3.收费标准的成本核算
独立学院从建校开始，政府就没有大的资金投入，办学初期依赖合作方建校，学校要发展很大程度上依赖学生缴费。但这并不意味着独立学院的收费标准可以由办学者随意制定，下面就从政策文本和实际运作两个方面，阐释独立学院的收费标准应该而且能够以成本核算为基础，同时必须与公办高校的收费标准区别开来。
国务院发布的《〈中国教育改革和发展纲要〉的实施意见》规定，高等学校和中等专业学校、技工学校学生实行缴费上学制度，缴费的标准由教育行政部门按生均培养成本的一定比例和社会及学生家长的承受能力因地、因校（或专业）确定。1996年颁布的《高等学校收费管理暂行办法》规定，高等学校学费标准根据年生均教育培养成本的一定比例确定，并明确教育培养成本包括公务费、业务费、设备购置费、修缮费、教职工人员经费等正常办学费用支出。从1997年开始，非义务教育阶段收费标准不再由国家统一规定，而是由省级人民政府按照当地经济发展水平、教育单位办学条件、群众经济承受能力，根据各单位实际生均成本的一定比例来确定。作为独立学院主管部门或物价部门在审批收费标准时，需要以学院核算的生均教育成本数据为依据。
依照《民办教育促进法》的规定，独立学院属民办教育范畴。《若干意见》中明确规定，试办独立学院要一律采用民办机制，独立进行财务核算。由此可见，在没有国家财政投入的情况下，依靠吸收民间资本建立起来的独立学院有必要实行成本核算。
实行收费标准成本核算是独立学院的受教育者了解教育成本的需要。随着学生缴费上学的普遍实行，学生已成为教育服务的购买者，对于教育服务价格（学费标准）确定的依据，即教育成本自然非常关心。1998年海南大学的自费毕业生就提出，学校应对他们两年来的各项费用进行结算，对不合理及超出部分予以退还。他们认为，既然是自费，学生就有权知道自己的钱用在哪里。受教育者既然承担了完全的教育服务费用，他们就有充足的理由要求独立学院为他们提供真实的教育成本。
独立学院的教育成本大致由以下几个方面构成：（1）公用经费支出，包括土地购置费（或场地租赁费）、基建费（师生宿舍、食堂、图书馆、体育场馆、教学实验楼等）、教学设备费、办公设备费、维修维护费、图书资料费、水电邮电费、车辆开支费等。目前，在独立学院普遍走硬件先行、规模扩张的跨越式发展道路的情况下，这部分经费的支出在整个学校教育成本中所占的比重最大；（2）职员经费支出，包括固定职员的工资、奖金，外聘人员的课酬、津贴，教师的培训费、社会保障费，招聘优秀师资的各项费用；（3）招生毕业生宣传、品牌创建经费支出，作为新建本科院校，独立学院面临着如何扩大社会知名度、创建品牌、塑造形象、赢得信誉，以争取更多生源、吸引高水平教师、拓宽学生就业渠道的问题，在这方面，独立学院除了加强校内的硬、软件建设，还需投入经费，加大对外宣传介绍的力度，如印刷招生宣传材料，在报刊、电视、网络上制作宣传广告，推介毕业生等；（4）日常教学开支费用，教学用的教材、纸张、文具及其他学习参考材料，实验耗费品、出卷阅卷费、参加学术会议的差旅费、会务费；（5）学生的奖、助学金和困难补助，独立学院用于学生这方面的支出既是体现教育的准公共产品性质的一种表现形式，也是学校树立形象、吸引优秀生源的一种重要方式，如今已成为各校应有的经费支出，是学校教育成本的构成之一；（6）贷款利息，作为非财政资金投资举办的民办教育机构，不少独立学院的办学经费特别是启动资金来源于银行贷款，而作为贷款必然附加的条件，贷款利息与贷款本金是相伴而生的，应该计入教育成本。
当然，独立学院教育成本的计算方式有很多种，由于教育成本投资的公益性、回报的长期性存在，也不应该要求所有的教育投入都折算成学费平摊到学生头上。目前，我们可以通过制定优惠的产业政策来解决，努力形成社会或个人投资、政府出资、教育贴息贷款、个人或企业赞助、学生交费等多渠道筹资的局面。参照西方国家的做法，政府除直接资助外，在教育贷款、税收、学费定价等方面给予必要的扶持十分重要。独立学院要建立合理的成本核算与管理体系，尽快形成适合独立学院运行的、以成本收费为核心的经费筹集与补偿制度，这对于拓宽筹资渠道、积累资本具有重要的意义。
