(一)最高统治者对触犯其尊严的回回学者随意处死。据拉施德《史集》第2卷“忽必烈合罕纪”记载，由于一些基督教徒对穆斯林极不宽容，蓄意谋害他们，就禀告忽必烈说，在《古兰经》中有这样一段经文，“要无例外地把一切多神教徒都杀掉”；合罕(忽必烈)很生气，“就召集了一些有学问的木速蛮(穆斯林)来，向他们中间年长的别哈丁·别海问道：‘在你们的《古兰经》中有这样的经文没有？’他回答道：‘有’。(合罕)说道：‘既然神吩咐杀异教徒，为什么你们不杀(他们)呢？’那人回答道：‘时间没有到来，我们(还)没有可能。’合罕勃然大怒，说道：‘我有可能了！’使下令把他杀死。这件事直到有一个机智的回回学者向多疑的忽必烈证明他不是多神教徒才得以解决，被拘押的其他回回学者也终于释放”（史集：第二卷北京：商务印书馆，1985：347～348）。
(二)最高统治者有时通过行政命令来干预穆斯林风俗习惯。其一，成吉思汗要求臣民：“其杀所食之动物，必须缚其四肢，破胸，入手紧握其心脏；如仿穆斯林杀牲者，则应如法杀其人。”（冯承钧，译多桑蒙古史（上册）北京：中华书局，1962：158）其二，元世祖至元十六年(1279年)十二月，“回回等所过供食，羊非自杀者不食，百姓苦之。帝曰：‘彼吾奴也，饮食敢不随我朝乎？’诏禁之。”（本纪：七//元史：卷十）其三，据拉施特《史集》记载：有一些穆斯林商人向忽必烈进贡一只白脚红喙的隼和一只白鹫，忽必烈赐宴时，“把自己桌上的食物赐给他们，他们没有吃。他问他们为何不吃。他们说道：‘这种食物是我们所忌的，’合罕(忽必烈)生了气，就命令木速蛮(穆斯林)和遵奉圣经的人，今后不得(以断喉法)宰羊，而要按蒙古人的习俗，剖开它们的胸膛，凡是(以断喉法)宰羊者，就以同样方式把他杀死，并将其妻子、儿女、房屋和财产给予告密者。”后来一些基督教徒如爱薛、怯里马赤等利用这道诏谕来惩治穆斯林。使“木速蛮(穆斯林)在一连四年中不能举行自己的儿子的割礼的地步”，还有一些木速蛮死于非命。后来丞相桑哥向忽必烈禀报：“所有的木速蛮商人都从这里走了，木速蛮国家的商人也不来了，关税收入不足，珍贵动物不运来，(这全都)因为不得(以断喉法)宰羊已有七年的结果，如果得到允许宰杀，商人就会来，同时还将获得充足的关税。有旨允许(以断喉法)(宰羊)。”（史集：卷二北京：商务印书馆，1985：346～347）
(三)宫廷政治斗争结果造成回回显宦的失势，进而导致对伊斯兰教及普通回回人的压制。英宗继仁宗为帝，在位四年(1320～1323年)中，除木八剌为中书右丞，回回人无一任职中书省者，仁宗朝的回回人皆遭罢黜。延佑七年(1320年)五月，回回重臣合散(阿散)以左丞相罢为岭北行省平章政事，不久有人告发他“谋废立”，不待审问即被谋杀抄家。在此前后一般回回人也受到压抑。在学术、宗教、赋税等方面都受到打击。延佑四年(1317年)四月，罢回回国子监；课回回散居郡县者，户岁输包银二两；至治元年(1321年)五月，“毁上都回回寺，以其地营帝师殿”（英宗纪//元史：卷二七）。直到泰定元年(1324年)六月，才重建“礼拜寺于上都及大同路，给钞四万锭”。
（四）有些关于伊斯兰教的具体规定反复多变。回回掌教哈的所，即置于至大四年(1311年)四月以前，而罢于至大四年四月；再置于皇庆元年(1312年)十二月，又罢于致和元年(1328年)八月。又如按旧制，一些宗教职业者种田纳地税，经商纳商税，但往往不能严格执行。泰定帝在位时(1324～1327年)曾“诏免也里可温、答失蛮差役”，并把他们的商税也豁免了。然而到“天历二年(1329年)三月，僧、道、也里可温、术忽、答失蛮为商者，仍旧制纳税”。这些政策上的反复，当然也跟上层斗争有关，如倒剌沙倒台后，不光穆斯林传教士“答失蛮”照旧纳税，其他教派也受到连累。
