再次就耕作技术、农产品种类和产量而言，清代回族已与汉族及其他农业民族的水平基本相当，在有些方面甚至还超过了这些民族。如各地回族农民在开垦荒地的同时，利用水利建设创造的条件，发展了水浇地，采用“休间”“轮作”“套种”等先进的耕作技术，扩大了农产品种类，提高了农业产量。尤为重要的是，由于回族农业分布的普遍性，回族农民能够将这些先进的农耕技术传播到包括边疆在内的全国各个角落，这是其他农业民族难以比拟的。有的研究者就指出，从华北各省进入东北的回族移民，把以出租土地、剥削佃户为特征的封建地主土地经营方式，引入了东北地区，逐步瓦解了封建农奴制土地经营方式。与此同时，回族移民还带来了内地先进的生产技术，逐步改变了东北的土着居民那种“岁易其地，待雨而耕”的落后耕作方式，使其普遍采用了中原地区“休间”“轮作”等先进耕作技术，从而扩大了土地耕种面积，粮食产量也有大幅度地提高，由一垧只收一至二石，提高到四至五石，乃至七至八石（玛纳：《清代东北地区回族移民初探》，载《甘肃民族研究》，1990年，第1期。）
清代回族农业中以种植业为主，多栽培麦、稻、青稞等粮食作物和豆、胡麻、油菜等油料作物。如西北地区，青海西宁北川营的回族农民，“筑高屋、社田、水磨、斗车，种麦、豆、青稞”（乾隆《西宁府志》。），宁夏川区和新疆米泉的回族农民则稻、麦兼种，尤以水稻栽培最具特色。又如华北各省农村回族基本上种植小麦、玉米、油菜，江南各省农村回族农民则主要种植水稻。除粮食和油料作物外，清代回族农民还因地制宜地大力发展枣、梨、桃、苹果、瓜类等种植业和蔬菜种植业，也大力发展用材林业，有些地方的回族农民还种植棉花、甘蔗等经济作物。据记载，陕西大荔、蒲城、富平、临潼和渭南之间的沙苑地区属沙质土壤，“不宜种麦”，回族农民根据这一特点，“树而不田”（道光：《大荔县志》。）“向植枣、梨、瓜、豆”（卢坤：《秦疆治略》。），特别是大荔县西瓜最为有名（乾隆《大荔县志》，载乾隆时大荔郡守张奎祥《苏村瓜》诗云：“苏村瓜，大如斗，一瓜栗数升，十瓜钱盈缶，亩可数百及千瓜，胜种麦、豆、葱与韭”。）河南清化镇(今博爱)回族“居人以艺竹为业，有数十亩者，翠筱垂阴，旅游忘倦”（嘉庆《豫乘识小录》。），孟县回族农民大量种棉，推动了当地棉纺织业的发展（乾隆《孟县志》。）云南楚雄府广通县罗川地方“土沃回多”，“产蔗糖、棉花”（《他郎南安争矿记》，《回民起义》(一)。）
除内地回族种植业多种经营外，内蒙古、新疆、西藏、东北等边疆民族地区回族种植业也同样表现出多种经营的特点，除主要种植麦、稻等粮食作物外，也普遍种植蔬菜和瓜果。有的还成为种植专业户。有人在新疆调查后写道“吐鲁番的回族农民经营菜园、葡萄园和小饭馆，且兼营商贩。他们大多数是清代起义失败后从陕、甘、宁去的，种的蔬菜比当地农民要多、要好。伊犁、霍城一带中苏边境地区的回民主要经营菜园和苹果园，兼开饭馆或经商的较多”（赖存理：《中国回族社会经济》，银川：宁夏人民出版社，1992年，第98页。）又如在西藏，也有人调查后写道“当时藏民的农业技术是很落后的，至于蔬菜的栽培更谈不到，因此，由内地移居来的回族便成为菜园的专业经营者。回族没有广大的土地，种菜的人最多不过拥有一亩多地，土地所有权是属于西藏政府的，他们是向西藏政府租来的”（薛文波：《拉萨的回族》，《甘肃民族研究》，1986年，第2期。）
(二)畜牧业
