第二，明朝朝廷对穆斯林信仰表示尊重。这方面的事例比较多。其一，皇帝敕赐一批清真寺。(1)据刘智《天方典礼》载：“明洪武初，敕修清真寺于西、南两京及滇南、闽、粤，御书《百字赞》褒扬圣德。”《天方至圣实录》卷20载：洪武二十一年(1388年)，西域鲁迷国人亦卜剌金、可马鲁丁等归附明朝，太祖令居京师，敕建净觉、礼拜二寺安置，“子孙习学真经，焚修香火，祝延圣寿，寄籍江宁县，优免差役”。净觉寺位应天府望月楼，礼拜寺位应天府城南，均与洪武二十五年（1392年）赛哈智奉旨盖造的两座礼拜寺无关。(2)据王岱舆《正教真诠》卷首：“群书集考”载：“世宗肃皇帝敕名净觉寺，行令礼部给予札副。冠带荣身，仍准免差徭，令供职焚修。今奉皇上、圣人在天子之位，崇礼重教尤迈千古者也。伏念末教何幸，节蒙列圣敕旨恩例，敢不欣然祗奉。凡以崇是教者用度真化以阴翊皇化也耶。以故真教流行于天下，各省教人钦遵外，随坊建寺，各赴京比例，请给札副，住持寺院。”(3)据《皇明外纪》载：“神宗诏修天下清(真)寺，褒以封号；凡一应主持，恩及冠带。今供职焚修，以事造化天地人神万物之主。”(4)北京牛街礼拜寺虽传说始建于北宋，但明宣德二年(1427年)翻修扩建，正统七年(1442年)增建7间房，成化十年(1474年)都指挥詹升题请名号，奉敕赐名礼拜寺。同时奉敕赐名的还有东四牌楼清真寺，锦什坊街普寿寺，安定门外二条的法明寺。弘治九年(1496年)扩建了大殿，接两侧围廊，新建了两座碑亭。万历四十一年(1613年)又镌刻“敕赐礼拜寺记”碑。关于明代北京建有四大官寺和国内敕赐清真寺的情况，当时曾到中国游历的中亚穆斯林阿里·阿克巴尔曾有记载：“中国皇帝在汗八里(北京)为穆斯林建造了四座清真寺。中国境内共有九十座清真寺，都是政府为穆斯林建造的。各个部落都有自己的标帜和政府设立的礼拜处所。”“有许多穆斯林得到中国皇帝的许可，永久居住在那里。仅仅巩昌府一带，据说就有三万定居的穆斯林。”（张至善等，译中国纪行北京：三联书店，1988：46）此外，在明代北京还修建了花市清真寺、教子胡同新礼拜寺、笤帚胡同礼拜寺、三里河清真永寿寺和蓝靛厂清真寺。(5)西安大学习巷清真寺明世宗嘉靖年间(1522～1566年)刘序碑载：“迨元世祖中统四年(1263年)六月肇创此寺……永乐十一年(1413年)四月太监郑和重修。”清初毕沅(秋帆)所着《关中胜迹图志》，对长安清真寺有所记载：“清真寺在长安东北。(通志)明洪武十七年（1384年），尚书铁铉修；永乐十一年(1413年)，太监郑和重修。”《西安府志》也有类似记述。化觉巷清真寺据记载，则可能与南京三山街清真寺同时由赛哈智奉敕盖于洪武二十五年(1392年)。其二，明代允许穆斯林前往朝觐，以履行五功之一的“朝功”，其路线可能是从广州出海或经缅甸、印度越洋至麦加。郑和的祖父和父亲都称“哈只”，说明他们都曾前往麦加朝觐，故有“哈只”之称，其出发时间可能是在明代初年社会较安定的时期。郑和第七次航海时，其船队曾奉命分前去天方国，得各种珍奇和天堂图真本于宣德九年(1434年)回京。因此，日本学者寺田隆信曾作过以下推测：“郑和下西洋”即是以“中国的伊斯兰教徒为主角，以东南亚、印度、西亚各国的伊斯兰教徒为配角而展开的不平凡的伊斯兰教的事业。倘若如是，成祖的意图另当别论，而在中国的伊斯兰教徒中间，说不定还带有探求由海路到麦加巡礼的可能性这样的目的”（寺田隆信郑和——联结中国与伊斯兰世界的航海家北京：海洋出版社，1988：144）。其三，朝廷鼓励整理伊斯兰经典，组织编译回回天文书籍。据《清真先正言行略》“赛哈智传”载：“明初，徐达入元都，得秘藏书数十百册，系天方先圣之遗典。因御书百字，褒颂圣德；敕赐清真寺并嘉西圣遗惠，宣恩西域。”