安亲王岳乐其人重视人才，不以民族成分而论，多方延揽人才。马注与其会见时论及兵法、时运，其讨论基于兵家尉缭子“天官时日，不若人事”的观点。马注出示了自己的《烟波钓叟赋》，基本认同尉缭子观点，但同时强调了“兴亡之柄由主而不由人”的观点，表达了以德获喜于主而得天下的伊斯兰宗教观念。得到岳乐赏识，因而得到重视，并善待有加。清初边疆战事未息，安亲王岳乐为武将，招贤实有所图，但马注做诗明志，明确表明不愿从事军旅生涯。安亲王岳乐惜才，安排其在宗学教授汉文，任职教习，其间主要讲授宋明理学。因其教育经验丰富，学识见地颇具吸引力，门徒日盛。客观地讲，作为前朝偏地秀才，能有此等境遇，已经是得到很高的提举了。
清朝宗人府沿袭明制，设于顺治九年（1652年）。长官称宗令，由亲王或郡王选充。宗人府除行政机构外，下有宗学、八旗觉罗学等教育部门，宗学教授汉文，八旗觉罗学教授满文[32]，宗学的普通教师为教习，月俸二两银左右，在清初，物价比较稳定，二两银已经足够养家糊口。马注的生活从而安定下来，其是否在北京结婚我们不得而知，但此时他已经有了家室，妻经名法土麦。
马注比较容易接触到穆斯林学者，他与这些人都保持了良好的关系。我们在《海内赠言》中可以看到两位金台经师：杨荣业和马化蛟。杨荣业，字盛之，京都人氏[33]。马化蛟，字云卿，俗称七师[34]，昌平州（今北京市昌平区，民国期间州改县，今改区）人。因地缘关系他们二人应都在北京城清真寺开过学，马注与其有过很频繁的接触和交流。在这些经师的影响下，他对伊斯兰教经典、教义的兴趣愈发浓厚起来。
康熙十二年（1673年），吴三桂、耿精忠起兵反清，安亲王岳乐被康熙皇帝重用，封为定远平寇大将军，率师讨伐吴三桂。其属下幕僚多从军而征，安亲王岳乐有意安排马注以副参谋之职随军征战，但马注婉辞相拒（《郁速馥传》）。清军进剿吴三桂，马注是积极拥护的，但其怜惜的是自己家乡人民，然而自己无力回天，只能听任形势发展，但其认为将自己的才智用于屠戮家乡人民而得荣，非其所能为。另外，此时的马注看到北京人才济济，“自揣才疏运蹇，能者争先”，自己于“文武之途无望也”（《进经疏》），如果说马注前往京城之前，有希望朝廷不拘一格委以重用的念头，那么从此事来看，经历几年的历览、磨砺，马注已无意于此。
随着马注对伊斯兰教经典、教义学习的深入，他逐步“知天命之从来”（《自叙》），意识到自己应该为伊斯兰教的宏传而奋斗，愈发刻苦地钻研伊斯兰教知识，此期间他的阿文水平有了很大进步，达到了能够将阿文翻译为汉文的水平。他的学术品格比较独立，我们在其著作中没有看到其伊斯兰经学师承，但我们从其《清真指南》涉及内容的广博来看，应该是集百家之长，综合了当时北京著名京师教诲，同时更注重个人参悟。马注广泛搜集伊斯兰教经典、文献，“予抵燕都，经书丛聚之薮，得明武宗皇帝秘藏《天经问难》一集”（《五课》），此可见马注之用心。马注对于“武宗皇帝崇事圣典，迈于前辙，而经传未译，儒习罔闻”（《自叙》）这一现象不以为然，认为应该改变这种状态。当时王岱舆著作已经在各地广泛流传，马注认为王岱舆的作品“可谓清夜鸣钟，唤醒醉梦；苦药针砭，救济沉疴”。在马注的著作正文中，除王岱舆之外未见其他汉文译著者名号，可见其对王岱舆之服膺。王岱舆的著作也激发了马注进行汉文译著的热情，他开始属意于据阿文经典译著一本可“以教天下万世”（《自叙》）的汉文书籍。
康熙十八年（1679年），发生了一件令当时伊斯兰教人士震动的事，“皇上狩于蠡城，登清真阁，见架置天经，徘徊不忍去，诏寺人能讲者来，蠡人无有应诏者”（《援诏》）。当时这件事情马注应该也有所耳闻，对他刺激很大，但此时他的阿文、波斯文水平还未精进到足以翻译“天经”，故其暗自发奋，更加刻苦钻研伊斯兰教典籍。马注一边从事教学，一边加强阿文学习，同时还撰写书稿，辛劳之至。
