在西南地区，杜文秀起义失败后，清政府在云南各地查办所谓“叛产”或“逆产”，致使云南各地回族农业生产遭到毁灭性打击。如巍山县，据有关材料介绍，除回辉登因部分回民降清而得以幸免外，其他村寨的回民土地、财产全部被没收。其中小围埂村有耕地二千亩，被清军军官和耀强占为私田的就有一千五六百亩。另有一万多亩被清政府直接霸占作为兵田，三十多亩地被清政府赏给屠杀回民的所谓“功臣”，作为他们太太的“胭脂”田，一百多亩土地被作为当地汉族地主的“香火”田（参见马继祖、杨志兰、安尼瓦尔：《巍山回族的历史与现状》。中央民族学院历史系1985年赴云南巍山调查实习报告，转引自赖存理《回族商业史》，北京：中国商业出版社，1988年，第165页。）。在云南县，知县督同“绅董、户书、粮头、乡甲人等”，将县内“三甸五川逆回房屋、地基、水田、干地、山场田形坐落四至数目”进行实地清查，共查出“逆产”田大小四千多丘，房屋地基二百余块，山十余岭，坝塘十余庄（参见《云南回族社会历史调查》(二)，昆明：云南民族出版社，1985年。）在永昌县，原来是“膏腴之地，多为回子所有”，“自平定后，将回子驱逐徼外，腴田尽予民人”（《钦定平定云南回匪方略》卷一。）清查“叛产”活动在云南各地结束后，清政府对复业的回民只给少量的坏田坏地，同时加以种种歧视性的限制。如保山县回族的田地房屋被全部没收，后来复业的回民每五户被分给八亩地，共同发给一张契纸。腾越厅回民每人分给一亩三四等的坏田，144人给一张总执照（吴乾就：《云南回族的历史与现状》，载《研究集刊》，1983年，第1期。）一些地方当局甚至蛮横地规定不许回民孑遗复业。如蒙化永建地区176户回民因有人得罪了署蒙化直隶厅军民府夏某，即被永远禁止复业（参见《云南回族社会历史调查》(一)，昆明：云南人民出版社，1985年。）因此回族生产生活处在十分悲惨的境地，有人在总结这种情况时说，“汉虽遭难，劫后余生尚得妻子团圆，产业归还。回惨遭难，劫后余生多系鳏寡孤独，产业无归，且浮漂零落，单衣贫食，觅利奔驰，苦度岁月，诚所谓无告穷民”（赵清：《辩冤解冤录》，《回民起义》（二）。）这就使得云南回族农业经济长期处于严重的低迷状态，很久以后都没有恢复元气。
二、手工业
(一)屠宰业
由于回族生活习俗的特殊需要，屠宰业成为回族经济活动的重要内容。清代，随着宗教和民族意识的增强，屠宰业进一步发展成为回族手工业中最发达、最具民族特性的行业。
清代各地城乡从事屠宰业的回民随处可见。甘肃、宁夏的回民屠宰牛羊业形成于清代。云南“通省名都大镇多教门，食必以牛，其宰割以膳者，大都日数十”，云南昆明一地，屠宰羊只，“每日必封数百”（嘉庆《滇海虞衡志》。）北京回民早在明末清初即以“屠牛为命”，仅牛税一项岁以数万计（张萱：《西园闻见录》。）顺治至康熙年间，北京牛街地区的回民屠宰业一度十分兴盛。所谓“冈人自明季以来，即应充肉商，迨至本朝(指清朝)，商家……杀牛羊不可殚记”，“西街每日午后宰牛羊数百，血流成渠，各色人等嘈杂喧阗，执刀者、缚者、吹者、剥者、扛者、执秤者；又有接血者、接皮者、买肉者、剐膜者、拣毛者、收杂碎者、剜胸胫者、划肚膍者、击骨炼油者、经纪说合者，凡十余行，无虑数千家，莫不饱食暖衣，依给予牛羊，初不知稼穑何物，涝旱何如，惟视牛羊之多寡，为一岁之丰歉”（《北京牛街志书一(冈志)》，北京：北京出版社，1991年，第34页。）但至康熙三十五年(1696年)后，因形势发生变化，“屠商之家大失所恃”。可见牛街回民对屠宰业的依赖程度。
嘉庆年间，黑龙江“回人卖牛肉，例课税司以火烙牛股，乃敢就屠，齐齐哈尔一牛纳银一钱，余城多寡不等”（西清：《黑龙江外纪》卷八。）
(二)皮毛业及其附属加工行业
皮毛和皮革加工、制烛、制骨和乳品加工等行业是由屠宰业派生出来的，在回族手工业中与屠宰业具有同等重要的地位。其中回族皮毛和皮革加工业在清代异常发达，这主要表现在从业人员多，分布地域广，工艺技术高，产品种类齐，经营方式活等方面。
