这次事件后，清廷对回族人民采取了更加严厉的镇压政策。乾隆传谕：“将来阿桂、福康安查办匪党时，自当铲绝根诛，永除后患”（《钦定石峰堡纪略》卷十三，228页。）“所有石峰堡、底店贼犯如张阿浑、大通阿浑、马阿浑、杨填四等为贼营中阿浑者，自不应复留孽种，其名下幼孩即年未及岁，俱当概予骈除。”阿桂、福康安在办理“善后案”时，对参加反清的新教回民进行了野蛮的屠杀。张文庆、马四娃、杨填四等被押解热河，“俱身膺寸磔，阀门族属骈首就诛”，他们的祖坟也被挖开，疯狂地进行“剉骨扬灰”（《钦定石峰堡纪略》卷十七，294页。）对“附逆恶党及胁从被诱之人无不共罹大辟，歼戮几及万余”（《钦定石峰堡纪略》卷十七，304页。）阿桂、福康安得意洋洋地向乾隆报功：“查此次石峰堡拿获正法人犯一千四百余名，底店先后投出正法人犯一千六百二十一名，李侍尧等拿获正法贱犯四百七十六名；又底店打仗杀贼三百四十余名；石峰堡打仗前后杀贼一千七百余名；各处搜山官兵拿获贼匪当即正法者一千余名；又，前经伍岱、李侍尧、刚塔等于靖远、伏羌、通渭、云雾山、鹰窝石、狼山、打喇赤等处打仗杀贼一千四百五十余名；又，陆续擒获贼回即于军营正法者四百九十七名，通计节次拿获正法及打仗杀死贼回共八千余名。又，李侍尧，刚塔等歼戮逆回妇女一千余名。此外尚有各州县拿获正法并现在监禁候讯应行正法人犯一千余名。”（《钦定石峰堡纪略》卷十七，293页。）这个“请功表”是清统治者屠杀回族人民的一本罪恶账。表中所列一千多名监禁的“人犯”，后来也被全部“骈诛”了。参加起义的普通回民，凡年龄在十五岁以下的男孩分赏给清军官兵及降番屯练为奴。仅分赏给侍卫、章京、满洲官兵及四州官弁、屯练降番为奴的就有一千九百余名，分赏给江宁、浙江、福建、广东四省的驻兵为奴的就有二千六百余名。总数有好几千名。许多回民地区“村落为墟，妻子迁徙”（《钦定石峰堡纪略》卷十七，304页。），人烟断绝。
清统治者对起义回民的财产，以“逆产”办理，做法苛刻。凡“邪教回匪现有空出房屋，断不可仍招回民居住，即可于陕甘二省汉民内择其年力壮盛、家业贫苦者，招集数百名赏给居住”，“其空出房屋田地例应入官变价。但招卖时，无论新旧教回民，概未便仍令承买，执业居住”，“招令甘肃汉民分户认买移居。……如甘肃民人承买之外尚有余剩房产，……即可令附近甘肃之陕省民人出资认买。庶此等地方皆为汉人居住，更易弹压”（《钦定石峰堡纪略》卷十一，185页；卷十五，265页。）
关于“逆产”的数目，据福康安给朝廷的奏章中说：兹查盐茶、静宁、隆德、华亭、伏羌、通渭、安定、靖远、庄浪等处十五厅、州、县抄获逆产共山川水草荒熟地五万一千四百三十三亩六分零，瓦房、土房三千八百零三间，土窑六百十五处，拆毁礼拜寺七十三间。（《甘宁青史略》正编卷二〇。）
可是，官府出示招买多日，“其呈认买者尚属寥寥”，无奈一再降低售价，并规定分期付款，而应者仍甚少。
清统治者在办理“逆产案”中如此施行挑拨民族关系的伎俩，从而种下了西北地区民族关系隔阂的种子。