对清代回族来讲，在多种农业经济成分中，畜牧养殖业是最为重要的组成部分之一，可以与回族种植业相提并论。清代回族畜牧养殖业发达，畜牧品种较多，主要有牛、羊、马、驴、骆驼等，但由于回族饮食习惯的特殊要求，使养羊、养牛最为普遍。又由于清政府实行保护耕牛的政策，不准回民任意宰卖牛只，加之养牛需要的成本较大，因此养羊更超过养牛，在回族养殖业中独占鳌头。许多文献中就大量记载了西北和华北地区回族畜牧业特别是养羊业兴旺发达的事实。
如在西北回民中，养羊是主要的家庭畜牧业，几乎所有的农村回民家庭都有这个行业，养牛则兼而有之。据记载，陕西回民“大半以牧羊为业”（中国第一历史档案馆藏《军机处录副·民族档·回族卷》咸丰十年(1861年)四月二日署陕西巡抚谭廷襄奏折。），大荔沙苑是回族群众畜牧的地方，有“羊冠全省”，“蒺藜甲天下”之说（马寿千：《清代前期回族的经济发展》，载《宁夏社会科学》，1987年，第2期。）。“宁夏回族在川区依靠优越的水利灌溉条件，以经营农业(种植业)为主，在山区以畜牧业为主”（马寿千：《清朝同治年间的宁夏回民起义兼对马化龙的评价》，载《中央民族学院学报》，1980年，第4期。），其中川区金积堡一带回民夙“重耕牧”（民国《朔方道志》卷三。），山区化平川(今泾源)一带回民利用荒山野岭牧养“牲口牛羊”（西北大学历史系民族研究室：《同治年间陕西回民起义历史调查资料初稿》，中国军事科学院战理部三处，1979年油印本，第430页。）甘肃回民十分重视畜牧业，嘉庆年间，山丹回民李泳保兄弟曾招娶蒙古族妇女，学习畜牧技术，“牧养牛羊”（张克非：《清代西北回族经济结构初探》，载《西北史地》，1987年，第1期。），青海地区回族养殖业素称发达，至同治年间回民起义时，马桂源等义军曾在西宁从事改良畜牧的活动（《甘宁青史略》卷二一。）
在西北以外的其他省份，回民放牧牲畜的情况也很普遍。如内蒙古回民除以商业为主外，即兼营牧业和小手工业（穆德全：《清代回族的分布》，载《宁夏社会科学》，1986年，第5期。），云南昭通回民，“其俗强悍，重耕牧，习武事”（民国《昭通县志稿》卷六。），河北文安县有个别回民放牧羊只竟多达数千只（《清宣宗实录》卷三九二。）
(三)回族农牧业经济发展的曲折性
尽管清代回族农牧业经济取得了一定发展，但这种发展比起元明两代来，表现出了更加明显的曲折性和艰难性。这既体现在回族农牧业内部封建生产关系至清代已进入成熟阶段，又体现在回族农牧业经济本身受外部压力越来越大，而后者更为严重。从一些史料来看，这时的回族农牧业内部已明显地分化为封建地主、牧主阶级和农民、牧民阶级，地主经济发达，封建租佃制盛行。回族地主阶级既剥削和压迫本民族人民，也剥削和压迫其他民族如汉族人民；回族农民阶级既受本民族地主阶级剥削和压迫，也受其他民族如汉族地主阶级的剥削和压迫。
据记载，清代云南昆明人马上品即为大地主，“素称富有，于道光末年，制置田数十亩，于会城外之福海村，并建有房三楹于村右，以为积谷休息之所，而附近村人半属佃户”（《昆明顺城有清真寺绅管为马上品立碑墓记》，转引自马兴东《咸同滇变风源的历史分析》，载《回族研究》，1989年，第2期。），移居东北地区从事农业的回民，有的“始而为佣，继而为佃”，有的私自偷垦，成为地位较高的自耕小农（那晓波：《东北地区回族源流考述》，载《回族研究》，1992年，第3期。）。西北地区这种关系表现得更为突出。据记述，“回族中的土地集中于地主阶级，代表地主阶级的人物，主要是教派门宦的教长。