元朝时期，蒙古人的西征和南下，产生了中国历史上空前的民族大迁徙和大融合，大批东来的信仰伊斯兰教的回回人因此来到中原并定居繁衍，孕育出一些统称“回回”的穆斯林少数民族，使伊斯兰教在中国的传播获得了可靠而广泛的信众基础。与此同时，蒙古贵族集团在政治上经济上对回回人的依靠，使回回人的宗教信仰——伊斯兰教在元代的发展得到了更有利的客观环境。面对众多的穆斯林和他们所奉拜的一种独立宗教信仰，在“刚柔并济”“威德兼施”民族政策和“兼容并蓄”的宗教政策基础上，元朝政权对伊斯兰教采取了“恩威相济”的治理策略。正如元大德年间江南行台御史中丞陈天祥上疏中所言“服从者恩之以仁，拒敌者威之以武，恩威相济，功乃易成”（陈天祥传元史：卷一六八）。元朝政权总体上对回回人及其信仰的宽容态度，推动了穆斯林人数及清真寺大大增加，使伊斯兰教在元代达到兴盛阶段。与此同时，伊斯兰教在新疆察合台汗国也有了明显的发展。
第一节元代伊斯兰教兴盛的社会背景
元代的民族大融合和回回人的重要社会地位，是伊斯兰教发展进入兴盛阶段不可忽视的社会背景。
一、元朝——民族大迁徙大融合的历史舞台
成吉思汗在统一蒙古后，即从事于对外军事征服。首先是向中原进军，1205年曾进兵西夏，以后几次用兵，直到1227年灭亡西夏。从1211年起，开始对金朝用兵，1234年，他的继承人窝阔台灭亡了金朝。1279年，他的孙子忽必烈灭亡了南宋，完成了中国的统一。与此同时，从1219年起，成吉思汗及其后人又从事大规模西征，他生前，灭亡了在中亚建国的花剌子模国，并侵入了波斯和斡罗斯的一些地区。他的继承人征服了斡罗斯，建立钦察汗国，还侵入了东欧；灭大食帝国，建伊儿汗国；花剌子模国大部及西辽旧壤则为察合台汗国的领土。蒙古三次西征后，曾将大批被征服者迁徙到东方。
成吉思汗进兵中原及西征，造成了极大的伤亡和破坏，但其客观效果，却是大大打开了中西交通，促进了中西文化交流。对中国历史来说，自唐亡到元灭南宋(907～1279年)的近400年间，南北分裂，战乱频仍，人民流离，土地荒废，社会进步受到极大的阻碍，正是由于元朝的统一，才使长达四世纪之久的割据对抗与战乱破坏得以终止。在统一的局面下，边疆和内地的联系密切了，唐时还处于独立和半独立状态的西藏(吐蕃)、云南(南诏)，现在直接归元政府管辖了，蒙古和新疆地区也得到开发，生产得到发展；南北经济、文化的交流，也远较过去发达。在元代最为突出的一个社会现象，是各族人民的接触频繁，形成了民族大迁徙与大融合。首先是以往分裂时期的此疆彼界已不复存在，为各民族间的交往撤除了藩篱。其次是元朝时驿传制度相当完善和发达，据《元史·兵志》统计，全国共有驿站1383处。马可·波罗则称全国共有驿邸逾万所，备马逾30万匹。当时以大都为中心，通向全国的驿站“星罗棋布，脉络相通”。因此元人感叹：“四海为家……适千里者，如在户庭，之万里者，如出邻家。”（麟原文集（前集）：卷六“义冢记”）随着大统一的实现和交通、驿站的开发设置，加强和促进了各民族间的接触交流，给民族大迁徙和大融合提供了条件。
元代民族迁徙的原因可归纳为以下情况：其一是戍守。元朝幅员辽阔，需要驻军的地方很多。元廷以蒙古军、探马赤军镇戍河洛、山东，据全国腹心，使得大批蒙古、色目军士迁入中原各地。灭南宋后，元廷将原在甘州、凉州的回回军户徙往江南各卫，有时一次即徙436户，计1479口。此外，在云南、西北、湖广等边避地区还有称为“蒙古军”“畏兀儿军”“回回军”“探马赤军”的镇戍军队。元世祖对边疆屯田十分重视，给“探马赤军”就曾规定：“上马则备战斗，下马则屯聚牧养。”因此，大批回回军士在布防地区长期进行农垦，有的过着兵农合一的生活，有的则和其他民族杂居。其二是经商。元代经商牟利者很多，尤其是回回人格外活跃，他们从中亚等地区络绎来到中国，定居在中原各地。其三是出仕。元代蒙古、色目官员及其随从部属，往往携眷上任，“散处内地”。他们的后代，多入籍于祖辈出仕之地。其四是俘掠。