河间整编后，“回民教导总队”中吸收了一批回族先进青年入党，连队中的党支部普遍建立起来，特别是1938年马本斋同志入党，使党掌握了这支年轻的回族抗日武装的领导权，部队的纪律性、战斗力都得到大大加强。1938年11月至1939年4月日寇对冀中抗日根据地进行连续五次战役围攻时，该部队奉命转战于青(县)、沧(县)、交(河)一带，与八路军主力三纵队和贺龙、关向应所部一二〇师协同作战，给日军山本联队以重创。
1939年初，经过反复争取，大清河北的另一支由回民马维周领导的“抗日人民自卫军”也被收编为“回民教导总队”第三大队（后来马维周因旧习难改，野心膨胀，又带少数亲信逃跑，投敌做了回奸。）。1939年秋季，针对士兵来源复杂、斗争形势和军队建设的需要，“回民教导总队”遵照冀中军区指示，改为“回民支队”，建立政治委员制度，由马本斋任司令员，红军干部郭陆顺任政委。至此，在中国共产党领导下的以冀中回族优秀儿女为主体的“冀中军区回民支队”正式成立了（马玉槐：《抗日战争时期的冀中回民》，载《回族抗日斗争史论集》，第1~43页。）。
1940年，日军在华北平原进行残酷的大扫荡，回民支队在马本斋的率领下，凭着机动灵活的游击战术，在方圆不到30里的小范围内坚持了52天的战斗，使得日军极为惊恐，先后调动一万多兵力，配以300余辆汽车，合围回民支队的驻地，回民支队却及时转移到连城和高庄，跳出敌人包围圈，并歼敌300余人。
百团大战期间，冀中回支奉命北上，在大清河北坚持了6个月的对敌斗争，多次突破敌人的合击圈，粉碎敌人的抢粮计划；先后在南张白和东阳村袭击了敌人的快速部队，两次攻打景河，歼敌百余名；在子牙河东北五次伏击敌人，炸毁汽车数十辆；消灭陈庄敌人常备兵300余人，打得山本联队不得不下令各据点“百人以下武装不得走出据点大门”，回民支队扩大到2300多人。
回民支队的英勇善战引起了日寇的仇视，他们在回奸的带领下，于1941年8月27日将马本斋的母亲抓到献县，强迫马母写信给儿子劝降，马母义正词严地说：“杀剐存留，全凭你们，要我写信万万不能。”最后绝食而亡，用自己的生命粉碎了日军的阴谋，冀中乃至全国军民为之感奋，也加深了马本斋对敌人的仇恨，领导回民支队更加顽强地打击敌人。
1944年2月1日，回民支队同军区其他5个团一起组成西进纵队，在冀鲁豫军区司令员杨得志率领下踏上了开赴陕北的征途。马本斋同志因病留在冀鲁豫后方医院医治，不幸于1944年2月7日逝世，终年43岁。在延安召开的追悼会上，毛泽东主席和朱德总司令都送来了花圈和挽联，毛泽东的挽词是：“马本斋同志不死！”朱德的挽词是：“壮志难移，汉回各族模范；大节不死，母子两代英雄！”（《马本斋同志不死》，载《回族史论集》，银川：宁夏人民出版社，1983年，第618页。）
1944年4月初，西进纵队到达陕北，编为陕甘宁晋绥联防军区教导一旅，回民支队仍保留番号，5月初进驻甘泉县王庄沟投入大生产运动。1945年9月2日，回民支队部分干部分赴东北和冀中，其余人员编入教导一旅其他团，至此，作为一支民族抗日武装，冀中回民支队胜利完成了自己的历史使命。
冀中回民支队在六年抗日游击战中，经历大小战斗870余次，消灭日伪军36700余名，攻克敌人碉堡、据点，破坏敌人铁路、桥梁数百处，缴获大批枪炮、弹药和军用物资。冀中军区曾通报各部队“向回支看齐”，并奖“无攻不克，无坚不摧，打不垮，拖不烂的铁军”锦旗一面；中共中央也曾颁令嘉奖马本斋同志。在中国领导的各民族共同抗战历史上，冀中回民支队占有十分重要的地位。
(三)海固回民起义和回民骑兵团
回民骑兵团是以海固三次回民起义力量为基础建立起来的回民抗日武装。
抗日战争开始后，全国各族人民都自觉地担负起抗击日本帝国主义侵略的任务，在甘肃东南的西吉、海原、固原各县回民聚居区，1938年、1939年、1941年爆发了三次以反对国民党统治，要求组建回民抗日武装为目的的暴动。
