(一)政治方面，主要是重用回回上层人士，并在统治机构中扮演重要角色。其一，由于回回人参加了蒙古统一中国的战争，因而一些回回上层人士成为蒙古国和元朝的达官显贵，如花剌子模人牙老瓦赤任统辖中原汉地的燕京行尚书省事，为大断事官；奥都剌合蛮扑买中原课税，任提领诸路课税所官；赛典赤父子、阿合马、合散(阿散)、倒剌沙、乌伯都剌，均位至丞相、平章，成为元廷重臣，而在中央各衙门及地方政府中担任要职的回回人则更多。仅据《元史·宰相表》和《新元史·宰相年表》记载，回回人在元朝朝廷担任过右丞相(正一品)的有1人，左丞相(正一品)的3人，平章政事(从一品)的11人，右丞(正二品)的1人，参知政事(从二品)的1人。元代历朝中央最高行政机关中书省担任右丞相，左丞相、平章政事、右丞、左丞、参知政事的回回人，计世祖朝11人，成宗朝9人，仁宗朝4人，泰定帝朝3人，顺帝朝3人（元代回回人的政治地位//杨志玖元史三论北京：人民出版社，1985：245）。又据《元史·行省丞相平章政事年表》及《新元史·行省宰相年表》记载，回回人在地方政府任要职者计有丞相3人，平章政事23人，左右丞3人，参知政事3人。其二，按元朝定制，回回人可充任各路同知、达鲁花赤(元代路的长官称谓，即监临官或掌印办事之官)。从《至顺镇江志》记载可知，从元世祖至元十三年(1276年)至二十六年(1289年)，镇江称“镇江府路总管府”，先后有7人任达鲁花赤，其中蒙古1人，回回2人，也里可温1人。从至元二十六年到至顺二年(1331年)，先后有15人任达鲁花赤，其中畏兀儿9人，回回3人。达鲁花赤以下的官称总管，总管以下称同知。至元二十八年(1291年)到至顺四年(1333年)，先后任总管者16人，其中蒙古2人，畏兀儿1人，河西1人，回回1人，其余为汉人。从至元十三年(1276年)到至顺三年(1332年)，先后任同知者18人，其中回回6人。镇江路管领的录事司和3个县，回回人当官的特别多。仅录事司的达鲁花赤，自至元十三年(1276年)到至顺二年(1331年)共有17人，其中回回8人。回回官吏参与元朝政治，从总的方面看是帮助蒙古贵族对汉族及各族人民进行专制统治，其中如阿合马的聚敛掊克，对人民祸害甚大，终于招来杀身之祸。但如赛典赤·瞻思丁的治理云南，对云南的开发、生产、文化事业和民族关系都作出了贡献，在当时及后世都留下了好评。当然，回回官吏的地位在元朝各个时期有所隆降，而回回官吏势力的消长，对一般回回人也有影响。
(二)制度律令方面，回回人依据元代民族等级制度提供的方便，享有不少优惠。其一，蒙古西征前，穆斯林蕃客在中国仍属侨寓状态，虽可赴内地从事贸易，但他们的聚集点和长期居留中心，仍限于各通商口岸和京城。蒙古西征后，在宋朝势力控制范围内，穆斯林蕃客的活动足迹虽然依旧，但蒙古人控制的地区已有不少穆斯林开始聚居生活。到了元代，回回人和原先侨寓于各通商口岸的穆斯林蕃客的行动已不受任何限制，可以在各地自由居住。其二，元代回回人在服官、科举、荫叙、刑律及私有兵马方面，都可获得比汉人优越的待遇。《元史·世祖纪》载：“罢诸路女直、汉人为达鲁花赤者。回回、畏兀、乃蛮、唐兀依旧。”《元史·成祖纪》载：“各道廉访司必择蒙古人为使。或阙，则参以色目世官为之，其次以色目汉人。”《元史·武宗纪》载：“至大二年甲戌，以宿卫之士多见冗杂，遵旧制，存蒙古色目之有阀阅者，余皆革去。”这是回回人在入仕方面获得的优待。《元史·选举表》载，科举时以蒙古色目人为一榜，汉人南人为一榜，前者所试较为简易。“蒙古色目人愿试汉人、南人科目，中选者，加一等注授。”这是回回人在科举方面获得的优待。又据《元史·选举志》“铨法”中载：“诸色目人比汉人优一等荫叙。”《元史·成宗纪》载：“大德四年八月癸卯朔，更定荫叙格。