他们在宗教上掌权，因而在政治上攫得政权，在经济上也可以任意掠夺和剥削农民”（谢再善：《甘肃回族五次反清斗争资料》，西北民族学院民族研究所1981年油印本，笫22页。），结果，回族农业经济内部就出现了一种土地高度集中于回族大地主兼大教主的封建门宦经济，如同治年间在西宁起义的回族老教(花寺门宦)教主马桂源，在金积堡起义的回族新教总掌教马化龙，光绪年间在河州起义的回族老教教主马永琳等都是着名的大地主、大牧主，而最典型的例子还要属清末宁夏哲赫忍耶沙沟门宦教主家族，他们拥有农田十万多亩，林场一万多亩，牧场十万多亩，大小牲畜一万三千多头，长工二三百人，年收租约三十余万斤（马通：《中国伊斯兰教派与门宦制度史略》，银川：宁夏人民出版社，1983年。）
自清中叶以后，清政府压迫和歧视回族的状况日甚一日，迫使回族人民多次掀起反清起义，但起义往往被残酷镇压，致使回族政治地位直线下降，经济受到极大破坏。农牧业经济自是不能例外，如1842年，河北发生回汉争斗案后，清廷竟“严饬回民嗣后牧羊不得过百只”（《清宣宗实录》卷三九七。）。又如前述回族农业经济虽然分布到了全国各个角落，但占有肥沃土地，生活富裕的回民只占少数，从全国的情况来看，多数回族仅占有山地、沙地、河边地、低洼地、盐碱地。像回民聚居的甘肃东部六盘山地区(今属宁夏)，河北河间、沧州地区和山东、河南、湖北及安徽北部的一些地区，都属于贫瘠之乡。不仅如此，各地回民占有的土地数量也严重不足，一般都少于当地的汉族农民。其中表现最突出的是西北地区的陕甘各省和西南地区的云南、贵州各省。
在西北地区，同治年间回民起义前，回族农民的土地就一向不足，起义期间，回族农民的土地多被视作“叛产”没收，因而更加不足。据记载，陕西巡抚刘蓉将西、同、凤、延、鄜、邠、乾等七个府州原属回民土地四千二百顷尽数没收入官，成立营田局招佃承种（《续修陕西省通志稿》卷二八。），有人据此推测当时陕西回民人均耕地尚不足一亩，大大低于1851年1.78亩的人均耕地占有量（张克菲：《清代西北回族经济结构初探》，载《西北史地》，1987年，第1期。），至起义失败后，陕西各地及甘肃“平(凉)、庆(阳)、泾(源)、固(原)之间，千里荒芜，弥望白骨草茅，炊烟断绝，被祸之惨，实为天下所无”（《左文襄全集》卷三三，《奏稿》。）但这种情况并没有引起清政府对回民的同情，相反，陕甘总督左宗棠按照“回民近城非所宜，近汉庄非所宜，并聚一处非所宜”以及“令觅水草不乏，川原相间，荒绝无主，各地自成片断者，以便安置”（《左文襄公垒集》卷四一，《奏稿》。）的强制迁徙安置原则，开始将一些居住在自然条件较好、战略地位重要以及靠近城市附近的回民强制迁至干旱少雨、贫瘠不毛之地，分起安置，同时规定被迁回民必须分散隔离，不得私迁、合居或私返原籍。如迁陕西回民九千人于谢家庄、姚家庄，会宁姚王家、曲家口，静宁州隆德县王家下堡、刘戴家山，安定刘家沟、石家坪等处，迁西宁陕回二千人于平凉、秦安、清水等处，迁肃州城内仅剩的回民两千人于榆中一带，迁静宁州回民起义首领李得仓部南八营三千人于张家川，迁金积堡外来贸易的回民三千人于平凉大岔沟，迁金积堡土着回民一万二千人于固原、海原、泾源、隆德、西吉各处，迁王洪堡回民于灵州附近，迁马家滩回民于张家川等等，不一而足。
这样，西北的回民在原聚居区世代辛勤耕耘所开垦出来的大批良田，所建造的住宅、经营的店铺、种植的树木等劳动成果，一时间，均因清廷用武力鲸吞而烟消云散。幸存下来的回民孑遗被迁至新的聚居点后，不得不再为改变恶劣的生产条件，重新生存下去而付出极大的代价。但是他们只占有很少的贫瘠土地，只得到少量的籽种、农具，只能从事极其简单的农业再生产，勉强维持生计，因此从总体上讲，西北回族农牧业经济是不可避免地一度衰败下来了。