明代是回族共同体形成时期。由于族体的进一步稳定，回回民族在政治、经济、文化诸方向获得了进一步发展。
洪武元年(1368年)，朱元璋在应天(今江苏南京)称帝，建立了强大的明王朝。新王朝建立后，回回人失去了原先优越的地位，面对新的生存挑战，他们开始重新审视社会环境，更加注重增强民族内聚力，使整个民族群众更加紧密地形成共同体。因此，共同的民族心理，共同的语言、宗教习俗、居住特点基本形成，本民族的经济活动、文化生活特点日益鲜明。由于回回人种族众多，民族整体聚合过程漫长，因此，她的形成不是一蹴而就的，从唐宋“回族先民”、元代的回回人，到明代回族共同体的形成，经历了七八百年的时间。
回回民族形成后，唐宋时期那种以“蕃客”身份活动的痕迹已经消除，回族政治活动家是以“中夏之人”的身份参加治理国家的，而广大回民与华夏民族“同生天地之间”，在已经定居的土地上劳动、繁衍，当他们不能忍受剥削与压迫时，也与华夏各族一样，揭竿而起，与明朝封建统治展开殊死搏斗。
第一节明王朝与伊斯兰国家和地区的关系
一、明王朝对西域和海外各伊斯兰国家和地区的政策
明朝建立后，朱元璋首先提出了对西域和海外各国不使用武力或以武力相威胁，反对穷兵黩武的主张。洪武四年(1371年)，朱元璋在和大臣们谈话时就明确表达了这一重要思想。他说：海外蛮夷之国，有为患于中国者，不可不讨；不为中国患者，不可辄自兴兵。古人有言，天地广非久安之计，民劳乃易乱之源。如隋炀帝妄兴师旅，征讨琉球，杀害夷人，焚其宫室，得其地不足以供给，得其民不足以使令，徒慕虚名，自弊中土，为后世讥。朕以诸蛮夷小国，阻山越海，僻在一隅，彼不以中国患者，朕决不伐之！（《明太祖实录》卷六八。）
同时，他又告诫后世子孙，对域外不得无故兴师：四方诸夷，皆限山隔海，僻在一隅，得其地不足以供给，得其民不足以使令。若其自不揣量，来扰我边，则彼为不祥。彼既不以中国患，而我兴兵轻伐，亦不祥也。吾恐后世子孙，倚中国富强，贪一时战功，无故兴兵，杀伤人命，切记不可。（《皇明祖训·首章》。）
其次，主张实行“厚往薄来”的政策，即在经济上不仅不占西域及海外各地各民族的便宜，反而大加赏赐，其赏赐的数额和价值远远大于西域、海外各地各民族进贡的数目和价值。洪武七年(1374年)，朱元璋对中书省臣说：“西洋诸国，素称远番，难以岁计。其朝贡无论疏数，厚往薄来可也。”（《明史》卷三二五，《外国传》六，《琐里》。）十六年，又对礼部大臣们说：“诸蛮夷酋长来朝，涉履山海，动经数万里，彼既慕义来归，则赉预物宜厚，以示朝廷怀柔之意。”（《明太祖实录》卷一五四。）就在这一年，明廷仅赏赐占城、真腊、暹罗三国织金文绮即达32匹，瓷器达19000件之多（《明史》卷三二四，《西域传》四，《撒马儿罕》。）
再次，派遣使臣四面出使，广事招徕，主动同西域及海外各国进行和平友好地交往。从洪武元年起，朱元璋即派遣使臣赴西域及海外各国，或告以即位之事，或表达睦邻友好之意。
永乐年间，明朝国势臻于强盛，为明成祖朱棣进一步开疆拓土，特别是经营西域和西洋创造了良好的社会条件。
从永乐元年（1403年）起，朱棣即积极开展广泛的外交活动。他首先继承了朱元璋制定的一系列有利于域外各国各地区和明朝边疆地区各族的政策。永乐元年曾对礼部官员说：“太祖高皇帝时，诸番国遣使来朝，一皆待之以诚。其以土物来易者，悉听其便。或有不知避忌而误宪条，皆宽宥之，以怀远人。今四海一家，正当广示无外，诸国有输诚来贡者，听。”（《明太祖实录》卷十二。）为此，他对域外“来贡者”采取了十分优惠的政策。如同一年，剌泥国使者回回哈只马哈没奇剌泥等来贡方物，因携胡椒与民互市，有司请征其税，朱棣说：“征税以抑逐末之民，岂以为利。今远人慕义来，乃取其货，所得几何，而于损国体多矣。其已之。”（《明史》卷三二六，《外国传》七，《剌泥国》。）尤为重要的是，朱棣不断派遣使者或使团沿着两个方向前往西域，宣传明朝国威，传播中国文化，沟通中西联系和交流。
