1845年(道光二十五年)永昌府治保山城北板桥汉回少年对歌，回唱：“稻草绑秧新接旧”，汉答：“回子赴猪公领孙”，侮辱回民，引起械斗。回民清真寺被烧，房屋被拆，并不许回民在此居住。回民四出求援。爱打抱不平的马效青(大白象)等人来到，约集千人，齐集板桥附近的上村、窑上、金鸡村，“写帖传告说明，不惹别处汉人，只与板桥万林桂等讲理”（贺长龄：《耐庵奏议存稿》，《回民起义》(一)，第112页。）。万林桂是当地“香把会”首领。“香把会”是烧香结盟、烧香拜把的迷信会道门组织，被地主阶级掌握，依附官府。械斗起后，互有胜负。官府出来镇压，马效青等领导回民和官军斗争，俘获官员多名，发展成抗官斗争。官府见局面不可收拾，和香把会结合起来镇压回民。同年10月，沈盈和官府密谋一天，决定屠杀保山城内回民。迤西道罗天池给沈盈一道“防匪”命令，内称：“永昌全体绅民公请沈盈统率团丁，屠灭永城回子。有本府、本协镇、本县、本阃府文武各官员负担责任。屠灭后，若有上司惩究擅杀之罪，由文武官一方认咎，不使沈盈承受罪罚。沈盈系奉命而行”（《永昌府保山县汉回互斗及杜文秀实行革命之缘起》，《回民起义》(一)，第4~5页。）。沈盈得此印结后，挑选三千丁壮，10月2日夜秘密进城。事先已由城内绅首密令城内汉民以敬门神为名，焚香门上为暗号，彻夜不熄。沈盈的壮丁进城后，视门上无香之户，即破门屠杀，不分老幼男女，杀绝为止，并搜掠财物。数千回民罹难，脱逃躲匿山林者仅数百人，造成空前大惨案，这就是震惊一时的永昌屠回事件。
惨案中脱逃的回民丁灿庭、杜文秀等京控，为回民喊冤。1846年6月，清廷“以上年杀永昌内应回民过多，贺长龄下部议处”，免了他的云贵总督职。9月，“命李星沅为云贵总督”（《清史稿》卷十九，《宣宗本纪》。）李到任后，再劾原迤西道罗天池，朝廷方下令将罗革职，但“回汉械斗”并未解决。
次年李星沅调两江，改林则徐总督云贵。林则徐深知民族问题复杂，“明察暗访”，提出了“但分良莠，不论汉回”的办案方针。他说：“窃思汉回虽气类各分，而自朝廷视之，皆为赤子，当别其为良为匪，不必歧以为汉为回”（《林则徐全集》，北京：中华书局，1985年，第980页。）8月，朝廷“命林则徐谳云南回民控诉香匪杀无辜一万余人之狱”，及“云南回民杜文秀控诉被诬从逆之狱”。林则徐派人到保山提取有关案犯到省质讯，保山香把会将解送赴省的汉人案犯劫夺，烧掉县署，屠杀藏居县署内回民，再次发生永昌屠回惨案。林则徐一方面调兵镇压，并亲赴大理督办。到6月初，共捕办案犯436名，处以极刑或徒刑，主犯金混秋(沈盈之师)被凌迟，沈盈也被处死（《回民起义》(一)，第7页。），屠杀回民的有关官员亦被处理，为回民申冤除害。但林则徐对回民仍有自己的看法，他说：“臣察看迤西风气，汉民惟保山七哨最为桀骜，其余尚近淳朴。回民则无处不有，且良善少而梗顽多”（《林则徐全集》，第1012页。）抱着这种眼光，林则徐的“但分良莠，不论汉回”的总方针也就不能不打折扣。对于劫后余生回民的处理，实质是对回民的再次摧残，他强将保山回民移居官乃山。此处距保山二百余里，环境险恶，无异流放，回民在城产业折价与山中汉民资产抵换，“回民二百余户分起押送前往”（《林则徐全集》，第1171页。）林则徐以此办法“结束”回汉争端。
林则徐赴大理办案途中，正值弥渡回民起事。林则徐调兵镇压，前后处死81人。清廷以林则徐“剿办云南弥渡、保山哨匪功”，加太子太保衔，并赏戴花翎。1849年，林则徐又镇压腾越彝民暴动，并向朝廷奏报移居官乃山回民一年来的情况，说“总期保邑汉回各遂其生，永无可开之衅”。
(三)云南回民起义
1.起义的爆发：
