朱元璋及部分臣僚对少数民族的宗教信仰和风俗习惯采取如此严厉的法律手段予以革除，目的是限制、削弱少数民族的发展，特别是想把移居内地的蒙古、回回同化掉。但是，明廷中以朱元璋为代表的部分官员的民族歧视、压迫思想和做法，遭到了回回人的强烈抵制和反抗。朱元璋因此无可奈何地说，回回人“往往群其族类，崇其俗尚，祖其教习，确然不入吾中国之化，其所羁縻仅及其身而已”（陈全之：《蓬窗日录》，“世务”卷之一。）如禁婚令执行不下去以后，又加上“务要两相情愿”，“其色目、奇彻(即钦察)自相婚姻，不在此限”的字样，对法律进行了修改。这样，色目人既可以“自相嫁娶”，也可以与其他民族如汉族人相嫁娶。回回人是虔诚的穆斯林，他们“祖其教习”“皆守教不替”，即使是与非穆斯林结了婚，也没有放弃自己的宗教信仰和风俗习惯，反之，还使得对方也改奉了伊斯兰教，成为穆斯林，出现“只输入，不输出”的状况。因此，与朱元璋为首的明朝统治者愿望相反，回回人非但没被同化，通过他们的斗争，反而壮大了。
总之，明朝中后期，各种社会矛盾已经非常严重，到了明朝末年，更是达到了白热化的程度，特别是地主阶级与农民阶级的矛盾已经难以通过改革来加以解决了。貌似强大的明王朝时刻面临着被疾风暴雨式的农民革命不断冲击以致消灭的窘境。
二、崇祯朝以前的回民暴动
早在明朝前期的永乐八年(1410年)，就曾发生了哈剌马牙领导的回民反明暴动。哈剌马牙本为西域贡使回回，在肃州卫(今甘肃酒泉)寄住。是年五月，由于陕西按察司佥事马英等人的压迫，他奋起聚众数百人，“据肃州卫以叛”。暴动者斩杀明军指挥刘秉谦、御史陈奇等，占据州城。明廷一方面调集官军前往镇压，一面联络赤斤、沙州、哈密三卫少数民族头人率众夹击。不久，明军攻入城内，哈剌马牙在与明军指挥冀望、陈杰，千户朱迪等人激战时，力竭失败，率余部逃去，不知所终（《明史》卷六，《成祖纪》；《明成祖实录》卷一〇四、卷一二七。）
从明朝中叶开始，反封建的各族农民暴动连续发生，如火如荼，在回民聚居的西北地区尤为突出。
明宪宗成化四年(1468年)，甘肃固原(今属宁夏)一带爆发满四、杨虎力暴动。暴动的直接原因是固原参将、指挥等官贪求当地回、汉、蒙古等族人民的财物，肆意敲诈勒索。暴动的主要领导人是蒙古族满四(又名满俊)和回族杨虎力。满四是故元平凉万户把丹的后裔，元亡后把丹降明，授平凉卫千户，部落散居开城等县，号“土达”。满四长得魁梧彪悍，不畏强暴。成化四年六月四日，固原有司以某一狱案与满四有牵连，前往搜捕。满四闻讯，揭竿而起，率领蒙、回农牧民上山，占据地势险要的石城堡。满四被推为“招贤王”，“骁勇有谋略”的回回人杨虎力被推为“谋主”（马文升：《西征石城记》。）陕西巡抚陈介闻变，急忙与总兵刘玉等率军五万人往讨，“屡为所败，不数月，众至数万，关中震动”（慕寿祺：《甘宁青史略》正编卷十四。），暴动者同明军交战三百余次，杀其伯一名，指挥三名，“官军死者数千人”（《明史纪事本末》卷四。），陈介气急败坏，乃于十一月命项忠、马文升等前来会剿，分兵六路，围攻石城堡，又买通杨虎力，内外夹击，攻下石城，“尽获其余寇，毁其城”（《甘宁青史略》正编卷十四。），“斩首七千余级，俘获二千余”（《明史纪事本末》卷四。），满四本人被俘，送至京师遇害，暴动遂告失败。
孝宗弘治元年(1488年)，陕西凤翔府发生回民暴动，众至数千人。据是年九月镇守陕西后军都督佥事周玺称：“凤翔府扶凤等县原附籍回回聚众劫掠为患，臣委右布政使韩文、副使王弦、守备署都指挥佥事黄泽等率兵围之于邰阳山中，复追败之。斩首65级，擒获百七十人。其中应监候奏请处决30人，妻妾子女应给付功臣之家为奴者九十九口，妇女幼男应流二千里安置者八口，女许嫁应归其夫者六口，应释放者千口。”（《明孝宗实录》卷十八。）可见，这次暴动人数相当多，规模相当大。
