想的锋芒。幕府对洋学既有利用的一面，也有打击的时候。前者表现在幕末危机中凸现的海防与军备方面的需要。如藩书调所的创设，可以说是洋学官学化的一个明显迹象。洋学的兴起，也不可避免地要使封建意识形态相对化。对兰学的认可本身就意味着承认西洋科学技术的优越性，也就不可避免地会引起人们探求西洋的社会结构和思想文化的兴趣。洋学的发展不仅开阔了日本人的视野，也自然地萌生了一种对中华意识乃至封建体制的批判。高桥磌一：《洋学の興隆と反封建的世界観》，收入其《洋学思想史论》，新日本出版社，1972年。这种批判意识蔓延到对社会经济、对政策以及锁国政策各个领域，对幕府的统治形成了威胁，也招致了幕府对洋学的打击，在思想史上引人注目的有1828年的西博尔德事件和1839年的“蛮社之狱”。吴廷璆主编：《日本史》，南开大学出版社，1994年，第296—297页。但是，对中华意识的批判并不意味着他们对儒学本身的否定，他们中一些人更加希望并致力于以“西洋穷理”来附会和订正“程朱之意”，如佐久间象山在1854年就提出“东洋道德、西洋艺术”《渡边华山高野长英佐久间象山横井小楠桥本左内》，日本思想大系55，第413页。，作为一种东西思想文化结合的模式，在后来的历史发展中产生了重要的影响。洋学对封建体制的批判，引人注目的是关于人的平等观念。从合理思想的角度来考虑，这也是顺理成章的。司马江汉在《春波楼笔记》（1811年）中就提出“上自天子、将军，下至士农工商，非人乞食，皆为人也”司马江汉：《春波楼笔记》，载泷本诚一编《日本经济丛书》第12卷，日本经济丛书刊行会，1915年，第345页。，从而批评了封建的等级观念而提倡人人平等的思想。杉田玄白在《形影夜话》（1802年）中也说：“不论古今、不论何国，所谓人，上至天子下至万民，除男女之外别无他种，然分上下、立位阶，又为其各自命名而定四民之名目，为人者皆同为人也。”《洋学上》，日本思想大系64，岩波书店，1976年，第278页。蕴含在洋学中的这种平等观念，更是催生近代思想萌芽的大好温床。
在中国，与蕃书调所相当的机构应该说是同文馆（1861年恭亲王等所奏，1862年奏准）的设立。关于同文馆的情况，参见孙子和《清代同文馆之研究》，嘉新水泥公司文化基金会（台湾），1977年版。从设立的目的与机构性质以及作为教育机构最终都或者纳入帝国大学、或者成为京师大学堂的一部分的归宿来看，两者有许多相似之处。但是对西方科学了解，无论是在时间的先行性、内容的系统性与深入性、队伍的广泛性和人数而言，日本的洋学可以说都几乎超出了中国的洋务派。1898年《时事新报》发表社论《支那分割今更驚くに足らず》，其中说到：“1862年，福泽先生在英国伦敦时与支那游学生某氏邂逅，会谈数次，谈话多论及教育，某氏曰：谋求东洋之革新当务之急相互都是要输入西洋文明之教育，现在在日本能够读洋书而解其意，且能够将其教给他人者有几人？先生答曰：虽然难以举出精确的数字，据我估计日本国中的确该有五百人。并反问中国如何。他屈指而叹息，脸红地回答仅有十一人。……全国几亿人中仅不过十一人，这与我国几乎没有可比性，这样的话到底没有进步的希望。听了某氏的谈话，自当时就绝望了。”《福泽谕吉全集》第16卷，岩波书店，1961年，第209—210页。这里的“某氏”，石河幹明认为是指唐学埙。见石河幹明《福泽谕吉传》第1卷，岩波书店，1932年，第333页。中国的洋务派中，像李鸿章那样认为只是学习西方的军事、工商业就足够了的占有绝大多数，而如郭嵩焘那样明白“西洋立国，有本有末，其本在朝廷政教，其末在商贾”，认识到“巴力门议政院有维持国是之义”乃“其立国之本也”，强调必须学习西方的政治制度的被视为异端。洋务派的政治立场只是为了维持封建统治的现状，而不得不主张有所改进而已。在中国虽然没有发生像“蛮社之狱”那样的事件，但是郭嵩焘的《使西纪程》（1877年）被作为禁书也具有象征意义。
日本幕末的洋学与清末的洋务派之间有很多相似之处，如上所述又各有不同。比如再从人员构成上看，洋务派开始多为政府的官僚，而洋学者多为普通知识分子。洋务派的努力可以说是临时抱佛脚，而日本的洋学则是未雨绸缪。
2.儒学机能的不同
同样是面对西洋列强，同样是想学习西方，结果为什么会有这样的不同？当时中日两国的社会状况的不同当然也是需要考虑的因素，但是历史传统的不同，则更为根本。福泽谕吉早就以一个胜利者的口吻，说：“为支那考虑的话，当务之急虽然是和日本一样，从根底上破坏儒教主义而将西洋的文明导入国中，但是以我辈所见，支那的国情完全有别于我国，要想达到目的很不容易。”他认为中国“儒教中毒”太深，需要“从根本上破坏其政治的结构”。《福泽谕吉全集》第16卷，第209、211页。这不能不说是切中了要害。