元朝最高统治者对蒙古贵族上层人士信奉伊斯兰教存有疑惧。安西王阿难答率众15万改宗伊斯兰教后，信仰十分虔诚。因此，当有人告发此事时，皇帝铁木耳就遣使者二人往说其皈依佛教，阿难答不从。帝召之至，面谕之，亦无效，乃拘禁之。其后未久，太后阔阔真以为阿难答在唐兀之地颇得人心，锢之致恐民怨，言于帝，释之还镇（冯承钧译多桑蒙古史（上册）北京：中华书局，1962：345）。但后来阿难答还是以篡夺帝位之罪被诛杀。
此外，元代对穆斯林的偏见扩散到汉族知识界，连一些学者也深受其影响。例如元末陶宗仪着的《辍耕录》中就有“嘲回回”一条，对回回人家新婚横死幸灾乐祸：“杭州荐桥侧首，有高楼八间，俗谓八间楼，皆富贵回回所居。一日娶妇，其昏礼绝与中国殊。街巷之人摩肩接踵，咸来窥视，至有攀檐窗牖者。踏翻楼屋，宾主婿妇咸死。此亦一大怪事也。郡人王梅谷戏作下火文云：‘宾主满堂欢，闾里迎门看；洞房忽崩摧，喜乐生祸患。压落瓦碎兮，侧落泥沙；别都折兮，木屑飞扬。玉山摧坦腹之郎，金谷坠落花之相。难以乘龙兮魄散魂消，不能跨凤兮筋断骨折。氁丝脱兮尘土昏，头袖碎兮珠翠黯。压倒象鼻塌，不见猫睛亮。呜呼！守白头未及一朝，赏黄花却在半晌。移厨聚景园中，歇马飞来峰上，阿剌一声绝无闻，哀哉树倒胡孙散。’阿老瓦、倒剌沙、别都丁、木契非，皆回回小名，故借言及之。象鼻、猫睛，其貌。氁丝、头袖，其服色也。阿剌，其语也。聚景园，回回丛塚在焉。飞来峰，猿猴往来之处。”《辍耕录》把上述嘲笑回回的无聊之作收在书内，充分表明元代社会还存在着对穆斯林和伊斯兰教的偏见与歧视。
第三节元代伊斯兰教在内地的普遍传播
元代所推行的民族宗教政策，包括伊斯兰教政策，有其时代的与阶级的局限，其主观目的是使“蒙古皇室庶传万祀，永保无疆之福”，维护其对民族众多疆域辽阔的国家的稳固统治。但将其放在一定的历史条件下来分析，也应该看到它的积极方面，在客观上对维护祖国版图的一统局面，促进各民族之间的交往与共同发展确实发挥了一定的作用。明朝开国皇帝朱元璋在总结前朝治政经验时，曾对元世祖忽必烈的民族宗教政策和管理措施给予基本的肯定：“天生元朝，太祖皇帝起于漠北，凡达达、回回、诸蕃君长均平定之。太祖之孙以仁德着称为世祖皇帝，混一天下，九蛮八夷，海外蕃国，归于统一。其恩德孰不思慕，号令孰不畏惧，是时四方无虞，民康物阜。”（明太祖实录：卷一九八）应该看到，元朝政权“恩威相济”的伊斯兰教政策，对伊斯兰教在内地的发展，客观上产生了推进作用，并表现在以下几个方面。
一、穆斯林人数明显增加及居住区域的扩大
《明史·西域传》说：“元时回回遍天下。”周密《癸辛杂识》也说：“今回回皆以中原为家，江南为多。”元代在中国的穆斯林人数据估计约有百万以上，遍布全国城乡，逐渐形成“大分散，小聚居”的地域分布特点。元代中国穆斯林人口增多由以下因素促成：其一，唐宋以来世代相传居住在东南沿海城市的穆斯林蕃客，元代被称做“回回蕃客”，由于元代重视发展海上交通，其经济实力与社会地位更有发展与提高。元代的泉州，蒙古军南下时未遭战争的破坏，随着福建地区社会经济的发展，加之具有“天然良港”的优越条件，很快超过广州成为全国最大的贸易港，出口的丝绸和瓷器，多数经泉州港输出。因此，元代时期的泉州以“民夷杂处”着称，在当地的“回回蕃客”队伍中，又不断增加来自于阿拉伯和波斯并在当地定居的穆斯林商人。近年来在泉州陆续出土的许多阿拉伯人和波斯人的墓室和墓碑，有力地证明了这一点。元代广州地区的阿拉伯商人也很多，使宋朝穆斯林聚居的“蕃坊”更趋繁华。其他东南沿海有“回回蕃客”留居的城市，也都出现穆斯林人数扩大的现象，上述蕃客在定居地娶妻生子，又繁衍出穆斯林新人口。其二，元代穆斯林人数增多的最主要来源，还是大量西域回回人的东来，正如《多桑蒙古史》“序言”援引穆斯林作者阿老丁的话：“盖今在此种东方地域之中，已有伊斯兰教人民不少之移植。或为河中与呼罗珊之俘虏，契至其地为匠人与牧人者，或因签发而迁徙者。