西北地区回汉杂居。历史上两个民族之间关系融洽，时有汉民改奉伊斯兰教。有的回民没有子嗣，便抱养汉民子女为子嗣。但清统治者在办理“善后案”时，对此严加禁绝。“抱养者，汉民本生父及回民照略诱例各杖一百，徒三年；如无父母，罪该亲房首户，照所得罪减一等。其叛汉归回者，照谋叛谋而未行为首律拟绞。以前改从回教，本身已故，子嗣相沿已久，未便押令归汉，听其自便，于保册内注明。如本人现在，限三月改归汉教，违者仍照谋叛律问拟，该管乡约知而不举，亦照罪人减二等科断。”（见河州知州涂跃龙乾隆五十四年禀贴。）陕甘总督额勒登保很快采纳了这个意见，于五十四年十月间贴出告示：回民改从旧教，各归本村寺内诵经，毋得藏匿《冥沙》《卯路》等经，摇头脱鞋念经，致干严遣，倘仍有新教，治罪不宥。下开五条：一、禁搀寺；一、禁勾引窝留；一、禁抱养及改归回教；一、禁添造礼拜寺；一、禁诬告（《循化志》卷八。）
清统治者的这些政策，不仅加深了回族内部新、旧两教之间的对立，而且在回、汉两族间也制造了矛盾，严重损害了民族关系。
清统治者为了防止回民的反抗，在回民较多的地区增设了军事设施，添派清军驻守。在平凉、固原、六盘山、隆德、静宁、靖远、秦安、河州等地添设营汛，增派参将一员，都司二员，守备二员，千总11员，把总11员，经制外委28员，加派清兵4230名。福康安为了“巡防更为周密”，“在甘肃境内计程十里或十五里即有墩塘一处”（《钦定石峰堡纪略》卷十九。）新添筑墩塘141处，加上旧的墩塘共计有223处。
（为了加强对回族人民的镇压，清统治者又施行所谓“化导”之策。他们认为回民之所以“桀骜不驯”，“聚众鸱张，攻城掠堡”（《钦定石峰堡纪略》卷十四，245页。），“犷俗而愚顽者”，原因在于“附和邪教”（《钦定石峰堡纪略》卷二〇，见386。）他们认为新教“如僧中白莲教类”（《钦定石峰堡纪略》卷七，119页。），因此在对新教严加禁绝的同时，还要“导化愚顽”“驯其桀骛之气，……化其顽梗之风”（《钦定石峰堡纪略》卷二〇，369页。），使回民成为“顺化良民”，“导以向化之路”，“当使沐浴诗书，通知礼义”（《钦定石峰堡纪略》卷二〇，369页。），于是在西北地区广设义学，延师授读。这不过是清统治者的一厢情愿。在回族人民生活无着，生命难保的境况下，哪里还谈得上读书学诗呢？后来，即使家境较好的回民为抵制反动统治者的“化导”，也不愿去读汉字书。所以，直到近现代，西北回族中读书的人为数无几。这不能不说是清统治者办理“善后案”所造成的恶果之一。
清政府对西北回族的压迫政策，主要针对哲赫忍耶新教的反清斗争，在其他地区仍然坚持其允许回族信仰伊斯兰教的政策。苏四十三反清事件后，清廷曾要求各地官员调查回族宗教组织有无掌教。乾隆四十六年(1781年)六月上谕称：“前从甘省番回有掌教及总掌教之名，恐易惑众滋事，因传谕各督抚留心查革。”（《清高宗实录》卷一一三二。）一些官员便对回族宗教大加干涉。次年海南回民海富润外出学经，返家途经广西桂林被官府盘查，搜出所带经书，即被拘押。广西巡抚朱椿将此事申奏朝廷，并咨文其他省份一律查办。清廷下旨“不必查办，并通饬各督抚，嗣后如有似此回民经典，俱毋庸苛求，致滋拢累。盖缘旧教回民在西北省分为多，而各省亦在在俱有，其所奉经典回民中亦属家喻户晓，即与僧道喇嘛无异，焉能尽灭其人而火其书乎？……若过为搜求滋扰，则安分守法之回民转致不能自安，无所措其手足。……朱椿着传旨严行申饬。所有由闵鄂元奏到起出回经及获作序、刊书之人，俱当妥为安抚，概予省释。至各省督抚接据广西咨会，均着一例停止，毋庸查办。”（《清高宗实录》卷一一五九。）这表明苏四十三、田五事件后，清政府致力于控制、打击西北回族门宦组织的同时，并没有因此而改变它在全国范围内对回族和伊斯兰教的一般政策。）
第二节反抗外来侵略和清中后期的回民起义
一、回族抗击列强侵略的斗争
(一)列强对中国的侵略
