第三，官方加强对清真寺的控制与管理。其一，自唐宋以降，“蕃坊”的蕃长和教坊的清真寺教长不仅主持宗教事务，还代理穆斯林的司法问题。直至元代，伊本·白图泰还记述在中国穆斯林居住区设有总管穆斯林事务的教长和处理穆斯林诉讼案件的教法官。至明代，朝廷担心外族政治势力膨胀，会妨碍自己的司法权，因而在回回穆斯林中只设教长而不设教法官；教长只有传教布道之权，再不能掌理民间诉讼。同时，据伊斯兰教制度，领教人员均有专门称呼，明朝朝廷“以其标新立异，诏命废止，以后统称掌教者为‘老师傅’。至今中国各地回教教长，名位虽不同，而统称‘老师傅’云”（薛文波明代与回民之关系//李兴华，冯今源，编中国伊斯兰教史参考资料选编（1911-1949）银川：宁夏人民出版社，1985：212）。其二，明朝政权管理清真寺教职人员的一项重要措施，是颁发“札副”(公文)。就是说明代清真寺掌教要向礼部清吏司申请，并履行注册登记手续，在政府下发“札副”后，始可正式履任。王岱舆《正教真诠》卷首“群书集考”中就有一例关于此事的引证：“以故真教流行于天下，各省教人钦遵外，随方建寺，各赴京比例，请给札副，住持寺院。”金吉堂对北京东四清真做调查后所记，“掌教马氏，世家也，自大明洪武年赐汉姓，弘治间给与札副。住持是寺，绵绵延延，世袭至今”，“当代掌教马宠九氏，人极开明，据云先世明札已佚，现存札为入清后领得者”。其札副颁发于清顺治元年(1644年)，想必和明代札副样式不会差得太远。其内容有：“礼部祠祭清吏司为恳恩给札冠带住持以便焚修事：据中城仁寿坊四铺清真寺掌教马承业呈称，年五十七岁，系顺天府大兴县人，自幼习读经典，素守清规，并无过犯，伏乞给札冠带等情到司，据此相应给札。为此札仰本教照札事理，即便冠带前去本寺掌教，领众焚修，祝延圣寿，要安分守礼。毋得混乱清规未便须至札副者。”（金吉堂敕赐清真寺的五百年//李兴华，冯今源，编中国伊斯兰教史参考资料选编（1911-1949）银川：宁夏人民出版社，1985：495）北京古清真寺中俗称的四大官寺，其来源也因为明代时期这些寺中的教长，都要由朝廷正式批准授职，给予“札副”才能履任。
第四，明朝政权对曾导元倾宋的一些南方穆斯林人士和其家族毫不容情地予以打击。宋朝时曾任泉州提举市舶司的回回人蒲寿庚，当年因元军南下，乃降于元，使南宋末帝失依江南，走死于海中。朱元璋从大汉族主义情绪出发，对于蒲寿庚叛宋之举深为反感，并用压制办法向其后代施以报复。《宋元通鉴》载：“我太祖皇帝禁泉州蒲寿庚、孙腾(胜)夫之子不得齿于士，盖治其先后导元倾宋之罪，故禁夷之也。”《闽书》卷152载，“皇朝太祖禁蒲姓者不得读书入仕”；顾炎武《日知录》载，“明太祖有天下，诏宋末蒲寿庚、黄万石子孙不得仕宦”；清邵元平《元史类编》卷18亦引录无名氏之《樵书》曰：“明太祖初，禁蒲姓不得读书入仕。与衢州留梦炎家子赴考者，责令画一结，曰并非梦炎子孙，方准入试。”蒲寿庚后裔是被压抑的回回人中较着名的一支，其余史无记载的被压抑回回人恐怕更不在少数。同样出于防范的考虑，汉人官员杨荣因替沿海穆斯林捎带阿拉伯文或波斯文“番书”(书信)而遭贬职。据《明英宗实录》卷57载：正统四年(1439年)“七月辛末，福州漳州卫指挥佥事杨荣因进表至京，得回回之编置漳州者，为其番书与其种类，下法司问，坐赎流还官。上以荣交通外夷，不宜以常律论，黜为事官，于大同立功”。明代官方对穆斯林的私下猜忌与暗中提防，也通过一些文人学士的笔端得以曝光，如明代修《元史》，一面沿设《释老志》，另一面却不反映伊斯兰教情况。万历初宛平知县沈榜署《宛署杂记》，设立“僧道”专卷，偏偏不设伊斯兰教。万历《顺天府志》也是如此。至于崇祯间刘侗、于奕正着《帝京景物略》，连新设的天主堂亦加以描绘，唯独不收清真寺。又如顾炎武在所着《日知录》中就痛心疾首地把穆斯林宰牛视为大逆不道，并把禁止穆斯林宰牛作为改革“夷风”之举：“天子无故不杀牛，而今之回子终日杀牛为膳。宜先禁此，则夷风可以渐革。唐时赦文，每曰十恶五逆、火光行劫、持刃杀人、官典犯赃、屠牛铸钱、合造毒药，不在原赦之限，可见古法以屠牛为重也。若韩滉之治江东，以贼非牛酒不啸结，乃禁屠牛以绝其谋。此又明识之士所宜预防者矣。”显而易见，穆斯林坚持自己的宗教信仰和风俗习惯，往往受到多方非难。此外，明初提倡的“重农抑商”政策，使中国穆斯林传统的商业经济大受挫折，穆斯林社会在经济上滑入贫困化的境地。