马注将其书稿定名为《清真指南》，这可能是受到刘三杰的影响，刘三杰有《御览清真指南》一书传世，其生年或较马注更早，马注对伊斯兰教书籍相当关注，极有可能读到这本书。根据马承荫的《指南序》所记，这本书的初稿应在康熙二十年（1681年）之前已经完成。这个初稿应该包含了二到七卷的大部分。初稿有译有叙，计十余万字，内容“上穷造化，中尽修身，末言后世，天地之秘，神鬼之奥，性命之理，死生之说，巨细隐显”，反映了他的主要思想。由马承荫为其作序这件事可以看出，马注在京期间，交游甚广，穆斯林各界知名人士他应该都有所接触。
这一年，康熙帝平三藩，云南安定，其兄写信屡屡催促马注返乡，但马注“以圣教为忧，而进退不可已”，马注此时虽有返乡之意，但他没有遵兄命立即返回，而是反复思量自己如何以一己之微，解伊斯兰教衰微局面。康熙二十一年（1682年），他书《请褒表》希望康熙帝能按照封孔子的旧例，比照宋、元、明历朝对其祖上穆罕默德、赛典赤进行褒扬。此表更凸显他的忠孝观念，反映了他渴盼伊斯兰教能在中国宏传的急切心理，同时也有谋得康熙知晓自己的意味。然而他“疏屡上而机未遇，囊罄裘敝，颜色益悴”（《郁速馥传》）。由此我们可以知道马注为此颇费财力、心力。同年秋，“西域国臣以天经进，上谕礼部侍臣即传京师内外，诏能讲者来，皇上登景山以待。时日将哺，次日欲幸五台，及诏至，乃教领之能诵而不能讲者。侍臣复旨。上曰：‘今朕亦忙促，令彼暂回。以率伊众，俟游五台回，宣能讲者，勿虚朕望。’及旋，而诏不果。”闻此消息，马注决定将《清真指南》付印[35]。康熙二十二年（1683年）元旦，马注将《清真指南》付印，这是《清真指南》的首印，其内容已经经过了北京很多穆斯林学者、教内教外人士的指点与校阅了，在手稿基础上略有改动。马注之所以付印，还有一个客观原因是他已经有离京的打算，并想带着这本书请教各地名师，而抄誊亦多不便。
康熙二十二年（1683年）三月谷雨，马注自己为《清真指南》作序，他在叙中写道：“因闻得悟，领诲明师，或见或闻，著为《指南》一集，登堂入室，贤愚便览。虽其中之得失余不自知，然未尝不可为泛汪洋者东西之一助。知我者，其惟斯书乎！罪我者，其惟斯书乎！人道苟明，又岂敢避罪我而负知音？”（《自叙》）并“幸冀高明，起而教我”。此后他可能在密云向康熙帝献《清真指南》而未果[36]。虽然屡经挫折，但他还能够自我调适，“抱道不出，其咎在己。既已出而道不行，非人力之不周。吾之不遇皇上，主也。皇上岂知我哉？”（《郁速馥传》）但他仍然不放弃一切可能的机会，仍抱一丝希望能为康熙帝所知。
（三）返乡之旅
康熙二十三年（1684年）九月，当马注获悉康熙帝欲南巡[37]后认为，这可能是他能够得到康熙亲见的一次好机会。于是决定先于康熙帝离京，在中途迎驾。同时他也作好了计划失败的安排，那便是寻访名师。康熙帝这次南巡主要是沿京杭运河而下，而运河沿岸多回族聚居，马注此行也相当方便。康熙帝月底出发南巡，马注已经在德州迎候，但这次依然没有能够得到召见，献书之事也不了了之。
尔后马注沿陆路到济南，抵济宁，在这里他拜会了在此开学的李延龄，李延龄是马化蛟的老师——胡登洲的四传弟子。此时与李延龄一同开学的常志美已经归真，李延龄也已年近八旬。李延龄自幼善诗[38]，为他赋诗一首赠别。在那里他还拜会了李延龄的弟子王兴文经师，王兴文也有诗赠马注（《海内赠言》）。他在济南、济宁没有长住，准备在康熙帝返回途中再次上疏，请求御览自己的著作。于是沿河南下，大概在徐州一带又作了短暂停留，并见到了古砀教领马廷瑞[39]，马廷瑞为其校订了书稿的三、四两卷。继而在扬州作短暂停留，在那里他拜会了古之瓒，古之瓒览其全书，并为其校阅了二、三、四、五、七卷。在这年的十一月他抵达南京，在这里他第三次请求御览，但依旧没有如愿。对此，马注虽然有失落感，但此时他已经能够坦然面对了。
南京自元明以来就是回族聚居地区，也是伊斯兰教学者、经师云集的地方。在这里他拜会了刘三杰，也应该见到了刘智[40]。马注与刘三杰有比较深入的交流，刘校阅了全书。马注非常敬重刘三杰，可能是得到了很多的指点，故在《清真指南》中将其列在卷首校阅者首位。马注在南京停留了近一年的时间，这期间他广泛接触南京的伊斯兰教人士，当时著名的经师袁汝琦[41]、马之骐[42]与之都有交流，马之骐为书稿提了不少意见，特别是第六卷、第八卷[43]，这几位均有赠言见录。
