第一等蒙古人为元朝的国姓，统治者称之为“自家骨肉”。包括兀鲁、忙兀、泰赤乌、克烈、弘吉剌、亦乞烈思、塔塔儿、蔑儿乞、斡亦剌等氏族。第二等色目人。陶宗仪《辍耕录》称有31种，如钦察、唐兀、阿速、秃八、康里、畏吾儿、回回、乃蛮、乞失迷儿等等。元大德八年(1304年)规定，除汉儿、高丽、蛮子外，俱系色目人。第三等汉人。又称汉儿、乞塔、札忽歹，概指淮河以北原金朝境内的汉族和契丹、女真等族，以及较早为蒙古征服的云南、四川两省人，还包括高丽人。第四等南人。又称蛮子、囊加歹、新附人，指最后为元朝征服的原南宋境内，包括江浙、江西、湖广三行省和河南行省南部各族。
元世祖迫于稳定统治的需要曾采用“汉法”来统治中原汉族地区，但自中统三年(1262年)山东“李璮之乱”后，加深了他对汉人的疑惧心理。忽必烈和继承者虽然继续笼络汉族上层人士参与行政事务，但深深感到来自汉族的威胁，因此一方面利用和联合回回人以及其他色目人来统治广大的汉人，另一方面，又将汉族分为汉人、南人两种，置于蒙古、色目人之后，竭力分化、削弱一切被统治民族，包括色目人。
在政治方面，元朝统治者面对实际，需要汉人官吏来办理行政事务，但对他们又不放心，故此在每个政府部门都委派一名蒙古正职官长来监督，另外又配置一名权位相当的色目官员来进行防范与牵制，其中以回回人占多数，因为回回人有行政管理经验而又来自域外，不会构成对蒙古贵族集团的威胁。至元二年(1265年)二月，忽必烈诏命：“以蒙古人充各路达鲁花赤，汉人充总管，回回人充同知，永为定制。”（世祖本纪//元史：卷六）大德元年(1297年)中书省、御史台议决：“各道廉访司必择蒙古人为使，或缺，则参以色目世臣子孙为之，其次参以色目、汉人。”（成宗本纪//成宗纪：卷一九）蒙古官员不光在地方上执掌实权，中书省、枢密院、御史台等中央机构的长官也历来由蒙古人担任。整个元代，担任过丞相的汉人只有元初时的史天祥与元末时的贺惟一，但担任过丞相的回回人，如阿合马、别都鲁丁、阿散等倒有6人。次于丞相的平章政事一职也均由蒙古人或色目人担任。在科举方面，蒙古人、色目人得到明显优待。在考试程度上，色目人同于蒙古人，南人同于汉人。前者仅应试二场，后者需考三场，在内容上还有难易的差别。例如御试时，“汉人南人试策一道，限一千字以上成；蒙古人时务策一道，限五百字以上成”，“其蒙古、色目愿试汉人、南人科目，中选者加一等注授”。出榜晓示时，还把蒙古人、色目人中榜者列为右榜(元代尚右)，汉人、南人归于左榜。在法律制度上，蒙古人更享有特殊权利。例如蒙古人殴打汉人，汉人“不得还报”，“如有违犯之人，严行断罪”；又如“诸蒙古人居官犯法，论罪既定，必择蒙古官断之，行杖亦如之”，因而得到包庇或赦免。对色目人也有宽待，如“诸色目人犯盗免治”（刑法志元史：卷一〇二）等等。
由于元朝统治者实行的民族等级制度，要笼络和利用色目人来牵制汉人及南人，因而元代回回人的社会地位仅次于蒙古人，高于汉人与南人，这样，就使穆斯林在经济、文化各方面获得较好的条件，从而使回回人所信奉的伊斯兰教在中国的传播也有了一个适宜的环境。
第二节元朝政权对待伊斯兰教事务的基本政策——“恩威相济”
