2008年4月1日施行的《管理办法》明确提出，独立学院如有发布未经备案的招生简章或广告、违反国家招生计划擅自招收学生等情形之一的，将由省级教育行政部门责令限期改正，并视情节轻重，给予警告、罚款、减少招生计划或者暂停招生的处罚。
现阶段，一些独立学院在招生宣传中存在打“擦边球”的现象，例如宣传广告中未明确学生毕业将颁发独立学院的毕业证；有些学校在招生宣传中存在误导学生的现象，例如：某某工业大学某某技术学院在招生广告上称：“现仍然是某某工业大学下设学院，在行政与教学上仍然接受某某工业大学校本部的统一领导，原有师资力量不变。”探究这种现象的根源，在于独立学院在招生宣传方面不愿意真正“独立”。在生源竞争越来越激烈的情况下，不少独立学院寄希望通过模棱两可的宣传，混淆独立学院与母体高校之间的区别，或者尽可能把自身放在母体高校的“光环”下，通过母体高校的品牌吸引考生。
随着独立学院的发展，独立学院在招生宣传方面逐渐开始脱离母体高校的“光环”，作为我国高等教育办学的一种新模式，独立学院正在得到社会认可。考生和家长在选择独立学院的时候，不再盲目看重独立学院所依附的母体高校的名声，而是更加看重独立学院自身的办学条件和教育教学水平，独立学院的招生宣传一定要更加突出自身内在的办学优势和品牌效应，只有彻底做到独立宣传，独立学院才能在姿态上真正独立起来。
（五）独立教学
之所以强调独立学院教学的独立性，是因为独立学院的民办机制和生源质量特点，直接决定了独立学院在师资队伍和质量监控体系方面与母体高校存在差异，简单地照搬母体高校的教学环节，对于保证独立学院的人才培养质量是无益的。独立学院必须探索出一套独立的、有特点的、符合自身办学定位的人才培养方式。
1.独立的师资队伍
实施相对独立的教学组织和管理是保证和稳定教学质量的重要条件，更是独立学院树立自身特色的必要前提，而当前许多独立学院根本无法做到这点，除去可能因为没有独立的校园和基本教学设施外，还因为没有建立自己相对独立的师资和管理队伍。
根据《若干意见》的规定：“独立学院还应具备不少于100人的、聘期一学年以上的、相对固定的专任教师队伍。专任教师中具有副高级以上职称的比例应不低于30%。”因此，建立一支专兼比例合理、实践经验丰富并对学校有高度认同感的师资队伍是独立学院面临的普遍问题。
从当前我国的现状看，独立学院的师资和管理队伍一般分三部分：专职教师和管理人员、母体高校的教师管理人员（包括离退休教师和管理人员）以及外聘的教师和管理人员（聘自其他高校、企业界或社会的兼职人员），呈现出多元化的特点。运用民办机制，聘请高水平学科带头人构建一支专兼职相结合的师资队伍是许多独立学院建设师资队伍的基本思路，通过聘任母体相应学科的教授或者外校学术水平高、教学经验丰富的教授、社会名流或企事业单位有实践经验的工程技术人员担任学科带头人，共同构建独立学院的师资队伍。这些外聘教师的存在，一方面可以借助其本身的力量提高学院的知名度，而更重要的是通过这些教师，可以更好地了解社会对人才的需求，使独立学院的学生培养能更加紧扣市场的要求。同时，这些高水平的外聘教师在学院青年教师的培养、科研起步、教学质量保障上都能起到积极的作用。
独立学院利用市场资源配置的优势，逐步建立适合自己发展的教师队伍。起初独立学院的教师队伍主要是以母体高校为依托，少部分来自离退休教师和社会各行业专业人才，经过一段时间的发展，独立学院应根据实际情况确定这三部分教师的比例，最终目标应该是建立一支以专职教师为主的师资队伍。专职教师队伍是独立学院办学的基本队伍，是独立学院师资队伍的主体。这支队伍的建设需要通过培养、引进相结合，逐步扩大并不断提高水平，适应独立学院教学工作的基本需求。一支年富力强、教学经验丰富、学校认同感强烈的专职教师队伍是保证独立学院健康发展的核心力量。
2.独立的教学组织
独立学院在办学之初，就应该把教学质量作为一切工作的中心，而保证教学质量的很重要一点就是建立起符合独立学院实际、高效的教学组织，以及质量监控和保障体系。