1850年(道光三十年)，建水(临安)恶霸黄鹤年、黄殿魁等将回民世代开采的他郎(今墨江)金矿占为己有，杀死回民百余人。回民移向楚雄府南安州石羊厂谋生，开采银矿。建水恶霸又来占银矿，烧清真寺，劫杀回族村寨，惨案再次发生，并引发一系列屠回事件。1856年5月初，新兴回人武举马凌汉“愤临人之强横，官吏之不为保护，乃率众到省，驻扎顺城街清真寺，意在堵御临人，保护回众”（《回民起义》(一)，第294页。）巡抚舒兴阿和团练大臣黄琮等以回回里应外合阴谋造反为名，对回民进行大屠杀，杀死回民数千人（回民被杀人数说法不一。见荆德新：《成丰六年昆明四月事件的历史考察》，载《研究集刊》，1983年，第1辑。）各地团练相率效尤，“奉宪杀回”。回民奋起反抗，全省范围内回民大起义爆发。
2.杜文秀起义与大理政权。
杜文秀(1828~1872年)字云焕，号百香，云南永昌府保山县金鸡村人，回族。1845年永昌屠回案发生后，杜文秀曾于1847年赴京控诉，但未有结果。他回到云州(今云县)、蒙化一带秘密结盟，联络回民，准备起义。杜文秀廪生出身，曾为村塾教师，为人廉正，素为群众景仰（（法）罗舍：《云南回民革命见闻秘记》，见荆德新编：《云南回民起义史料》，昆明：云南民族出版社，1986年，第8页。）1856年8月，杜文秀在蒙化率众起义。9月，杜万荣、蓝金喜在大理府城起义。杜文秀率军往大理，与当地回民会合，击败清军，于9月16日一举夺取大理城。
10月，滇西起义回民在大理建立政权。杜文秀被推举为“总统兵马大元帅”，成为滇西回民起义领袖。马金保为总理行营军务大司军，杨荣为彪旗大将军，蔡发春为扬威大都督，汉民李芳园为大司寇，白族姚得胜为大司卫，彝族李文学为大司藩。大理政权是各族联合政权。杜文秀本人说：“迤西回之受职者数千，汉之受职者数万。即有土司，俱各袭职，文则划策，武则立功。三教同心，联为一体”（《回民起义》(二)，第106页。），形成各族联合抗清的局面。经过五年奋战，到1861年，大理政权控制迤西各地，颁布《管理军政条例》作为管理滇西各地的根本大法。《条例》规定：“族人三教，各有根本，各行其是。既同营干事，均宜一视同仁，不准互相凌虐”（《回民起义》(二)，第118页。），以法令形式强化各族团结。《条例》中有帅府5条，镇守官吏14条，军令28条，行营23条，共70条。
大理政权注意改善人民生活，发展生产。后人赞其“内政极佳，迤西自楚雄以上，虽军事浩繁，人民安居乐土，夜不闭户”（《回民起义》(二)，第302页。），虽有些过誉，但反映了大理政权政绩。站在大理政权对立面的人，也赞扬大理政权对滇西的治理有方，说：“文秀命伪大司空李国纶镇腾越，率兵万余人来腾督办。国纶……富资望，有权略，以攻抚兼施为策。抵腾日首惩三营回弁，酌定应需夫役数，每年征粮一次，其余大小苛敛一律豁免。事权统一，军令整肃。招民垦荒芜，严缉盗匪。回民犯法者，必按法惩治。腾民陷水火久矣，一旦得此，如庆更生。”（《回民起义》(二)，第229页。）大理政权还注意发展商业，保护盐井，增加财政收入，解决军政开支。
杜文秀起义是太平天国为首的各族人民大起义的一部分，大理政权“宣布遥奉太平天国南京之召号，革命满清，改正朔，蓄全发，易衣冠”（《回民起义》(一)，第29页。），坚持了正确的斗争方向。
杜文秀滇西起义反清的同时，马如龙、马德新在滇东举起义旗反清。马如龙系建水(临安)武生，在回汉械斗中带领回民复仇出了名；马德新，云南大理人，着名掌教，在回民中威望甚高，回民起义后他俩自然地成为领袖。此外，昆阳有杨振鹏，澄江有徐元吉等，亦率众并起，烽火遍滇地。但马如龙等将斗争矛头没有对准清朝廷，而称“止欲报仇，不敢为逆”。马如龙说他不敢“与朝廷为敌，但冀从此可为朝廷除贼官，可为朝廷保良田”（《回民起义》(二)，第140页。），把打击矛头指向地方官，甚至汉民。1857年仲夏，马如龙、马德新、徐元吉等攻打昆明，烧杀城外店铺，造成几万人死亡。官方看准他们的矛头所向，尽力拉拢。1858年初开始与他们议和。