这次三边失利的主观原因，是三边地委战略指导方针的错误。正如地委6月18日在《关于三边分区目前形势与任务的指示》中所言，本来“在敌强我弱的情况下，我们应该是大胆地放弃城市，诱敌深入，使敌人战线延长兵力分散，我则集结主力大踏步地前进，在运动战中寻找敌人弱点，以优势兵力消灭其一股，然后各个击破……但这次，相反地我们企图坚守城市阻敌前进，以致遭受损失……其次是骄傲轻敌，部队中从上到下对敌人估计不足……加以去年兴武营战斗我们打了胜仗，更加增长了轻敌思想……”
三边作战的失利，使形势陷于空前的严重之中。广大滩地被敌控制，大部分区乡政权被敌摧垮，重要城镇与交通要道被敌暂时占领，马鸿逵与胡宗南企图南北会师，将三边分区割裂成若干小块，并以城镇与交通要道为依托向山地进行清剿。根据当时的局势，盐池游击队返回盐池活动已很困难，因此，郭文举、张广珍他们经过研究之后，决定也向吴旗县方向转移，以便向三边地委靠拢。在撤退途中，会合了李有煜带去的十几个人。当月13日，部队到达距吴旗镇只有六七里路的后沟村安营扎寨。接着，在棉蓬洼战斗失利而溃散的人员，除了有少数基干民兵逃跑回家或投敌叛变外，大多数人都克服重重困难，陆续赶到吴旗县后沟村归队。以后的实践更加证明，盐池县委领导下的游击队是一支难不倒、拖不垮、打不散的坚强革命队伍。
4月7日，三边地委、军分区在吴旗杏柳沟召开了县、团级干部紧急会议，研究了三边战斗失利后的局势，决定成立各县工作委员会，领导人民开展游击战争。盐池游击队就地在吴旗休整了一段时间，并认真总结了三边战争以来的经验教训。领导机构力求精干化、战斗化和一元化，将县委、政府、保安队、民兵合并成立游击大队，县委政府领导人与游击队一起行动，一则便于工作，再则可以保障干部的安全。与此同时，以区乡干部为骨干组成武装工作队，简称“武工队”。武工队平时多以三五人组成战斗小组，或以十多人组成战斗小分队，身着便衣，暗藏武器，以宣传、动员群众为主，“枪不离身，睡不解衣”，机动灵活地开展游击活动。
在吴旗休整期间，三边地委领导反复鼓励教育大家，要坚定信心，争取胜利。“由于敌人控制滩地与封锁关口，我们的生产贸易已大受影响，财政经济的困难势必日趋严重，在这种情况下，我们的工作会遇到更多更大的困难。但困难是可以克服的，我们决不能为困难所吓到。只要全党团结一致，紧紧和人民结合起来，坚决对敌斗争，同时厉行节约，紧缩开支，发展各种可能的生产，我们仍然可以恢复三边的局面。整个世界形势与国内形势对我们是有利的。我们有毛主席与朱总司令的直接领导，有其他解放区的配合，还有广大人民群众的支持，蒋、胡、马的进攻一定会被粉碎，中国革命一定会胜利，三边永远是属于我们的！”同时，县委领导对干部、战士进行了深刻的思想动员，让大家认识到中国革命必然胜利的条件。教育大家反对恐敌思想，反对惊慌失措与悲观失望的情绪，反对动摇逃跑与自首叛变的无耻行为，在任何情况下都要保持共产党人的高尚人格与阶级气节，高度发扬共产党人艰苦奋斗、不屈不挠的革命精神。号召大家在战争中立功，经受各种艰难与曲折的考验。
在吴旗休整了一个来月后，盐池县委政府带领盐池游击队，在警备八团一个连和定边县游击队的配合下，回师西进。西进的目标是，到盐池、定边两县山区发动群众，开展全面的游击战争，首先是发展山地游击战，相机打击马鸿逵部队和反动地方武装清乡团。以山地为依托，建立巩固的根据地，然后逐渐向滩地发展。逮捕与镇压反动分子，对于证据确凿的特务侦探以及帮助敌人陷害革命干部及家属的坏蛋，在环境许可时进行群众公审处理；摧毁敌人保甲组织，重建被敌人破坏了的乡村政权；发动群众支援前线，交公粮、做军鞋、组织担架队，发扬老区人民的革命精神，保卫边区，保卫家乡，争取最后胜利。
