清同治二年（1863年）杜文秀大理政权东征昆明时，回族矿工全部参加起义军，而使全矿停办。起义失败后，许多人逃到该县回族聚居的么罗、柏树两村，现许多人家还是当年万宝厂铜矿矿工的后代。靠中缅边境的茂隆银矿，回回人去开采的也较多。茂隆银厂位于孟定府沧源班洪佤族部落辖区，清初银矿大旺，云南各地和江、广、黔各省人亦多来滇开采，拥有矿工两三万人，年产白银数万两。乾隆十一年（1746年）云贵总督张允随奏称：“滇省永顺东南（即永昌、顺宁府）徼外，其地茂隆山厂，因内地民人吴尚贤赴厂开采，矿砂大旺，该酋长（佤葫芦王）愿照内地厂制抽课作贡。计每岁解银一万二千两，为数过多，可否减半抽收？”乾隆谕：“应如该总督所请办理。”[20]悉宜厂在耿马县悉宜。清初开采银矿渐旺，有湖南和云南各地回族到悉宜银矿开矿，有回族的硐主和砂丁、管理矿山的客长，以及专事贩运粮食、日用品供应矿区的回族商人，还建有礼拜寺。在清嘉庆五年（1800年）矿上回民和湖南人发生矿争，记有“缘顺宁府耿马土司所管之悉宜厂，远在边外，内地民人前往开采贸易”，“厂上食米多系回民贩售”[21]。
滇西北的迪庆藏族自治州首府中甸和德钦县，回族在清初因经商和开矿从陕西、大理等地进入，在中甸回族坟上至今还有古墓碑。历史上在中甸中心镇回族很多，曾形成回族聚居商业比较繁华兴旺的“北门回子街”，还建有清真寺。清初、中期中甸开发宝兴银厂，当时陕西、四川、大理汉、回大量涌入开矿。清道光初年又发现安南金矿（金沙江沿岸），回族亦进入落籍，形成今天回族聚居的安南村。当时，到安南金矿除兰家是陕西回族外，还有伍家、杜家、崔家、马家、杨家，杨家多次担任了宝兴银矿和安南金矿的课爷（收税）。至今中甸回族聚居的安南和兰家村、龙汪边村居民，多是矿工的后代。在德钦县升平填，清初进入的回族先民，许多人也是从陕西、大理等地来做生意、开矿而落籍的。据回族老人们传说，清雍正年间回族人在升平镇外的山上，发现银矿石，并开始了小规模的开发，其后陕西、四川、大理等地回、汉族纷纷来开采，使矿区兴盛，经济繁荣。其后因矿洞倒塌，几经山洪冲刷而停止开矿。现在升平镇很多回旅都是当年矿工的后代。
滇东北的昭通银矿、东川铜矿、会泽汤丹、碌碌铜矿、巧家老厂铜矿、大关老人山、箭竹塘铜矿的开采，其规模以昭通鲁甸县的乐马厂银矿为大。乐马厂位于鲁甸县西70公里，包括龙头山全境及乐红区所辖范围都有矿点，面积达50多平方公里。乐马厂银矿开采历史悠久，据《乐马厂古银矿遗址碑》载：“乐马厂乃古时产银胜地，所产朱提银于汉代与汉家金齐名。清乾隆七年（1742年）至嘉庆五年（1800年）近60年间矿业鼎盛，商旅繁荣，因而人慕所归，投身者万余人，众多有望银思富，定居立业，繁衍后裔者，斯时矿洞满山，台阶遍地，庙宇林立，道路四通八达，纵横数十里，尚有碑刻石雕，古桂树木，文物钟鼎，乐马厂兴旺之佐证也。”[22]乐马厂盛时，乾隆七年每年课税银达62589两。在乐马厂矿区的老君山、观音山、金钟座山、青龙山等都有开采，矿坑达百多个，有记录的矿坑达70余个，如著名的观音洞、狮子莲花洞、天成洞、天仓洞、青龙洞、青蛟洞等，矿冶点在八宝清真大寺脚有48盘大炉，日夜冶炼，最旺时采选、运输、冶炼、后勤供应等达4万多人。从八宝到乐马口长达10公里的地方都是集市。当时开采冶炼者除鲁甸、昭通外，有滇西、滇东和省外湖南、湖北、四川、西北陕甘等地的人。开矿和冶炼者回族众多，许多回族是开矿进入落籍。如“客籍马”原籍陕西，雍正元年（1722年）第16世祖迁移贵州威宁，雍正八年（1729年）迁来鲁甸岩洞村，在乐马厂银矿烧炼银罐。住鲁甸马德沟、白沙坡村蔡姓，原籍湖南邵阳人，乾隆时来乐马厂办矿落籍。岩洞村蔡家，是清咸丰初年蔡文炳大阿洪，从滇西弥渡县来乐马厂大清真寺任掌教，后定居。《民国昭通志》说：“前清哈元生两次平昭，所带兵丁多系回族……科举时代，常中武魁，及中伍者，亦列显官，但居乡人多，除农牧外，以走广（办矿）贸易为事。”