近代的列强对华侵略是资本主义国家殖民扩张由西向东发展的结果。西方列强很早就开始了对落后民族与国家的殖民侵略。18世纪后半期以后，英、法等国家先后进行了工业革命，机器生产在工业部门中取代了以往的手工劳动。工业革命推动了西方资本主义的迅速发展，生产规模急剧扩大，扩大海外市场和原料产地成为资本主义更迫切的需要。在这一经济力量的促使下，西方国家加快了殖民侵略的步伐，开始对具有灿烂文明的中国的侵略。
最早在中国进行殖民活动的国家是葡萄牙、西班牙等国。明正德九年(1514年)葡萄牙人到我国东南沿海进行海盗活动，“剽劫行旅”，“掠买良民”；嘉靖三十六年(1557年)占据澳门。西班牙人于嘉靖四年(1525年)首次到达中国，要求通商，以后在吕宋多次屠杀华人。荷兰人于万历三十四年(1606年)强占澎湖被驱逐后，又占领我台湾岛。此后，英国企图以军事和外交手段打开中国的大门，但未达到目的。在对华贸易中，也因中国自然经济的抵制和清政府闭关锁国政策，英国存在着贸易逆差。英国占领了印度鸦片产地孟加拉后，为转变对华贸易的不利地位，开始大规模向中国走私鸦片，到鸦片战争前夕，每年输入中国的鸦片已达四万多箱。鸦片贸易不仅改变了中英贸易关系，从中国夺取了巨额财富，而且严重损害了中国人的身心健康和社会生产，造成了中国严重的社会危机——“烟患”。清道光十九年(1839年)清政府任命林则徐为钦差大臣，赴广州主持禁烟。经过斗争，林则徐没收了英、美等国鸦片237.6万余斤，在虎门滩一举销毁。虎门销烟沉重打击了西方列强的侵略。英国资产阶级不甘心失败，决心发动侵华战争。1840年6月(1840年以后，本书均以公元纪年，月日除用汉字注明外，亦为公历)，英国“远征军”到达广东海面，封锁珠江口，第一次鸦片战争正式爆发。
这次战争中，英军攻打我国广州、厦门、定海、镇海、宁波、吴淞、镇江等地，所经之处纵兵烧杀抢掠。如英军占领广州之后，将城外十三行银钱财富洗劫一空，又勒索赎城费600万元，侵扰四周居民；在镇江曾大肆烧杀。种种暴行，难以枚举。
第一次鸦片战争因清政府的腐败投降，以签订《中英南京条约》而结束。此后，法国、美国也分别与清政府签订《黄埔条约》和《望厦条约》。这是中国与外国列强签订的第一批不平等条约。外国列强终于打开了中国的大门，取得了割占土地、通商、传教、领事裁判、协定关税等各种特权，中国的国家主权遭到严重破坏，中国由一个独立的主权国家开始向半殖民地半封建社会转变。
第一次鸦片战争之后，英国资产阶级欣喜若狂，以为中国这一幅员辽阔人口众多的国家会立即为其带来巨大财富。然而，中国的自然经济对外来商品具有顽强的抵抗作用，中英贸易徘徊不前。为了进一步扩大中国市场，英、法两国在1856年至1860年又发动了第二次鸦片战争，迫使清政府签订了《天津条约》和《北京条约》，取得了更多的特权，加深了中国的半殖民地化。以后，随着世界资本主义由自由资本主义向垄断资本主义的过渡，帝国主义不断侵略我边疆领土。1884~1885年爆发了中法战争，1894年日本发动大规模侵华战争。日本通过这次战争，夺取了二亿三千万两白银的巨额战争赔款，割占我台湾岛和澎湖列岛，取得了在中国开设工厂的特权。1900~1901年的八国联军侵华战争，迫使清政府签订《辛丑条约》，清政府完全被列强所控制，中国赔款四亿五千万两白银。帝国主义控制了中国的政治、经济命脉，中国完全成为一个受帝国主义统治的半殖民地半封建国家。