正一品子为正五，从五品子为从九，中间正从以是为差。蒙古、色目人特优一级。”这是回回人在荫叙方面享受的优待。据《元史·顺帝纪》载：元统二年三月丁巳诏：“蒙古、色目犯奸盗诈伪之罪者，隶宗正府。汉人、南人犯者属有司。”《元史·刑法志》“盗贼”下载，“诸色目人犯盗免治”。这是回回人在刑律方面获得的优待。《元史·世祖纪》又载：至元二十三年六月戊申，“括诸路马。凡色目人有马者，三取其二。汉民悉入官。敢匿与互市者，罪之”。《元史·刑法志》“禁令”下，载有“诸汉人持兵器者禁之”之令，但对色目人无此限制（白寿彝元代回教人与回教//白寿彝中国伊斯兰史存稿银川：宁夏人民出版社，1983：179）。
(三)经济方面，元朝给回回传教士等人于赋税和差役方面的优惠，并选拔一批商人为官吏。其一，元代对伊斯兰教宗教人员称做“答失蛮”或“达失蛮”“大石马”，系波斯语音译，意为“有知识者”，其职责为掌管礼拜寺和伊斯兰学校，主持诵经、祈祷及教育等宗教事务。元朝将“答失蛮”与和尚、先生(道士)、也里可温大师(基督教教士)同视为“告天祝祷的人”，享受免除赋税的特权，但按规定必须是“在寺住坐，并无寺产”，亦别无“营运事产”者，也就是在礼拜寺内住家，不从事商业者，可不负担差税；反之则按一般回回民户办法收差税。《多桑蒙古史》2卷10章称成吉思汗时“各宗派之教师贫民以及其他学者，悉皆豁免赋役”。该书2卷5章又称：“蒙哥追认成吉思汗、窝阔台两代辖免基督教、回教、偶像教教师赋税之敕诏。”从其他一些资料中可以了解到，这种免税甚至惠及许多回回商人。至元年间监察御史王恽《为在都回回户不纳差税事状》中说：“切见中都(北京)亲管民户，每岁供给和买、夫役一切等事，比之他路，实为繁重。今体察到本路回回人户自壬子年元籍并中统四年元抄，计二千九百五十三户，于内多系富商大贾、势要兼并之家。其兴贩营运、百色侵夺民利，并无分毫差役。”（乌台笔补序//王恽秋涧先生大全文集：卷八三）其二，免除差役。泰定元年(1324年)十一月，“诏免也里可温、答失蛮差役。”这是给回回宗教人员享受的优待。回回商人又同样得到照顾，至治三年(1323年)十二月，“免斡脱逋钱(斡脱，色目人经营的商业组织)”。其三，有些回回商人因善于经营，适合蒙古统治者的需要，而被选拔为官吏。回回商人很早就和蒙古人接触，并参加到成吉思汗的创业活动中，如《元朝秘史》中的回回阿三。太宗时的奥都剌合蛮因扑买中原银课，充提领诸路课税所官，至元世祖即位，为之经管财务的一般官吏也以回回人为多。回回人阿合马当政19年，之所以备受宠信，也因为其善于理财或者说有聚敛之才。这种亦商亦官，以商为官的情况，是元代回回人的一大特点。
(四)宗教管理方面，元代穆斯林受到统治者优待，一般民众信仰伊斯兰教也有自由(但对上层贵族信奉伊斯兰教仍有疑惧)，元朝还设置专门机构“回回掌教哈的所”来管理伊斯兰教事务。其一，各族人民都可选择宗教信仰，对选择信仰伊斯兰教没有限制。蒙古西征时，中亚、西亚的穆斯林作殊死抵抗，但成吉思汗并未因此而仇视伊斯兰教，也没有强迫当地穆斯林改变信仰，所以东来的回回人把伊斯兰教信仰又带到了中原。在元代，还有一些蒙古人和信仰佛教的其他民族人士改信伊斯兰教。例如《元史译文证补·伯勒克传》载：“伯勒克信天方教，常集教士于鄂尔多，讲论教律教理。太祖后裔入天方教者，自伯勒克始。”又据《多桑蒙古史》，镇守唐兀的元成宗从弟安西王阿难答率所部士卒15万人归信伊斯兰教。以后，察合台后王木八剌沙、八剌，以及木八剌沙的母亲额尔根可敦也都信奉了伊斯兰教。其二，元代曾先后设立“回回哈的司”“回回掌教哈的所”，通常认为“所”即“司”之后身，但何时改“司”为“所”尚无从考究。与专掌佛、道、也里可温的宣政院、集贤院、崇福司相似，但官秩品级要低，这是中国历代第一个管理穆斯林事务的官方机构，也是元代伊斯兰教深入传播的标志。