其自西方赴其地经商求财，每居其地，建筑馆舍，而在偶像祠宇之侧设置礼拜堂与修道院者，为数亦甚多焉。”东来的回回人与当地各民族联姻而使穆斯林人口繁衍增加。其三，在领袖人物感召下，外族改信伊斯兰教。例如蒙古贵族、镇守唐兀的元成宗从弟安西王阿难答(并称秦王)“幼受一回教徒之抚养，皈依回教，信之颇笃，因传布伊斯兰教于唐兀之地。所部士卒十五万人，闻从而信教者居其大半。阿难答熟知《可兰经》，善写阿拉伯文字。其臣某诉之于皇帝铁木耳，言宗王阿难答终日在礼拜寺中诵《可兰经》，命蒙古儿童行割礼，宣伊斯兰教于军中”（冯承钧，译多桑蒙古史（上册）北京：中华书局，1962：345）。
元时，陕西、甘肃、宁夏、新疆、山西、河南、山东、河北及云南都形成了回回聚居区，尤以汗八里(北京)、泉州、广州、扬州、杭州、宁波等地为集中。唐宋时期来华的穆斯林，绝大多数是经商侨寓的胡商蕃客，居留地不出于沿海商埠及京畿附近，与农村不发生关系。元代来华的穆斯林多视中原为家，改侨寓为定居，其分布由西部边陲、沿海城市而深入内地，大部分聚居西北，一部分迁至江南，而后扩散到华北和云南。元代的回回人仍以经商着称，但开始建立起以农业为主的经济条件，和中国社会的结合越来越密切。伊本·白图泰在游历中国后说，“中国每一城市都设有谢赫·伊斯兰(总教长)”，在有些城市中还有“穆斯林居住区，内有清真大寺和道堂，并设有法官和谢赫。”（（摩洛哥）伊本·白图泰伊本·白图泰游记马金鹏，译银川：宁夏人民出版社，1985：552）可见穆斯林分布之广泛。元代扬州就有许多回回人居住，城外东关外的墓园，是宋末至清代有声望的穆斯林葬地，许多墓碑证明了元代回回人在这里留下了众多的足迹。明代盛仪在《嘉靖维扬州》中称，咸淳(1265～1274年)年间来扬州宣教的穆罕默德16世孙普哈丁在德佑元年(1275年)归真后便葬于此地，其墓地后人又称之回回堂或巴巴窑。葬在那里的还有撒敢达、古都白丁等宋元之际的阿拉伯传教士。1925年扬州拆除南门挡军楼时，出土过许多来自该穆斯林墓地的墓上石嵴，其中有墓主撒尔杜丁的一方，在两侧边沿刻有用波斯语书写的笔法流畅的阿拉伯诗句。另外，在南门墙基还发现正面用中文、楷书，背面书阿拉伯文的徽州路达鲁花赤“捏古伯通议之墓”碑石，以及归真于1324年的妇女伊尔审哈同的墓碑，其阿拉伯字碑文中称“其父是伊斯兰教中素有声望的长官勒尊丁”。据《西湖游览志》载，元代杭州的回回穆斯林“尤夥，号色目种”，他们“隆准深眸，不啖豕肉”，“诵经持斋，归于清净”。清波门外的聚景园是回回人公共墓地。其中一座天方先哲卜合提亚和二位随从者的墓葬，阿拉伯文碑所记年代，分别为1308年和1330年。在南屏山麓还出土过一通立于1324年的回回人舍剌甫丁墓碑。
二、回回民族开始在元代初步形成
元代伊斯兰教政策的影响是多方面的，在推动伊斯兰教的兴盛和穆斯林在中国内地广泛定居的同时，也使形成回回等穆斯林民族的条件处在逐渐成熟之中。
(一)为回回民族形成提供了人口来源。唐宋年间以来留居中国的阿拉伯、波斯等国穆斯林，在很长时期内都处于侨寓状态，最盛时期达到几万至十几万人，到了元朝统治东南沿海后，他们被称为“回回蕃客”，和当时随蒙古人东来的回回色目人都成为道地的中国人，构成回回民族的一个来源。同时，大批随蒙古人东来的回回色目人在中国各地定居后，被允许和当地汉族妇女联姻而繁衍开来，他们成为构成日后回回民族的主要来源。
(二)为回回民族形成提供了经济基础。由于回回人在元代已建立了以农业为主的经济条件，同时继续从事商业，生活来源基本有保证，可以长期定居而不依赖外界经济资助。回回人的经济生活特点，也影响了他们在居住环境上形成了主要沿交通线分布，显示出“大分散、小聚居”的特点。在农村地区，回回人集中组成一个村落或集中在某个村落中的一部分，耕耘土地或从事手工业，兼营商业。在城市地区，回回人集中居住在关厢或一两条街坊上，以经商为主，兼营手工业等。