《明译天文书》载吴伯宗序曰：“洪武十五年(1382年)秋九月癸亥，上御奉天门，召翰林臣李翀、臣吴伯宗而谕之曰：‘……尔来西域阴阳家，推测天象至为精密，有验其纬度之法，又中国书之所未备，此其有关于天人甚大，宜译其书……’遂召钦天监灵台郎臣海达尔，臣阿答兀丁，回回大师臣马沙亦黑，臣马恰麻等，咸至于廷。出所藏书，择其言天文阴阳历象者，次第译之。”于是在南京右顺门附近开局组织翻译。翌年二月，《明译天文书》首先完成，洪武十八年(1385年)，经纬度算法译成，这就是人们所熟知的《回回历法》。其四，对穆斯林风俗习惯的照顾。明代来中国的阿里·阿克巴尔还记述：“当外国使节来到(皇宫)大殿时，他们被引进餐厅就席。餐厅里分设穆斯林席和非穆斯林席，由不同厨房供应。”（张至善等，译中国纪行北京：三联书店，1988：95）
第三，明代曾颁布若干安抚回民和保护清真寺及其设施的敕谕，以示对穆斯林的关照。其一，在扬州、福州、泉州等地的清真寺内，都建有明永乐五年(1407年)五月十一日的《敕谕碑》：“谕米里哈只：朕惟人能诚心善者，必能敬天事上，劝率善类，阴翊皇度。故天锡以福，享有无穷之庆。尔米里哈只，早从马哈麻之教，笃志行善，导引善类，又能敬天事上，益效忠诚，眷兹善行，良可嘉尚。今特授尔以敕谕，护持所在。官员军民，一应人等，毋得慢侮欺凌。敢有故违朕命，慢侮欺凌者，以罪罪之。故谕。”此碑文内容与载于《天方至圣实录》的永乐三年(1405年)三月敕诰清修寺护持赛亦的哈马鲁丁的基本一致。其二，据《清真先正言行略》“赛哈智传”载：“洪武二十五年(1392年)：召赛哈智赴内府，宣谕天经于奉天门。奉旨每户赏钞五十锭、绵布二百匹。与回回每分作二处，盖造礼拜(寺)两座。如寺院倒塌，随时修，不许阻滞。与他住坐，凭往来府州县布政司买卖，如遇关津渡口，不许阻滞。”如今在西安清真寺内，也立有类似内容的碑石。其三，在南京清真寺所保存下来的明宣宗宣德五年(1430年)七月二十六日敕谕中刊载了明廷支持重修三山街礼拜寺的决定：“得尔所奏，南京城内三山街礼拜寺被焚，尔因乞保下番钱粮人船，欲要重新盖造。此尔尊敬之心，何可怠哉！尔为朝廷远使，既已发心，岂废尔愿？恐尔所用人匠及材料等项不敷，临期误尔工程，可于南京内监官或工部支取应用，乃可完备，以候风信开船，故敕。”
第四，明武宗(1506～1521年)对伊斯兰教有过较好的评价，他采取的一些禁食猪肉的措施，曾使有些人怀疑他已改宗了伊斯兰教，当然事实并非如此，因为他对释道二教同样热心，不过他的举措言行，毕竟会对伊斯兰教的传播和穆斯林的处境带来较好的气氛。其一，据《正德十四年(1519年)十月十二日沔国公八世孙北京后军督府臣陈大策述梓》记述：“武宗皇帝评论诸教，谓侍臣曰：‘儒者之学，虽可以开物成务，而不足以穷神智化；佛老之学，皆各执一偏，惟清真认主之教，深原于正理。此所以垂教万世，于天壤久也。’御制诗云：‘一教玄玄诸教迷，其中奥妙少人知。佛是人修人是佛，不尊真主却尊谁？’”王岱舆《正教真诠》一书，将其收入卷首“群书集考”中。其二，据《清真先正言行略》“陈大策传”载：“武宗于佛经梵语，无不通晓。习鞑靼语，自名忽必烈；习回回语，自名妙吉敖兰；习番僧语，自名领班丹。”其三，关于明武宗禁食猪肉的记载曾有多处。据清傅维麟《明书·武帝本纪》载：“正德十四年(1519年)九月，上次保定，禁民间畜猪，着为令。”《明实录》卷182“武宗实录”亦有所记：“上巡幸所至，禁民间畜猪。远近屠杀殆尽。田家有产者，悉投诸水。”明末沈德符所撰《野获编》卷1又载：“兵部左侍郎王，抄奉钦差总督军务威武大将军总兵官后都督府太师镇国公朱钧帖：照得养豕勿宰猪，固寻常通事。但当爵本命，又姓字异音同，况食之生疮疾，深为未便。为此有谕地方，除牛、羊等不禁外，即将豕牲不许喂养及易卖宰杀。如若故违，本犯当房家小发极边，永远充军。”此“镇国公朱”，乃武宗之假称。这些例子说明，武宗对伊斯兰教有所了解。
