七七事变后，日寇很快沦陷了北平、天津、上海、南京等大城市，原在这些城市出版的报刊有的被迫转移到后方去，有的(如《人道》《伊斯兰》《伊斯兰妇女杂志》《中国回教青年学生会会报》《伊斯兰青年》等)被迫停刊。
迁到后方去的回族报刊把宣传抗日作为头等重要任务。《月华》于1938年4月在桂林复刊，1944年夏又迁往重庆，直到1946年1月才复刊，1947年迁回北平。这一时期，《月华》的主笔有王梦扬、志程、张秉铎、谢松涛等，内容以宣传抗日为主。《突崛》迁往湖南芷江、重庆等地，在艰难的条件下一直坚持到1944年。该刊第五卷《卷首语》指出：“继续穆圣的精神，发扬舍己为众的美德……站在抗战的最前线，来挽救整个中华民族的危机。”呼吁“回族民众……此时应当赶快的自动武装起来，组织中国回民抗敌救国军，实行参战。”《伊光》迁至武汉、郾城、重庆，在重庆复刊。《回教青年月报》迁往兰州，改名为《回教青年》，仍由石觉民主编。
撤退到后方去的许多新闻出版界人士，为了更大规模地开展抗日宣传活动，相继创办了新的报刊。1938年5月在汉口成立的中国回民救国协会在其《宣言》中称：“决意联合各地教中同胞……同赴国难，借以挽回祖国劫运，保卫世界和平。”其《会刊》1939年10月创办于重庆，白崇禧在创刊号封面上题写“团结回民，参加抗战”。初为半月刊，1940年起改为月刊。《回教大众》1938年2月创刊于汉口，半月刊，主编沙蕾，汉口沦陷后停刊，1939年1月在重庆复刊，同年12月停刊。《回教言论》1939年1月创刊于重庆，半月刊，1939年7月改名《回教论坛》。该刊在兰州发行兰州版，旋因印刷困难停刊。《回教文化》1941年10月创刊于重庆，由中国回教救国协会发行，季刊，以学术研究为主。1940年6月，云南回教救国协会会长马伯安发起将久已停刊的《清真铎报》复刊，由马坚、纳忠、白寿彝等任主编，《发刊词》号召回汉同胞，真正的团结起来，共赴国难。
江苏淮阴人杨玉书在沦陷区上海法租界内创办了《绿旗》月刊，1939年10月刊。该刊在日寇严密监视以下含蓄的方式宣传抗日，揭露日寇诱降阴谋，同时还发表了不少有价值的学术论文。1941年日寇侵入租界，杨玉书受到追捕，被迫离沪，《绿旗》停刊。
1938年上半年，中国共产党领导下的冀中抗日根据地的38个县建立了抗日政权。1938年8月，在冀中区第一次回民代表大会上决定成立“冀中区回民抗战建国联合总会”，1939年9月，在冀中区第二次回代会上决定创办《冀中回民》作为机关刊物，主编马铁轮，宗旨为宣传中共的抗日民族政策，激励回民参加抗日战争。1940年7月在河北宁津县魏家庵成立了由中国共产党领导的“冀鲁边区回民抗日救国总会”，王连芳任主任，又成立正道报社，由韩道仁任社长，出版《正道报》和《正道》杂志，均为油印，以宣传抗日救国为宗旨。
早在1938年2月，日本华北军操纵刘锦标等在北平成立伪“中国回教总联合会”。1942年2月，伪中国回教总联合会华北联合总部发行《回教月刊》，作为会刊，以“对外主张中、日、满三国紧密提携，坚决反对共产主义，绝对拥护新政府”为宗旨。1942年伪“西北回教联合会”在呼和浩特创办了《回教月刊》(又名《西北钟声》)，以“复兴回教”为幌子，搞民族分裂，为日本侵华服务，1944年停刊。1939年1月，伪“满洲回教协会”创办《回光月刊》，后又创办《伊斯兰旬刊》，也是为日本侵华服务的刊物。日本在沈阳的特务机关和伪“满洲回教协会”还用重金收买了《醒时报》主编王维祺，使该报为日本帝国主义效力，直到1944年9月《醒时报》停刊。
1945年8月，日本无条件投降，抗日战争结束，许多回族报刊迁回原址继续发行，新的回族报刊陆续创刊。
在回族界影响很大的《月华》月刊于1947年6月迁回北平，庞士谦任主编。该刊仍以学术研究为主，发表有价值的学术研究论文。同年8月，月华社增刊《月华周报》，以文摘、伊斯兰教知识、文艺、通讯为主，加快信息交流。1948年8月，《月华周报》因经费困难停刊，《月华》改为季刊，1949年解放前夕停刊。