人民解放军西北野战军在掩护中共中央机关安全撤出延安后，在彭德怀指挥下，运用“集中绝对优势兵力，各个歼灭敌人”的作战原则和运动战、阵地攻坚战相结合的战术，从3月下旬至5月初，先后取得了青化砭、羊马河、蟠龙三战三捷，歼灭国民党军1.4万余人，稳定了陕北战局，为彻底粉碎国民党军对陕甘宁解放区的重点进攻奠定了基础。
1947年5月下旬，三边军分区在吴旗凤凰寺对警备八团和新十一旅二团进行改编，两团合并，称三边军分区二八团。团长李友竹，政委王士杰。三边军分区辖二八团、回汉支队、蒙汉支队及各县游击队。
六国民党清乡团反攻倒算
马鸿逵部侵占盐池后，以陈步瀛为县长的国民党盐池县政府，也随着由惠安堡搬进了盐池县城，在马鸿逵军事力量支持下，开始对共产党人和人民群众进行残酷镇压和血腥报复。
4月15日（农历闰二月十九日），敌人在侵占盐池县半个多月之后，马鸿逵带领一个所谓“党政工作团”来到盐池，在县城召集群众开“庆祝大会”。马鸿逵在会上发表了反共演说，并指使几个共产党的叛徒及反革命分子在会上大骂共产党，作反革命宣传，企图收买人心。
敌人将盐池县原5个区、26个乡的人民政权，破坏了4个区19个乡。拼凑起了为反动地主阶级服务的9个乡38个保的反动政权；纠集一些被打倒的土豪劣绅、反动地主、兵痞、流氓等乌合之众，组成多支反动武装，名为“保安大队”，实为“清乡团”。其中，属于国民党盐池县政府直辖的是盐池县保安大队（清乡团）。曾经在建设“三三制”政权时被补选为陕甘宁边区盐池县政府委员的刘占金（字刘立生，盐池四区古峰庄人），投敌叛变当上了国民党盐池县清乡团团长（团总）。副团长张万镒（盐池四区铁柱泉人）。下辖3个分队：一分队长王天祥（盐池五区石山沟人）；二分队长石万选（盐池二区土沟人）；三分队长周岳（盐、环交界地周大坝人）。清乡团人员由最初的四五十人很快发展到一百五六十人。各分队人数不等，由县政府随机调整。活动范围主要在县北部至中部地区。1948年刘占金以“年老”为由辞职，张万镒接任团长。另外，在县南部及西南部盐、环、同交界地带，还有一些由马鸿逵势力培植起来的地主武装。
例如，韦州：城内设有盐同国民兵司令部（辖自卫队），司令马彦，河州回民，曾任骑二旅旅长；副司令苏常林，本城回民；参谋长刘兆汉，曾任盐池县长。司令部有骑兵一排，十多人。该城内有国民党盐池五乡自卫大队，大队长苏××，又称苏矬子，本城回民。下辖4个中队，一中队长苏培强，二中队长丁长安，三中队长马有德，四中队长解长清。每个中队辖2个分队，每分队二十一二人，共320余人。
红城子：有盐池四乡、二乡自卫队两股。四乡自卫队长王子强，本城回民。有30名队员。二乡自卫队长任保山，副队长张瑞兰。有20多名队员。任保山不多管事，由张瑞兰横行乡里。
下马关：有盐池五乡自卫队，队长张子英，本城回民。副队长马××。下辖2个分队，每分队二十三四人。
周边的环、同两县还有赵清彦、敬明君、施彦芳、杨子英等反动武装，经常深入盐池地方骚扰。
另外，老牌土匪张廷芝在马鸿逵部侵占三边后，卷土重来，被马鸿逵任命为“三边剿匪司令”。在马鸿逵扶持下，张匪将定边、安边一带的残渣余孽收拢起来，匪众很快发展到一千二三百人。他们向人民反攻倒算，到处抓人抢人，勒索群众，横行乡里，无恶不作。
国民党盐池县政府在马鸿逵势力的支持下，利用清乡团在全县大搞“清乡”活动，疯狂地逮捕枪杀共产党工作人员和无辜群众。在县城，枪杀了原城区一乡党支部书记杨芳和县政府炊事员崔贵胜（一名崔国寿）；逮捕了共产党员、进步群众和干部家属20多人，其中有武常新、陈三义、夏珍、刘富喜、王科、毛文德、朱彦政、白凤山、白凤岐、刘生仁、龚占和、冯文俊和孙学敏等。他们被送往银川监狱关押，遭受了残酷的拷打折磨，有的被害死在敌人监狱里。在农村，有一些共产党的干部随军撤退以后，家庭遭到敌人严重破坏。如区乡干部马生才、单永贵、李创福等，家中的牲畜、财产被敌人洗劫一空。敌军所至无所不为，到处横征暴敛，搜刮民财，奸淫烧杀，蹂躏百姓，仅盐池县就被抢去粮860多石（仅仓库储粮，民间被抢的不计在内）草2万多斤。