中国的儒学对日本自然有很大的影响，但是日本儒学有自己的特色。王家骅将日本儒学的特色概括为：疏于抽象的世界观思考、重视感觉经验的认识论、富于感情色彩的伦理观、“有德者王”思想逐渐淡化、强调灵活对应现实、与固有思想共存与融合六个方面。见其《儒家思想与日本文化》（第六章），浙江人民出版社，1990年。虽然对日本儒学的特征可以见仁见智，但是，丸山真男所提示的，它与其说是像中国的那样“作为一个整然的思想体系”，形成了具有强大的制约力与影响力的“道统”，“毋宁说在于儒教的各种理念对封建社会的人而言成为其思维范型（Denkmodelle）这一点上”。丸山真男：《福沢諭吉の儒教批判》，《丸山真男集》第二卷，岩波书店，1996年，第140页。实际上关于日本儒者与中国儒者之不同，荻生徂徕早就有非常清醒的认识。他说：“此方之儒，不与国家之政，终生不迁官，如赘旒然，岂有立功策名、显其父母之愿哉。治经为文，各从其心所欲为，而官不为之制。”《荻生徂徕》，日本思想大系36，第531页。就是说，日本的儒者因为不参与国家政事，只不过如花瓶摆设，这样就不那么有功名之心。这样他们就可以随心所欲地解释经典，也不会有谁来管他们。曾经师事过朱子学者佐久间象山的加藤弘之在《邻草》中以对“仁政”、“仁义”、“圣君贤士”、“人和”等理念的尊崇而表现出了浓厚的儒者意识。同时，“道”（先王的政体）与“良术”（公会）在各自的层面上都分别被赋予了独立性。指出先王在政体建立方式上的不完备之处，而且将一种治国之“术”的“公会”的设立强调为“治国之大本”，这在他看来没有什么不自然的。将“道”与“术”等量齐观的思想，在荻生徂徕那里就已经非常突出。荻生徂徕就是用“安天下之道”即礼乐刑政等国家的制度法律来解释“道”，强调“非离礼乐邢政别有所谓道者也”，因此他将政治、经济、法律、军事（兵学）这些与日常生活关系最为密切的学问看作儒者的第一要务，甚至认为道就是道术、就是文、就是礼乐，而认为那种“轻外而归重于内”的思想“是老庄内圣外王之说”，指出其“大非先王孔子之旧也”。《荻生徂徕》，日本思想大系36，第200、201页。他打着复古的旗号，是要迫使道德的理想主义让位给经验的功利主义。
冯桂芬在《校邠庐抗议》中也提出了各种各样的民主化方案，但其所论几乎都没有超出封建制度的实用性层次，其提案也并不具有超出中国古典或先例的独创性。佐藤慎一认为冯桂芬等中国知识分子从古典或先例中寻求探索危机的对策，就“如同试图在没有出口的迷途中寻找出路。他们越是尽其所能、倾其所学地去摸索正确答案，就越是浪费时间、加深危机”。他们的努力在方向上出现了偏差，他指出“中国近代化的挫折，决不是由于他们无能而造成的”。因为“如果他们不是那种有能力的人，倒可能会及时注意到中国文明的积蓄及自身能力的界限而试图从完全不同的方向寻求出路。在这种意义上，甚至可以说甲午战争的败北所造成象征的中国近代化的挫折正是由于士大夫的有能力而引起的”。佐藤慎一：《近代中国的知识分子与文明》（刘岳兵译），江苏人民出版社，2008年，第13、14页。这种对中国士大夫“有能力”的“夸奖”，无非是对其“儒教中毒”太深的一种“体面的”解说而已。在儒学的道统下，中国知识分子如魏源所说，“君子不轻为变法之议，而惟去法外之弊，弊去而法仍复其初矣。不汲汲求立法，而惟求用法之人，得其人自能立法矣。”魏源：《默觚下·治篇四》，《魏源全集》第12册，第46页。所谓变法，在观念上是一种非常困难的事情。像《邻草》中那样，将“公会”在不同的场合或者作为“治国之大本”、或者作为治国之“术”来自由对待，这对同时代一般的中国知识分子而言是几乎不可能的事。这种不可能不只是说个人能力的不及，而是那种文化背景、那种强大的道统意识不允许这种意识存在。熊月之从冯桂芬对《校邠庐抗议》的修改中清楚地看出了其“思想深处的矛盾”。熊月之发现《校邠庐抗议》的手稿（藏上海图书馆）中在“公黜陟议”篇的末尾原来有如下一段话：“及见诸夷书，米利坚以总统领治国，传贤不传子，由百姓各以所推姓名投柜中，视所推多者立之，其余小统领皆然。国以富强，其势骎骎凌俄英法之上，谁谓夷狄无人哉！”后被删除，而且把“传贤不传子”中的“贤”与“子”二字涂抹得难以辨认。熊月之：《中国近代民主思想史》（修订本），第95页。在这种矛盾之中他提出了“以中国之伦常名教为原本，辅以诸国富强之术”的折中办法。他虽然提出了“采西学议”，但是由于他所提到的西学也只是侧重与自然科学与实用技术，因此他所希望的“此议行，则习其语言文字者必多，多则必有正人君子通达治体者出其中，然后得其要领而驭之。”冯桂芬：《校邠庐抗议》，第57页。还只是一个美好的愿望。只有对包括政治制度、哲学思想在内的西学有了整体的理解，才能真正出现“得其要领”的“通达治体者”。
为何近代中国走向民主、宪政之道如此艰难而漫长？这不只是单个的中国人的有能与无能的问题，必须要对当时的国际形势、中国社会与文化的机制与特征等非个人的要素进行综合的考察才能得出妥当的结论。