独立学院是新生事物，没有成型、成功的教学组织建设经验可以借鉴，同时，独立学院不完善的质量评估手段将挫伤教师的积极性，而且所造成的影响在短期内不容易消除。如果照搬母体高校的教学组织和质量监控体系，有可能带来负面的效果。母体高校的学生入学起点较高、培养目标定位已被市场接受，课程结构和教学组织的建设有章可循。对教学组织和教学质量的评价不应当只局限于学生在校内学习情况，还应当延伸至社会对学院学生的认可度，要把毕业生跟踪调查纳入教学评估体系中。
由于独立学院与母体高校的目标定位不同，“创造性”、“多样化”、“实用性”是独立学院的立足之本，因此，衡量独立学院的教学组织流程应与母体高校有所不同：独立学院教学组织首先应考虑学生的能力，即创造性。学生能从一个“高考失败者”或者说从基础差、底子薄的学生经过学校几年的严格训练和培养，成为一个有能力并有创新思维的优秀学生，这就是独立学校的金字招牌，这就是成功的高质量教学。其次，独立学院的培养方向应该多样化，根据市场需求培养人才。再次，教学组织应与社会需求相结合，如果一个学校的毕业生具有良好的素质，能得到社会的认可和赞扬，这就表明这个学校的教学环节组织得当，教学质量较高。
因此，对于完整的教学组织环节而言，质量监控体系也是必不可少的。独立学院的教学质量监控体系建设有两种可供选择的思路：一种思路是依靠具有丰富教学和教学管理实践经验、治学严谨的专家、教授所组成的评估委员会，立足自身，在充分研究的基础上，科学设计教学评估体系；另一种思路是实行教学质量的社会监控，将专业评估、课程评估、实验室评估等内容都纳入教学质量社会监控的范围，由政府组织专门的质量监控队伍，对独立学院定期进行评估。
（六）独立文凭
独立文凭，对于独立学院而言是真正独立的象征。在从依赖、依托母体高校颁发文凭过渡到独立地颁发文凭的过程中，独立学院不可避免地要经历一场“考试”。“考试”的内容是独立学院培养人才的社会认可度，“考试”的结果是独立学院能否在摆脱“母体学校光环”之后独立存在和发展。
从2008年4月起，独立学院新招收的学生将独立颁发毕业证书和学位证书。《管理办法》对独立学院毕业生学位授予方式作出了新规定，要求独立学院都将按学位管理的有关办法和条件，自行向符合条件的毕业生授予学士学位。此举意味着独立学院的“母体学校光环”将减弱，逐步实现真正的“独立”。
《管理办法》规定，独立学院对学习期满且成绩合格的学生，颁发毕业证书，并以独立学院名称具印，对符合条件的学生颁发独立学院的学士学位证书。此前，独立学院学生的毕业证都是由独立学院颁发，但学位证由举办独立学院的“母体学校”授予。对此，教育部有关负责人表示，2008年以前入校的学生实行“老人老办法”，仍可获得“母体学校”的学位。2008年入校的学生在毕业前，独立学院必须要取得学位授予权，对于不少独立学院而言都是必须积极正视的问题。
独立学院独立颁发文凭是一把双刃剑，在规范独立学院独立办学的同时，也削弱了处于创办初期的独立学院参与市场竞争的能力。对于独立学院该不该独立颁发文凭，无论是独立学院的办学者还是学术界应该不存在争论，至于何时开始独立颁发文凭，是否所有独立学院一刀切，则引起了不少的争议。
独立学院独立颁发文凭有助于体现教育公平。独立学院学生的入学标准不一样，培养的目标也不一样，通过几年的本科课程学习，成绩合格，理应获得社会承认，也就是要获得社会承认的本科文凭，但这个文凭应该有别于母体院校的毕业文凭，也只有打上有别于母体学校的印记，才能真正体现公平的原则。
独立学院独立颁发文凭的同时又削弱了自身参与市场竞争的优势，处于建校初期的独立学院，希望通过颁发母体学校的毕业证书和学位证书，获得考生的青睐。一旦失去了这项优势，而自己的毕业生尚未被社会接受，独立学院的品牌效应又未形成，则很难获得社会的认可。在2008年4月之前，由于教育部规定独立学院不能再颁发母体学校的毕业证书，不少独立学院已经需要靠“征集志愿”来完成当年的招生计划，一旦把独立学院颁发母体学校学位证书的授权也取消了，毫不夸张地说，独立学院，尤其是那些处于办学初期的独立学院，必将面临“生死存亡”的考验。
