纳家户一带回族义军紧随金积堡再次起义，清军对其展开围剿，清军统兵将领为金顺和张曜，回民军与其展开激烈的战斗。回民军在首领纳万源的领导下，在纳家闸（今纳家户汉渠官桥迤南一带）等处，联合陕西各股回民军，“增党修卡，并力抵抗”。当时战斗甚为激烈，清将金顺、张曜派杨春详等率兵从东袭击回民军，他们则领各路军分路抄袭，由于实力悬殊，回民军溃败，“据贼供，贼首马添、纳保均已被斩”，其他各路支援的回民军也被击败，金顺和张曜分别在汉渠东西驻扎，并在汉渠坝上修筑炮台，被纳家闸和王疃庄回民军发现后，不断进行袭击，与清军展开激烈战斗。清军进攻多次受挫，清军副都统贵升、参将何维恺被打死。同治八年十月丁已（1869年11月12日）：
金顺奏官军会剿迭胜、踏毁贼垒一折。纳家闸踞逆见渠坝上修筑炮台，纠众直扑工所，王家疃庄亦出贼来袭，经金顺等会派杨春祥各军击败，追至纳家闸壕边，王连三、常福等亦将王家疃庄之贼击退。逆首纳万沅、王三春勾合陕回于杨和堡修扎垒卡，杨春祥等分投压剿，毙贼甚多，该处新筑四垒均经官军蹋毁。其分扰渠西及卫队营迤东各贼，复经何维恺等追杀直抵纳家闸东门。现贼众均集于纳、王两庄，金顺等拟进扎杨和堡一带以图进取，著即会同张曜督饬各队将渠坝炮台赶紧筑成，一面抽拨东面各营乘胜合围，以收聚歼之效。
回民军溃败后，分别退守到纳家户和王疃庄两处，坚守不出，在寨外添筑卡垒，势死抵抗。清军一方面积极修筑炮台，从外地调集洋枪洋炮，另一方面调集各路兵马合围纳、王两庄，“现在贼匪聚于纳、王两庄，著金顺懔遵前旨，会同张曜迅筹围剿，毋任久踞”。形势对纳家户回民军已越发不利，清军在军事上已占上风。同治八年（1869年）十二月，宁夏南部回民军首领杨士恭等联合陕西回民军驰援纳、王两庄回民军，金顺、张曜督军迎剿，回民援军失利后“援贼远遁”，纳家户回民义军孤立无援，但两寨回民军相互协作，精诚团结，击退了清军的几次进攻。纳家户流传着一个“按老虎”的民间故事：
纳家户被清军围困之久，某日寺中人梦见空中一个声音喊他的名字，并对他说：安拉的口唤到了！他惊醒到阿衡的房里，对阿衡一说，阿衡说：“既然安拉的口唤到了就准备突围！”马上号令大家冲出寨外，穆斯林头缠白布，口喊：安拉乎，杀！清军听的是“按老虎”，各个胆颤心惊，狼狈而逃。回民军追杀无数清军，保住了阵地。
正是如此，清军将领金顺和张曜一方面积极向朝廷报捷，却又难以速战速决，当时朝廷的督战文书一道接着一道。此时，王洪堡、王家烧房、油坊寨等处回民军据点先后被攻破，义军领导人马鸣漳被擒后随即被杀害。清军乘胜进攻，纳、王两庄回民军形势更为严峻，最终纳家户庄回民军投降，同治八年十一月壬午（1869年12月17日）：
……纳家闸匪势穷蹙，回目纳玉溃等赴营乞降，如果能呈缴军械马匹、捆献贼党并与王家疃庄断绝往来，目当分别办理。……
这里去清营乞降者是纳玉溃，而不是纳万源，那么纳玉溃是纳万源派去清营乞降的代表还是纳家户回民军中的私自投降者？从史料看，这次应该整个纳家户回民军都降了，从1870年开始，几乎所有的清朝奏章等，只提对王疃庄用兵事宜，再无纳家闸，其由为何？同治九年正月壬辰（1870年2月25日）：
王家疃庄回逆因军官攻克马汰、纳洪两寨后负隅死守，经金顺、张曜会督各军分路进剿，先将南面东面各垒攻克，该逆复向南直扑，杨春详追贼阵亡，孙金彪带队截杀，又平毁附巢垒卡四座。塔子口踞逆亦经亮山剿败，其遁距大风口等处之贼，常福分兵夹攻，杀毙甚伙。现在王家疃庄附近贼垒均经平毁，该逆仅恃此老巢，不难乘机攻取。
同治九年二月壬子（1870年3月17日）：
金顺剿办王家疃庄近日能否得手？务与张曜竭力进攻，毋得迁延观望。
同治九年二月辛酉（1870年3月26日）：
……王家疃庄现经官兵围扎，该署将军当会同张曜稳慎进攻，计取坚巢，毋徒耗伤精锐。……
