2.独立的成本核算制度
由于是在市场运作机制的基础上建立起来的，独立学院要生存和发展必须具备教育经营意识、效率意识和市场竞争意识，必须考虑教育的投入和产出，也要引入教育成本核算的观念及其相应的机制。实行成本核算，准确测算教育资源的实际耗费，是加强学院内部管理、提高办学效益的根本途径。独立学院的财务管理不能仅仅是资金收支的预算管理，更应借鉴企业的财务管理模式，以“培养合格学生的生均教育成本最小化”为财务管理目标。根据独立学院的自身特点，选择科学合理的、与市场经济相适应的教育成本核算方法，正确核算培养一名学生实际所耗费的资源，分析教育成本的构成内容及进行成本核算时需要考虑的各种问题，以寻求降低教育成本的最佳途径，提高教育投资的效益，力求以最少的资金培养更多更好的人才。
从法律法规的要求上看，《管理办法》的颁布为民办教育的发展提供了更广阔的空间，同时也向民办高校的财务制度提出了更高的要求，尤其是提出了投资者可以从扣除“办学成本”后的“办学结余”取得“合理回报”的规定，更是对民办高校成本核算制度提出了急切的要求。按照现行的高等学校会计制度，高校实行的是收付实现制、不进行成本核算，不利于平息社会对独立学院高收费、信息不公开透明的质疑。目前独立学院大多采用高等学校会计制度，这一制度是针对国家投资兴办的公办高校而设立的，并没有考虑到社会资金投入教育及民办教育促进法所允许的获得合理回报的问题。这种制度和体系建设的滞后，使目前应用于我国高校的许多规章制度陈旧落后，无法及时更新，与高校教育成本核算的要求越来越远，也使得我国高校教育成本核算缺乏具体制度保证的基础数据，无法满足教育成本核算的条件。而在无法正确核算办学成本的情况下，出资人可从办学结余中取得的合理回报很难做到真正的“合理”。这种“规则”的不确定、透明使许多潜在的投资者“望而生畏”，不敢涉足教育领域。另一方面，成本核算方面的缺陷，也使不法分子有可乘之机，获取非法所得，造成国有资产和独立学院资产的流失。
从会计制度上看，高等学校会计核算一般采用收付实现制。实行以收付实现制为基础的预算会计制度，以本期实际收到和实际支出的资金作为核算的数据，能比较准确地反映报告期的预算经费收支情况，检查国家预算中有关教育经费的执行过程及其结果。但按照这种制度不能对高等教育成本进行核算，这是目前公办高校计算教育成本的难点之一。
由于独立学院实行的是新型的办学模式，在使用新型财务管理制度的前提下，可以采用权责发生制反映各个会计期间所实现的收入和应负担的费用，从财务制度上为确定各期的教育成本奠定了基础。如独立学院办学所需的各项条件、设施可以按照权责发生制计算成本；建筑折旧、地价涨落、图书设备折旧、各项租赁费用等可以在新起点上予以计算，以便准确进行成本核算。如能在政府层面出台指导标准，建立高校教育成本核算制度，并将教育成本核算制度纳入高校日常管理的制度范围，则能为独立学院成本核算提供强制性的制度保证。
3.独立的资产监督体制
从严格意义上说，资产监督体制应该是财务管理制度的一部分，之所以要单列出来说明，是因为独立学院的资产监督体制针对的对象更具特殊性，其面对的问题也更复杂，其完善程度直接决定独立学院能否持续健康的发展。
在大多数情况下，多数独立学院财务制度并不健全，财务管理缺乏必要的制度依据。许多办学活动所涉及的经济业务都没有及时建立起相应的财务制度加以监督、控制，使财务部门行使财务监督权力缺乏必要的依据，一些经济行为失去了财务监督。如独立学院每个固定周期需要向母体高校缴纳一定数额的管理费；有些部门私设“小金库”，任意支配甚至个人私分；固定资产的购置随意性大，利用率低，损坏严重，不按照国家有关规定提取折旧；合作方随意抽调独立学院资产用于其他商业行为，致使独立学院承担连带风险。这些行为都没有相应的监督体制加以制约，游离于财务监督之外。
