二是选择不退出，公办高校可以“利用学校名称、知识产权、管理资源、教育教学资源等”参与举办，还可以利用校舍、教学设施、土地使用权等国有资产参与举办，只要能通过“等价置换”等方式使其成为“非国家财政性经费”的国有资产，并将有形与无形资产按照国家有关国有资产监督管理的规定评估后，就能合法地投入独立学院。按照《民办教育促进法实施条例》的规定，“参与举办民办学校的公办学校依法享有举办者权益，依法履行国有资产的管理义务，防止国有资产流失”。
国有企业、非国有企业以及个人投资者均可选择是继续作为独立学院的举办者还是退出。继续作为独立学院的举办者，他们将“按时、足额履行出资义务”，并“依法享有举办者权益”。一种极端的情况时，即令这些举办者都退出独立学院并收回自己的资产，但只要公办高校坚持继续举办，它就可以将已经注册为独立法人的校属企业作为自己的合作者和出资者，这种“纯国有”的独立学院依然符合教育部《独立学院设置与管理办法》关于“普通高等学校与国家机构以外的社会组织或者个人合作”的规定。现有的内生型独立学院都可以带着国有民办模式穿越“十字路口”，所不同的是需要建立独立学院的法人资产账户。
地方政府已经投入独立学院的经费、资产和划拨的土地等，可以作为国家对独立学院的资助，属于独立学院法人财产中的国有资产；也可以转为独立学院的借贷，由独立学院负责归还。无论是作为国家的资助还是独立学院的借贷，按照《民办教育促进法实施条例》的规定均“不属于民办学校举办者的出资”。换言之，地方政府必须推出独立学院举办者的角色而只能成为管理者。
冯向东教授的建议是具有可行性的，那么在操作层面有两个环节：资产“过户”和法人登记。资产“过户”问题解决了，在2013年接受教育行政部门的审核，合格后才能得到办学许可证；法人登记是独立学院在社会的合法身份。办学许可证和法人资格就是独立学院的出生和身份证。有了这“两证”，独立学院的存在就比较名正言顺了。
在现实中，比较难办的是对普通高校投入的无形资产依法作价的问题，现在国内大多知名高校的品牌都没有请资产评估机构评估作价。所以，以知名度高校投入到独立学院的名称、知识产权、管理资源、教育教学资源等无形资产很难明确地作价。因此，我们认为可以通过高校与独立学院签订协议，明晰这部分投入在总资产中占多大比例。所以，“明晰产权”了，不要资产“过户”，不一定要强制执行。重要的是对独立学院已有的国有资产重新“登记”，“审计”，进行资产认证。认证后加强监控，保证国有资产不流失是根本。
（二）处理好“营利性”与“公益性”
独立学院要进行法人登记取得身份证，又面临一个不可回避的问题：什么身份？按我国现行法人登记制度公办高校均按事业法人登记，民办高校一般按非企业法人登记。而独立学院各地掌握政策也不尽相同。有些地方原则上只要有国有资产成分（如校办企业）就可以作为“事业单位”登记，有些地方要求合法财产中非国有资产份额若不低于总财产的三分之二就可按“民办非企业法人”登记，由于不少学校资产认定工作尚未完成，法人登记也遭到延误。
身份认证又会涉及“营利性”与“公益性”。这一问题的讨论，从独立学院诞生时至今日，理论上没有结论，政策上也没有明确的强制的规定。对此，学者们提出了很多措施，如“不要把投资方合理回报看成是独立学院营利性回报，而应当看成是独立学院借贷性还费。”有学者提出要区分“营利性民办高校”和“非营利性民办高校”，从立法上允许“营利性”独立学院存在。我们认为，高等教育具有很强的公益性，但从我国现实的情况来看，独立学院完全做到“公益性”还不具备条件，就是“国有民营”（由公办本科高校与政府，或自办企业合作的独立学院）的独立学院也很难完全做到。因此，独立学院应坚持公益性取向，但对投资方可以有“合理回报”，无论称其为“借贷性还款”，还是“管理费”，这样才不会影响投资方的积极性，保证独立学院资金链不断裂，推动独立学院可持续发展。
（三）科学合理的办学定位
从2010年中共中央、国务院颁发的《国家中长期教育改革和发展规划纲要》提出，2020年我国高等教育要实现毛入学率40%的目标来看，独立学院有一个很大的发展空间，但从我国高等教育形成的格局来看，独立学院又面临巨大的挑战和压力。因为，公办教育经过首轮评估已奠定和提高了教育教学质量的硬件和软件基础，其办学定位已得到社会基本认可，办学特色也基本形成；高职高专又得到国家的高度重视和支持，办学定位明确，初步形成自己的办学特色和体系，并与相关企业建立了各种合作关系。近年，在落实《国家中长期教育改革和发展规划纲要》中，教育部和地方政府也都加大了对所属高校的投入，公办高校的实力进一步增强。独立学院似乎处在一种夹缝之中，正确的办学定位和发展战略也是独立学院可持续发展的关键问题。