可见纳家户大规模抗清战事已结束，但纳家户零星的小股抗清力量依然存在，后来的纳万郭一些人就是证据。《永宁县军事志》中将纳家户作为宁夏回族抗清的最后据点，认为在金积堡等地抗清战事相继失败后，纳家户回民军依旧孤军奋战，誓不投降。1971年初，清军攻破纳家闸这座最后一个回民义军据点，当时的具体攻陷情形，以及清军如何处置了纳家闸的回族军民，在正史中并无相关记载，而《永宁县军事志》是这样记载的：
（寨子）里面不足2000人，且多是妇女、儿童和老人。义军伤员、妇女为节粮饷士，鼓励士气，多持刀悲壮自刎。最后寨内粮尽弹绝，几百名老少在首领纳万源、纳万邦、王三春率领下，于清军登梯上寨之际，高念《古兰经》：“以时光盟誓，一切人确是在亏折之中，惟信道而且行善，并以真理相劝，以坚忍相勉的人则不然……”念完清真言，他们便放火烧寨，人寨同归于尽。义军纵火自焚的悲壮情景，催人泪下。清军用洋枪洋炮逼使回民义军就抚，没想到会是这种结果。左宗棠说：“这些人宁死不降，纵火自焚的信念由何而来？”
根据此说法，纳家寨军民一直坚持到最后，寨内所有人视死如归，他们放火烧了寨子，人寨同归于尽。这种说法，值得商榷之处颇多，《永宁县军事志》修纂于2002年，在此之前的当地史志中都无此记述。此说来源于何处？从清朝官修文献资料和纳家户人的口碑资料中都难得到确证。既然寨内军民或战死或自刎，最后寨毁人亡，如此，对纳家户的纳姓人而言，不仅是元气大伤，更是灭绝性的一击。纳家户纳姓人占村庄绝对比例的时代应该终结，然而根据纳家户纳姓老人回忆，民国时期，纳家户人口中纳姓人口还占到95%左右，这说明了什么呢？不到半个世纪，纳家户纳姓人口增加就如此之快，是外来纳姓人口的迁入，还是纳家户纳姓人口本身在战争后存活很多，抑或善后处理中被迁往外地？战后王弘堡回民安插在灵州附近，马家滩回民迁甘肃张家川，金积堡老弱妇女1.2万人安插固原，却独不见关于纳家户善后处理的相关记载，说“人寨同归于尽”或“此地仅剩几户人家”是不符合常理的。纳家户人也有另一种说法：
纳清泰后，族长由纳清泰的侄儿纳玉寿担任。当时镇压回民反清的头领张曜，下令要将纳家户16岁以上、60岁以下的人全部杀掉。纳玉寿挺身而出前去讲理，请求按“参战”和“未参战”区别对待。结果，1000多纳家子弟从刀口下留了下来。
这是纳家户人的一段口传记忆，其真伪性难以分辨。但也透出以下历史讯息：抗清战争的最后一战中，纳家户军民并非人寨同归于尽，而是有一定数量的纳姓人存活了下来。在宁夏回民起义第二次抚局时，清政府曾对纳家户一带回族军民也进行安置，这次安置中肯定是有一定数量的纳家户人被迁往别处，这些人被迁出后，具体安插到何处，数量多少？当时没有官方史志记载。这些人迁出以后，是否再次参加起义？历史真相究竟如何，我们不敢肆意妄断。
所谓的纳家户后来的抗清战事，只是后人的一种想象，随着纳家户军民的受抚，再无大规模的抗清之举，至少在官方的文献中不再出现。真正坚持到底的是王疃庄，《永宁县军事志》中记载的纳家户抗清军民的悲壮就义，或许就是王疃庄当年被攻破时的情形，只是他们将故事移位到了纳家户。马辰在《同治年间王疃庄、纳家户》一文中的记述与《永宁县军事志》恰好相反；坚持到最后的不是纳家户，而是王疃庄的回族军民：
在清军的炮轰下，两寨义军伤亡极大，后合为一处同守王疃庄，王疃庄的义军在清军优势兵力重重包围和猛烈炮轰下，寡不敌众，但仍坚持孤军作战，拒向清军屈膝，充分显示了回回民族反对清朝民族压迫的坚贞不屈应用奋战的气节。十二月，王疃庄孤守义军已不到两千人，……王疃庄的义军伤员，妇女为节粮饷士，鼓励士气，多持刀悲壮自刎，最后寨内粮尽弹绝，几百名老少在首领纳万邦、纳万源、王三春领导下于清军登梯上寨之际，高念《古兰经》清真言，放火烧寨，人寨同归于尽。
因此，我们可以得出的结论是，从同治八年十一月（1869年12月）起，纳家户抗清战事基本结束，至于纳家户抗清领导人纳清泰等，或死，或降，或不知去向。
