创建于公元780年的清水寺是平安时代建筑物，历史相当悠久，寺名是取自音羽山流泻而下的汩汩清泉，这股清泉被称为音羽瀑布，观光客可以长杓汲饮，求取富贵长寿，修行的人则会在清晨无人时分，身穿白衣，肃立于瀑布之下，任由清冷的泉水拍打，以助洗涤尘念。由于曾经多次遭受祝融之灾，所以目前所见的是1633年时依照原貌重建的。清水寺位于京都洛东东山境内，因为寺内拥有一处清泉而得名。要说“古都”“花都”人气第一的赏樱去处，非清水寺莫属。在这座古寺里，不论是春季的樱花、秋天的枫景都十分诱人。过了知名的二年阪、三年阪之后，迎面就可见到清水寺的门面——仁王门与三重塔。经过三重塔之后，才能进入大殿。清水寺依音羽山的起伏山势而建，所有建筑物都要求与自然景色调和，所以，与大自然浑然为一体的景观，是它列为世界遗产的原因之一。被称为“清水之舞台”的本堂大殿前方“舞台”，是使用原木在崖边搭建而成，离地15m，更神奇的是大舞台支架未用一钉，只靠着139根木柱纵横交错取得支撑力。由下方往上望整个舞台，更觉得清水舞台的宏伟，清水寺曾被烧毁过但未曾塌过，这一点令人佩服不已。本堂大殿中央所供奉的11面千手观音平常无法见到，33年才公开一次。走出大殿，站在大殿左边侧堂的奥院前亭能够眺望大殿全景及舞台下方的架构，京都市街也一望无际。和舞台一样，这里通常是游客拍照留念的重要地点，也是春樱盛开及秋枫红艳时分举行夜间点灯活动开放入园时，众人抢拍夜景的绝佳角度。
金阁寺（きんかくじ）本名鹿苑禅寺，是1397年由足利幕府的第三代将军——足利义满所建立的别庄，以金阁为中心，所以称为金阁寺，在当时，米一石约一贯文左右，而当时建造这个金阁寺的时候据说用了100万贯文的金钱，也就是有100万石的建材。金阁是一个三层楼的建筑，寝殿、武家和唐样三种栖身的建筑风格巧妙地结合在一起，再配上宝型的屋顶，协调而不突兀，二三层里外全贴有金箔，金阁之称号也由此而来。金阁寺其字面意义是华丽，而实际上静观金阁时能体验销魂之美。但现在的金阁是由1955年时重建的，之前一个年轻的和尚因为受不了金阁寺的美将金阁给烧了。日本文学家三岛由纪夫的著作“金阁寺”，就是以当年的火灾事件为背景的。金阁寺内的池泉回游式庭园以镜湖池为中心，向背面的衣笠山借景，金碧辉煌的金阁倒影在水中摇曳，甚是美丽。冬季加上雪花飘飘，“雪妆金阁”叫人过目难忘。从路边转进寺院入口处，两旁青绿的竹林高耸入天，充满了自然清凉的气氛。
与金阁寺对应的还有一座银阁寺，银阁寺的古建筑与庭园均为国宝，加上被列为“日本一百街道”（从日本全国各地所选出的最具特色或景致最优美的一百条街道）的“哲学之道”，自古就是文人雅士览景赏胜的首选之一。慈照寺（じしょうじ，通称为“银阁寺”（ぎんかくじ）），位于日本京都府京都市左京区，属于代表东山文化的临济宗相国寺派。山号为东山。寺院创立者为室町幕府第八代将军足利义政，开山祖师是梦窗疎石。（实际上，梦窗疎石是在该寺院创立前1个世纪左右的人物，因此被称作“劝请开山”。）
足利义政在寺内兴建了观音殿，被通称为“银阁”，因此，寺院全体被称为“银阁寺”，这一名称与同在京都的“金阁寺”相呼应。
1473年（文明5年），室町幕府第八代将军足利义政将将军职位让于嫡子足利义尚，从1482年开始，在东山的月待山麓开始建造东山山庄（又称东山殿）。这一地区还建有一所净土寺（在应仁之乱中被烧毁），因此近代以后，该地区被称为左京区净土寺。室町时代的第8代将军足利义政，为了向建造了金阁寺的祖父足利义满学习，1482年决定在大文字山下，建造一处别馆；义政统治的时期称为东山时代，因此这座新建筑也就称为东山山庄。武士出身的足利义政崇尚正统文化，透过京都五山禅僧们的禅思想（对中国宋文化的憧憬），热衷于茶道、花道、能、绘画、建筑，一段文化辉煌时期就此展开。