4.办学结余的合理回报
允许独立学院的合作方取得合理的回报正逐步得到公众的认同和法律的认可。《民办教育促进法》规定：“民办学校在扣除办学成本和按照国家有关规定提取必要的费用后，可以从办学结余中安排适当经费，以出资人投入民办学校的资产给予适应的补偿。”这就为社会资金投入高等教育，实现投资主体多元化提供了基本的法律环境。
从国外的实践来看，许多国家都把非公办教育系统的教育机构区分为营利性和非营利性两种。据统计，美国私立高校中营利性高校有614所，占全美高校总数的26.6%，也就是说，1/4以上的高校为营利性私立高校。他们鼓励和保护营利性高校投资人的投资回报权。而对那些非营利性私立高校，政府才会禁止投资人从学校取得收益和获取回报。
任何一项产业在其自身的运行过程中必须要有一定的盈利和回报才能持续不断地吸引新的资金投入，进而形成良性循环，独立学院也不例外。公益性教育机构的产权属于社会、公众而非投资者个人，其作用在于服务社会和公众是不讲求投资回报，没有利益追求的。占我国高等教育主体的公办高校，以国家财政性经费为主要资金来源，没有盈利压力和回报要求，一方面有利于其教育性公益的实现，另一方面也造成了我国公办高等教育长期以来资金使用效率不高、投资效益较低的局面。独立学院合作方的私人性质和投入资金的民间性质，决定了独立学院必须办出规模、办出品牌、办出效益，合作方才能从举办独立学院的结余中获得回报，才能稳定合作方的投资，并激励合作方根据独立学院的发展需要持续不断地投入资源。因此，合作方取得合理回报不仅不会影响独立学院的发展，相反可以促进独立学院的发展。
独立学院在稳定运行之后，会逐渐产生出办学结余，合作方理应有权分配办学结余。但对于办学结余的分配要注意两个前提：一是任何回报的取得都必须建立在不妨碍学院正常运转的基础上。资金收入应主要用于学院的教育发展，使学院不断增加教育投入、改善办学条件、增强办学实力，以实现资金的良性循环。二是不能牟取暴利，从而改变教育的公益性质。因此，在强调独立学院办学经济效益的同时，不能忘记社会效益，应考虑到教育对全社会承担的责任。
合作方获得回报既是独立学院发展的必然结果，也是独立学院健康发展的重要标志。对于热心于投资独立学院的合作方，应当而且可以通过政策、法律、行政等手段，通过激励和约束，淡化其获取利润的目的，约束其追求利润的行为，鼓励其分享办学结余，保护其合理回报。
（二）民办机制聘任教职员工
按照民办机制运行的独立学院，在管理教职工队伍方面拥有比公办高校更多的自主权。“退出机制”不健全一直是困扰公办高校发展的难题，而这个问题在独立学院成立伊始就已经从制度上得到解决。随着独立学院的发展，全员聘任、矩阵式用人的格局逐渐形成。独立学院通过从外部（不含母体高校）不断引入新的教师，用企业用工的方式管理教职工队伍，并参照企业绩效考核的方式对教职工队伍的教学、管理质量进行考核，从严把好教师队伍的教学质量关和职工队伍管理服务质量关，维护独立学院的质量生命线。
1.全员聘任，灵活定酬
公办高校中最重的包袱就是人的负担，结构不合理、工作任务不饱和、退休人员费用多等现象普遍存在。作为依靠民办机制运行的独立学院，在队伍建设方面可以避免公办高校所面临的人的困境。独立学院需要培养市场急需的人才，教师的选用也要随着市场对人才的需求而变化。因此，大部分教师可以采用不同期限的聘用方式，这既可以选出高水平的教师上课，又可以节约成本。对于行政管理人员可以分类聘用，可聘用相对学历较低、动手能力强的人员从事一般工作；中高层管理人员，可聘用有一定学历，管理能力较强的人员。独立学院应尽可能减少双肩挑人员，教师行使育人的职责，行政人员为教师、学生服务。矩阵式用人的灵活机制不仅能够确保教职工队伍充满活力，还能减少未来的固定成本以及固定职工所带来的很多麻烦，如退休费用、住房、子女就业等一系列问题。