“回回掌教哈的所”的主要职责是管理宗教社团，具体来说就是通过政令对“回回大师”“回回哈的”们的权力作出规定和督察。哈的即卡迪，旧译为戛锥，系伊斯兰教法官的阿拉伯文音译。哈的职权一为管理宗教活动，二为处理回回人内部的诉讼。因此，“回回掌教哈的所”即通过管理回回哈的来掌握穆斯林的宗教与社会活动及为国祈福，并曾一度全面掌管过回回人的刑名、钱粮、户婚、词讼等事务。但与外教有涉，则须会同各教所掌共问。最初设置“回回哈的司”，可能是由“诸哈的大师”为国祈福，为皇帝祝寿，并主持宗教活动，处置穆斯林之间的词讼。据《世界征服者史》一书所记载，可能就是设置哈的大师的由来：“教历六百五十年(1252年)，回教斋节日，蒙哥所之诸回教徒集于皇帝之斡耳朵前，盛礼贺庆此节。先是忽毡城人大法官札马鲁丁·马合木主持祈祷，为皇帝祝寿。蒙哥命其重祷数次，遂以金银及贵重布帛数车，赐之。并于此日大赦，遣使至各地，命尽释狱中诸囚。”《元史》卷24载：至大四年(1311年)四月，元武宗“罢回回哈的司属”，说明此前已设置“哈的司”。但有专家认为，“罢回回哈的司属”之令，“所罢者仅是‘司属’，即所谓‘外头’的衙门和人员，未必如既往论者所谓之罢除本司，即首都的衙门和人员”（姜立勋，等北京的宗教天津：天津古籍出版社，1995：191）。据《大元通制条格》卷29“词讼”载“至大四年十月初四日，中书省钦奉圣旨：‘哈的大师每只教他们掌教念经者。回回人应有的刑名、户婚、钱粮、词讼、大小公事，哈的每休问者，教有司官依体例问者。外头设立来的衙门，并委付来的人每，革罢了者。么道圣旨了也。钦此。’”至皇庆元年(1312年)十二月，又“敕回回哈的如旧祈福。凡词讼悉归有司，仍拘还先降玺书。”《元史》卷102《刑法志》则载：“诸哈的大师止令掌教，回回人应有刑名、户婚、钱粮、词讼并从有司问之。”也就是说，皇庆元年又重申了“哈的司”的职份，只是哈的们的职权缩小了范围。其实这方面的限制，在至大四年即已开始。又据《元史》卷33，致和元年(1328年)，“罢回回掌教哈的所”，此处是明确撤销回回哈的所(司)。哈的所(司)权力的限制与屡设屡罢，与元时政治斗争有直接关系。元末来华的伊本·白图泰曾记述，当时回回人聚居区都有自己的掌教和哈的，掌教总管教民的一切事务，哈的专掌审判。“城的一个地区是穆斯林居住区，内有清真大寺和道堂，并设有法官和谢赫。中国每一城市都设有谢赫·伊斯兰，掌管穆斯林的事务。另有法官一人，处理他们之间的诉讼案件。”（伊本·白图泰伊本·白图泰游记银川：宁夏人民出版社，1985：552）
(五)文化科技方面，由于大批回回人入华，伊斯兰教亦随之广泛传播于中国各地，由于元朝政权对伊斯兰教的优容政策，使喇嘛教、儒学与伊斯兰教三种文化在中国并存；蒙古语、汉语与波斯语三种文字在社会上并用。当时蒙古语是国语；汉人、南人使用汉文；色目人号称31种，其中以回回的文化最高，回回商人在朝廷拥有显着地位，所以促使元朝许多机关都设有回回译史、令史、掾史等官职。政府设立的最高学府中，除蒙古国子学、国子监，汉文国子学、国子监等，还设有回回国子学、国子监，讲授亦思替非文字(即回回文)。由于当时伊斯兰世界通行波斯语，于是波斯文也就与蒙古文、汉文并重，成为元朝使用的官方文字之一。元代，伊斯兰教的科技知识和制造工艺如天文历算学、医药学和造炮术也纷纷传入中国。朝廷专门设置了秩正四品的回回司天监、秩正三品的广惠司(掌修制御用回回药物及治疗等)、秩正三品的回回炮手军匠上万户府、秩正九品的常和署(管领回回乐人)等。
元朝政权的伊斯兰教政策中除了宽待优容的一面，还有在回回人一旦忤逆蒙古贵族集团意志时，立即展示出来的另一面，即限制与打击。其主要表现为以下几个方面。