元代的伊斯兰教政策，建立在民族大融合、回回人口大量增加及实施民族等级制度突出了回回人社会地位的社会基础之上。此外，元朝政权治理伊斯兰教事务和处理其他宗教问题关系时还有一个基本政策或原则，就是“兼容并蓄。”这种对宗教宽容优待的态度，无疑对伊斯兰教的传播发展从客观环境上创造了有利的氛围。
一、元朝“兼容并蓄”的宗教政策
宗教，在阶级社会中是征服人心、控制情感的一种重要工具。元朝政权深知要治理被征服的各民族，除了使用武力，还要辅之以宗教等其他手段。因此，成吉思汗在给中原道教领袖丘处机的诏书中明白指出：“来从去背，实力率之故，然久逸暂劳，冀心服而后已。”针对统治不同民族的需要，元朝政权对各种宗教视为手的五指，采取兼容并蓄政策，一律加以宽待。元代不仅佛教、道教继续兴盛，外来的伊斯兰教、也里可温(景教、天主教)、术忽(犹太教)也都有一席之地。有一道大汗圣旨规定：“和尚根底寺，也立乔大师(即也里可温)根底胡本剌(修道院)，先生根底观院，达失蛮根底密昔吉(麦斯吉德，即礼拜寺)，那的每引头儿拜天底人，不得俗人骚扰，不拣甚么差发休交出者。破坏了房舍、旧的寺观修补者。我每名字里，交祝寿念经者。”（1238年凤翔长春观公据碑//蔡美彪元代白话碑集录1955：5//韩儒林元朝史（上册）1986245）其用意很显然，即通过各种宗教的传教士和僧侣向被征服的各族人民宣扬蒙古统治者的“威德”，为他“告天祝寿”，从精神上控制被统治者。据志费尼《世界征服者史》一书上册记述，成吉思汗“对宗教没有偏见，不舍一种而取另一种，也不尊此抑彼”；“他一面优礼相待穆斯林，一面极尊重基督教徒与偶像教徒”。他对宗教的态度被以蒙古“大扎撒”法律形式固定下来，其子孙也“不违背成吉思汗的扎撒，对各教一视同仁”。
元代的佛教。蒙古统治者进入中原后十分重视笼络佛教僧人，他们对佛教的崇信，主要是修功德、做佛事，如念经、祈祷、印经、斋僧、受戒等活动，并在全国大兴佛寺。据《元史·释老传》所记：“历天下人迹所到，精蓝、胜观，栋宇相望。”到至元二十八年(1291年)，已有佛寺42000所，僧尼213000余人。公元7世纪，印度传入的密教和汉地的大乘佛教与西藏原有的“苯教”结合而形成藏地佛教。该教宣传宇宙大劫、一切无常、因果报应、生死轮回、修行解脱等教义，特别崇奉密宗，以无上瑜伽密为最高修行次第，称为藏密。其宗教活动重视祈祷、祭祀、诵咒、供养。尊称高僧为“喇嘛”。因此，人们俗称“藏传佛教”为“喇嘛教”。元朝政权根据当时西藏的吐蕃特殊情况实施了政教合一的统治政策。元世祖封喇嘛教萨迦派法王八思巴为帝师，后继者10余代都享有极大权力和荣誉，但帝师只有建议权，而无决定权，吐蕃地方的最高统治权在元朝皇帝手中。元朝时对吐蕃政教合一政策的成功运用，使吐蕃地区置于全国统一政权的管辖之下，成为元朝版图的一个部分。