在抗战期间发挥了很大舆论作用的《成师月刊》，1945年抗战胜利后迁回北平复刊，但同年即停刊。
抗战胜利后，中国回教救国协会改名中国回教协会，迁往南京，白崇禧继续任理事长。《中国回教救国协会会报》自第七卷第一期改称《中国回教协会会报》。该协会北平分会于1947年3月出版《回协》月刊，王静斋、庞士谦、马坚等为主要撰稿人，同年6月停刊。由中国伊斯兰青年会编印的《伊斯兰青年》于1939年8月在重庆出版，1943年5月停刊。1946年5月，中国伊斯兰青年会改名中国回民青年会，该刊在南京复刊，改名《回民青年》，共出刊三期。该会上海分会筹备会于1946年出版《伊斯兰通讯》，共出版二期。
战后复刊的着名刊物还有河南开封的《伊斯兰》，1947年复刊后由陈克礼、谢松涛任主编，提倡“兴教建国”。《清真铎报》于1940年复刊后，在抗战期间积极宣传抗日，战后则为争取回族民主权利呼吁，积极号召回民参政议政。该社还于1945年11月出版《清真铎报副刊》，刊载国内外伊斯兰教消息、回民动态等。
战后新创刊的回族期刊还有《伊理月刊》《回导月刊》《古尔邦》《天山》等。《伊理月刊》1946年8月创刊于汉口，社长兼发行人张兆理，主编马全仁，也以“兴教建国”为使命，1948年停刊。《回声月刊》创刊于1946年5月，社址在河南新乡，发行人张国彦，编辑买歆公，宗旨是“兴教建国”，1946年8月停刊。1948年1月，在南京同时出版了两种《回族文化》，其一由中国回教协会第三组主编，由原在重庆出版的《回教文化》改称；其二为新疆回族文化促进总会印行，社长马次伯，主编马力克，内容以西北回民状况为主。
抗战胜利后，中国共产党领导下的冀鲁边区回民救国总会改名为渤海区回民协会，仍由王连芳任主任。1946年1月该会机关报《正道报》复刊，改名《伊斯兰报》，半月刊，号召回胞觉醒起来，团结起来，在中国共产党领导下，与汉族亲密团结，共同打垮国民党反动派的进犯。该报在解放战争中团结全区回民反对国民党统治发挥了巨大的作用。
六、科学技术
(一)天文学
民国时期近40年间，回族中从事自然科学的学者、科技人员正处于从传统的、古老的科技活动向现代的科技活动转换阶段。这一时期中，由于历史短暂，正在转换之中，声誉卓着的科技人员不多，但从事传统科技和从事现代科学的科技人员却同时并存。
回回天文学在元明时期曾经有过一段辉煌，但从明万历以后，由于先进的西欧天文学开始在中国流传，而回回历法由于年远数盈，未经修改，出现舛谬日甚。到清顺治十四年(1657年)回回历法正式被革除，康熙八年(1669年)清朝开始专用西洋历法，从此回回天文学自元朝起作为中国官方正学的历史宣告结束。
然而回回历法作为一种悠久的学术文化，一直为回汉学者所重视。清代汉族学者黄宗羲的《回回历法假如》，梅文鼎的《回回历法补注》《西域天文书补注》《三十杂星考》《四省表影立成》等，李锐的《回回术元考》，顾观光的《回回历解》，洪钧的《天方教历考》以及回族学者马德新的《环宇述要》等，都足以说明，回回历法作为一种传统的学术成果，已成为中华各族人民的共同财富。进入民国后，汉族学者研究回回历法兴趣不减，着名史学家陈垣《中西回史日历》即具有代表性。
回回天文学，尤其是回回历法，因与伊斯兰教密不可分，对确定封斋、开斋、朝觐等宗教活动有关，因而回族学者的研究一直没有中断过，尽管研究的重点已不再放在日月交食、星宿吉凶等问题上了。早在清雍正十年(1732年)三月，西安化觉寺就曾立过“月碑”，咸丰初年马德新着成《天文历源》。民国时期，有1925年马自诚的《天方月首万年历真本》、1931年丁子瑜的《寻月指南》、1933年张希真的《新月既证》、1936年马以愚的《回回历》、1942年黄明之的《伊斯兰历法详解》，以及马良骏的《伊斯兰教历法》等。新中国成立后，回回天文学和回回历法的研究更加深入，研究成果更多。
(二)医学
明清以来，回回医术逐渐与中医相融合，许多回族业医世家，采用中医治疗，取得良好的疗效。
