同年12月1日，宁夏道台侯云登，在甘肃提督安定的配合下，解灵州之围，回民军退往金积堡、同心一带。清军逼近金积堡，12月8日，回民军在郭家桥决堤放湖水阻淹清军，发动反攻，清军败退灵州。1863年春，马化龙对金积堡寨进行扩建，筑起坚固寨墙，内设大小碉堡，外筑城池，挖渠水环绕，增强防御能力。同时“回民军则旨在以抚局换得团练的解散，以求集中兵力打击官府”。同治二年（1863年）初，金积、同心、平罗等处回民军同时“求抚”，并声称解散回民军，这就是宁夏回民抗清斗争中的第一次抚局。此次抚局的达成是“由官府和回民军各自策略需要而构成”，在此次抚局中，纳家户回民义军有何举动，想必也是顾全大局，在抚局中“韬光养晦”，以待时机。
（二）抗清战事的高潮
同治二年秋，穆生花率领固原、陇东回民军围困平凉半年之久后，终于攻占了这座陇东重镇。值此时机，马化龙决计打破抚局，歼灭宁夏南北清军。在南部以金积堡、吴忠堡一带回民军来攻打灵州城，北部以马万选、郝文选领导的北部回民军来攻打宁夏府城，北部回民军包括了纳家闸、王疃庄、王元桥、王弘堡以及宁朔县李俊堡等地回民5000多人，同年10月24日，与投归回军的王锡爵（回族，系灵州花马池分州守将，清军游击）相互配合，城内回民做内应，里应外合进攻银川，一举攻克汉城（今银川兴庆区）。起义军占领银川府城后，推举马万选、郝文典为地方官，坐镇银川管理民事。杀卸任道员侯云登、宁夏知府吕际韶。这是纳家户回民军参与的第一次战斗，极大地鼓舞了纳家户军民斗争的士气。与此同时，金积堡、吴忠堡一带回民军围攻灵州城。10月25日，又攻陷灵州。同治二年十一月甲子（1863年12月31日）：
宁夏府城内回民与城外贼匪勾结，内外交讧，于十月二十四日失陷，灵州城亦于次日相继失守。该回逆等好乱成性，非痛加剿洗，不足以净根株。此股贼首系陕西投贼之武进士王锡爵，经官军击败，窜匿灵州之金积堡，勾串迭次伪为投城之马化，率其党与，两日内顿陷州郡两城，实堪痛恨。
灵州被攻占以后，马化龙以马占魁为知事，并授以“少杀人、重农事”六字诀。马占魁积极组织农业生产，恢复战争创伤，得到了府城回汉群众的拥戴。回民军趁势进攻平罗县，虽多次攻城不克，但宁夏河东、河西地区已多被回民义军占领，纳家户回民军在首领纳清泰等人的领导下，也参与了进攻平罗县的战役，先后攻陷了平罗县的宝丰等地。同治二年二月乙巳（1863年4月16日）：
又谕：都察院奏，甘肃贡生道以德等呈诉回匪马化纠党焚掠，围攻灵州，戕害官兵，惨杀百姓；提督定安败遁入城，以致贼势复张；都司铁秉忠引来马化戚党马承青等，声言马化已在固原投诚；该逆等虽假意输诚，仍肆抢掠，其党纳青汰、赫汶选攻陷平罗之宝丰、石嘴山等处，河东、河西百十堡悉成灰烬；若竟许马化投诚，必至养痈成患，恳恩剿办等语。
作为宁夏地区的主要重镇，宁夏府城和灵州都被回民军攻占，标志着宁夏回族反清斗争进入了高潮阶段，回民军摧毁了清政府在宁夏的统治，掌控了宁夏地区的局势。清陕甘总督恩麟得到庆昀告急求援文书，命令定边副将赵延出兵攻取银川并解平罗之围，但其军队被义军打得溃不成军。恩麟又急忙派提督马德昭星夜驰援宁夏，也被义军击溃。在战斗中义军打死清佑隆领海隆阿、骁骑校伊勒哈春十几名满族官员。慈禧太后得奏后大怒，痛斥恩麟“剿叛无能”，撤总督职，命都兴阿督办陕甘军务。都兴阿亲率清军3000人，数次进攻宁夏府城，均未能克，十分被动。清同治二年（1863年）十二月十日，回民军进攻满城，乘夜攀入城内，打死左领官员牛录，缴获一批资财、军械而归。宁夏县知县彭庆章、驻防军游击保立，此时也投归回民起义军。他们联名张贴告示，号召军民响应回民起义军，并致函洪广营游击宁贵，劝其投顺起义军。同治三年（1864年）五月十二日，回民义军于夜间放水淹宁夏满营，并乘水势攻城。因满城易于排水而未得手。五月二十日，李俊堡回军首领张堡龙投降清军。六月十日，回民义军攻打玉泉营，玉泉营游击赵周诰在抵抗中阵亡。