元代的道教。宋元两代道教进入巅峰时期，并形成确定的教团，出现正一教与全真教两大教派。元朝统治者看到道教在中原有很大影响，就极力拉拢。1219年，成吉思汗特遣使臣到莱州，邀请号称“长春真人”的全真教领袖丘处机去西域，给以隆重待遇，赐号“神仙”，爵“大宗师”，掌管天下道教。丘处机回来后，成吉思汗还降旨问安。元世祖还封张道陵36代孙张宗演为嗣汉天师，主领江南道教。蒙哥即位时，佛道两教同时得宠，开始恃势扩展势力，为争夺田产、寺院而发生冲突。由于佛教在蒙古贵族中的影响已居优势，蒙哥曾表示：“这释、道两路各不相妨，只欲专擅自家，遏他门户，非通论也。今先生(道士)言通门最高，秀才人言儒门第一，迭屑人奉弥失诃言得生天，达失蛮叫空谢天赐与，细思根本，皆难与佛齐。”又举手比喻，以“佛门如掌，余皆如指”，裁定了佛教高于其他各教的地位（至元辨伪录：卷三）。
元代的也里可温，又称聂斯脱里，指基督教聂思脱里派。聂思脱里派唐代初传入中国，汉名为景教。唐以后，景教在中原几乎绝迹，但仍存在于西北突厥部落中。早在成吉思汗统一前，汪古、乃蛮、克烈等部就信奉该教。一些蒙古上层人士，如窝阔台的妻子、拖雷的妻子、大臣田镇海等也信奉此教。蒙古西征中，与中亚、波斯、西亚等地的聂斯脱里教徒有了更多接触，元世祖入主中原，也里可温随之传入。元世祖曾接见了马可·波罗，托他致书教皇，请求派遣教士700人来华传教。元代设崇福司专管该教事务。也里可温地位仅次于佛道二教，礼部规定“随朝庆贺班次，和尚、先生祝赞之后，方至也里可温”（元典章：卷三三）。教徒多为蒙古人或侨居国的西亚人，在大都、杭州、长安、甘肃、宁夏、镇江、泉州等地都建有教堂。由于当时基督教与伊斯兰教在欧洲、西亚久为敌对，一些在东方的基督教徒也视穆斯林为对手。据拉施德《史集》第2卷记述，他们曾屡屡向忽必烈状告穆斯林，挑起教争。随着元朝覆灭，也里可温也衰亡了。
元代的犹太教。犹太人大批来华定居始于宋代，因元代中西交通大开，又有大批犹太人来华，并散处全国各地，或是聚族定居，或是经商侨寓。当时，史书记载中多次提到“术忽”和“斡脱”。“术忽”是阿拉伯文的译音，即犹太人，珠赫、主吾、主鹘、朱乎得等都是同音异译。“斡脱”在史籍中常与僧、道、回回、也里可温等并列，故而被认为指犹太教徒。也有学者认为，元代有一种由官府备资和提供特权，交由商人代营的商业，由此形成的商业组织名叫斡脱，经营者都是交结权贵，垄断贸易的色目大商人，而犹太人可能占居不少。《元史·顺帝本纪》载，至正十四年(1354年)五月，募“各处回回、术忽殷富者赴京师从军”，看来犹太人社团当时不止一处。《元史·世祖本纪》还多处提到“立斡脱总管府”，看来因其人众，所以需另立专府。马可·波罗在《游记》中也多处提到，对犹太人的宗教节日，忽必烈“亦亲临行礼”，还说“世界圣人有四”，“犹太人以摩西为圣人”。元代犹太人在杭州、澉浦、宁波、扬州、宁夏、北京、南京、泉州等地都有分布。现有元代资料对杭州的犹太人记载尤详。元朝杨瑀在《山居新话》中说“杭州砂糖局糖宦皆主鹘、回回富商”。据《伊本·白图泰游记》载：元时“杭州犹太人颇多，至有特别居留地，且在第二市区有城门曰：‘犹太人门’”。杭州的犹太人社区曾维持到明代末年。
二、元朝伊斯兰教政策的主要内容和实施情况
元朝政权“恩威相济”的伊斯兰教政策，有其阶级与时代的局限，主观目的是为了维护其统治与利用回回人，并用来牵制其他民族以满足其特权政治需要。因此，从总体上说，表现出对回回人与伊斯兰教宽待优容态度，但回回人一旦触犯了蒙古贵族集团的根本利益，就会受到限制与打击。
元朝政权伊斯兰教政策中的宽待优容，大致表现在以下方面。