不过其间争权战乱纷生，义政在8年后死去，依据其遗言，庄园如期完成，并改建为禅院，以义政法号更名为东山慈照寺，这也是银阁寺真正的名称。银阁寺属于国宝级文物，有心空殿和潮音阁两层建筑的观音殿，屋顶上和金阁寺同样有一只金铜做成的凤凰，但和金阁金箔闪亮的外观相反的是银阁全部涂上黑漆。银阁因为修整，所以油漆的白色痕迹十分显眼，而被称为银阁。寺里的银阁、东求堂（因有佛间而闻名）、义政书斋并列为国宝级建筑，这3间国宝古迹，具浓厚的东山文化气氛。占地不大的银阁寺，同时拥有枯山水与池泉回游式庭园景观；枯山水庭园里面用白色砂石刷成的银沙滩上，有一座同为白砂堆砌而成的圆柱小山，称为“向月台”，而这些枯山水庭园设计，都是令人叹为观止的艺术创作。以锦镜池为中心的池泉回游式山水，为义政主导设计，水中倒影、松榕、锦鲤、山石，宁静绿意，无一不是日本人所谓的幽玄之美。银阁寺入口处竖立着禁止投宿于京都饭店等高楼旅馆的游客进入参观的牌子，那是因为爱护文物的京都各大名胜保管单位，无法忍受商人不顾古都景观，执意建造现代化的大厦旅馆，而决定抵制这些旅馆的客人；虽然不能强迫住高楼饭店的游客前来参观，但牌子上的字眼，已表达了他们的心声。
日本的世界文化遗产建筑还有平安神宫和天龙寺。平安神宫是明治28年（1895年），为了纪念平安京创建1100年而建造的神殿。朱漆的门柱及绿色的屋顶瓦，显得极为美丽。神殿再现了当初营造平安京时的官厅建筑物的风格。宏伟的规模能使人领略到京都刚诞生时的风景。围绕在神殿四周的庭园规模宏伟，面积达30000平方米，是一个采用以池塘为中心的池泉回游式结构的日本式庭园。这里还是一个盛开四季名花的著名胜地，在文学作品中也得到广泛介绍。平安神宫的祭祀——“时代祭”是京都三大祭之一。
天龙寺是由开辟室町幕府（1338—1573）的足利尊氏将军营建。足利尊氏为了确保营造时的资金，还曾派遣经中国元朝公认的贸易船“天龙寺船”出航前往中国。法堂天棚上的天龙图画在一个直径为9m的圆圈之中，由于无论从哪个角度看都会发现龙的眼睛总是在盯着自己，因此被称为“八方瞪眼龙”。另外，以岚山和小仓山为背景建成的庭园景色十分优美，是由梦想疏石（室町时代初期的高僧）设计建成的作品。除此之外，还保存着足利尊氏将军的石像及天龙寺船从中国带回来的众多宝贵文物，已被登记在世界文化遗产之中。
除了被联合国教科文组织列为世界文化遗产的古都京都外，位于广岛县廿日市市的严岛神社，与同广岛县的原爆圆顶馆一同，也于1996年被列为世界遗产。注册范围包括建造严岛神社的整个宫岛。
宫岛是位于濑户内海广岛湾的一座小岛，自古以来就一直就被人们认为是有神明居住、充满灵气的岛屿，而逐渐成为信仰的中心。岛上有着丰富的自然景观及传说，尤其是岛内的最高峰——弥山上覆盖着原始林区，其四季的景色令游人络绎不绝。值得观光的景点除严岛神社社殿、大鸟居外，还有千畳阁、五重塔、红叶谷公园等。
此外，严岛作为构成濑户内海国立公园的一角，可观山与海的万千变化的景观，与松岛、天桥立一同被列为日本三景。
以二荒山神社、东照宫、轮王寺这二社一寺为中心的建筑物群“日光社寺”于1999年作为日本第十个世界遗产而被收录。
自古以来日本人就相信高山上住着神仙。通过将神道与大陆传来的佛教相结合，形成神佛调和、神佛共存的宗教思想，从而出现很多修行僧人攀登各地的山峰的现象。日光山的开山始祖胜道上人也是这样的修行僧人之一，他登上日光——男体山之后，于766年在这一带建造了轮王寺与二荒山神社的前身。
