另一方面，无论是教育部《关于规范并加强普通高校以新的机制和模式试办独立学院管理的若干意见》还是《独立学院设置与管理办法》都规定母体高校可以以无形资产和师资或品牌与投资方的资金合作。但是公立大学的无形资产如何评估，这也是一个法律问题，必须通过进一步完善法律才能解决。总体来说，独立学院有自身特殊性，国家关于民办教育的法律法规不完全适用，特别是对独立学院的投资、产权、回报与运营性质的界定；对学校的公益性与资本的寻利性；对以普通高等学院和投资者为代表的参与举办者和独立学院各方之间的关系等都有待做出进一步的明确回答。
可见，虽然《独立学院设置与管理办法》对于明确独立学院的方向，就独立学院当前最急需规范的重要问题都作出了明确规范。但在未来五年的过渡期里，还有许多问题需要思考和解决。一是关于独立学院资产过户的操作问题。主要是过户过程中的相关税费、土地性质变更、土地和校产抵押贷款等现实问题。这些问题的解决需要教育外部力量的支持配合。二是普通高校无形资产的评估、作价与确定比例问题。即使在专业的资产评估机构，对于教育类的无形资产评估也还缺乏比较成熟的办法和手段。如何确定无形资产占办学总投入的比例也还没有比较权威的法规依据，我们又未做出相关限定。此外，要对一所优质普通高校的无形资产进行评估，其费用也是相当可观的。三是关于独立学院独立颁发学士学位的问题。我们要考虑的是国家对于高校申请学士学位授予资格有相关规定和要求，我们能否够保证现有独立学院都能够在2012年以前取得这个资格？那些届时还没有这一资格的学校，其学生的学位就可能成为问题。四是要处理好《独立学院设置与管理办法》第四十条与四十三条的关系。普通高校收取费用的基本规则需要进一步明确，现行的通用做法是否能够延续？如果要调整就需要规则，如果维持又与促进法与民办教育促进法实施条例的有关规定可能产生矛盾。五是民办普通高校是否也可以依照《独立学院设置与管理办法》合作举办独立学院问题需要明确，但是《独立学院设置与管理办法》没有给予限制。六是《独立学院设置与管理办法》明确独立学院土地的底线是500亩。教育部2003年8号文件的相关规定是初期不少于150亩，校园规划占地面积不少于300亩。因此，现有独立学院应有不少是难以在过渡期达到500亩的面积。有的学校根本不可能在原办学地达到这个要求。如果选择多址办学凑足数，就可能产生极大浪费，举办者也难以接受这样的方式。
总的来说，独立学院发展中面临的问题既有民办教育的共性，也有独立学院的个性。思考和研讨这些问题，寻求解决问题的路径和方案，有利于推进我国独立学院更大的可持续的发展。
六、独立学院发展的对策思考
2008年2月，教育部以“26号令”的方式发布了规定：“本办法施行《独立学院设置与管理办法》前设立的独立学院，按照本办法的规定进行调整，充实办学条件，完成有关工作。本办法施行之日起5年内，基本符合本办法要求的，由独立学院提出考察验收申请，经省级教育行政部门审核后报国务院教育行政部门组织考察验收，考察验收合格的，核发办学许可证。”“26号令”的第十三条也明确规定：“普通高等学校投入的无形资产，应当依法作价，无形资产的作价，应当委托具有资产评估资质的评估机构进行评估；无形资产占办学总投入的比例由合作办学双方按照国家法律行政法规的有关规定予以约定，并依法办理有关手续。”2009年2月，教育部办公厅要求各地教育主管部门编报《独立学院五年过渡期工作方案》。按照这一方案，现有的独立学院就像站在一个“十字路口”，面临着三种实际的选择：越过路口向前走，是继续办独立学院；向右拐，是转设为普通民办高校；向左拐，是终止办学并入“母体”高校或其他学校。无论走哪条路，都要经教育主管部门组织考察验收。
据统计，2008年被教育部认定具有招生资格的独立学院有315所，当年10月有5所独立学院申请转设为普通民办高校，其中4所获得批准；截至2010年年底全国共有独立学院322所，有15所申请转设为普通民办高校，其中12所在2011年初获得批准。现在，教育部《独立学院设置与管理办法》规定的“五年过渡期”就要结束了，独立学院将向何处去？大家都在思考、观望和关注。