在南京期间，马注与同为赛典赤后人——马哈只之后郑氏家族联系比较紧密，并得到他们的眷顾，生活上应该没有什么太大的问题。为表示感激之情，更为表同宗的荣誉，马注将郑之璧、郑士昌两位“博文”的诗录入《赠言》中。在南京期间，马注看到了郑氏家谱，我们可以想见，郑氏在明朝时期，地位相对显赫，又居于主流文化中心地带[44]，受汉文化影响较深，对待族谱的重视程度应该很高，当时的郑氏家谱应该是比较全面系统的，这在很大程度上对马注续修家谱的信念产生激励作用，从后来马注的行动也可以证明这一点。
马注在南京停留了大约一年的时间，可能由教内人士介绍，马注到达安徽皖城（今安庆），安庆有回族马氏为望族，现有《怀宁马氏宗谱》存世。“明洪武远祖哈直（又名马天方），官安庆卫指挥，因家焉。”[45]著有《中国回教史鉴》的马以愚先生便是安庆马氏后裔。《怀宁马氏宗谱·志尚公弁言》载：“吾族系出西域鲁穆。始祖讳系鲁穆文字，汉译马依泽公，遂以马授姓。”马注或是在南京知道了安庆马氏，故特意到那里核对家谱，但现在还不能知道他们核对家谱的具体结果。但从他后来取道河南来看，可能存在宗亲关系，因为安庆马氏系由河南出[46]。《授书说》中有“丙寅（1686年，康熙二十五年）春正月朔五日，予自燕旋滇，舟次皖城，率家属暂寓”。他在那里应该从事一段时间伊斯兰经堂教育，以伊儒兼授的方式传播伊斯兰教。他在那里“承教亲爱予甚笃”，在他离开时，曾将《清真指南》一部留在那里。这一年里他写下了《进经疏》，并将其归入《清真指南》，这可能是其最后一次上疏请求御览时所作，收入该书以明其志。
这之后马注大概是由安徽出，首先溯江逆流，抵达湖北境内，可能在湖北拜会了他久仰的皇甫经。皇甫经是胡登洲的四传弟子，湖南常德人[47]，但从日程上来看他不大可能再去湖南。马注由湖北取道河南奔西安，完成他祭奠西安咸阳王陵的心愿，同时以其《清真指南》就教于方家。
他先到达开封，在那里拜会了许多伊斯兰教人士，其中孙必第（字后山）为其校订了第五卷和第七卷，马绥泰为其校订了第六卷和第八卷。马绥泰有赠别诗见录。马注随即西走潼关，1687年（康熙二十六年）的初秋到西安，他在西安同样拜会了一些经师，在赠言中收录了冯通宇、舍起灵诗。《经学系传谱》之中有舍起灵见录。该谱中录：“蕴善舍先生，讳起灵，字蕴善，渭南人氏。”[48]疑与马注所记为一人，或为同宗。冯通宇和舍起灵同是常志美、李延龄弟子[49]。应该是通过这一师承关系，马注到西安后得以便利相知。
这年八月初一，马注在西安带领全家拜谒了咸阳王陵。咸阳王陵的位置，据马注记载，“长安东十里铺浐河之岸，东界坝河，南界长老铺，西界光泰门”，但当他举家拜谒时咸阳王陵已破败不堪。马注见后悲痛不已，慨而作《赡思丁公茔碑总序》以记之。马注的《赡思丁公茔碑总序》结合正史，同时可能参考了南京等地赡思丁后人家谱的相关内容，尽管其中有很多溢美成分，但它仍不失为后世研究赡思丁的一份有益资料。
马注了却自己的心愿后，遂由陕入川，先到了利州（今四川广元）。利州地处陕甘入蜀要道，元宪宗二年（1252年），八月，忽必烈率军“次临洮，命总帅汪田哥以城利州闻，欲为取蜀之计”[50]。当时马注的先祖赛典赤·赡思丁负责元军后勤粮饷，《元史》记载：“宪宗即位，……帝伐蜀，赛典赤主馈饷”[51]。后来在至元元年（1264年）赛典赤任陕西四川行省平章政事，至元三年移治利州，八年移治成都，也即1266～1271年的5年之中赛典赤治于广元。赛典赤属下有很多穆斯林，而且他的后裔亦有留居。马注《赡思丁公茔碑总序》中称：“居于……利州者是为伯颜察儿之后。”伯颜察儿是赛典赤之孙，元代封奉元王。《重修广元县志稿》称“元回教盛于元明寺立今之东街三元宫”[52]。由此可知，元明时期穆斯林在广元有一定的数量和影响，但是马注到达广元后，除与宗族人会谱之外没有见到其他活动。