任意宰杀耕牛和羊只，如石山子战前全村有耕牛50多对，盐池沦陷后，耕牛因送军粮挣死和敌军宰杀吃肉，不到半年光景，只剩下9对。要粮要草，苛捐杂税，多如牛毛。肉铺买一只羊要上一万元的税。宰后还得上四千元的屠宰税，每张羊皮交公只能顶500元，不准私卖。马部占领的同心、盐池两地共有23.8万只羊，每年羊税即达29750万元，另外还要出7万多张羊皮。大量的耕地荒芜不能耕种，农牧业生产遭到了极其严重的破坏。在发动侵略三边的战争中更加疯狂抓兵，扩大其反动武装。闹得民不聊生，鸡犬不宁，人民生活极困苦。盐池人民十多年来（1936至1947年）在共产党、毛主席英明领导下所获得的丰衣足食、和平幸福的生活，被敌人破坏得一片狼藉，广大劳动人民又陷入了水深火热之中。
七第一次收复盐池
收复盐池国民党胡宗南部侵占延安后，西北人民解放军7个旅，在彭德怀副总司令指挥下，3月25日在青化砭歼灭了胡宗南部整编三十一旅部及一个团2900余人，活捉敌旅长李纪云。4月14日在羊马河全歼敌一三五旅4700余人，活捉敌代旅长麦宗禹。5月4日又在蟠龙镇全歼守敌一六七旅等部6700余人，活捉了敌旅长、胡宗南的“八大金刚”之一李昆岗。“三战三捷”给了国民党胡宗南集团以沉重打击，粉碎了国民党对陕甘宁边区的重点进攻。5月14日，在安塞县的真武洞开了祝捷大会，周恩来副主席在大会上宣布“我们的伟大领袖毛主席还在陕北，亲自领导和指挥我们打胡宗南！”极大鼓舞了陕甘宁边区人民战胜敌人的信心。
国民党军胡宗南集团迸玫陕北两个月来，屡遭解放军打击，损兵折将，士气低落，补给困难，战斗力日减，不得不集结于蟠龙、青化砭、拐峁地区整补。解放军西北野战兵团乘胡宗南接连受挫集结未动的空隙，为了打击青海马步芳与宁夏马鸿逵的势力，遂于5月21日发起陇东战役。解放军西北野战兵团兵分三路，从安塞地区出发，开始向陇东挺进。其中第一纵队为右路，新四旅与总部直属队为中路，第二纵队与教导旅为左路。5月底突破敌防线向陇东分区之马步芳、马鸿宾部发起攻击，接连收复曲子、华池、环县和庆阳、合水以北陇东分区广大地区，歼敌步骑两个团2600多人，振奋了陇东人民的斗志。新华社为陇东大捷发表了特评《三马之失败》。西野大军在攻克环县后，于6月25日又迅速挥戈北上，乘势向三边进军。盐池游击队与回汉支队，紧随西野之后行动。26日收复环县西北边境靠近盐池县的甜水堡，大部队冒着炎热天气越过人烟稀少、水源极缺的盐池、环县、定边交界地区，经过四天的连续行军，6月28日到达定边、安边附近南部山区集结。6月29日西北野战兵团二纵队与新四旅由鹰窝山涧一带向安边、砖井出击，一纵队由小涧子向定边出击。马鸿逵预料西野有从下马关、韦州直捣其宁夏老巢的可能，急调驻盐池的168旅504团到韦州把守；又令用数十辆卡车日夜抢运盐池、定边的粮草。并下令：定边、安边、靖边能守则守，不能守则走。将侵占三边之主力连夜撤回宁夏金积、灵武，只留下一个骑兵二十团分布在红山子沟、天池子一带警戒，状如惊弓之鸟。西野解放军于6月29日收复安边，30日下午，只放了几枪，就收复了定边。7月3日，西北野战军与三边党政军民在定边城北大操场举行祝捷大会。彭德怀司令员发表了鼓舞人心的讲话，说“马鸿逵是秃子头上的虱子—他跑不了”。各界群众代表在大会上发言，向英雄的西野表示致敬。群众团体组织秧歌队演出助兴。会后，在定边城大街上举行了盛大的战利品展览，大长了军民志气。
为了防止敌人逃窜，三边地方部队新十一旅二团、骑兵团、回汉支队和盐池游击队，由三边军分区司令员郭宝珊指挥，奉命配合西野一纵队和教导旅西出盐池截击敌人。7月7日，解放军把驻盐池的马鸿逵骑兵二十团，团团包围在城西滩。包围战线南由太平庙到石山子，聂家梁，北到柳杨堡。并在深井、土沟、黄沙窝等地展开了激烈的战斗。解放军三面攻打，敌人措手不及，左冲右突，到处乱窜，成了一窝蜂。