成祖一朝，是明代同域外交通最为繁盛的时期，正如《明史》所称：自成祖以武定天下，欲威制万方，遣使四出招徕。由是西域大小诸国莫不稽颡称臣，献琛恐后。又北穷沙漠，南极溟海，东西抵日出没之处，凡舟车可至者，无所不届。自是，殊方异域鸟言侏之使，辐辏阙廷。岁时颁赐，库藏为虚。而四方奇珍异宝、名禽殊兽进献上方者，亦日增月益。盖兼汉、唐之盛而有之，百王所莫并也。余威及于后嗣，宣德、正统朝犹多重译而至。（《明史》卷三三二，《西域传》四，《坤城》。）
有时，同时来到永乐朝廷上的朝贡国家和地区很多，使团规模也十分庞大，所谓“是时，诸蕃使臣充斥于廷”，并不夸张。如古里国，于永乐十三年偕柯枝、南渤利、甘把里、满剌加诸国入明朝贡，十四年又偕爪哇、满剌加、占城、锡兰山、木骨都束、溜山、南渤利、不剌哇、阿丹、沙里湾泥、苏门答剌、麻林、剌撒、忽鲁谟斯、柯枝、南巫里、彭亨等国入明朝贡，十七年又偕满剌加等17国入明朝贡，二十一年九月戊戌，偕忽鲁谟斯等16国，遣使1200人入明朝贡（《明史》卷三二十，《外国传》七，《古里》；《明成祖实录》卷二六三。）又如下文将提到的渤泥、满剌加、苏禄三国的访华使团，不仅规模大，而且规格高。所有这些，对中国本土回回人口数量的增加以至于最终形成一个回回共同体，不能不产生重大影响。
朱棣以后的明仁宗朱高炽(年号洪熙)“不务远略，践阼之初，即撤西洋取宝之船，停松花江造舟之役，召西域使臣还京，敕之归国，不欲疲中土以奉远人”。明宣宗朱瞻基继之，“虽间一遣使，寻亦停止，以故边隅获休息焉”（《明史》卷三三二，《西域传》四，《坤城》。）虽然如此，朱棣以后的明朝各代帝王在对发展同西域及海外伊斯兰国家和地区友好关系方面仍然有许多活动。
二、与东察合台汗国的关系和对哈密的统治
(一)与东察合台汗国(亦力把里)的关系
察合台汗国是元朝西北诸汗国之一。十四世纪四十年代，察合台汗国发生分裂。1346年河中地区巴鲁剌思部民异密(贵族)合札罕杀死合赞算端，另立答失童为汗，朵豁剌惕部异密播鲁只于1347~1348年在阿克苏把察合台汗后裔脱忽鲁帖木儿拥上汗位。从此，察合台汗国正式分裂为东西两大部，脱忽鲁帖木儿统治的东部地区称为东察合台汗国，《明史》称为“别失八里国”，后“更国号曰亦力把里”。脱忽鲁帖木儿于公元1353年宣布伊斯兰教为国教，汗国内部的蒙古族也开始伊斯兰化。
公元1362年，脱忽鲁帖木儿汗去世，朵豁剌惕部异密哈马鲁丁篡位，引起内乱；朵豁剌惕部异密忽歹达拥脱忽鲁帖木儿汗之少子黑的儿火者为汗，局势开始稳定。黑的儿火者汗统治时期，与察合台汗国的疆界基本确立，它是由以下三部分组成：亦力把里本部。东起阿尔泰山，西至塔拉斯河以东的沙漠地带，北界塔尔巴哈台山至巴尔喀什湖一线，南包天山山脉。东察合台汗国的都城在亦力把里城(今新疆伊宁)。）
朵豁剌惕部。葱岭以东的喀什噶尔、英吉沙尔、叶尔羌、和田、乌什、阿克苏六城等天山以南地区，南与乌思藏相接，另接费尔干纳及其以东地区。这片土地是朵豁剌惕部的世袭领地。
吐鲁番。公元1487年，羽奴思汗卒，东察合台汗国分裂成东西两部，次子阿黑麻汗统治东部，建都吐鲁番，辖境包括吐鲁番和叉力失(今新疆焉耆)。吐鲁番共有大小城堡十五六座，居民以种植田猎为业。十五世纪后，当地居民“凡女子十二岁者，皆从满剌读书写夷字，上拜天地，不信佛教。”（桂萼：《进哈密事宜疏》，《皇明经世文编》卷一八一，《佳文襄公奏议》三。）犯罪及民事纠纷亦由满剌处治。所谓“夷字”即回回字(阿拉伯字)。可见，吐鲁番地区已经伊斯兰化。