1938年11月25日，第一次起义开始，到12月7日发展到千余人，这是群众自发地行动，起义领导人是马国磷和马银贵。回民群众攻打国民党盘踞的隆德县城，准备在那里组织人马，开往抗日前线。由于缺乏作战经验，被守军打败，马国磷负伤败退，马银贵被俘就义。
1939年4月，由于第一次起义的失败，国民党对当地回民实行残酷镇压和搜刮，强迫他们吃猪肉，否则处死；终于激起了第二次起义，领导人是马国瑞。起义群众烧了自己的房子表示决心，先打固原，再攻海原，转战化平、隆德，几天时间发展到八个团，两万多人，其中还有汉族参加，他们提出的斗争口号之一是要“回回单独组织自己的抗日武装”。国民党当局以谈判为缓兵之计，调集大军围攻，除部分群众在马思义带领下突围外，多数被俘关进了“教养院(集中营)”做苦工。
1941年4月，国民党政府镇压了二次回民起义后，为了防止人民再起，把西吉的回民青壮年全部抓去当兵，只留下老弱病残，有9位回族老人因抗粮被杀害，引发了规模更大的第三次起义，起义的领导者是马国璘和马思义，1941年5月3日，马国璘发布起义指示，马思义等率领群众向保安团和民团进攻，救出被抓的群众。起义队伍两千余人，编为一个团，马思义被推为团长。起义领导人决定向张家川进军，求得立足之地，与敌展开长期斗争。进军途中，起义者攻打地主寨堡和民团武装，同时申明纪律，主张回汉和睦，得到群众的支持，队伍增至二万余人。
海固回民第三次起义爆发后，国民党当局调集军队围堵，5月中旬，起义军在大麻子山重创尾追而至的国民党191师，但天水方面而来的国民党军切断了起义队伍的前进道路。起义队伍只好翻越六盘山，北返西吉县。在此，马思义等提出投奔边区，但意见未能统一，不久国民党军包围了起义队伍。起义军突围中损失甚重。所余部队分为二支，一支由马思义率领赴边区，一支随马国磷回海原。6月10日，马思义等到达环县庙儿掌，受到中共陇东军区司令员王维舟的欢迎。
1941年7月，奔赴延安的起义幸存者被编为“陕甘宁边区联防司令部回民抗日骑兵团”，由马思义任团长，杨静仁为政治教官，下设三个连。1942年至1946年部队休整，进行政治、文化学习和军事训练，1945年改名为“陇东回民骑兵团”，虽然没有开赴前线直接与日军作战，但在边区的生产和建设中也为抗日作出了贡献。
(四)共产党领导的其他回民抗日武装
1.枣庄抗日民族解放先锋队
1937年，中共枣庄中心县委派李微冬发动群众，成立“抗日民族解放先锋队”，作为党的外围组织，队员以回民青年为主，创办《抗敌报》，成立抗日文艺宣传队，后转入战地服务团工作。
2.抗日救国军
抗日战争中，在中共津南特委领导下，由河北省沧州地区的回汉青年组成的抗日武装力量，创立于1937年冬，指挥员为刘子芳(回族)，他曾率回族战士80余人，在盐乐公路伏击日军，缴获汽车一辆，名震冀鲁边区，1939年南下山东，被编为八路军115师一部。
3.枣庄回民游击队
1938年3月枣庄沦陷后，枣庄老街组成一支以回民为主体的近百人的游击队。这支队伍系原民众自卫团一个连队，为防御土匪骚扰而建立。接受中国共产党领导以后，编入临、郯、费、峄四县边联支队，隶属鲁南军区.转战鲁南地区，坚持游击作战，后被编入野战部队。
4.二龙清真营
1938年9月，安徽定边县二龙乡组织了回民青年自卫军，打击汉奸日寇，保护父老乡亲。1943年春根据上级党委指示，扩建为清真营，下设一连、二连。共产党员张绍文(汉族)任营长，原二龙乡党委书记白之义(回族)兼任政治教导员。该营组建后多次配合当地新四军取得反扫荡战斗胜利，1945年为掩护新四军主力北上，清真一连在珠龙桥阻击战中与数千敌人激战三天三夜，损失殆尽。1946年该营所存200余人，余部编入正规部队。
5.竹镇回民游击大队
1939年12月，江苏六合竹镇清真寺开学阿訇李叔度在新四军与支队动员下组建，以回民青年为主，人员达200人。1940年3月编入新四军5支队15团。
6.冀鲁边军分区回民大队
