徐学功，乌鲁木齐南山人，幼习武功，勇力过人，善使长矛，能敌十数人，精于骑射。通蒙、维语言，是地方上的豪强人物。“至二十二岁，乌城陷，逃居乡邨，结壮士二十余人，以劫掠回庄财物度日。回追急，则入山避之。由是汉民避乱者踵来附。”陕甘乱世之时，民众为求生存，往往逃进山中。乌鲁木齐、昌吉等地汉民为了逃避杀掠，亦纷纷携带家畜、财物与家属逃至南山躲避，从而聚集起数千之众。徐学功与师傅吕六爷、董某、薛某等因身有武功，形成南山一带汉民武装最早的领导核心。他们挑选强壮者四五百人，组织起来，加以训练，以吕六爷为团长，徐副之。旋吕六爷战亡，徐继为团长。从此北疆徐学功民团名声大振。董某、薛某为队长，各率百余人，分驻于大、小东沟、板房沟、永丰渠、硫磺沟等处，设卡放哨侦察敌情。又将老弱妇女派往山中放牧，部分人耕种生产，以充裕食需。又联络焉耆山中蒙古部落，订立互助信条，还将蒙古族猎人20余人邀来参加民团；又由山中小道与玛纳斯赵兴体、乌苏李志两民团联络，互相支援，①从而形成了有序而又有战斗力的自卫武装团体。
作为汉民武装的领袖人物，徐学功的攻击行动一直是针对回民的。《平回志》称“数年以来与回相持，几乎无月不战。”②与内地民团多为步战不同，新疆的民团大规模使用马队战斗，武力强大，徐学功“尤以勇敢称，每战以马队陷阵，骤若风雨。屡与妥明相攻杀，先后毙贼万余。”③同治九年四月间，“徐学功陆续招民勇一千余人，五月初九日贼匪蜂拥百来，连接十余仗，大获全胜”云云。④白彦虎部西撤至新疆时，“学功两次截杀”。阿古柏军击败妥明，占据乌鲁木齐。徐学功民团因熟悉南山至达坂城、芨芨槽子一带的山径小道，经常率轻骑于芨芨槽子、羊肠子沟、柴窝堡一带设伏，截击阿古柏军。
新疆汉、回之间没有发生过根本性的、不可收拾的仇杀。同治九年（1870）二月，阿古柏军北上，北路的主要矛盾渐渐转移。
阿古柏势力进入北路，“事事要结人心，待汉民故为优厚”，这种情形下，北路的徐学功、李玉鳌、邓生玉、马三等各支汉团甚至帮助阿古柏军攻击回民军，“怕夏深得其力”。①九年四月阿军攻吐鲁番时，徐学功受其蛊惑，派出大批驼、马为之运送粮物，共同攻打回民军，吐鲁番城终于不守。②这是汉团、回民军、白彦虎与阿古柏军的合作，率皆出于利益使然。
十一月，阿军又攻陷乌鲁木齐，凌虐回民，不仅掠夺妥明等的金银财物，对民众更是横征暴敛，四出抢掠，遂引起回民军的愤恨。妥明即密派其亲信至南山与徐学功言和，双方于同治十年（1871）五月于乌鲁木齐内外夹击，大败阿古柏军，杀其头目伪伯克马仲。但不久阿古柏又率军攻占乌鲁木齐，徐学功兵弱不敌，回民军又降阿古柏。双方的关系真所谓“虽有时互相攻杀，而旋离旋合，中怀叵测。”③
除徐学功外，还有孔才，也“以团总保卫地方，民多赖之，剿杀回贼甚多。”④他较早地向清军靠拢，先充清军营弁，⑤同治九年率一营兵勇驻防哈密一带。⑥
同治十年四月，徐学功递禀投效清军，“刊发木质钤记，分派营官，专办营务，以备防御。并令办理屯田，用顾军食。”孔才此时升统领，受命率军相机收复奇台、古城、济木萨等处。⑦清军大兵尚未入疆之前，新疆的军政官员们对这些团勇武装颇寄大望。
同治十一年（1872）正月间，徐学功又被回军邀约率队至乌鲁木齐击溃阿古柏军，并派一部民团驻扎于古牧地以防阿军。徐以民团4000人及军旗交妥明指挥。不久，为了避免回、汉武装发生冲突，徐又令民团返回南山。这一段时期，反抗外敌入侵已成为徐与回军两方面的共同利益。五月，徐学功入乌鲁木齐，会同回民军攻打侵略者。回民军还派人与另一汉团赵兴体联络讲和。①据准乌鲁木齐都统景廉的奏折，“该营回酋马明挑选马步队四百名帮同徐学功打仗，其余回众亦均与徐学功和好，一同攻击安集廷，日用粮草皆系乌鲁木齐玛纳斯回众供给”。②马明同时期也“纠约”另一汉团头目沈廷秀反攻阿古柏军。③九月，徐学功与玛纳斯一带的回民军合作进攻乌鲁木齐的阿古柏军。④