（洪武中，蓝玉征漠北，至捕鱼儿海获撒马儿罕商人数百，为了表示与西域友好往来的诚意，朱元璋遣官护送这些商人回国，途中经过东察合台汗国，即别失八里(今新疆吉木萨尔北)，并与之发生了联系，引起别失八里好感，其王黑的儿火者派遣千户哈马力丁等于洪武二十四年七月到达京师南京贡马及海青，“帝喜，赐王彩币十表里，其使者皆有赐。九月命主事宽彻、御史韩敬、评事唐钲使西域”，并以书谕黑的儿火者，表达“遣官劳嘉”之意。但黑的儿火者拘留宽彻等人。朱元璋于洪武三十年正月复遣官带书前往交涉，书中提到，自他继位以来，来中国互市的西方诸商，不仅边将未尝阻绝，他还敕吏民善遇之，“由是商人获利，疆埸无扰”。又说因黑的儿火者拘留明使，“是以近年回回入境者，亦令于中国互市，待彻归放还”。但后来这些回回人说有父母妻子，他“念其至情，悉纵遣之”。并劝告黑的儿火者“毋梗塞道路，致启兵端”。结果宽彻等终于被放还）（《明史》卷三三二，《西域传》四，《别失八里》。）
成祖朱棣即位之冬，遣官带玺书彩币使别失八里国。其王黑的儿火者卒后，子沙迷查干、马哈麻相继嗣立，明廷均与之保持朝贡关系。永乐十一年(1413年)，马哈麻所遣贡使将至甘肃，朱棣“命所司宴劳，且敕总兵官李彬善遇之”。次年冬，有人自西域来，说马哈麻母及弟相继卒，朱棣又命傅安带敕书慰问，赐以彩币。不久，马哈麻亦卒，从子纳黑失只罕嗣立，并于十四年遣使告丧，朱棣命傅安及中官李达吊祭，同时封其从子为王，赐以文绮、弓刀、甲胄等物。十五年，命中官李信等以绮、帛各二百匹，助纳黑失只罕纳女撒马儿罕。后来，纳黑失只罕为其从弟歪思所杀，部落也被迫西迁，歪思汗更国号为亦力把里，明廷也未加干涉，仍遣中官杨忠等赐歪思汗弓刀、甲胄及文绮、彩币，“其头目忽歹达等七十余人并有赐”，结果赢得了“奉贡不绝”的友好往来（《明史》卷三三二，《西域传》四，《别失八里》。）宣德元年(1426年)，明廷遣使赐亦力把里钞币。明年，其头目遣使入贡，明廷授其正副使为指挥千户，赐诰命、冠带，“自后，使臣多受官”，入贡更勤。景泰三年(1452年)，其王也密力虎者遣使贡玉石3800斤，虽不堪用，明廷仍收之，每二斤赐帛一匹。天顺元年(1457年)，英宗遣千户于志敬等以复辟谕其王，且赐彩币。成化元年(1465年)，明廷定西域朝贡期，令亦力把里三岁、五岁一贡，使者不得过十人，“自是，朝贡遂稀”（《明史》卷三三二，《西域传》四，《别失八里》。）
明与吐鲁番的往来早在永乐四年(1406年)即已发生。当年明廷遣官至别失八里时，即道其地，以彩币赐其头目、元朝所封赛因帖木儿，后历洪熙、宣德至正统朝，双方关系已很密切。其间，吐鲁番吞并火州、柳城，势力日强。景泰三年(1452年)，吐鲁番头目也密力火者偕其妻及部下头目各遣使入贡。天顺三年(1459年)又贡，明廷擢其使臣24人为官，并先后命指挥白全、都指挥桑斌等使其地。
成化元年(1465年)，明廷对吐鲁番朝贡予以限制，只准三年或五年一贡，贡使不得超过十人。五年，土鲁番头目阿力自称速檀，多次袭破哈密，明廷“仍善待之，未尝一语严诘”。十四年，阿力卒，子阿黑麻嗣为速檀，于弘治元年(1488年)杀哈密都督罕慎，“朝廷亦不罪”。后又俘走哈密忠顺王陕巴，明廷不得已采取“却其贡物，羁前后使臣一百七十二人于边，闭嘉峪关，永绝贡道”之法，同时直接出兵夺回哈密，引起吐鲁番邻邦“胥怨阿黑麻”。阿黑麻被迫送还陕巴，“款关求贡”。弘治十七年，阿黑麻卒，诸子争立，结果长子满速儿嗣为速檀，吐鲁番更为强大，长期占据哈密，入犯肃州、甘州。至嘉靖十二年(1533年)以后，始渐衰落，部下各自雄长，称王入贡者多至十五人，政权亦不一。二十四年，满速儿死，长子沙嗣为速檀，其他各子如马黑麻、琐非等也相继自称速檀，与明廷保持着朝贡关系。隆庆四年(1570年)，吐鲁番虽被并入叶尔羌，“但迄万历朝，奉贡不绝”（《明史》卷三二九，《西域传》一，《土鲁番》。）