因此，如果可以考虑对处于不同阶段的独立学院采取不同的文凭颁发政策，对于不同时期办学的独立学院也许会更公平。《管理办法》规定，教育行政部门对独立学院进行教学质量评估，获得资质的独立学院才有资格独立颁发文凭，今后，独立文凭不但不再是独立学院舍不得放弃的“砝码”，而会成为各独立学院争相获得的准入资格。
三、“优”——独立学院的优资优质
作为一种新的高等教育办学形式，独立学院使得优质高等教育资源与社会资源得到了有机的结合，从而具备了既有母体高校的“品牌”，又有民办大学灵活办学机制的特点，相对于民办高校和一般普通高校而言，通过优势资源的结合，解决了我国高等教育资源供给不足的“渠道”问题；在优势资源结合的基础上，更能培养出优质的人才。从“资”和“质”的双重角度，本文对“优”字的内涵进行扩充，即优资优质。
独立学院的资源配置体现了“优”字的特点，不仅仅是母体高校的平台优势、也不只是合作方投入的充沛资金，更体现在培养政策的倾斜以及资源运行的机制方面。独立学院的人才培养质量必须体现出“优”字的特点，优质的人才是对独立学院办学模式的最有力佐证。
（一）培养起点之优
1.本科起点
从学校的实际出发，科学确定学校的类型和层次，其实质主要是一所学校在整个高等教育系统中如何定位的问题。经过几十年的发展，我国高等学校的本科教学质量在国际上是得到认可的，随着一批本科院校纷纷向教学科研型或研究型大学迈进，一些专业性很强的原行业部委院校在体制改革中划归地方为主管理后向综合性迈进，教学型专门学院的特色在逐步丧失。同时，随着职业技术学院学制由三年向两年转变，“本科教学型、应用型”的高等学校分类体系空挡开始出现并不断加大。独立学院的出现正好填补了分类体系的空当。
根据《若干意见》的规定，独立学院在办学层次方面，定位于本科层次，结合独立学院的办学具体实际情况，建校时间比较短，生源质量相对于普通高校较差，在教学、管理等诸多方面还要依托母体高校，还没建立一支稳定的师资队伍，其应定位于教学型高校。
通过对办学实践需求和政府文件导向的分析，我们不难发现，独立学院的本科起点既填补了办学层次的空当，又是政策导向的要求。那么，这种应实践需要和政府文件规定而产生的本科起点，又怎样体现出“优”字的特点呢？这就要从我国高等教育长期以来在大众心目中形成的思维惯性着眼分析了。
由于独立学院的生源大多来自普通高中的“三本”学生，高考成绩低于普通高校学生，分数差距虽然不能完全代表其知识水平，但在一定程度上却能反映其学习能力和素质。要想在毕业时得到社会的认可，很重要的一点就必须具备本科学历。家长和考生在选择独立学院时，对于本科学历的看重是可想而知的。
民办高校经过几十年的发展，仅有少数学校可以举办本科层次的高等教育。因此，我们在理解独立学院的本科起点优势时，一方面可以理解为比较优势，也就是相对普通民办高校、专科层次高校而言的起点优势。它强调的是广大家长和考生群体选择独立学院时的强烈意愿，对于独立学院录取质量相对较高的生源，维持并扩大学校的办学规模，最终培养优质的人才而言是有优势的。另一方面也可以理解为目标优势。独立学院培养的本科层次人才，应该比高职高专培养的技能应用型人才有更强的学习能力和适应性；比普通高校培养的人才有更强的实践技能和动手能力，能较快地适应各工作岗位的需求，解决实际问题。
事实上，实现“民、独”这种体制定位相对来说是较为容易的事情，而要实现“优”这种目标定位却相当困难。办优质本科，这既是国家教育主管部门对独立学院的要求，更是社会特别是广大家长和学生对独立学院的迫切期待。独立学院的办学层次是本科，因此，本科人才培养的基本规格和要求是我们必须坚守的底线，并力求在此基础上按“优质本科”的目标去努力。