孝宗弘治十七年(1504年)七月，山东昌乐回回人张富、张郁等人率众起事，纵横莱州一带，杀死莱州参议方矩，砍伤巡抚都御史徐源，旋被明军镇压下去（《明孝宗实录》卷二一四。）
武宗正德九年(1514年)十月十九日，陕西庆阳府合水县(今甘肃合水东北)回民李大录，因不堪官府掠夺，率领当地回民群众暴动，并“纠众流劫汉中”。后来，李大录被西安地方分巡副使边亿、佥事阮吉所率官军逮捕，暴动失败（《明武宗实录》卷一一七。）
正德十一年(1516年)九月十八日，陕西岐山县“归化回夷”魏景阳“纠合种类百余人”暴动，当地官府闻风丧胆，不敢向朝廷报警，因此暴动队伍不断壮大，很快发展到二千余人，驰骋关中，攻打华阴等县。巡按御史常在命都御史萧翀、都指挥姜奭等发兵进讨。后来，魏景阳被姜奭捕获，暴动暂告结束（《明武宗实录》卷一四一。）十月，陕西金州石香炉等处发生回民暴动（《明武宗实录》卷一四二。）十二年二月，甘肃河西回民数千人，“拥众南山，而分千骑攻高台”，守军急向朝廷“乞添调兵马”，兵部命宁夏西路急选派官兵三千，随总兵官邵永往剿（《明武宗实录》卷一四六。）。十五年五月四日，陕西汧阳“回民劫汧阳县，杀知县贾钺，死伤者甚众”（《明武宗实录》卷一八六。）。十六年三月四日，陕西回民三百余人“流劫山界中”，转战兰山西垣曲，再攻河南济源，俘获知县王枢（《明武宗实录》卷一九七。）。十六年七月，陕西归附回回陈克己率回民暴动，明廷调动大批军队，才将暴动镇压下去（《明世宗实录》卷四。）
世宗嘉靖十三年(1534年)春正月，甘肃会宁回民“马兴据阶州(今武都)铁炉山叛，杀千户王灵凤”（《甘宁青史略》正编卷十五。）铁炉山在阶州北二百里，地势险要。马兴率领回汉民众千余人，以该山为根据地，与官军展开斗争。他们采取“胜则战，败则走”的战术，“纵横陇蜀之间”（《王襄毅公文集》；《明经世文编》卷二二八。）夏五月，马兴率军下山，攻打徽州(今甘肃徽县)、成州(今甘肃成县)等城。陕西巡抚都御史黄臣遣指挥王熙前去“招安”，被马兴处决。黄臣听说王熙被杀，老羞成怒，乃于七月间亲率大军前往镇压。两军在石门相遇，马兴被王灵凤之子王印射杀，暴动失败。
万历初年，宜君县(今属陕西)回民田守喦与乾州(今陕西乾县)人赵进忠聚众起事，在三水县(今陕西旬邑)一带流劫官府。九年，陕西耀州回民数千人暴动。时陕西境内回民常群行拾麦穗，“间或草窃”。耀州以变告，地方官萧廪抚谕之，戮数人，暴动平息。遂下令：“拾麦毋带兵器，侪偶不得至十人。”（《明史》卷二二七，《萧廪传》；《明神宗实录》卷一二七。）十年八月，赵进忠被俘，明廷命巡抚、总督等大员招安暴动余部，田守岩下落不明（《明神宗实录》卷一二七。）十五年三月，回民马友忠聚众千余人暴动，占据清水(今属甘肃)之石门山(一称石洞山)，与明朝统治者进行坚决的斗争。马友忠被明廷称为“啰贼”。知县季恩率地主武装进山围剿，暴动者失利，被杀二十多人，余众溃散（乾隆《清水县志》卷十二，《兵戎》。）所谓“啰贼”即“啰哩回回”，其先民为吉普赛人。万历中后期，陕西地区灾荒连连，民不聊生，杂居回民多以卖药为业，生活尤为艰苦，官府不仅不加抚恤，反而搜刮民脂民膏，仅苛捐杂税就多达一百四十余万两，同时还妄杀良善，冒充军功。面对这种处境，陕西回民纷起反抗。先是关中回民田分猷于万历三十六年(1608年)率众暴动，同年八月被镇压（《明神宗实录》卷四四六、卷四四九。）三年后，即万历三十九年(1611年)，另一回回田有奇再次聚众暴动，他们“潜渡黄河，屡于山西平阳一带州县劫夺村堡，杀戮兵民”（《明神宗实录》卷四四六。），同年九月，在明军围剿下，田有奇被俘杀，暴动也旋即失败。