从鲁甸桃园、岩洞回族聚居区调查，乐马厂银矿盛时，各村有一半人从事开矿、炼矿，如桃园乡阮家院子村一些大户用骡马驮矿砂到大水井冶炼。在乐马厂矿区，至今还有回族矿工后裔在龙头、乐马口、回子坡等回族村居住。在矿区八宝有大清真寺遗址，老君山下和老屋基有两处回族坟山。清嘉庆十七年（1812年）《清真大寺碑》说：“滇之乐马老厂，实为名胜之区，吾教亲友，何止亿万之广，乾隆年间有捆载荣归者，众皆欣羡。”碑文还说到建盖清其大寺和购清真寺田产百亩，是众教胞中开矿卖矿砂者，从收入银中“每两抽银一分，未及三载，聚少成多”聚蓄起来的，清真寺田产每年收租谷7000余斤，银180余两，供三掌教及寺阿洪和维修、每年做三大节日费用[23]。可见当时的矿冶业成为昭通、鲁甸两县致富的一大经济支柱，一些人家成为家藏万贯的巨富。东川铜矿在乾隆时以新开的落雪山矿最旺，年产铜百万斤。乾隆十三年（1748年）云贵总督张允随上书奏道：“滇省新开的大雪山铜矿，自路径开通以后，厂民云集。糟洞多获大矿，月可办铜六、七、八万斤不等，较上年春夏已加倍有余，岁可出铜百万斤日渐旺盛。”[24]当时全省各地回族前去落雪开矿和当矿丁，现东川市回族村许多人家都是当时在那里落籍的。
在滇南有开远老漠多金矿、蒙自金矿、白牛厂银矿、个旧锡矿、玉溪天宝厂铜矿、峨山舍朗铜矿、华宁暮东铜矿、墨江他郎金矿、元江青铜厂铜矿、澜沧募乃银矿、罗平富乐、平彝块择铅锌矿的开采，以他郎金矿和个旧锡矿为大。他朗金矿清初、中期先后发现有三处，即坤勇菁、三股墙和小凹子，由于三矿藏量大，采掘较易，因此“他郎金厂各金矿皆大旺……人能日洗金数钱或两余，从事开采者多巨富”[25]。有全省各地和湖、广等省汉、回人民前去办矿。“道光三十年（1850年）他郎金矿大旺，有马纲数十人在厂同各省各县约有数千人”[26]。而实际回族开矿人数达数百人，在矿上形成了回族厂商和临安（建水）汉族厂商两个实力较强的开矿集团。如矿争中说到的“他郎金矿厂绅回人马亮、纳福海、马明鉴、保泰、金满堂、马纲、金满斗等”[27]，都是开矿发财的富豪。
清乾隆时西北回民反清起义告败，伊斯兰教哲赫忍耶派教主马明心之子马顺清被清政府从宁夏流放来云南墨江金矿服役，其子马世麟在嘉庆末年咸丰初年开矿而成巨富。清道光年间，许多回族前往元江青龙厂铜矿开矿，形成了新的回族聚居点。清咸同年间该地回族响应滇西杜文秀反清起义失败遭屠杀，人口几乎灭绝，至今留有较大的回族坟地和清真寺遗址。在蒙自白牛厂银矿，矿旺时开远、蒙自、建水回族多往此开发。罗平县的富乐是曲靖地区索负盛名的矿区之一。据《新纂云南通忘》中载：该地铅锌矿开采于雍正七年（1729年），产量较大，各地汉回纷纷至此开矿，该地回族桂、刘两大姓，相传祖辈就是开矿、铸毛钱（铜钱）从贵州威宁迁来，而发展成一个新的回族聚居的小集镇。在峨山回族聚居的文明村，离村五里有舍朗铜矿，清初开采量大质优，相传产铜专运昆明给吴三桂建造凤凰山铜瓦寺（即金殿），文明村回族先民大量到此开矿，数代相传。所以清道光末年咸丰初年，该村出现了远近闻名“点石成金”的矿师马蛟。
华宁暮东铜矿，属临安府专管、宁州经营，清嘉庆年间年产12000斤，闰月加1000斤，运省铸钱[28]。曾由一位回族马大人主持开采，他善经营、懂技术，矿上有回、汉矿工，回族矿工多是从宣威、贵州威宁来，形成回汉杂居的村子。咸丰六年（1856年）云南回民起义，主持开矿的马大人的儿子在清军威逼下逃走，从此全矿停办。如今暮东村回族就是当年矿工的后代。个旧锡矿开发已久，在清初、中期亦有回族前去开矿。清同治十二年（1873年）石屏大商人陈廷如到昆明与回族大商号“兴顺和”合资开采个旧锡矿，“兴顺和”投资白银15000两，石屏投资10000两，其他以招股形式集资，成立了“云南锡业公司”，回族马启祥出任总经理，陈廷如任副总经理。马启祥从香港聘请德国矿业技师2人，负责矿区开采技术。后因扩大采矿业务，增加机械设备，急需大量资金，由马启祥出面与政府协商，借入筹修滇川铁路专款白银60000两，采用德国新法开采锡矿，两年后锡产量效益大增，精锡大量外销。其后马启祥与陈廷决定，调锡业公司资金白银50000两，投资东川落雪铜矿，成立“东川矿务公司”，由马启祥任总经理，其弟马启华任副总经理，主持矿区工作。