1939年下半年，由山东省临邑县赵家乡回族青年马乾修倡建，陵县人李登武组织，被冀鲁边军分区司令部命名为“回民大队”，共约60人，大队长兼政委李玉池，副大队长李登武，配合回民救国总会在区内回民村庄宣传抗日救国，进行游击作战，历经多次战斗，克敌制胜，牺牲很大，抗战胜利后，编为渤海二军分区特务营回民警卫连。
7.洛宁县回民抗日游击队
1944年7月组建，队长丁振兴(回族，又名丁老六)，参加者均为当地回族青壮年，不久即加入洛(宁)卢(氏)抗日自卫纵队，编入地方自卫武装刘维礼支队，共80余人，有步枪50余支，机枪两挺，于1944年下半年至1945年春间，对日寇展开游击战争，先后在长水东马店村阻击战、县城西崖底塞等战斗中取得重大胜利，威震一时。后转入长水西北山区与日军长期周旋，抗战胜利后解散。这支回民抗日游击队，虽然不是中国共产党直接领导的，但它深受中共抗日救国政策的影响，因而它的抗日成绩，也是共产党抗日统一战线的成绩。
三、国民党军队中回族将士的抗日活动
国民党军中的一批回族壮士，从爱国立场出发，在反抗日本侵略的战争中，不惜流血牺牲，表现了中华民族不畏强暴的伟大精神。
1933年1月，日军攻占榆关，进犯长城，国民党二十九军安德馨营长(回族，河北保定人)率领全营五百名回族健儿扼守榆关南城，抱定“誓与榆关共存亡”的决心，鼓励将士们“吾侪报国，思其时矣！”指挥全营，沉着应战，与凶狠的日军展开殊死搏斗，多次打退日军冲锋。3月，日军出动陆海空三军，发动猛烈进攻，轰倒城墙，敌人坦克乘势入城。安德馨身先士卒，亲率大刀队，与日军白刃相搏，击毙敌人多名，不幸中弹牺牲。他的爱国抗日壮举，感召了全国人民，各地报刊争相登载他的事迹，北平穆斯林还特地在前门外笤帚胡同礼拜寺为他召开隆重的追悼大会，以表彰和怀念这位回族人民的优秀儿子。
杨德亮，字惠畴，云南昭通回族，黄埔军校第三期毕业，1936年升任西北补充旅少将旅长，抗战爆发后所部扩编为191师，任师长兼甘肃保安处长、甘补充兵训练处长、中央军官学校第十五期第三总队总队长。杨德亮主张抗日，礼遇各界抗日人士。1938年，日本间谍勾结蒙奸在战略要地额济纳修筑飞机场，企图切断兰新公路。他奉命率部572团乘飞机前往，捉拿日本间谍17人交第八战区司令部审讯；之后亲赴额济纳旗视察，对蒙王塔旺嘉布晓以大义，促其抗日。同年兼任兰州防空司令，措施得力，多次配合苏联空军旅，给日本空军以有力打击。
马广达，字君儒，河北沧县(今孟村)回族，14岁随父入冯玉祥国民军，擅长武术。1933年元月日军进犯山海关，危及华北。“长城抗战”爆发，他当时担任29军赵登禹旅王长海团副团长，在收复喜峰口战役中，亲率大刀队冒雪夜袭日军军营，流血杀敌，重创日军，名扬全国，日军闻之胆寒。后来在日军反扑中遭炮击受了重伤，身致残疾仍坚持带兵，终因伤重不治而亡。北平各界曾为他举行公祭，抗战胜利后，名镌长城八达岭等地抗战阵亡将士纪念碑。
郭志雄，别号积健，福建惠安白奇回族，黄埔军校第六期炮科毕业，先后在国民党部队独立炮兵旅和航空特务旅供职。抗战爆发后，于1939年调福建南平国民政府中央军政部直属第十三补充兵训练处，1940年受命选择第十三补训处优秀官兵成立第一装备团，任副团长。1941年随李良荣率部赴古田大湖一带阻击进犯日军，在大湖战役中率便衣敢死队20余人侦察地形与敌情，机智勇敢，以少胜多，智取要隘塞上关，立下出师第一功，为战役胜利提供了保证。在继续抢占另一制高点双髻山时不幸中弹牺牲，被追授为陆军上校，他立功的塞上关也改名为志雄关，蒋介石等要员均送挽联悼念。
杨玉林，河北交河(今泊头)回族。幼年在家乡读书，后投笔从戎，服务于军界十余年，曾在庐山训练团学习。“七七”事变后任国民党某部营长，驻守山西雁门关广武镇，常以“为国家，为主义、为教门”效命自勉。1937年9月，奉命赴崞县参加忻口战役，身先士卒，视死如归，左腋中弹后不顾痛苦，仍高呼努力杀敌，终因失血过多壮烈牺牲。