这样，北路回民军、汉团联合抗击侵略的态势十分明显，但是官员反而认为“回情最为叵测”，而禁止汉团与回军接触。⑤这反映了清官方对起义反抗过官府的回民根本上是不信任的，即使在外敌入侵、原为乌鲁木齐回军元帅的马明投诚清军后也是如此。哈密帮办大臣明春所部有投诚回勇马队三营，曾随成禄打仗，其营官朱淮潮等也是回民，保有官职。但是北路的最高长官景廉在给朝廷的奏章中明确表示了自己不信任的态度，建议“自应早筹遣撤，为曲突徙薪之计”，朝廷允之。⑥同治十三年五月时，因为饷银数月未发，回队滋事，提督刘宏发杀数十人，遂致讹言四起。最终回民士兵在蓝得全的带领下逃跑。明春率劲兵追击，又杀四五十人。⑦官府对回军的不信任，最终导致了另一场屠回事件的发生。
十二月十八九日，在景廉的授意下，已入编为清军统领并驻古城的孔才率马队于将济木萨、古城两处贸易回民200余人屠杀净尽。这件事上奏后，朝廷重复了回民“诡谲性成，中怀叵测，投诚之说，万不可恃”的意见，对孔才的屠杀行为表示认可。①这都实际反映了官府团练相互勾结、共谋报复的双重实质。
随着汉民团勇头目相继投靠官府，或被官府收编，他们与回民军的斗争已不再属族群冲突的范畴，而成为官府镇压起义回民的工具。
十一年春夏之交，徐学功得到玛纳斯、乌苏民团的邀请，率队由山道抵达玛纳斯，配合两民团的民兵，在赴奎屯的沿途设伏，截击沙俄商队与阿古柏部，打死五十余众，所获枪械、马匹、物资颇多。②同年十一月初，徐氏升任清军署游击。此间，一支被乌鲁木齐领队大臣锡纶击败的回民军回归玛纳斯营地，徐氏派熟习“回语”的人前往，诈称接应之回兵，将之诱之三道厂子地方，前逼大河。事先埋伏的官军出击，所谓“勇气百倍，枪矛并进，自午至申，毙贼无数，贼势穷蹙，四散逃窜，一半投河身死，仅脱逃四十余名。”③实际上不过是屡战屡败的清朝官军利用汉民团勇的力量实施的有目的的大屠杀而已；官员借此染红了顶子，但其无能无耻亦由斯可见。徐学功为了飞黄腾达，积极配合、示好于官府清军，他和他的民团已然沦落为不知所谓的刽子手和杀人工具。同时期，白彦虎进据乌鲁木齐一带，徐氏带兵阻截，双方胜负不分。④
光绪二年（1876），清军主力进兵新疆，徐学功、孔才二人及其部众都归入清军节制，成为附属清军的外围力量。孔才率原部马步号称七营，号定西营；徐学功带原部马步号称八营，号振武营。两军皆土著团丁，熟习地方情形、路径。然均系土著，有家口者居多，来去无常，聚则为勇，散则为农，所谓十五营者，有名无实。金顺接统后，即将定西并成六营，振武亦并成六营。⑤光绪二年正月清军额尔庆额、冯桂增部率队先行进取玛纳斯城，徐学功继之。二十九日一战，清军挫败，金顺以徐学功救援不力，先摘其翎顶。①光绪二年九月下旬，清军复玛纳斯城，孔才以功升提督，专驻玛纳斯为管理城防之队。②光绪三年（1877），为挑汰归并，以节饷需，金顺又将定西营并成两营，计人数1060名；振武营亦并成两营，计人数1000名。责令驻扎昌吉、绥来一带，防护运道。③所谓“自后学功归官节制，无复从前之迅勇矣。”④
官府、清军这一系列的作为，其真实目的实际在于逐步剪除新疆的汉族民间军事力量，以防形成尾大不掉的军阀集团，威胁到满清朝廷对新疆的统治。徐、孔二人在战局中也不再起关键作用，二人都不可能有机会取得突出的战功，也就不能获得高阶晋升。徐学功终以统领驻防昌吉，其子以游击驻防古牧地，徐将家属亦搬至昌吉，后卒于任内，年五十余岁。⑤他的经历，正是晚清同光时期新疆民团自发组建、攻战求生、依附清军、势力衰亡的典型反映。
第五节流民土匪
前述的黑头勇、刚匪（营）、董字三营，虽然多少、先后都有合法的官方承认的团的身份，但也都程度不一地有土匪的恶名，而且吸收过为数极众的流民加入。除这三大支外，当时陕甘另有大大小小的若干汉族流民武装和土匪，则从来都既不自视为团，也没有从官方获得合法身份，只以掠食为目的，或四处窜扰，或为害一方。左宗棠称，“秦所患在回逆、土匪、溃勇、饥民，四者之中，溃勇回逆，稍为凶狡，土匪次之，饥民则志在掠食，人数虽多，不能与回斗，尤不能与官军抗也。”⑥由于均以掠食求生，流民（或饥民）、土匪、溃勇之间，并非截然有别。