同治三年秋，清廷又改派汉官杨岳斌为陕甘总督，以汉官李季高为宁夏镇总兵，调穆图善、庆昀、刘蓉、都兴阿、常升、杜戛尔等将，率30000清军同3000蒙古骑兵，再度对回民义军发动攻势。7月，平凉、固原相继失守，回民军也陷入瓦解状态，大部北上；7月29日，雷正绾、曹克忠两军联合攻击强家沙窝等处，在各路回民军的坚守和金积堡回民军的主动出击下，清军死伤4000余人，纷纷溃退。雷正绾溃退到今同心县豫旺镇时，全军哗变，雷本人只带少数残部退至固原，再退至平凉；曹克忠部逃散数营，全军瓦解，仅余二三百人；陶茂林部溃散更为严重，陶本人也离职。纳家户一带回民军坚壁清野，据有利地形，牵制并打击清军，由此，当清军再次发动对宁夏回民军的大反攻时，纳家户一带的回民军遂成为清军重点进攻的对象之一，同治三年八月癸酉（1864年9月5日）：
又宁郡迤南之纳家闸、王家团庄两处为逆首纳万镒占踞，与郡城为掎角之助。拟派团首入山招集数百人，凑合官军共千名以上，即由常升统带，先将纳家闸之贼与郡城划而为二等语。杜嘎尔之军渡河后，五战皆捷，并克宝丰县城，北路援兵军威丕振，该将军等拟先攻郡南之纳家闸贼巢，并牵掣贼势之一法。
由此看见，纳家闸回民军并不是孤军自卫，而是与宁夏府城回民军一起并肩作战，互为依靠，唇齿相依，如此，纳家闸被视为两军的战略要地，对于清军而言，攻占纳家闸一带，意味着割断了府城回民军的右臂，孤立府城回民义军，切断府城回民军与金积堡的联系，从南面包围宁夏府城，并断其粮道。同治三年八月甲申（1864年9月16日）：
庆昀即知照常升，在纳家闸一带择要屯扎，牵掣贼势，以通南堡运道。
同治三年八月甲申(1864年9月16日)：
庆昀另片奏，近日侦探平固败贼入金积堡，为马化挑选收集，次入纳家闸、王家团庄以及郡城等处，已麇聚六七千名，并闻郡城中有西、同两府投来入伙之贼。此等匪徒聚集多人，必图大逞。
同治三年九月己亥（1864年10月1日）：
宁夏将军庆昀奏：移营纳家闸迤西，分拨兵勇扼要扎营，以分贼势而通粮道。
九月辛丑（1864年10月3日）：
庆昀仍当督饬将弁固守宁夏城池，并著知照进规纳家闸之常升一军，务须严密稳固，并随时侦探，期与都兴阿所派之兵遥为声援，一俟杜嘎尔一军逐渐南趋，声势可以联络，即著合力夹击，以竟全功。
此一时期，用兵纳家闸是清军的一个重要战略举动，从以上的诸次调兵部署中可见一斑。清军集中优势兵力，在此地一搏。形势开始对回民军不利起来，在清军猛烈攻击下，回民义军处于敌众我寡之势。期间，平凉、固原、同心等地回民义军约万人相继败退到宁夏北部川区，分别驻到金积堡、王疃庄、纳家闸、银川、灵州等地。当时王疃庄、纳家闸两地军民精诚合作，并肩作战，又有秘密地道贯通两村，狙击了来犯的清军。同时两庄积粮甚多，能够以充足的粮源为退入川区各地的义军解决了军需之急，王疃庄、纳家闸遂成为宁夏回民抗清的重镇之一，其战略位置已经凸显。
（三）二次受抚时期
1865年7月29日，强家沙窝战役打响，也是宁夏回民军与清军的一次战略决战，此役清军大败，回民军取得了反清以来的最大一次胜利，挫伤了宁夏清军的锐气，极大鼓舞了西北回民军的战斗士气。回民军乘机四处攻击，西起肃州，东至陕西，北到蹬口，南及陇南，烽火四起，严重动摇了清政府在西北的统治。在起义势头正盛之际，马化龙决定乘胜“求抚”。1865年10月，马化龙向督办甘肃军务的西安将军都兴阿表示愿意投诚。几经周折，到1866年初达成抚议。1866年1月31日，清军开进宁夏府城，宁夏北部各回民军区上缴军械、马匹等，听候安插；南部也由马化龙主持与清政府达成协议。马化龙等回民军领导人名义上都接受清朝官员的管辖。但抚局中，回民军仍保持着独立的军事力量，所上缴军械马匹数量极少；地方政权也操控在回民军中，“名为官抚回，实则回制官”。清政府则积极部署军事力量，准备镇压回民反清斗争。
