第四层次，以企业为主体的合作与交流群体。在各级政府的积极推动下，三省市充分发挥企业在区域合作中的主体作用，在重大项目上积极开展多领域、深层次的经济技术合作，政府的战略意图落实到企业层面，企业也在合作中取得新的发展。合作项目涉及工业、农业、基础设施、旅游等行业，并逐步延伸到科技、教育、人才、卫生等社会公共领域。如上海的上汽、宝钢、百联、华联、绿地、电气、建材等优势企业以资产、技术、管理等优势，在长三角地区开展广泛合作，投资兴建了一大批企业。同时长三角各市县以企业为主体，举办各类展销、推介、论坛，以招商引资、技术合作、商品营销为重点，参与接轨与合作。
（二）现行的协调机制存在的不足
上述几个层次的合作机制相互交融、相互联动，推进了长三角区域合作的纵深发展，在许多方面取得了具有长远意义的积极成效。特别是有效打破了行政分割的体制性顽症，积极构建区域协调发展新机制，促进了区域经济的发展。但总体来说，长三角区域合作的基本状况仍面临着高昂的区域协调机制成本问题。主要问题如下：
一是缺乏完善的利益协调机制。区域生态和各类补偿机制等深层次政策没有列入地方政府的工作日程。地方利益是地方政府最关注的重点。长三角区域合作工作推进困难的重要原因，就是利益所在。在长三角的地方政府合作中，目前对建立责任共担、利益共享的合作制度尚未建立。现阶段长三角区域内虽存在着多层次的协调机制，但客观上存在着多头领导、各自为政的现象。
二是缺乏严密的组织结构。长三角缺乏一个能够实现政策上传下达、隶属关系与利益关系明确的统一管理主体。目前为止，还没有一个较权威、较系统、较规范统领上海、江苏、浙江等三地政府认可的合作体制和机制的政府规章，影响了区域内政府问的制度合作进程。
三是缺乏有序的自发合作组织。目前区域合作协调组织的主体是政府，而作为市场主体的企业却没有参与区域合作协调组织，对该地区内市场需求的感知不敏感，造成了产业结构趋同等现象。合作内容基本流于形式，极大地增加了本不需要花费的合作成本。区域经济合作组织功能不清，职责不清，协调无力。
四是缺乏区域统一的政策和执法标准。区域性政策主要有两类：一是地缘性、基础性政策，这是以行政区划来制定。二是公共性、协调性政策，这是为跨行政区域合作发展所制定。长三角区域统一的政策和执法，是区域合作的基础条件。但长三角区域目前地方自己制定的政策标准和执法标准，在长三角区域很难统一，影响了区域合作推进。如两省一市的环保标准不一，同一个项目在三地所受的环境制约不同，在一地因环保原因被拒，而另一地却被批准的现象时有发生。
四、长三角科技创新合作机制设计
（一）区域合作协调机制设计原则
区域合作协调机制设计必须坚持三个基本原则。一为互利共赢原则。作为一种横向协调为主的机制，必须遵循这一原则，否则区域合作将失去动力源。二为政府与市场分工原则。政府的职责，主要是提供制度性公共产品，以及在明显存在外部性问题的经济活动领域提供规划、规则、营运组织和管理等服务。其他领域都应由微观经济主体在市场中自主进行协调。三为法制化原则。首先要将各种协议落实到各类具有行政法规性质的操作性规章上：其次要实现行政、立法、司法体系之间的制度性协调。
（二）构建区域科技合作机制的基本框架
目前，构建区域科技合作机制在政策上没有统一的模式，各区域、次区域层次的合作都是依据具体情况有针对性的实施。大体上来说可按照以下框架进行：
1、确立区域科技合作目标
在确定区域合作之前，合作目标是必须事先确立的。确立区域科技合作目标首先要对本区域内各参与主体的科技现状进行细致、科学的评估，然后对各方的优、劣势子项进行分解，最后经过充分讨论确立合作目标。