1870年3月26日，金顺上奏朝廷甘肃宁夏回寨“兵进数月未克，亟需锐利火器”，军机处筹银10万两并火药2万斤及火绳、铅丸等件，拨子重780磅大开炮5尊、子重340磅小开炮5尊，配齐开花子、三椤药及一切器用，交金顺所派之员领解赴营，清军“相度机宜，滚营进逼，捣六擒渠”。从同治九年三月戊寅（1870年4月12日）起，在官方的奏章上就出现了王家疃庄回民军乞抚的事情。
王家疃贼匪现在畏剿乞抚，金顺复勒定限期令其清缴马械粮石，并将悍酋等缚献始准就抚。
同治九年四月丁亥（1870年4月21日），在官方钦定文件中，再一次提了王家疃庄回民义军乞抚的事情，到了同治九年四月丁未（1870年5月11日）官方文件又出现了这样的记载：“王家疃回匪乞抚后，缴出马匹器械甚少。该匪心怀疑惧，亟应加意防维，并著金顺与张曜随时酌商，相机办理。”王家疃庄是否真已投降？这不禁令人怀疑。到了同治九年四月甲子（1870年5月28日），《清实录》中又有了这样的记录：“本月初间，王家疃回逆由牛头山窜过河西，滋扰渠工……”既然已经投降，又为何“滋扰渠工”。不久，王家疃庄因官军的连日进逼，回民军分几路进攻清军，两军大战几日，清军在战斗中取得优势，回民义军撤回寨内，坚壁清野，进行抵抗，清军久攻不下，况且王疃回民军再次联合陕西回民军合力守寨，阻击清军。对王家疃回民军作战的清军将领金顺，却给朝廷“奏攻毁王家疃附近贼垒”，这时的清廷已对前线将领谎报战绩很不信任，同治九年十月辛酉（1870年11月21日）中记载：“得旨：著该副都统会张曜督饬各队实力进攻王疃，并严防后路，毋得敷衍陈奏，徒事粉饰。”其措辞之严厉，有其深意。其实当时王疃庄并未投降，乞降是清剿义军的将领迫于朝廷速剿的压力而编造出的谎言，在《清实录》中可以看到，这时朝廷的催战文书一道接着一道。对于前线将领的欺瞒行为，清廷也是心知肚明，只是顾虑临阵换将，不利清剿大举。“此次所报十月十四至十九等日剿贼情形，不过敷衍胜仗，意图塞责。……倘再事迁延，日久无功，恐其署将军不能当此重咎也。……”“王疃一寨日久盘踞，金顺虽迭报胜仗，而该逆负隅如故，援贼亦来往自如，岂能即行得手？”⑤同治九年（1870年）12月，清军久攻王疃庄不下，通昌及南路马家滩一带回民义军乘间滋抗，牵掣官军。王疃庄另股义军乘夜间南扑官军卡垒，各路义军迎击官兵，在王元桥一带激战，义军败逃西沙窝一带。
从1870年秋开始，宁夏回民军连连失利。1870年10月，清军南北夹击，金积堡四周堡寨均被攻毁，并攻破金积堡东关，清军决定掘壕围困金积堡。清军利用先进的洋制大炮炮轰金积堡，回民军陷入绝境。1871年1月6日，马化龙亲自到刘锦棠军营乞降，并下令交出武器和马匹，马化龙被扣留后，清廷没有立即将其“正法”，考虑到马化龙在宁夏回民军中的威望和地位，利用其来招降王疃庄回民军，“马化著暂缓正法，俟王家疃等处就绪，即将该逆等分别重轻，相机办理”。随着金积堡被攻破，正如左宗棠所言“金积一破，回势瓦解矣”，此时，除王疃庄外，宁夏县、宁朔县回堡卡寨全被攻破。投阵回民军的前宁夏县知县彭庆章逃匿，被清军俘，清廷下令处决。此时，清军开始撤兵，神机营远胜字步队800名、骏骧马队500名、天津洋枪队1200名、神机营两翼前锋八旗护军营头、二起马队1000名续行遣撤。同年12月13日，金顺、张曜率军进攻王疃庄，他们利用先进的洋式大炮，轰倒炮楼寨墙，挖开了王疃与纳家闸两村相通的秘密地道，断绝王疃庄的粮草供给，年初王疃庄被攻破，“……兹复于上年十二月十三日（作者按：这里时间明显有误，这道口谕下自同治十年正月壬辰，即1871年2月20日，从时间来看，攻克王疃的消息传到北京，无需两个多月，况且清军将领畏惧朝廷责怪其延期，也有将攻克时间提前的嫌疑，因此，攻克王疃的时间应在1871年2月）攻克坚巢，先后歼毙逆酋多名，悍贼八九千名……”同治帝谕军机大臣，命金顺、张曜统率各营认真搜捕，务绝根株。