在蒙古军攻打西域时，有大批工匠与平民被掳掠，后来又随蒙古军迁往中国。成吉思汗南下攻金时，一次即将河北10余万户强迁至漠北土拉河上。道士丘处机“西游”途中，目睹漠北“有汉匠千百人居之”，“燕京童男女及工匠万人居作”。（长春真人西游记：卷上）南宋人徐霆记载漠北牧奴中，“回回居其三，汉人居其七”。经过这样多方面而大规模的迁徙，元朝境内形成了广泛的民族杂居局面。元世祖时，大都已有相当数量蒙古人与汉人杂居，回回人户在大都即近3000户。来自今新疆地区的畏兀儿人、哈剌鲁人、于阗人、哈密力人等也在大都占相当比例。据《至顺镇江志》卷3“户口类”记载，镇江侨寓户共有3845户，其中蒙古人29户，畏兀儿14户，回回59户，也里可温教徒23户，河西人3户，女真人25户，汉人3671户。元中叶曾来中国游历的意大利传教士鄂多利克，在其《游记》中说，杭州居住着汉族、蒙古族、穆斯林、佛教徒、景教徒等等，他颇为感慨地认为：“那样不同的种族能够和平地居住在一起，受同一个政权的管理，我感到这种事实是世界上最大的奇迹之一。”（［法］勒尼·格鲁赛草原帝国兰州：青海人民出版社，1991：348）元统元年(1333年)开科取士，所取百名进士中，就有蒙古、唐兀、回回、于阗、哈剌鲁、畏兀儿等人士50名（元统元年进士录）。
各民族在同一个地域内交错杂居，一方面加强了经济文化关系，同时也导致了部分民族的融合。例如久居中原的契丹、女真、渤海等族，受汉族经济文化的吸引和影响较大，元代又把他们与汉人同样列为第三等级，政治遭遇类似，促使这些民族自然地与汉族融合。又如蒙古军进入汉地后，驻戍之兵都错居民间，长期固守一地，他们“与民杂耕，横亘中原。”（道园学古录：卷二四“曹南王勋德碑”）逐渐脱离游牧状态，经济生活逐渐与汉人趋为一致。到元末时，经过长期融合，“杂处民间”的蒙古人、色目人与汉人已达到了“相忘相化，而亦不易以别识之”的程度。元代民族大融合方面一个最典型的事实是几个新的穆斯林少数民族——回族、东乡族、撒拉族等开始孕育和逐步形成，关于这个问题将在下面章节中专门叙述。
二、大批回回穆斯林入华
蒙古军三次西征后，黑海以东葱岭以西的信仰伊斯兰教的各民族都臣属蒙古。每次胜利后，蒙古统治者都将大批阿拉伯人、波斯人和中亚各族人迁徙到东方，他们中有被签发的军士、工匠，被俘掠的妇孺百姓，还有携带家属部族归附的上层人士和东来经商的商贾。这些人在元代官方文书中称做“回回”。在当时种类繁多、名目不一的色目人中，以回回人为最多，因而有时也用回回人代称色目人。例如花剌子模都城玉龙杰赤之役，就有10万工匠迁徙东方，撒麻耳干城之役被俘工匠3万人，还签发3万青壮年从军。因此《世界征服者史》一书指出：“今天，许多真主的信徒已经朝那边迈步，抵达极遥远的东方国家，定居下来，在那里成家，以致多不胜数。”（志费尼世界征服者史呼和浩特：内蒙古人民出版社，1980：12）东来的回回人，后来不仅成为中国穆斯林少数民族形成的主要来源，而且也是伊斯兰教在中国得以发展的重要社会基础。因为有了回回人，中国穆斯林人数才会激增，从而使伊斯兰教由在蕃客内部父传子继而走向社会，成为一种独立的宗教信仰。
东来的回回军士被编入“回回军”“西域亲军”及“探马赤军”中，参加统一中国的战争。有的平时分军屯戍，战时抽调作战。例如大量编入“探马赤军”的回回军士就被作为蒙古军的前锋和驻戍守卫。元朝建立后，自1273年始，探马赤军就地入社，“与编民等”，即编入户籍另为一类人，称做回回户，转入屯垦牧养的经济生活。有的取得普通农民的身份，有的仍作为屯戍的军户。回回军士农垦的地区，当时散处西北、西南和中原各地。其中宁夏、陕西、甘肃等地是主要地区。据《元史》记载，1288年，元世祖命回回人“忽撒马丁为管领甘肃、陕西等处屯田等户达鲁花赤，督斡端，可失合儿工匠千五十户屯田”。《甘宁青史略》也记载，1291年，“以甘肃旷土赐回回昔宝赤·合散等俾耕种之”。合散曾任甘肃行省参知政事，替他耕种的想必是回回军士等。今河南、山东一带，元代也有较多的回回屯田。在云南，屯聚牧养的回回人和当地各族人民共同兴修水利灌溉系统。元代聚居江南的回回也不在少数，仅1260年就迁徙甘肃凉州寄居回回于江南各卫。上述被签发的回回军士，对元代农垦事业的发展和西北、西南的开发作出了贡献，但他们绝大部分没有家眷随行，在各地留居后，与当地汉、蒙古、维吾尔等族居民通婚繁衍，成为中国回族穆斯林的主要来源之一。