我们认为，独立学院的办学定位也应在现有的高等教育格局下考虑，一是人才培养目标定位，二是服务社会定位。在人才培养目标的定位上，以应用型专业、技术型人才为培养目标，所培养的学生有比高等职业技术学院学生较好的理论基础和系统的知识体系；有比普通高等学校学生更强的实践动手能力和技术应用能力。在服务社会定位方面，应注重服务地方和区域经济社会的发展。如电子科技大学中山学院定位为办“高水平的应用型大学”，主要为“珠三角”地区培养人才。如电子科技大学中山学院的办学思路是“以市场为导向，以质量为核心，以创新为根本，以成才为目标”，发展定位为“立足中山，面向全国，以IT为特色，理工渗透，经、管、文协调发展，培养高素质人才”。学院办学9年，培养全日制本专科生1.8万人，80%左右投身于“珠三角”地区的经济发展和社会建设。同时，学院还发挥“智库”作用，积极建言献策，为中山经济社会发展提供了有力的人力智力支持。2011年10月10日，电子科技大学和广东省中山市人民政府就合作举办电子科技大学中山学院签订合作办学的补充协议，明确了中山学院的单位性质、人员身份、资产过户、管理费用、办学规模和形式等。根据协议，中山学院实行理事会领导下的院长负责制，学院招生在面向广东及全国招生的基础上按有关政策尽量增加中山生源指标，毕业生优先满足当地需要。中山市委市政府将大力支持电子科技大学中山学院的发展。电子科技大学成都学院定位为：坚持在传承电子科技大学电子信息人才培养优势的基础上，办好传统优势类专业、特色类专业和服务地方经济发展的三类专业；坚持在办学过程中实施“面向行业，面向就业，面向市场”，不断推进教育创新和管理创新，实施培养目标多元化，培养模式多样化，全力培养有系统理论基础和工程实践能力，具备可持续发展潜力和创新精神的应用型科技人才和技术领军型应用人才。学院致力于培养国际型、复合型、有特色的应用型科技人才，强调以电子信息技术为核心，工、管、文和艺术类多科性协调发展，立足成都、辐射西部，以建设有特色的国内一流独立学院为发展目标。
从独立学院发展十几年的历程看，围绕国家及所在地区区域优势产业，集中办学资源进行与区域优势产业高度相关的专业发展，是其成功的战略选择。
对一些基础好，办学实力强的独立学院也可以向培养高层次人才发展。2011年10月，有5所民办高校通过教育部审批，获得研究生招生资格。这是新中国成立以来我国民办高校首次获得研究生招生资格，标志着民办高校学历培养层次进一步提升，也为独立学院向培养高层次人才的发展开辟了通道。
（四）创新办学管理模式
独立学院要健康地发展，办出水平，办出特色，还要靠管理体制和运行机制的创新，而体制、机制的创新又必须有规范的法律法规来保障。因此，要努力建立和完善“独立学院的大学章程”，要通过立法建规的方式，明确独立学院内部与外部的管理体系，要理顺申办方、投资方、地方政府、上级政府教育主管部门对学校管理的权利和责任；申办方、投资方、办学方对学校直接管理的权力和责任；董事会及董事长、校（院）长、党委书记各自的权力和责任等，包括党委书记、党的组织建设的具体要求和规定等。在大学章程中重点明晰董事会、校（院）长、党委及学校内部组织的职责和权利。
从内部组织机构来看，绝大部分独立学院的组织机构都比较精简，这一点是独立学院的有利条件，但在保持组织机构精简的同时，还要高效。
在管理上，进一步借鉴企业、国外等办学机构的经验和方式，也可吸收其参与管理，实现多种形式办学；要根据国家和地区经济社会发展变化，及时调整办学规模和培养方案，使学生在就业时有竞争力，工作中有持续发展能力。
师资队伍的建设也要纳入管理的重点，一是专任教师的具有博士学位的教师应逐年增加，二是教师队伍的质量要不断提高。建议教育行政部门出台相应的政策和提供一定的指导，对独立学院专任教师的数量和学历提出指导性的要求，并督促实施；对独立学院教师培训纳入计划，把教育行政部门的培训和独立学院自己通过各种方式和培训结合起来，切实保证独立学院的办学能力和培养质量。
独立学院是我国高等教育体制改革的试验田，十几年的成绩是有目共睹的。我们相信，在这块试验田中，一定会涌现出一批有特色的有影响的大学。