同治五年（1866年），在宁夏回民反清斗争的第二次抚局期间，占据宁夏达两年之久的宁夏府城回军首领马万选向清军将领都兴阿投诚，并于十二月初三将回民军首领、千总纳万有杀害。回民军为达成抚议，同意放弃宁夏府城。马万选命全部回军退出府城，移驻纳家闸一带。同治五年正月癸亥（1866年2月17日）：
回目马万选等恳请投诚，经都兴阿会同穆图善批准，勒限献城缴械。据穆图善奏称，该回众于十二月初二日俱已遵批将城池圩卡全行撤空，各堡回人俱移往纳家闸一带，缴出枪炮刀矛多件，并陆续呈缴银米，将倡乱之千总纳万有送营正法。
不料，清军入城后，对受抚军民大杀两天，府城3000多军民遇害，同时，将投书立保的11名回民首要人物悉行杀害。
兹据穆图善奏，都兴阿于十五日卯刻，派员提拔该将军所部队伍，并将递禀之回目保立等悉行诛戮；是日酉刻，兵勇又复入城焚烧杀掠，提督黄金山等弹压不从，宁夏城内火光冲天，居民烧毙者无数，并将已缴银米抢掠殆尽等语。
在抚局的大势所趋中，纳家户一带回族军民对此有何举动，是顺应时势，接受抚局，还是孤注一掷，与抚局背道而驰？实际上，在当时宁夏回民军达成抚局的大局中，尤其是宁夏回民军领袖马化龙的受抚，并“前赴各路开导回民”，必然会影响到宁夏其他各股回民军的反清意志。在抚局的顺应大流中，孤军奋战，其实力与强大的清军相较，实属以卵击石，引颈就戮。纳家户回民军从大局出发，审时度势，权衡利弊，接受抚局是识时务之举。同治五年：
……宁夏、纳家闸、王家疃、杨和堡等处回民，一闻朝廷宣谕，尽缴军械马匹炮位等项，听候安插。
而《永宁县军事志》中的说法是纳家户军民孤军奋战，誓不降清，曾一度与清军继续战争：
马化龙与宁夏穆图善达成抚局，其消息传到王疃庄和纳家闸，但首领纳万源、王三春仍坚持战斗，拒不受抚。穆图善派兵专攻纳家闸、王疃庄。当时纳家闸、王家疃庄有义军万余人，内有陕西、固原等地义军千余人，他们拒清军于王元桥北、王弘堡南，义军伤亡1000多人，清军死伤多出一倍。
这一说法来自何处，是民间口碑传述，还是官方文献？这不免让人生疑。自同治五年（1866年）宁夏抚局达成后，宁夏一带相对平静，在《清实录》中再无宁夏用兵的相关记载，相反同治五年七月戊寅（1866年8月31日）记载：
现在宁、灵一带业已安定，无须多兵驻扎，著穆图善酌度情形，督率所部由中卫鼓行而西，直赴平番，节节进剿，毋稍延误。该将军仍酌留兵勇镇守宁、灵等处，已备不虞。
如果纳家闸、王家疃庄有义军万余人负隅顽抗，清廷怎会做出如此举动，将宁夏兵力调往他地，只留部分军队镇守，以防不测。这说明纳家户一带回民军已受抚，起义偃旗息鼓。
（四）起义失败
抚局的形成，标志着回民军由武装反抗清政府转向与清政府保持和平。对于起义军而言，受抚并不是完全意义上的投降，受抚后的回民义军依旧拥有自己的军事力量，抚局地区的政权完全操控在回民军手中。如受抚后的灵州“地方公事及征收钱粮，向皆马化龙主政。在城文武各官薪粮皆由马化龙发给。回众藐视官长而不受约束，官长坐视回众而莫可如何”。这是清政府所不愿接受的。对于清政府而言，抚局只不过是权宜之计，是势均力敌抑或兵力处以弱势时的妥协之举，这也为其赢得了宝贵的喘息时间，镇压回民起义是其秘而不宣的长久方针，因此，在抚局的表面遮掩下，暗中调兵遣将，积极部署，准备镇压回民起义。1866年9月，清政府任命浙江总督，湘军统帅左宗棠为陕甘总督，令其督办陕甘军务。左宗棠率大军兵分三路，从固原联合北攻：刘松山率部由绥德西进，是为北路；周开锡等部由天水进取河州、狄道，是为南路；左宗棠自己率刘典诸军，从平凉北进，是为中路。在平静的抚局中，大兵压境使宁夏回民军再次绷紧神经。同治八年（1869年）九月，刘松山部进至灵州郭家桥，屯居下桥，并派兵攻打周围回民寨堡。马化龙被迫反击，宁夏抚局宣告破裂。1869年12月起，清军发动猛烈进攻。在金积堡东部灵州至吴忠一带，清军和回民军展开了殊死搏斗，拉开了金积堡战役。金积堡战役虽然暂时取胜，但由于双方力量悬殊，形势对金积回民军愈发不利。