在骨科方面，四川彭县罗氏三代业医，以骨科见长。民国时，有名医罗裕生(1869~1954年)，名世文，以字行。他以家学亦精于接骨。抗日战争时期，他在成都开设罗裕生骨科病院，有很高声誉，一时林森、孙科、戴传贤等名流皆送匾赞扬。着有《伤科中西独步》。膏药、丸药等方面，回族继承和发扬中医成果。北京回回狗皮膏对治疗伤病，疗效显着。张子秋有诗云：“回回三代狗皮膏，祖像招牌竖得高。冬夏桥头长供奉，子孙买卖不辞劳。”（见《续都门竹枝词》。）丸药配制方面，各地都有一些秘方。如安徽安庆马春和膏药，专治痛疽、肿块；甘肃临夏大拱北，炮制万灵丹、椒羚丸、风明散等有奇效，人称拱北医人为“神医”；安徽砀山人许友义(1872~1958年)，字纯心，在河南淮阳行医，精于外科，善治疗毒、发背、人面、腰瘘等症；天津名医刘秉彝(1873~1940年)，字德恒，从退休御医马步青学得宫廷秘方真传，又拜日本名医学西医外科，善治各种疮疸，自设中西大药房，研制丸药保赤一粒金、小儿金丹、坤中第一丸、宇宙安息香、仙丹等，对小儿、妇、内、皮肤各科疾病，疗效显着。着名中医外科专家赵炳南(1899~1984年)，山东德州人，早年从北京德善医馆医生丁德恩学医，后就业于华北国医学院。新中国成立后，在北京医院、北京中医研究所、北京中医学院任职。曾创立清热除湿、解毒排脓、调和阴阳、祛风止痒、养血润肤等法，治疗顽癣恶疮等疑难杂症。
蒙元时来华定居阿拉伯眼科医生白敬宇，其后人曾于明永乐年间开设白敬宇眼药铺。清末，该铺除研制眼药外，又制造各种丹、膏、丸、散，用“金羊牌”作商标，名闻遐迩。20世纪初建立药厂，雇工达三百余人，生产红灵丹、明目丸、黄连上清丸、牛黄解毒丸、追风膏等八九十种药品。白敬宇第二十六世孙白泽民于1905年肄业于北京朝阳大学法律系，他对药物制造和经营方式进行改革，将“金羊牌”改为“鲸鱼牌”，先后在北京、南京、天津、石家庄、郑州、济南、西安、汉口、长沙等市设分行。抗战时，药厂迁往重庆，产品由推销员推广至四川、贵州、云南、陕西各省。抗战胜利后，生产蒸蒸日上，产品遍销西南、华中、江浙各省区及广州、香港等地，名声大振。药品质量和包装不断提高，药品多由粉剂改为软管，使用方便。产品多次参加国内外的展览会，1947年首获巴拿马万国博览会金质奖章，并先后获得国民政府实业部奖章、奖状二十余种。
民国时期，回族中医人才辈出。陕西西安丁氏，自清中期以来已五代传人，于外、伤、疮、喉各科誉满古城；甘肃清水县恭门镇丁彦龙、丁彦虎创办保盛堂，其药治人无算，张家川戬觳堂刘万禄父子创制丸、丹、散负有盛名；沈阳杨登德及其焕章、鼎臣二子医术精湛；呼和浩特白贵庚、河北大厂张瑞义、辽宁法库杨绍祥，皆一时名医；天津刘秉彝专治小儿、妇、内、皮肤各种疾病，崇尚“阳常有余、阴常不足”理论，主张“四疗合参”，袁世凯、黎元洪等亦闻名求医；河南周口穆仙、穆文焕父子，善治妇科，并有多种医书写成；广西桂林杨松坪、杨少坪父子，亦名闻一方，杨少坪有《论〈伤寒论〉》《六经的辨证探讨》《癌症的辨证体会》等论着；西安马芾轩，善治霍乱等传染病，以及各种疑难病症，自制开胸顺气丸(包包药)、至圣保之丹、硕砂安神丸、舒气保肝丸、瘟疫至宝丹、淡菜枇杷膏等，疗效极佳；河北孟村刘吉安，善治胆道蛔虫、消化道溃疡、黄胆、伤寒等病，对妇科、眼科、儿科亦有经验，有《中医验方秘方》《熟悉中医伤寒》等论着。回族着名报人丁子良在医学上亦有成就。他在办报之时，又兼行医，精通内、妇、儿各科，1906年创办医药研究会，所制丁制坤顺丹(舒肝本安丸)、秘制消咳膏、红色蜜药等成药十余种，疗效显着。有医着《说疫》《治痢捷要》《增补瘟疫》等。
自从明后期西方传教士进入中国以来，西方医疗技术开始在一些士大夫中传播，但当时影响不大。19世纪前后，自然科学在欧洲获得很大进展，欧洲医学在临床和基础理论方面都取得了重大革新。19世纪前期，澳门、广州等地已有西方医院开设。鸦片战争后，国门大开，欧美国家在华开办医院、医校，翻译西洋医书，创办西医刊物，开办药厂，吸收中国留学生。西方医术在中国逐渐占了优势。