2、制定区域科技合作政策
区域科技合作政策是实行合作的制度保障，是根据合作目标制定的。合作政策的制定要坚持灵活性和原则性的统一，既要有一定的调整余地，也要对具体目标有硬约束。由于科技内容的广泛性，在目前的科技合作政策中大多灵活性有余而原则性不够，软约束过多而硬约束太少。这是值得决策层应该注意的问题。
3、成立区域科技合作协调机构
任何好的政策都需要有力地执行，而协调机构是实施合作政策的组织保障。成立协调机构要遵循成本-效益分析的原则，既要有利于政策的实施，又不至于增加太大的制度成本，否则会抵消科技合作带来的规模收益。协调机构的成立可以采取成本分担的原则，受益多则分担多。一般来看，国外在区域科技合作的协调机构是有保障的，然而在国内，这样的机构要么力度不够，那么根本就没有。
4、考核区域科技合作绩效
政策制定的初期，由于各种主观、客观条件的限制，不可能对合作中可能出现的各种问题做出全面的预测和提出完善的措施，只有在执行过程中不断地总结和纠正，才能使暴露出的问题得到合理的解决。所以，应该对区域科技合作的绩效分阶段、有步骤的进行考核，及时改正原来政策的不合理之处，并根据实际情况补充新的内容，这样才会使合作的宗旨得到实现。否则问题日积月累，最后会导致合作无疾而终。
（三）完善长三角区域科技合作机制的建议
1、建立区域科技合作的网络化管治
借鉴西方国家区域科技合作管理的经验，建立区域网络化管治是推动长三角区域协调的重要路径之一。随着公共服务型政府的理性回归，传统的科层式行政结构相对弱化，政府、企业、非政府组织间水平方向的活动、影响将不断加强，从而构建了一种具有弹性和自组织能力的网络型的区域管治体系。从整个长三角来看，科技创新不应该是单一部门、单一领域的事，它是在各部门之间互动产生的。
首先，正确定位地方政府作用。长三角地方政府应当好引导者、服务者和统筹者，发挥科技合作政策平台构建、基础设施支撑和科技合作项目催化的作用，为地方科技合作创造良好发展环境。对政府来说，应转变职能，将行业管理的社会职能分离给行业协会等中介组织，积极培育和支持行业协会的发展，放手让行业协会等中介组织独立处理合作事宜，帮助解决行业协会等中介组织在发展中遇到的难点问题。
其次，建立以市场配置资源为核心的经济运行系统，培育不被行政关系和垄断力量扭曲的区域共同市场。共建产权交易市场、人力资源共同市场、科技成果及知识产权保护的共同市场等，实现生产要素的优化配置和功能互补。以市场为导向，推动企业跨地区、跨部门、跨所有制兼并、联合、重组，培育和发展一批有国际竞争能力的大企业、大集团，激发企业的创新活力。
再次，组建区域性的行业协会、商会及科技中介组织。行业协会要突破行政区划障碍，组成跨地区的行业联盟，探索区域各类市场资源的联接和整合，共同制定区域行业发展规划、区域共同市场规则，按照市场化的方式推动产学研合作；积极承担自己的业务职能与社会责任，积极为企业的跨区域合作服务，与企业共享共担合作中的收益与风险。在培育长三角民间组织发展同时，鼓励其自发组织各种类型的创新机构，完善诸如工程咨询与设计、科技创新的评价与评估、成果转化中的经纪人与经济组织以及各种商业服务机构等创新过程中的专业化服务体系；推进生产力促进中心、技术市场、科技信息服务、科技创业服务中心、科技咨询与评估等中介机构的改革与发展。
2、完善长三角科技创新合作组织协调机制