在田分猷、田有奇暴动相继失败后，陕西回民没有屈服，他们于万历四十二年(1614年)七月又一次掀起暴动，并推回回人高尚千、高聚为首领，流劫宜君县(今属陕西)狱。次年遭到延安府官兵镇压，高尚千被俘，余部在高聚率领下，转入川北、陕南地区，坚持斗争长达六年之久（《明神宗实录》卷五三六、卷五三八、卷五九二。）次年八月间，陕西归附回回暴动，由秦入蜀，“四川巡抚吴用先以郡县之全力不能当”（《明神宗实录》卷五三六。）
三、崇祯年间马守应领导的回民大起义
明朝末年，陕西爆发了大规模的农民起义，“老回回”马守应所领导的起义军是其中影响较大的一支。这支回民起义队伍由初起到失败，走过了一段非常辉煌的历程。
熹宗天启七年(1627年)三月，陕西澄城县发生民变，杀死作恶多端的知县张斗耀，揭开了明末农民大起义的序幕。接着，兵变、民变不断发生，而且规模越来越大。毅宗崇祯元年(1628年)，“固原兵劫州库，白水贼王二、府谷贼王嘉胤、宜川贼王左挂、飞山虎、大红狼等，一时并起”（谈迁：《国榷》卷九五。）。安塞高迎祥、王大梁等“聚众应之”。高自称“闯王”，王自称“大梁王”。接着，山西、延绥、甘肃等地的“勤王”之师亦哗变，“与群盗合”。又有延安人张献忠起义称“八大王”。整个陕西大地，起义烽火遍地燃烧。
在如火如荼的大起义浪潮中，绥德回民马守应也起而响应。马守应绰号“老回回”，他是于崇祯元年（1628年）与高迎祥、罗汝才(又称“曹操”)等以边兵的身份揭竿反明的。他们的部众，既有汉族，也有回族和蒙族，即由“夷汉降丁”（《明史》卷三〇九，《流贼传》。）组成。开始，他们转战于陕北、陇东一带。崇祯三年三月，马守应与八金刚、王二等起义军东渡黄河进入山西，连破襄陵、吉州、太平。四年六月，王嘉胤死后，其众共推其子王自用为首领，自号“紫金梁”。“自用结群贼老回回、曹操、八金刚、扫地王、射塌天、阎飞虎、满天星、破天雉、邢红娘、上天龙、蝎子块、过天星、混世王等及迎祥、献忠，共三十六营，众二十余万，聚山西”（《明史》卷三〇九，《流贼传》。）。此时，高迎祥之甥、米脂人李自成也投入起义军，号“闯将”。五年八月，马守应与紫金梁等以三万之众围山西沁水县窦庄，未攻下，乃南下攻河南省济源，陷温县（《平寇志》卷一、卷二。 ）九月，破河南修武县，杀知县刘凤翔、县尉余守彬等，进而攻武陟、辉县，围怀庆(今沁阳)。六年二月，马守应等起义军数万人出太行山，进攻河北的邯郸、沙河诸县。后在榆社、济源等县被明将击败，紫金梁、滚地龙等牺牲，三十六营起义军由高迎祥率领。
六年冬，马守应同高迎祥等率起义军从毛家湾渡过黄河，挺进豫西，连陷渑池、伊阳、卢氏三县。七年三月，马守应联合过天星、满天星等部共五营，由山间小道突进内乡，转战郧阳、南阳、汝宁、枣阳、当阳，进入湖广，又西进巴、陵等处，攻下夔州(今四川奉节)，逼四川，远近震动。起义军流动作战，明军疲于应付，“所在告急”。马守应等在川东停留时间不长，又返回湖广，在郧阳的黄龙滩作短暂休整，又转入陕南商洛山区。
七年春，明廷特设山西、陕西、河南、湖广、四川总督，以延绥巡抚陈奇瑜为总督，“专办贼”。面对强大的明军包围，起义军展开了艰苦的反围剿战斗。他们流动作战，与敌周旋，连陷七县，队伍不断壮大。此时李自成崭露头角。陈奇瑜连连失败，“坐削籍”，朝廷命洪承畴代之。
是年二月，起义军突围西入甘肃。马守应联合“一斗谷”等进攻秦州(今天水)。登西关城甚急，适逢大雨，加之洪承畴亲临督战，城未能攻下，遂撤围进攻两当，陷其城（《甘宁青史略》正编卷十六。）后转战关中，十月间，马守应“屯武功”（《平寇志》卷一、卷二。）各路义军云集关中，连营数十里，并猛攻西安，使明王朝在西北的政治中心受到严重威胁，朝中震动。
起义军西入陕甘，朝廷急命豫、楚、晋、蜀四省明军西进援陕。起义军乃避开敌人锋芒，转入终南山。不久又东入河南，连陷陈州(今河南淮阳)、灵宝、汜水、荥阳、上蔡，直逼省城开封。洪承畴又急忙率明军出关，追击义军。