作为天台宗僧侣们修验的道场而发展起来的日光山，在12世纪后半叶的镰仓时代以后，作为保护幕府的鬼门方向而备受庇护，其势力得以进一步加强。进入16世纪后半叶的安土桃山时代后，为时代所翻弄，暂时衰落下来了。然而进入17世纪的江户时代后，凭借德川家这一强有力的后盾而迎来鼎盛时期，兴建了以东照宫为首的绚烂豪华的建筑物群。但是，江户中期以后，随着修验道的修行僧人的锐减，被废弃的僧侣的居所比比皆是。明治时期，根据1871年颁布的“神佛分离令”，迄今为止作为整体受到顶礼膜拜的日光山也随即被分为二社一寺，同时这也成为发展为观光地的契机。1934年日光被指定为国立公园。
1998年召开的第22届世界遗产委员会上，古都奈良的文化遗产被列入世界遗产名录，这是日本第9项、奈良县继法隆寺之后的第2项世界遗产。由东大寺、兴福寺、春日大社、春日原始林、元兴寺、药师寺、唐招提寺、平城宫遗址共8处代表奈良的资产组成。
元明天皇于710年将都城从藤原京迁至奈良平城京，此后到784年迁都长冈京的74年间，古都奈良吸纳了中国的律令制度，以此推动国政。在文化方面也通过遣唐使带来了巨大的影响，国际色彩浓厚的白凤天平文化开出奇葩，以东大寺正仓院的宝物为首，至今仍可一窥当年之鼎盛。
宫殿遗址和残存的木结构建筑群能够把当年的风姿保留至今，这一点可以说是其他建筑难以匹敌的古都奈良的特色。此外，建筑物群和自然环境浑然一体，形成优美的文化景观得以一直延续，这更是值得大书特书之处。
位于广岛县广岛市的原爆圆顶馆，被联合国教科文组织列为世界文化遗产。原爆圆顶馆的周边分布着众多的历史遗迹、资料馆及博物馆等，它们向世人诉说着战争的愚蠢与残酷，祈求人类永远和平的愿望。在流经原爆圆顶馆的元安川的对岸，建成的和平纪念公园中有众多的纪念性建筑物及设施。过去这一带作为广岛的中心地带曾经繁华一时，然而1945年8月6日投下原子弹后便几乎被夷为平地。现在的和平纪念公园于1954年落成，该公园的建造宗旨在于祈祷世界和平。
姬路城被公认为是日本最壮观的城堡。和日本其他城堡不同的是，姬路城在经历战争、地震和火灾后依然完好无损。它不仅是国家财富，而且是被联合国教科文组织命名的世界文化遗产。城堡的雏形是14世纪时候的一个堡垒。许多世纪以来，这个地区的家族统治者们逐渐将它扩建并完善。今天现存的城堡便是在1609年建造完成的。固若金汤的城堡和内部的木制装潢非常迷人，同时城堡的景色也很壮观，特别是在樱花盛开的时节，虽然短暂但是游人如织。
白川乡和五屹山历史村座是1995年列入联合国教科文组织命名的世界文化遗产。白川乡和五屹山历史村座是岐阜县富山县山区偏远地方，以其合掌屋建筑风格的坚固房子而著称。白川乡和五屹山村落，地处高山地区，长期以来，与外世隔绝。这些村落，以种植桑树、养蚕为生。当地农舍的结构在日本是独一无二的，比一般农舍略大，为两层结构，屋顶坡面很陡，用茅草覆盖。无论就结构和建筑方法还是内部空间的使用方式来看，这些农舍都是最高发展的日本木结构房屋的典范。到19世纪末，在白川乡/五屹山地区的93个村庄里还有1800座这样的房舍。后来，第二次世界大战后日本经济状况有了很大的改进，山区的生活方式也有了剧变。许多传统的房屋消失了，许多独特的乡村景色也遭到破坏。在本世纪内，所有合掌式的房屋已消失了92%，而大多是在四分之一世纪的时间内消失的。这也是一个降雪特别多的地区。冬天寒风从中国刮来，挟带着湿气吹过日本海。直到不久以前，这个地区同外界的接触仍十分稀少。由于进出非常困难，这个地区曾被叫做“日本最后一块未开发的区域”。这些地理与气候条件产生了独特的建筑形式。当地的农舍比一般农舍大，完全为木结构，屋顶呈三角形，三面都覆盖着草。这种建筑式样称为“合掌”，因为屋顶陡峭的坡面使人想起佛教徒祷告时双手合十的样子。宽敞的阁楼往往被农民用来养蚕。一簇簇农舍由田野和树林围绕，形成了一种独特的景观，表达出当地的文化。
传统的日本建筑师强调整体的生态设计，他们以敏锐的感官去探究空间的深层本质，进而转换成建筑空间的元素，榻榻米、竹、石、纸、木等，简单的构成要素，形成“空、间、寂”的独特的日本美学。