以后双方时和时破，马如龙等一直坚持复仇，造成无辜大量死亡。1860年，马如龙、徐元吉再围省城，徐元吉战死。马如龙退居滇南，称“三迤大元帅”。1861年，马如龙三围省城，最终受抚，成为清廷忠实爪牙。他们在动摇、受抚议的过程中，不断受到清廷赏赐和利用。1858年9月，清廷“以归诚效力，赏云南回子掌教头人马德新四品顶带。”1861年1月上谕，“云南回务掌教马德新，副掌教徐元吉，武生马如龙办事公正，素为回人所服。既据禀请情愿安抚回众，实属深明大义，着即饬令马德新等妥为办理。”1862年5月，“马德新率众就抚，自应量加奖励，着赏给二品顶带，并赏戴花翎，责令约束回众。”“前徐之铭以武生马如龙奏请署理总兵，……马如龙已经准所请。”（《清文宗实录》卷二六〇。）经过几年，他们终于获得二品伯克、总兵等官位，背叛回民起义，使滇西杜文秀陷入孤军作战境地。
马如龙、马德新投降后，站在清朝廷立场上，不断招降杜文秀。杜文秀顶住了他们的招降，表现了坚定反清立场，但迟迟不发兵东征昆明，表现了军事保守思想。他说：“纵不能远期大战，亦可以偏安小就，效法南诏，历年八百”，甚至说“各守疆界，各行其是。乘此机会，罢兵息民”（《回民起义》，(二)第106~107页。）。直到1867年春马如龙奉朝廷命西攻大理，被杜军打败，杜文秀才决定乘势东征昆明，以定全滇。
滇西义军十万，分五路东征，发表《誓师文》，称：“此次出师，本为兴汉，戒勿滥杀”；“我军有三事焉：始则锄满，次则拊汉，三则除奸”。《兴师檄文》中说：“爰举义师，以清妖孽。志在救劫救民，心存安回安汉。”（《回民起义》(二)，第127、131页。）再次显示了杜文秀正确的斗争方向。义军势如破竹，连战连捷，只在楚雄打的时间较久，至1868年初，已将昆明从西、南、北三面包围。马如龙死守城中，拒绝招降，说：“弟今日万不可转。既归之朝廷，唯有此身报答朝廷。虽回教中以不肖之名加弟，亦所不辞。”（《回民起义》(二)，第154页。）表示他死心塌地为清廷效命，但义军没有得力统帅和锐利攻城器械。盘踞曲靖的岑毓英，原和马如龙有矛盾，这时为共同对付义军，从曲靖回到省城，加强防守力量。省城东面始终没被杜军包围，昆明粮路从东面畅通，没有形成粮绝援绝之势。马如龙、岑毓英会同出击，双方激战年余，滇西军伤亡惨重，大司寇李芳园、监军蔡杜氏被俘，大司戎马国春染病而死。扬威都督蔡廷栋(扬威大都督蔡发春子，杜文秀女婿)资历、威望不够，难以统领全军，1869年底，东征失败，十万大军或溃或散，仅存十分之一。将领人员只大司衡杨荣和蔡廷栋西归大理。
杜文秀文才有余，军事非所长，“当攻不攻，坐失其时”，延误了东征昆明战机。他派军东征时，太平天国已失败，全国反清形势已趋向低潮，清军得以集中力量镇压，无后顾之忧。“他未亲自率军攻省，仅命其女儿及女婿蔡廷栋统领，是其失策之处”（王树槐：《咸同云南回民事变》，台湾中央研究院近代史研究所，1980年，第309页。）这是东征失败的主要原因，而马如龙死守昆明，忠心为朝廷效力，亦是杜军未能取胜的原因之一。
从1870年春起，清军开始西攻，经历两年至1872年春，到达大理。杜文秀没有层层设防，虽经奋战，取得一些局部胜利，但未能阻止清军西进。大理本有下关、上关可守，视为天险，但守将投降，清兵直逼大理城下。1872年12月，杜军已难固守，突围亦未成功，陷入绝境。杜文秀只好根据杨荣等主和派和清军谈定的条件，“拼舍一身”，救全城百姓。12月27日，杜文秀服毒后赴清军前锋杨玉科大营，被杀殉难，为反清起义贡献了生命。清兵进入大理，岑毓英背信屠城，百姓惨遭杀害，大理政权官员杨荣、蔡廷栋等也被杀身死，坚持十六年(1856~1872年)的大理政权，至此失败。坚守腾越的大理政权大司空李国纶，苦战至1874年春，终因势单力孤，最后失败，谱写了滇西各族人民反清起义的最后、最悲壮的一页。