然而，在政府没有出台相关指导文件之前，探索独立学院资产监督体制的建立必然要面对许多的障碍和挑战，其中有些障碍甚至是独立学院自身无法解决的。独立学院作为一个发展主体需要保持产权的独立性，不受其他利益主体的牵制。相比而言，现阶段明确办学受益主体及受益比例比严格划分产权性质或产权归属更重要。在目前的法律和政策环境下，独立学院作为非营利性事业单位，除了初期基建投入，几乎都由学费滚动发展而来，其产权的最终归属应属于社会。但产权的受益主体包括参与独立学院办学的利益各方，不回避投资主体分享结余，明确按投入比例确定受益比例。只有这样做，才能在促进独立学院整体不断发展的情况下，既保证投资者的积极性，又维护办学的独立性。
（三）独立校园
校园是否独立，是区别独立学院和母体高校的最明显特征。与公办高校不同的是，独立学院物质校园建设的投资全部来自于合作方，而精神校园的建设却受到母体高校的影响。随着独立学院的发展，校园对于独立学院而言已经不仅是实体意义上的环境依托，也超越了产权意义上的固定资产，已经上升到独立学院校园文化和精神品牌这一层次。
1.独立物质环境
建设独立的校园，配备基本的教学设施。这是独立学院“独立性”的最明显表现，也是实施相对独立的教学组织和管理、进行独立的资产和相应财务管理的前提条件，因此，即便是需要巨大投资，独立学院也务必要做到这一点。校园和教学设施尚不独立是一个较为普遍存在的问题。截至2007年，全国有独立学院318所。其中，仅有1/4的独立学院实现了校园完全独立，其他3/4的独立学院都处于校园“半独立”状态，使得独立学院校园呈现出典型的半独立特征。
因为在短时间内要拥有一个独立的校园和基本的办学设施并不容易，致使相当一部分独立学院就是在本部校园内单独划出一块地方供其使用，其教学设施也较大程度地依靠本部已有设施。没有独立的校园和基本的办学设施，自然也无法实施相对独立的教学组织和管理；有的独立学院有独立的校园和基本教学设施，但采取的是折中的做法，在前两年实施相对独立的教学组织和管理，后两年则将学生分散到校本部的各个专业，这在事实上等同于当前我国许多实行基础性教学的新校区的管理模式。
《管理办法》进一步提高了独立学院的办学准入条件，明确“独立学院占地的底线是500亩”。教育部2003年出台的《若干意见》提出：“独立学院初办时一般应当具备：校园占地面积不少于150亩（艺术类院校和国家另有规定的除外），为了保证今后发展需要，应预留发展用地，校园规划占地面积不少于300亩。教学行政用房建筑面积不少于4万平方米，教学仪器设备总值不少于1000万元，图书不少于4万册。”由于办学时间短和没有独立的校园等多方面的原因，目前许多独立学院办学条件准备不足，相当多的独立学院与母体学校共享办学资源。一些独立学院的办学条件无论是总量还是人均占有量，都难以在短时间内达到《管理办法》对独立学院的底线要求。对于符合教育部的办学条件标准并满足学生的学习需要而言，许多独立学院还有一段较长的路要走。
因此，一方面，对于当前无独立校园的独立学院，要求按规定标准另外划拨土地，建设校园和配置基本教学设施，将资产独立出来，单独设置，为独立学院的“独立运行”创造条件；另一方面，对于有独立校园但只是在那里实施基础教学的独立学院，则要求完善教学设施，为实施全程教学工作做好硬件准备。
2.独立文化环境
独立学院在校园文化的建设过程中面临着一系列困难。由于在一个新建校园里，尽管能够迅速地盖起高楼，有的还有假山、人工河等园林式的建筑，但校园历史、校园文化的积淀却是一片空白。什么都可以迅速制造，唯有历史不能加速创造，很难一下子创设出较浓厚的文化底蕴。一般情况下，多数独立学院的校园都选择在大中城市的边缘，远离市中心，缺少社会人文气息，其周围也缺少一个有利于营造良好校园文化的大环境，正如有人形容的“城市的孤岛”和“文化的沙漠”。校园里有的就是体育场、球场、草地，再加上住校教师少、专职教师少，特别是新办的独立学院没有高年级的同学，有的戏称大一新生为“高四”学生。学生缺乏教师和学长之间的口传心授，难以充分发挥社团组织在学生自我管理、自我教育方面的作用，很容易出现大学文化断层的现象，学生也很难到兄弟高校去听讲座、参加学术沙龙。这些都是大学生培养中必不可少的环节，但这一点最难以创设，也常常被众多独立学院办学者忽视和遗忘。
