又如西南地区的云南，是明初军事屯田发展迅速的又一地区。洪武十四年(1381年)，朱元璋命傅友德、蓝玉、沐英等率军征云南。为解决军粮的供应问题，明军于洪武十六年在品甸等地屯军打粮。朱元璋在一道谕旨中说：“给凉州诸卫征南士卒十四万四百余人，钞十五万五千余锭。命六安侯王志、安庆侯仇成、凤翔侯张龙督兵往云南品甸，缮城池、立屯堡，置邮传，安辑其民人。”（见《明太祖实录》卷一五四。这道谕旨中所说的凉州诸卫即今甘肃张家川回族自治县，于洪武九年(1376年)设卫，是一个回民聚居区。这批随军南征的士卒虽未注明族籍，但其中回回人当不在少数。）洪武十九年，沐英正式上奏朝廷，请在云南屯垦，结果征讨云南的军队大部分就地留戍屯田，其中有一些是随沐英而来的江南回回人。洪武二十年，沐英“平浪穹蛮，奉诏自永宁至大理，60里设一堡，留军屯田”（《明史》卷一二六，《沐英传》。）关于这一情况，《太祖实录》说得更为具体。其文云：洪武二十年十二月丁巳，“遣前城门郎石壁往云南谕西平侯沐英等自永宁至大理，每六十里设一堡，置军屯田，兼令往来递送，以代驿传。于是，自曲靖、火忽都至云南前卫易龙设堡五，自易龙至云南右卫黑林子设堡三，自黑林子至楚雄、禄丰设堡四，自禄丰至洱海卫普溯设堡七，自普溯至大理、赵州设堡二，自赵州至德胜关设堡二，人称便焉”（《明太祖实录》卷一八七。）
同年冬十月“诏长兴侯耿炳文率陕西土军三万三千人往云南屯种听征”（《明太祖实录》卷一八六。）所谓“土军”系指关中地区以回汉为主的土着人民，“命西平侯沐英籍都督朱铭麾下军士无妻孥者，置营以处之。令谪徙指挥、千百户，镇抚管领，自楚雄至景东每一百里置一营屯种，以备蛮寇”；又“命普定侯陈桓、靖宁侯叶升往云南总制诸军，于定边(今南涧)、姚安等处立营屯种”（《明太祖实录》卷一八五、卷一八七。），这些军队中有不少人是江南回回。
洪武二十一年(1388年)二月以长兴侯耿炳文承制遣陕西都指挥同知马烨率西安等卫兵三万三千屯戍云南（《明太祖实录》卷一八八。），马烨本人即是回族，其所部回民屯戍于今昭通、鲁甸一带。
明朝正统年间，为了征服麓川土酋的叛乱，曾于正统六年(1441年)、七年和十三年三次出兵，麓川平定后，又屯驻十二万江南回、汉士兵于滇西。
移民垦荒是明代回族农业发展的另一重要原因。洪武十三年(1380年)，“拨河州民至西宁贵德开垦守城。帝命于河州拨民四十八户来贵德开垦守城，自耕自食，不纳丁粮”（《甘宁青史略》卷十四。）在云南，民屯也有相当规模。据《滇粹·云南世守黔宁王沐英传附后嗣十四世事略》载：沐英镇滇后，于洪武二十二年(1389年)“携江南、江西人民二百五十余万(按：数字可能过大)入滇，给予种子、资金、区别地亩，分布于临安、曲靖……各部县”。沐英长子沐春“领滇七年，再移南京人三十余万”入云南（《云南回族史》，昆明：云南民族出版社，1989年，第62~63页。），上述移民数字不一定可信，但从中反映出明代移民于云南屯垦确实有相当的规模。
明初，在湖北地区也有回民在从事垦荒。沔阳的回族农民和当地汉族农民一起开发沔阳附近之七里垸、金马垸、江北、官路等地，开挖了大小莲花池。随后，又有部分回民移居到城东十里的高卡垸垦荒务农。大约在明中期以后，由山西、山东签调武昌之王氏、定氏、马氏回回将领后裔，有许多人务农，在沔南湖区的黄蓬、黄泥潭、月堤、马家沟、吕蒙口等地落籍。魏姓、李姓等回回也由沔城迁往城北从事农垦，以魏姓、王姓回回为主开发了魏王垸，以李姓等回回为主开发了百石垸。在沔南(今属洪湖县)，以定姓回回为主，联合王姓、马姓回回和当地汉族农民一起，在珂里湾南部插标为界，围垦喜鹊湖、扁湖、长湖、双湖、桂明湖、大深湖、小深湖、木渣湖的湖田。明朝天启、崇祯年间，陕西西安魏姓回民因逃避战乱和灾荒，进入鄂、陕交界的湖北口内，在海拔1600米的坎子山老水泉处定居，后来，又有回回迁入定居务农（答振益：《湖北回族经济初探》，载《甘肃民族研究》，1990年，第1期。）