左宗棠指出土匪产生的两大方面原因：“自回氛起，官军不能制贼，民间堡寨有被回攻破，无家可归，流而为匪者；有因官军铢求无厌，无所控诉，激而为匪者。”①甘肃向来回、汉杂居，“非有此疆尔界之别”，回民起义后，平日不明显的族群之别即刻发展到极为敏感的程度，所谓“花门别为气类，里社顿起戈矛，杀掠恣行，无地可避。”②大量民众只能四处逃亡。
从同治元年开始，清廷即不断在陕甘用兵，地方上荒瘠异常，团练、军队又需费极大，不得不加重征收，“各军每于人烟稍密，种植稍多地方，随时安扎营垒。始犹藉保护庄稼，给钱办粮。继则捐派民间，不给价值。甚且搜括殆尽，民不敢争。”在这些因素的影响下，百姓亦相继“转徙流离”、“变而为匪”。③当然，左氏这番对“匪”的分析，也是适用于“流民”、“饥民”的。
这种情况在同治五年（1866）以后加剧了。五年八月，“饥民土匪蜂起。民、匪者，皆汉民也。”④七年五月，陇东、陇南大旱，兰州、庆阳所属各县甚至到了饿殍载道、民众相食的地步。⑤持续恶化的局势，成了流民滋生的土壤。而明清时期的陕北地区，传统就是西北流民土匪的一大根据地和发源区。左宗棠的奏折说，“窃陕省北路鄜、延一带，回逆、土匪勾结肆扰。老营土匪董福祥、新营土匪扈正禧两股，出没甘肃庆阳、宁州交界之华池及陕西安塞之桥扶峪等处。其盘踞桥扶峪、新庄口、方家河、下寺湾、陈家纸坊、王家坪、张河湾、石门子等处者，逆首伪大元帅张幅满、伪副元帅李雄安。拥众万馀人，仿照官军编立哨队，犄角分踞，连结回逆，招纳叛勇，实为延、鄜大患。”⑥“除扈彰一股业于延安就抚外，馀皆四出窜扰，岩谷之间，蜂屯蚁聚，号称十馀万。游勇、溃卒党附之者，计亦不止数千。”①
基于以上原因，这些四处流离觅食的百姓，“衣食无资，乃各集千数百人，四处掳掠。……携带老幼男女攻城破寨，与回无异。”②不择手段地为求生而无法无天、随处掠夺，使得这些群体往往既表现为“流民”，也成为具有乡野局限的“匪徒”。
流民土匪中相当多的成分来自溃散的民团。在官府与回民达成抚议的阶段，取消团练是回民军的主要条件，兼之抚议阶段团练无用，故大批团练被官方解散。但乱世之中，“居不能安，逃无所入”，③团练欲为民众而不得，只能走上四处飘忽的流民道路。因前期与回民军的冲突，兼之回民有严格的族类界限，解散之后的团练多不能加入回民军中；有了前一阶段的军事化经验，这些流散团丁便结成武装，或加入已有的武装，势所必然。
流民土匪的另一部分组成是哗变溃散的兵勇，大多为外省人。清军进入甘肃境内作战后，因地贫乏粮，兼以战乱，军饷不继，相继哗变。④以至形成“近来甘省之患不在贼而在勇”⑤的局面。比较大的兵变有同治四年（1865）四月甘肃提督陶茂林部万余人哗溃，聚众六七千人在通渭县属攻寨抢掠，蔓延滋扰，毫无忌惮。⑥四年八月，“雷正绾部下雷恒，煽惑全军猝变，句结逆回赫明堂，鼠踞固原、平凉，进扑泾州。”至十八日，雷正绾全军溃散。⑦在此带动之下，兰州因“粮食绌极”⑧，杨岳斌又“厚楚勇而薄标兵”⑨，城内标兵便于同治五年（1866）发起了从二月持续到至五月朔的大规模哗变。①杨岳斌于六月回省，标兵怕被报复，纷纷逃亡：“制兵之为乱者，知制军归必穷治，乃皆弃伍逃。”②
同治八年（1869）二月，驻防陕西绥德州的刘松山所部老湘军溃变。③二月底，驻庆阳杨店大营湘军甘肃提督高连陞部“因各营收留游勇，多有哥匪，饬各营严密惩办，勒令首悔。有前营亲兵丁玉龙畏罪倡乱，嗾各营之曾入会者，句结回逆，约于二月十八日入犯，因而举事”，高被杀。④这些此起彼伏的兵变都造成大批兵勇流散各地掠食，或加入流民土匪，成为其中的组成部分。如杜占元部土匪“自上年腊月勾结土匪连破英沟、龙耳沟、鲁家湾等寨，即踞鲁家屯，收留游勇、哥老会匪……”⑤