以长三角区域创新体系合作框架为基础，完善长三角区域创新体系建设联席会议办公室制度，形成对话交流与区域合作决策沟通机制，协调解决长三角区域科技合作中的重大问题，商定跨省市的重大科技合作事宜和项目。探索建立一个“多方参与、开放共享、联合攻关、互动创新”的协调机构，在规则制定、体系建设、制度完善、平台构建、监管措施等方面扩大开放性，有效促进知识、技术和人才等创新要素实现跨地区的自由流动仍存在不少障碍，逐步改变目前长三角创新活动自成体系、相互之间缺乏联系和互动的现状。
首先，形成合作的战略共识。长三角的科技合作既是区域自身发展的需要，更是国家的战略需要，地方官员应建立地方公共利益或区域公共利益的观念，淡化行政区划色彩，形成连横的强烈愿望，从国家战略高度，在省级层面上进行科技资源共享的合作，围绕国家战略目标开展科技创新项目联合攻关。
其次，完善磋商机制。建立多边的直接协商对话机制，就地方间产业分工与协作、经济和科技资源的整合、区域科技合作管理机构构建、基础设施网络的规划和协调等问题进行交流和沟通，解决地方间争端。制定平等、兼顾、有效的区域科技合作协调规范，从区域内各省区协调和各省区科技部门协调出发，建立两套层级不同的协调机制，保证区域科技合作协调、有序；制定切实可行的长三角区域科技合作监督约束规范体系，区域科技合作主要建立在各省相互信作的基础上，但也必须完备监督约束机制，防止个别成员省的行为不当或不作为，保证区域科技合作的顺利、公平、有效。
再次，鼓励联合建立区域内各种体制外的专业技术协作组织，协调解决跨区域产业技术整合过程中所出现的各项技术、经济、财务和法律问题；鼓励专业技术协作组织参与科技合作相关政策法规的起草，开展形式多样的民间科技合作；充分发挥专业技术协作组织的作用，为区域内的研发机构提供更多的试验基地，形成范围更广的产学研一体化的科技推广机制，使各种先进适用的技术知识迅速得到普及。
3、完善长三角科技创新合作的配套制度
科技合作过程中的科技业务资质通认制度、技术规范、管理制度、服务补贴办法、资源共享服务绩效评价体系等方面均需在各地方的沟通下形成详细的制度条款，逐步建立、完善科技资源开放共享制度、科技人才居住证制度、区域社会保障制度、重大课题联合申报共同承担制度、科技合作成果奖励制度。
4、完善长三角区域科技投融资体系
设立由国家、两省一市政府共同出资的长三角自主创新共同资金，开展联合设计的长三角重大科技攻关项目。建立长三角自主创新资金的管理机制，制订《长三角自主创新共同资金管理办法》。充分发挥科技中介机构的第三方作用，建立长三角科技合作项目考核评估机制。健全区域风险投资合作机制，建立区域性风险创业投资协作网，鼓励跨省区开展科技风险投资活动。建立高科技融资担保体系，鼓励政策性银行、保险公司和证券公司参与长三角创新创业投资，开展知识产权贷款抵押试点和科技保险试点。
5、联合实施区域知识产权战略
建立和完善长三角知识产权创造和行政保护网络，扩大长三角知识产权保护联盟城市，加强跨地区行政执法，进一步完善长三角城市专利案件移送制度，降低企业维权成本。大力发展知识产权服务合作联盟，共同培养知识产权专业人才，营造更好的政策环境，吸引更高层次知识产权中介服务机构落户长三角。加强长三角知识产权教育，在中小学生中推进知识产权教育和创新实践。加强长三角地区标准化战略的研究，促进企业核心技术和专利技术向标准转化。
6、健全区域自主创新政策
对长三角区域内企业开发的具有自主知识产权的重要高新技术装备和产品，政府实施首购政策。相互认可经两省一市科技行政管理部门认定的有关资质，区域内外地经认可的高新技术企业、高新技术成果、高新技术产品、知识密集型技术密集型企业、科技型中小企业、外商研发机构、科技中介机构等可享受本地同等的优惠政策。