在明代，把寄居或归附的西域回回内迁西北、中原、东南诸省，并使之从事农业屯垦，是政府极为普遍的做法。关于这一点，我们可以按时间顺序罗列以下几则史料加以说明。
明仁宗洪熙元年(1425年)九月乙未，“上谕行在户部尚书夏原吉：哈密卫指挥佥事母撒、副千户麻黑麻久寓甘州，今言愿求居于彼，凡草场田土可以旷闲之地给之”（《明宣宗实录》卷九。）
英宗正统元年(1436年)六月乙卯，“徙甘州、凉州寄居回回于江南各卫，凡四百三十六户，一千七百四十九口”；正统三年八月戊辰，“命给浙江观海诸卫新徙回回月粮。时归附回回二百二人，自凉州徙至浙江。上谕行在户部臣曰：远人不习水土，宜复其役，仍计口，月给米四斗赡之，二岁后，该卫具生业以闻”（《明英宗实录》卷十八、卷四五。）正统十二年十一月戊戌，“沙州卫遣众矮儿丁、把剌亦等来归。先是，沙州之众有散在哈密诸处者，及喃哥来附，尽驱其家属入塞。至是随哈密使臣入朝，遂愿留自效，命还其妻子，分隶东昌、永平二卫”（《明英宗实录》卷一六〇。）东昌即今属山东聊城，永平即今河北卢龙，留居此二地的这批回回人多数务农。
宪宗成化九年(1473年)，吐鲁番攻陷哈密，约有三四万的回回、畏兀儿、哈剌灰等族百姓在首领罕慎的率领下涌入关内，明廷“乃敕甘肃都督佥事王玺等于苦岭谷筑城，复立哈密卫，令罕慎等居之。且赐以布帛、米粮，分给土地及牛具谷种”（《明宪宗实录》卷一七一、卷二二六。）十一年五月壬子，兵部议上巡抚甘肃御史朱英等区处边夷七事，其中说“欲将先年哈密残破夷人随吐鲁番使臣入境分寄甘肃一带者，暂送腹里陕西、河南地方，拨地给粮，以俟发遣”（《明宪宗实录》卷一四一。）但这部分人后来并未发遣回去，而是留在内地各省务农了。
孝宗弘治六年(1493年)六月庚寅，“甘肃镇巡等官太监傅德等奏：近得兵部移文言：‘……今五月将终，寄种夷人播种已毕，计日望秋。……乞将各夷暂存肃州、甘州、山丹、永昌、凉州安住，以系其心，分散势力，以防不测。待来春斟酌夷情事势，量给种粮，发去苦峪住种’”（《明孝宗实录》卷七七。）
世宗嘉靖六年(1527年)十月辛亥，有人奏称：“初，哈密数为吐鲁番所破，余众走入塞，散处苦峪、赤斤、肃州诸城，前后千余人，并僦屋以居，贷田以耕，边臣因抚留之，给以牛种，间从官兵出逐虏有功，辄加赏赉，所给卤掠，辄与之，初给种米五百石，后或百石，诸夷亦颇安之。及是，其酋癿吉勃剌合哈剌灰、畏兀儿等以房产地土不足居种，请拨给”（《明世宗实录》卷八一。）《重修肃州新志》中也说：“哈密夷人，于故明时，徙居肃州卫东关厢居住者三族，畏兀儿族，其人与汉俗微同，哈剌灰族，其人与夷同，一曰西面回回，则回族也，今皆男耕女织，为边氓矣，士商营伍，咸有其人”（（日）田坂兴道：《回教之传入中国及其发展》，第1102页。）次年，吐鲁番大头目牙木兰率众3000余帐入关附明，其部下多数被安置在甘、肃二州，拨给田土籽种牛具，从事农耕（《明世宗实录》卷八九；(殊域周咨录)卷十四。）十三年六月己亥，“以肃州卫钵和寺境外闲地一十六顷有奇，给寄哈密卫都督癿吉勃剌等部耕种”（《明世宗实录》卷一六四。）二十五年，吐鲁番王沙速檀弟马里麻率众数千入居沙州(今甘肃敦煌)一带，占地耕作牧养（《明世宗实录》卷三二一。）
神宗万历二十七年(1599年)三月乙亥，“甘肃巡抚徐可畏奏降夷日众，乞查给房屋、月粮、地亩、牛种，以安其心”（《明神宗实录》卷三三二。）