另一方面，2010年7月，中共中央、国务院颁发《国家中长期教育改革和发展规划纲要》（简称《纲要》），在“办学体制改革”中提出要“大力支持民办教育”，“促进社会力量以独立举办、共同举办等多种形式兴办教育”，形成“公办教育与民办教育共同发展的格局”。《纲要》提出2020年我国高等教育要实现毛入学率达到40%的目标，也就是说，到21世纪中期，我国将进入普及高等教育阶段，这是社会进步的不可逆转的趋势。对我国来说，大力发展民办高等教育是必然趋势。因此，对现今已具有民办性质的独立学院更要倍加珍惜，从保护、扶持、引导的角度出发，正视独立学院产生的客观背景，剖析独立学院面临的现实问题，找准解决问题的核心要素，用“实事求是，解放思想”的改革精神，为独立学院的整顿和发展创造一个长治久安的办学环境，真正体现教育部提出的“积极扶持、规范管理、改革创新”的指导思想。
综合理论工作者的研究和实际工作者的建议，我们认为可以从以下几个方面来思考和逐步解决独立学院面临的困惑和问题。
（一）清产核资明晰产权
独立学院按其办学资产的来源属性可分为两类：一类是完全利用国有资产举办的，一类是民间资本参与举办的。完全利用国有资产的独立学院又分为两种模式，一种是公办高校在没有“合作者”参与的情况下自己通过各种渠道和方式筹集资源（包括利用学校已有的土地和设施，或向银行贷款建设等）办起来的。例如湖北省的31所独立学院中，有15所是公办高校自己举办的；浙江省的22所独立学院中，有16所是公办高校自己举办的。这类独立学院被称为“内生型”模式或“校中校”模式。有些独立学院是公办高校与地方政府、国有企业合作举办的，例如浙江大学城市学院、浙江大学宁波理工学院、北京师范大学珠海分校等。由公办高校自己举办或由公办高校与政府、国有企业合作举办的独立学院都可以归为国有民办模式的独立学院。即前面所分析的校政企合作模式和部分校企合作模式。也有学者称为国有民办模式，即“学校的资产属国家所有，按民办高校的机制进行管理，学校按教育成本收取学费，国家不再投入”。还有一种是由公办高校与非国有企业的社会投资合作举办的，及校企合作模式的独立学院。这种类型的独立学院的资产属性一直是模糊的，有学者将这类独立学院称为“民有民办”不大准确，因为虽然社会投资者投入的有形资产属于“民有”，但公办高校投入的无形资产属于“国有”。
对这两种类型的独立学院都应从法律上界定独立学院的法人财产，依法明晰独立学院的产权关系。
华中科技大学冯向东教授认为，2002年颁布的《民办教育促进法》将民办学校的举办者从“国家机关和国有企事业组织以外的各种社会组织以及公民个人”，将筹措办学经费的渠道从“自筹资金”明确为“利用非国家财政性经费”。2004年颁布的《民办教育促进法实施条例》还专为“公办学校参与举办民办学校”和“举办者以国有资产参与举办民办学校”列出了相应条款。这就为公办高校和国有企事业单位可以作为民办高校的举办者，提供了合法性依据。在这样的制度环境下，独立学院作为民办高校的一种特殊类型，与其他民办高校的唯一差别就在于“有无公办高校参与举办”，而不在于办学资产的“国有”、“民有”之分；公办高校可以利用各种“非国家财政性经费”形成的国有资产（包括校舍、教学设施、土地使用权等）参与举办独立学院，而并非仅能投入无形资产。
《民办教育促进法》和《实施条例》的这些规定，是已经充分考虑到了独立学院的实际存在并将其纳入“促进”对象之中所作的制度安排。它比教育部《独立学院设置与管理办法》规定的“普通高等学校主要利用学校名称、知识产权、管理资源、教育教学资源等参与办学”还要宽松。这种制度安排化解了一些矛盾和不同观点的争论，为现有的独立学院穿越“十字路口”时各类举办者选择参与或推出提供了多种现实路径。
因此，参与举办独立学院的公办高校可以有两种选择，一是选择完全退出，而由其他的“国家机构以外的社会组织或者个人”继续作为举办者，按照普通民办高校申办程序获得办学许可证。独立学院在办学过程中形成的资产及其收益（包括“负收益”即亏损），可以在现有法律法规的框架下依照创办时的各方约定处置。截至2011年年初，已经有10余所公办高校成功地走完了“从参与到退出”的历史过程。