独立学院不靠政府投入，考虑到成本控制，要求办学成本最小化。要想做到成本最小化，要求具备科学的管理体制和运行机制，其中优化定岗与合理定酬尤为重要。
江浙地区的6所独立学院在这两点上进行了有益的尝试。在定岗方面，独立学院强调管理人员少而精干，充分调动人的潜能，实现一岗多能、一人多岗是其重要举措。南京师范大学中北学院有正式编制的管理人员共10名，另外聘请10名离退休同志参与管理工作，全面负责15个专业1200个学生的管理；南京经济学院红山学院的管理人员一共6名，负责980名学生的日常管理工作；苏州大学文正学院有管理人员22名，负责了近300名学生的一切管理工作；杭州商学院国际经济贸易学院正式管理人员6名，另聘若干兼职班主任负责学生管理工作；浙江财经学院东方学院管理人员6名，负责1013名学生的日常管理和班主任工作；浙江工业大学之江学院原中专学校管理人员曾有200名，改制后浙江工业大学只派出了6名管理人员负责日常工作。
在定酬方面，江浙地区的6所独立学院因校制宜，努力做到合理定酬。苏州大学文正学院的管理人员，在保持原苏州大学工资水平的基础上，另外获得所在工作岗位的报酬；浙江工业大学之江学院管理人员的报酬比母体高校还低，因为他们财务完全独立运营核算，与母体高校没有任何联系；南京经济学院红山学院管理人员的报酬与本部学院报酬基本持平，只是增加了每月300元的补贴；杭州商学院国际经济贸易学院、南京师范大学中北学院、浙江财经学院东方学院的管理人员报酬都与母体高校一致。正因为定酬合理、定岗优化，江浙6校的国有民办学院做到了办学成本最小化，从而使这些学院能够自我约束、自我发展。
2.专兼结合，以专为主
师资队伍建设是高等学校发展的关键。作为独立学院必须要建立一支有本校专业特色、相对稳定的师资队伍。而事实上，在人才竞争激烈的今天，引进人才建设师资队伍需要大量投入，因此，引进人才必须要有规划，要符合本校的专业和学科布局和发展战略。对于人才也要有所取舍，从办学成本角度出发，独立学院应树立“但为我用，不求所有”的观念，创新人才引进机制。对于不是专业核心的课程，不是基础性的课程，应以聘任兼职教师为主。为加强学生应用实践能力，独立学院在进行专职师资队伍建设同时，面向社会企事业单位聘请一批具有丰富实践经验的行业精英担任兼职教师，让他们定期或不定期来学院授课、开讲座、做培训，从而达到外部引智的效果。
师资队伍水平的高低直接关系到独立学院的生存与发展，独立学院急需建立一支稳定的高水平的师资队伍。从现有独立学院资源合理利用的角度思考，许多独立学院面临着人力资源有效和充分利用的问题，如现有师资队伍的充分使用、退休教师资源的继续利用、学校设施与各类专业设备的充分利用等，都还有一些矛盾和关系需要处理。有文章认为，高校与教师之间的关系发生了一定的变化，教师管理比较灵活，教师已由学校人变为社会人，可以双向选择。既然是依托大学办的独立学院就没有必要另起炉灶，完全应该充分利用母体高校的一切资源为我所用。
考虑到兼职队伍的不稳定性和人才培养的长期性之间的矛盾，独立学院仍然需要根据办学实际需要，聘请部分高水平的专职教师。从这一点来看，民办机制更有利于独立学院充分利用社会上的人力资源。从我国独立学院发展所处的历史阶段来说，目前在还处在依托母体学校教师队伍提升人才培养质量的关键阶段，创立独立学院自己的品牌仍需假以时日。等到独立学院能够稳定培养出符合社会需要的优秀人才，才有可能完全依靠自身的专职教师队伍完成教学任务。目前可以分阶段、循序渐进地建立一定数量的相对稳定的专职师资队伍，保证核心专业课、基础课程的教师队伍。
3.质量监控，多方参与
办学质量是独立学院的生命线。对独立学院的质量监控除了采用行政手段之外，还必须引入市场机制，通过政府委托评估机构进行评估、社会评价、母体高校评价以及独立学院自评等多个方面的评估形式的有机结合，形成一个办学质量的监控综合指标体系，以保证独立学院快速、健康地向前发展。