目前讨论最多的是独立学院缺少的文化氛围，而非“独立”的文化氛围。因为独立学院的文化环境构建也要经过一个从依赖到依托，再过渡到相对独立并最终走向完全独立的过程。彻底独立的文化环境对独立学院而言不是现阶段必需的，也往往是有害无益的。教育部要求申办独立学院的母体高校必须是重点大学，重点大学所具备的深厚文化积淀和独特的校园精神对于独立学院而言非但不是累赘，反而是可以积极借鉴的优势。通过移植母体高校的校园文化特点，独立学院可以较快地在校园文化方面与母体高校融通，独立学院的学生也能形成一定的文化认同感，随着办学实践的发展和独立学院学生质量的提高、毕业生特点的显现，独立学院也可以逐渐结合自身需要培育出独特的校园文化。
（四）独立招生
根据《管理办法》的要求，独立学院应当独立招生，在这里，独立招生是指独立学院以独立的办学机构进行招生活动，与母体高校的招生计划和招生宣传区别对待。在招生计划和招生宣传方面的独立，对于创办之初的独立学院而言，是需要经历阵痛和挑战的，但唯有做到独立，才能消除今后产生纠纷的隐患，为独立学院的健康发展扫清障碍。
1.独立的招生录取
独立学院的招生计划是由所在地省级人民政府在国家下达的普通本科招生计划总数内统筹安排的，统一通过普通高考，在省级招生机构的监督下，按照规定批次录取。一般情况下，各地对独立学院招生计划安排均给予了政策倾斜。独立学院的招生标准，一般不得低于当地本科最低录取控制线。
招生计划是独立学院生存和发展的基本保证。由于独立学院内部按民办机制运行，国家不投入办学经费，学生的学费收入是独立学院后期办学经费的主要来源。在这种情况下，独立学院格外珍惜自己的招生计划，一般都会在录取之前与考生联系，告知学校的办学性质以及收费情况，只有在得到考生表示就读的准确消息后才会予以录取。
2003年《若干意见》下发以后，各地教育主管部门加强了对独立学院在招生宣传和招生过程中的监管力度，绝大多数独立学院的招生工作比较规范，但个别地区和少数学校，仍然出现比较严重的招生违规现象，在社会上给独立学院造成了比较严重的负面影响。部分独立学院通过中介机构组织生源或进行录取工作，或超计划招生；学生学历证书以校本部的名义颁发，招生宣传模棱两可，在社会上造成混乱，引起学生、家长与学校的纠纷不断，甚至引发群体性事件。
通过分析教育部2003～2005年出台的一系列文件，可以大致了解到独立学院在招生方面曾经出现过的混乱状态，以至于教育部为了规范独立学院招生出台了“五不得”要求：独立学院必须严格执行国家下达的年度招生计划，不得擅自超计划招生；不得委托任何中介机构组织生源或进行录取工作；不得向学生收取国家规定的收费项目和标准以外的任何费用；不得违规降低标准录取考生；不得以专科录取、按“专本连读”培养。
尽管独立学院办学起点比较高，一开始就是本科层次，但独立学院的招生计划完成得并不顺利。原因大致有以下几个方面：第一，由于办学历史相对较短，有些独立学院办学条件尚处起步阶段，在社会上缺乏影响力；第二，另一方面近年来独立学院发展迅猛，数量、名目繁多的独立学院让考生难以选择；第三，有的独立学院因为学费太高，下达的招生计划也因为学生无力承担高额学费而无法落实。
招生是独立学院发展的一大主要问题，因此，要使独立学院健康发展，必须认真、规范地开展这一工作，严格按政策招生，按规定收费。
2.独立的招生宣传
根据教育部发出的《关于做好2005年普通高等学校招生工作的通知》经教育部批准或备案的独立学院，要全面如实介绍学校办学性质、条件和收费标准等招生信息，不得做任何可能误导考生的宣传和承诺；独立学院招生广告需经申办高等学校和所在地省级教育行政部门审查后方可发布；在招生中要严格按照国家有关规定和下达的招生计划进行录取；严禁未经省级招办擅自组织生源、未经省级招办核准拟录取名单擅自寄发录取通知书。