东来的回回工匠大多从事纺织、建筑、武器、造纸、金玉器皿行业，他们的迁入，促进了元代手工业的进步。回回人生产的织金锦缎“纳失失”是蒙古贵族做礼服的主要原料，为此在荨麻林(今河北张家口市西洗马林)设立织造“纳失失”的匠局，安置以撒马耳干人为主的3000户回回工匠。另外在弘州(今河北阳原)也设置“纳失失”局，内有西域来的300余户工匠，向中原的工匠传授织造技术。此外，回回炮匠阿老瓦丁、亦思马因所造回回炮(抛石机)能发射150斤重的巨石，元朝政府特设回回炮手军匠万户府，向汉人教授回回炮制造技术。回回商人在蒙古兴起以前就联袂结队来往于蒙古高原与西域、中原各地，控制着游牧区与农业地区之间的贸易。由于蒙古西征后交通便利，以及可以享受优惠政策，促使回回商人大批前来中国经商。上述回回工匠与商人，也有不少在当地与汉族等通婚生子，繁衍后代，他们和入仕中国的一些回回上层人物，同样成为中国回族穆斯林的来源之一。
为了扩大海外影响和加强与东西方各国的联系，元朝统治者十分重视发展对外海上交通。元代的海上交通不仅是宋代海上交通的恢复，而且有更大发展。元初波斯湾一线的通航，主要是为了加强和伊儿汗国的联系。因为从蒙古帝国中分裂出来的伊儿汗国，曾和元朝保持了一定的隶属关系，彼此十分友好。元朝为了加强与阿拉伯人之间的交往，还发展了阿拉伯海、红海航线，并由阿拉伯进一步沟通了中国和地中海以及东非之间的联系。1258年阿拔斯王朝灭亡后，阿拉伯人的政治、经济、文化中心便从巴格达移到了埃及的开罗。离开罗不远，位于地中海南岸的亚历山大港，与当时中国的泉州，同是具有世界性意义的东西方两大海港。元朝的丝绸和陶瓷等商品，不少是从泉州港出海后，经过印度洋及红海到亚历山大港，再从该港输送到欧洲和非洲各地。当时阿拉伯人在海上的势力虽已削弱，但他们仍保持了在印度洋以西的阿拉伯海和红海海上的势力，并在沟通东西方的经济交流中继续发挥重要作用。因此元代时期阿拉伯商人和波斯商人一样，继续来中国从事海外贸易并有相当部分人定居下来。元代时期的泉州以“民夷杂处”着称，穆斯林商人在此安家落户，死后亦埋葬于泉州。元代广州地区的阿拉伯商人所聚居的“蕃坊”，比宋时更加繁华。元代阿拉伯人在广州建立的清真寺即有3所之多。元代庆元(宁波)的“下蕃滩码头”是进口货物汇聚处，占城人和阿拉伯人侨居庆元的不少，至元年间，在庆元灵桥南建立有回回堂。元代通过上述海上丝绸之路来到中国沿海港口城市定居的穆斯林，和唐宋时代留存下来的“蕃客”后代一起，也成为日后中国回族穆斯林的重要来源之一。
三、元朝实行的民族等级制度
元朝建立后，元世祖忽必烈及其后继者一方面以中原封建王朝的继承者自居，另一方面，他们作为蒙古贵族集团利益的最高代表，极力加强专制统治，维护民族特权，推行“刚柔相济”“威德兼施”的民族政策。元朝统治者清楚地意识到，倘若没有民族特权，蒙古贵族在被征服的地区，尤其是在封建经济文化较发达，而人口又远远超过本民族的汉族地区，就难以保持住统治地位。因此，与历代封建王朝相比，元朝的民族政策具有十分明显的民族歧视与民族压迫色彩。其主要表现形式之一，就是在吸收前朝推行民族分化政策经验的基础上，根据不同民族被征服的先后，将全国居民按种族、地域分为四等，对汉人尤其是南人加以各种防范压抑，实行法定的民族等级制度，即四等人制。这种人分四等的制度，在任用官吏、法律地位、科举名额和待遇以及其他权利和义务等方面都有种种不平等规定，从而保证了蒙古贵族的特权地位，并利用色目人来对汉人进行牵制，又利用汉人抑制南人，利用南人来削弱汉人。