明代垦田取得很大成就，首先是耕地面积数量显着增加，先进的农耕技术得以广泛传播，粮食产量大幅度提高，粮价稳中有降，国家税粮收益也相当可观。据不完全统计，从洪武元年至十六年(1368~1383年)，各地新垦田共达1805216顷，约合当时全国土地数额的一半，到洪武二十六年(1393年)，全国耕地已达8507623顷，比元末增长了四倍多。永乐、宣德时，屯田面积又有扩大，形成了“东自辽左，北抵宣大，西至甘肃，南尽滇蜀，极于交址，中原则大河南北，在在兴矣”（《明史》卷七七，《食货志·屯田》。）这些成绩的取得，固然以汉族的出力最多，但回族农民也作出了重大贡献。
有明一代，甘宁青地区聚居的回族人数众多，他们无论是从事军屯，还是从事民屯，都发挥了重要作用。庄浪、河州、洮州、凉州等地原为荒凉贫瘠的边地，到洪武二十二年(1389年)时却变成米多价贱的富裕地区，《明太祖实录》这样记载：“命庄浪、河州、洮州、岷州、西宁、凉州、宁夏、临洮八卫官吏月俸每石折钞二贯五百文。马军兼支米钞，步军则全给之。旧例边储皆牧、盐粮及趱运供给凉州卫，商人运米二斗至仓，官给盐一引，而每卫月粮万余石，屯军土民又种粟麦，军民所用皆米而已，米价日减，每石至五百文，故以钞兼给之”（《明太祖实录》卷一九五。）
洪武二十五年(1392年)户部上书言：“陕西、临洮、岷州、宁夏、洮州、西宁、兰州、庄浪、河州、甘肃、山丹、永昌、凉州等卫军士屯田，每岁所收，谷种外，余粮请以十之二上仓，以给士卒之城守者，上从之。”（《明太祖实录》卷二一六。）洪武三十年(1397年)，“陕西行都指挥使司陈晖言：凉州等卫十有一屯，33500余人，屯田16300余顷。凉州、西宁、永昌、肃州、庄浪累岁丰熟，以十之二输官，八分给士卒”（《明太祖实录》卷二四九。）
云南的屯垦面积，也是成绩喜人。沐英镇守云南，“百务具举，简守令，课农桑，岁较屯田增损以为赏罚，垦田至百万余亩”，其子沐春“在镇七年，大修屯政，辟田三十余万亩”（《明史》卷一二六，《沐英传》。）
大批汉、回族劳动群众从江南、陕甘等地迁入云南，不仅输入了劳动力，而且还带来了先进的生产技术和生产经验。冯苏《滇考》卷下就记载了洪武二十年(1387年)，朝廷从四川购进耕牛万头，发给云南军屯户用于农耕；在耕作方法上使用一牛或二牛(一架)牵引，由一人或二人驱犁耕作，改变了云南历史上“二牛三夫”的落后耕作方法（转引自《云南回族史》，第64页。）由于这些变化，云南回族经济发展很快，出现了许多回回富户。如明后期，旅行家徐霞客经过云南时，曾得到过金、闪、马、刘等姓回回人士的周济，他在《游滇日记》中记录了这些回回富户所在庄园的情况：庄园规模壮观，有清真寺、图书楼，有小桥流水、小山岗等，一派富饶美丽的景象。
其次是农田水利得到兴修。朱元璋十分重视兴修水利，下令各州县官吏对有关水利事宜要及时呈报，并由朝廷派人监修。明代西北回族聚居区的水利事业有很大发展。如在《甘宁青史略》中就有如下一些记载：
甲戌二十七年(1394年)，六月，宁夏、甘、凉等处督修水利；
辛亥宣德六年(1431年)冬十二月，遣御史巡视甘州屯田水利；
乙巳二十一年(1485年)春三月，平凉修利民渠；
丙午二十五年(1546年)，巡抚甘肃杨博募民垦田，凿龙首渠；
丁未二十六年(1547年)，甘肃巡抚杨博重开甘州旧木龙坝为龙首渠；杨博大兴屯利；
壬戌四十一年(1562年)，巡抚宁夏毛鹏重修中卫蜘蛛渠；
乙丑五年(1605年)夏四月，灵州河堤告成；
丁卯七年(1627年)，春三月，宁夏巡抚焦馨改修中卫七星渠。
西北地区回、汉人民为大力兴修水利，发展农业生产付出了辛勤劳动。今天的甘肃张掖地区在明代为甘州左、右、中、前、后卫，嘉靖年间巡抚杨博募民屯田，大兴水利，山丹也在他的倡导下，荒地被开为良田。张掖、武威地区因农业发达而有“金张掖、银武威”之誉。隆庆时期新开的梨园坝新渠，长15里，凿石成渠，明沟40丈、石洞45丈，拦水坝二道。渠首有闭水闸、退水闸各一。引水沟一道，下置四石墩，上搭六凳槽，沿渠低洼处又筑凳槽十五（郭厚安、陈守忠：《甘肃古代史》，兰州：兰州大学出版社，1989年，第532页。）