当时，多数回民家庭都能从事这一行业，特别是中国北方回民集中的各城乡更是如此。陕西王阁村、羌白镇，甘肃兰州，青海大通，宁夏石嘴山，河南孟县桑坡、光州(今横川)南湖，山东济宁以及京津等地都是清代回族皮毛和皮革加工行业发达的地区。如青海大通境内以家庭手工业形式从事毛织业的回族工匠就很多，当时曾流行着“良教乡的口袋匠多，桥尔沟的沙罐好”的说法（《大通回族土族自治县概况》，西宁：青海人民出版社，1986年。）在河南孟县桑坡村，皮革和皮毛加工是当地回族的传统手工业，生产十分发达，参与此行业者人数之多、技术力量之雄厚，都是其他民族所不能比拟的。据记载，“桑坡村几乎家家都从事皮毛生产，主要有加工羊皮、制作皮衣、车马鞍具、皮条、弹花弦等，运销上海、武汉和东北各地”，因此有“人知桑坡，而不知孟县”之说（马达、王惠民、陈廷良：《河南回族对祖国历史的贡献》，载《回族史论集》，昆明：云南民族出版社，1989年。）在河南光州南湖还出现了一个着名的皮行，称“马万顺皮行”。该皮行系顺治十七年(1660年)由当地回族实业家马维礼为适应清廷军需而创办的，专门加工军用皮革，除主要熏制牛皮外，还擀毡、熬皮胶、药水熟狗皮和羊皮。羊皮加色做假水獭皮，供做皮衣、皮帽、皮领之用，狗皮加色做假虎皮，以为虎皮椅垫、虎皮床褥之用。这些产品属河南之冠，享誉全国，包运北京，为工部收购，至康熙、乾隆年间皮行达于极盛。鸦片战争后，其产品由军需转向民用，仍有广阔市场，仅资金就达数十万银元（《光州文史资料》第1辑。）
清代天津是回族制革业发达的另一个地区。1840年，天津回族穆成泰、穆成春兄弟创办了长元德喜寿花烛店，店址设在水陆交通便利、商业繁荣的西头湾子驴市口大街，前店后厂，制作销售蜡烛。产品以羊油为原料，选料精、工艺细、斤两足，规格齐全，驰名远近（《天津回族简志》，天津市民委史志办1990年编印。）
在西南，回族也很重视皮毛、皮革及乳品加工等因屠宰业而派生的行业。如在云南“通县名都大镇”中，回族除了将牛皮、牛角和羊皮加工成牛羊皮衣、皮货、马鞍、缰绳、车具等各类日用百货外，还将牛羊乳汁制成乳扇、乳饼、醍醐、酪酥等乳品，供各族人民食用，昆明回族甚至将“其长养之羊，岁薙其毛，以为毡、罽、毯、毲”（嘉庆《滇海虞衡志》。），昭通回族则多居住城中东南岗，“以造毡子、做皮货为生计”（民国《昭通县志稿》卷六。）
(三)采矿业
清代回族采矿冶铸业发达，不仅全国各类矿业中多有回族矿工参加劳动，而且许多回族实业家独立开办有矿厂，聚集回族劳力从事矿业生产。这构成了清代回族手工业新的重要内容和主要特色之一。
当时云南回民的开矿和冶炼业最称发达，开采和利用的主要有金、银、铜、铝、锌等金属矿藏，也有盐、石磺等非金属矿藏。如雍正二年(1724年)所开的香盐井中有一井就叫“回子井”（《回族简史》第23页。）至嘉庆、道光年间，大理府云龙州(今云龙西南)属白羊厂，“产银及铜，四方来集开采者多楚人与临安汉人，亦多滇西回人”（映雪堂抄件《白羊厂汉回械斗案卷宗》，《云南回民起义史料》，云南民族出版社1986年版。），而楚雄府南安州(今双柏)石羊厂、马龙厂银矿大旺，回民“相率又来办银厂”，仅滇南回龙寨200余户回民就有“一半走白羊厂，一半走石羊厂”（《滇南杂志》，《回民起义》(二)。），在滇东各地，“江西、湖南、四川的回族陆续迁来，滇南的回族也有一部分到了昭通，有的经商、有的种田，开设(乐)马厂银矿的也不少”（《云南回族社会历史调查》(一)，昆明：云南人民出版社，1985年。）在这些矿厂中，既有家财万贯、资金雄厚的回族“锅头”和“炉尖”，也有大量的为“锅头”和“炉头”雇佣，靠采矿维持生计的回族矿丁和砂丁。如河西(今通海)西乡人、着名回族矿师马蛟即为石羊银厂麒麟、天仓二硐主，他为人疏财仗义，博族济，广交游，深受大家信任，曾经受聘用代石配炼法解决了当时银矿常不分汁(炼不出银)的难题，使银矿“无照(炼矿照子)不红(照子红，矿分汁；照子黑，矿不分汁)，无矿不化，一连数年，出银无算”，众呼为“财帛星”（《他郎南安争矿记》，《回民起义》(一)。）可惜在咸丰三年(1853年)石羊银厂回汉械斗过程中被杀。咸丰年间先反清后投清的马如龙也是石羊厂着名矿主之一（《他郎南安争矿记》，《回民起义》(一)。）