(二)对伊斯兰教和穆斯林有所约束，设法化导。明朝政权将穆斯林视做一支不可忽视的力量，对他们的信仰予以尊重，但出于其维护统治阶级基本利益的需要，仍然针对伊斯兰教和穆斯林规定了一些约束办法，并引导其在意识形态方面与儒家思想融合。
第一，阻止穆斯林自相嫁娶，用行政手段促成同化。蒙古人和色目人这两种人在内地人口增殖是明朝初期政治与社会方面的大问题，为了杜绝“阴长抗阳”的后患，《明律》卷6规定：“凡蒙古、色目人，听与中国人为婚姻，不许本类自相嫁娶。违者，杖八十，男女入官为奴。”原注还说：“胡元入主中国，其种类散处天下者，难以遽绝，故凡蒙古及色目人，听与中国之人相嫁娶为婚姻……不许蒙古、色目人本类自相嫁娶。如本类中违律自相嫁娶者，两家主婚杖八十，所嫁娶之男女俱入官，男为奴，女为婢……夫本类嫁娶有禁者，恐其种类日滋也。”所谓色目人本来以回回人占大多数人，这条限制色目人的法律，实际上就是限制穆斯林的法律。由于元代以来回回人与汉族的经济和社会交往十分密切，自然的民族融合早已开始，故明律的规定在实际中不一定能完全执行，而客观上还为回汉通婚和回族人口繁衍提供了合法依据，但就该条文本身而言，不可讳言它对穆斯林的猜忌和提防。
第二，朝廷在内地禁止“胡服、胡语、胡姓”，结果使回回穆斯林都变胡姓为汉姓，并改变服饰、语言等方面的习俗，这是统治者试图在文化上模糊穆斯林的种族意识，以达到促其汉化的目的。朱元璋统一天下后，执行了区分华夷之别的严厉政策。首先禁止汉人姓胡姓，随后严禁胡服、胡语、胡俗等等。《明太祖实录》卷26洪武元年二月壬子条文中的敕语表达了这种意图：“诏，复衣冠如唐制。初元世祖起自朔漠，以有天下，悉以胡俗，变中国之制，士庶咸辫变椎辔，深檐胡帽，衣服则为胯褶窄袖及辫线腰褶，妇女衣窄袖短衣，下服裙裳，无中国衣冠之旧。甚者易其姓氏，为胡名，习胡语，俗化既久，恬不知怪。上久压之，至是悉命复衣冠如唐制，士民皆束发于顶上……其辫发、椎辔、胡服、胡语、胡姓一切禁止，甚酌损益，绵断自圣心，于是百有余年胡俗，悉复中国之旧矣。”鉴于朝廷用行政命令手段调整扭转社会习俗，故此除了对汉人有约束作用，对蒙古、色目人无异也有巨大压力，因而改汉姓之风日盛。这样一来，明朝政权又觉得今后将难以明确种族的区分，在政治上会留下隐患，因而在洪武三年四月甲子又发布“禁蒙古、色目人更换姓氏”的太祖敕诰：“诏曰，天生斯民，族属姓氏，各有本源，古之圣王，尤重之，所以别婚姻重本始，以厚民俗也。朕起布衣，定群雄，为天下至，当诏告天下，蒙古诸色人等，皆吾赤子，果有才能，一体擢用。此闻。入仕之后，或多更姓名，朕虑岁久其子孙相传，昧其本源，诚非先王致谨民族之道，中书时告谕之，如已更易听其改正。”变姓的原则大致是繁者为简，因此内地的穆斯林多取与原姓相近的汉族姓氏，如纳速剌丁变为纳、速、剌、丁，马茂德变为马，等等。这些姓氏有的与回姓相近而汉姓原已有之，如穆、马、丁、刘、王、安等；有的为汉姓所没有，一听而知为回回人姓氏，如撒、哈、达、脱、者、买、卖、摆、喇等等。明朝皇帝还为一些回回臣属赐姓，如郑元庆《二十一史约编》载有：“沐英，本姓李。太祖初养为子，既而曰：‘母李尔李，母朱尔朱’，赐之尔沐”。又李至刚《马哈只墓志铭》载：“和(郑和)事今天子，赐姓郑。”《郑和家谱》亦说：“永乐二年正月初一，御书郑字，赐以为姓，乃名郑和。”安徽省回民大多姓朱，有人猜测系明代皇帝赐以国姓之故。据《清真先正言行略》“茂传”载：“廷试时，上不识其姓，问内阁李贤。对曰：“，音同陕’。即以御笔改为陕。其族亦有改为闪者。”这是皇帝直接为穆斯林改换姓氏的一个实例。