道光、咸丰年间，先后发生了回汉争矿事件（如顺宁府(今凤庆)悉宜银厂械斗案、云龙州白羊厂争矿案，他郎(今墨江)争矿案，南安州石羊银厂争矿案，等等。参见白寿彝主编《回民起义》(一)~(四)。），械斗不已，致使云南回族矿业生产遭到很大破坏。杜文秀起义期间，则有所恢复，特别恢复和加强了对盐矿的开采利用。据大理州调查，“1873年以前，在全州开采矿厂较多，如乔后盐矿、漾濞小庄银厂、柏木铺铜厂、马厂无鼠银厂、永平马沙坝铜硔洞、云龙白羊厂银矿、鹤庆白银厂(改称白衙)、原凤仪石磺厂等等”（马守先：《大理州回族分布概况》，《云南回族社会历史调查》(二)，昆明：云南民族出版社，1985年。）而楚雄属之黑井、白井、琅井，云龙州属之盐井，思普的案板、香盐井等盐井，在杜文秀起义期间都恢复了生产，而且有很大发展。
西北地区的回民在采矿方面也有一定成绩，他们多从事淘金和采煤活动。如同治年间西宁回民起义部队中就有大批回族淘金工和采煤工。据《甘肃新通志》卷首之二载，咸丰四年（1854年）五月甲寅《上谕》称，提督索文(回族)在青海“察汗俄博营所管之亦斯们沁地方招募猎户一千名，并合淘挖金砂。”据学者研究，察汗俄博距回族聚居区门源不远，此处提到的猎户应是回民猎户，同治年间回民起义后，西宁地区回民群起参加，此猎户和淘金工人也不例外（参见谢再善：《甘肃回族五次反清斗争资料》第37页注。）又，《西宁军务节略》一书在讲述1895年3月循化地区撒拉族、回族起义时，提到进攻西宁的韩奴力部队中，士兵以“夙业挖煤者居多”，致使清军“诚恐开通地穴，暗攻入城”（刊《回民起义》(四)。）另据记载，大通县“(回)民生性能耐劳苦，喜作零星贸易，兼充经济牙侩。邑中金厂为所充斥，煤矿亦占多数”（民国《大通县志》第2部《种族志·回民》。）在新疆，也有不少回民从事淘金活动。如近代抗俄志士徐天尧(1803~？)、安玉贤、马隆兴等人原籍甘肃，自1851年起与众多回汉矿工一道，就在新疆塔城雅尔噶图金矿(今塔城西南)以采金为生。
除此之外，中原地区回民也有投身矿业的，如光绪年间，河南属州有回民丁启云在三峰山开采煤矿；宣统年间，湖北回民马积缨于汉口经营济公矿务公司和阳新铜矿公司（《筹办夷务始末》卷十一、卷十四。）
(四)其他传统手工行业
除上述手工业行业外，清代回族也擅长加工珠宝、玉器、制茶、制酱、制药、缝纫、棉麻纺织以及其他日用百货的加工制造。如制茶业，清代天津回族茶商穆家正兴德茶叶店发展至1900年以后，先后在河南周口寨、福建福州、浙江杭州、安徽黄山、六安、大方等地开设香茶熏制厂，就地采购，就地加工，然后再北运销售（武树滋、鲁箴：《正兴德茶庄经营概况》，载《回族史论集》，银川：宁夏人民出版社，1983年。）甘肃回族茶商在陕西泾阳地方开设大型茶叶手工加工场，仅加工工人就有上万人之多（马寿千：《清代前期回族的经济发展》，载《宁夏社会科学》，1987年，第2期。），可见雇佣季节性工人数量之多。又如棉麻纺织业，一些地区回族极为擅长，其中孟县“通邑男妇唯赖纺织营生糊口”（乾隆《孟县志》卷四《田赋志》。），“取给于纺织棉布之值，是以佣而代租”（道光《河北采风录》。）当时“孟布”驰名远近，“自陕西以至边墙一带，远商云集，每日城镇市集收布较多，车马辐辏，廛市填咽，诸业毕兴。故人家多丁者有微利，而巷陌无丐者，盖商民两得其便”（乾隆《孟县志》，卷四《田赋志》。）再如光绪年间江苏镇江回族杨星斋、杨伯山兄弟经营的涌兴裕铜锡器店，是一独造镇江铜、锡日用器皿和乐器的手工作坊，产品质量上乘，行销江淮流域（郭孝义：《镇江伊斯兰教与回族述论》，载《中国回族研究》第2辑，银川：宁夏人民出版社，1992年，第105页。）