第三节明代中后期伊斯兰教发展的情况
在明朝政权“转相化导”伊斯兰教政策的影响下，明代伊斯兰教在稳定发展的基础上，从自戒封闭状态进入与中国传统文化交流结合的新阶段，并在西北地区成为最有影响的宗教信仰。这一时期伊斯兰教的发展主要呈现在以下几个方面，即内地回族等穆斯林民族共同体最终形成，经堂教育和汉文着译活动开始出现，新疆维吾尔族全部皈依伊斯兰教。
一、回族共同体的最终形成
在元代回回人群体的基础上，到明代又不断吸收其他民族穆斯林加入，使这个孕育中的民族共同体更加充实和壮大。由于东察合台汗国的伊斯兰化，以及吐鲁番、哈密、甘州和凉州等地的维吾尔族也逐渐伊斯兰化，其中有不少人作为军士、商人、使臣迁居中国内地，多数成为回回民族共同体的新成员。中亚和阿拉伯地区的穆斯林商贾和使臣，从明初开始陆续来到中原，“寄住”中国，成为回回侨民，有的入籍中国，成为归附回回。当时，有些南亚、东南亚地区的穆斯林，如苏禄王后裔安都鲁、温哈剌等，因为各种原因留居中国，融入回回人的群体之中。明代中叶前后，随着中国封建社会自身的运转，中外交往和贸易相应减少，回回作为日趋稳定的群体，在经历了一段内部发展时期后，产生了较为突出的民族文化积淀，逐渐形成为一个新的民族共同体。
第一，“大分散、小聚居”的分布格局已基本固定。在城市，城居回回自成街道；在农村，出现大量回回村落。回回人在元朝多为军士、官宦、商人，居住城镇的比例较大。元亡后，不少人失去特权和官位，多改名换姓迁徙避难，如泉州丁氏迁至陈埭，郭氏迁至白奇，泰不华后裔迁至江苏六合。随着社会安定和经济恢复，西北陕甘宁青成为回回最主要的聚居地区，其中西安、延安、汉中、庆阳、平凉、灵州、固原、河西等处回回较为集中。云南的回回，有许多是随沐英入滇或赛典赤的后裔，也有从南京、福建迁入者，他们在大理、保山、楚雄、玉溪、蒙自、石屏、寻甸、曲靖等地形成了聚居地。此外，广州、福建、杭州、松江、扬州、济宁、开封、南京、北京、安庆、常德、武昌等地也分布有回回聚居区。此外，回回还迁入山西、东北三省和广西等地，除西藏外，明代全国都有回回分布。据嘉靖三十九年(1560年)成书的《京师五城坊巷胡同集》记述，当时与回回有关的地名就有西城阜财坊的白回回胡同、河漕西坊的回回厂、北城发祥坊的三保老爹胡同(因郑和居此而获名)、金城坊的礼拜寺(即锦什坊街寺)和南城白纸坊礼拜寺(即牛街寺)。
第二，回族的上述居住特点和明朝限制本族通婚的强迫同化措施，加速了回回使用汉语为共同语言。回回原来使用的各种民族语言失去实际价值，阿拉伯语和波斯语成为经堂用语，用在宗教生活场合。1536年《泉州丁氏》族谱记载，回回已不懂《古兰经》原文，一般人也没有去学习阿拉伯原文的要求。
第三，在明代的社会环境中，求生存图保护的共同民族心理开始形成。各地回回人有着比较类似的曲折变迁的生活经历，又有着伊斯兰文化的传统背景，生活习俗相近，经济生活类似，联系也比较密切，形成了共同的心理基础。此外，明王朝代元而起后，回回色目人由前朝的第二等级沦为被统治民族，使原先由各民族组合而成的回回人面临生存的挑战，迫使他们审时度势，用增强内聚力和共同的民族感情，即“党护族类”“行赉居送，千里不持粮”，来适应变动中的社会政治、经济和文化环境。据陆容《菽园杂记》卷6载：“夷人党护族类，固其习性同然，而回回尤甚。尝闻景泰间，京师隆福寺落成，纵民入观。寺僧方集殿上，一回回忽持斧上殿杀僧二人，伤者二三人。即时执送法司鞫问。云见寺中新作轮藏，其下推转者，皆刻我教门人像。悯其经年推运辛苦，是以仇而杀之，无别故也。奏上，命斩于市。”佛寺刻穆斯林人像以执推转之苦役，是对伊斯兰教的不恭。上述回回人持斧行凶触犯刑律固不可取，但也在一定程度上反映了当时回回中已形成“党护族类”的民族心理。
第四，伊斯兰教成为当时回回民族凝聚的一个关键因素。在这个新共同体形成过程中，伊斯兰教不仅仅是各种来源的回回人共同的宗教信仰，还是维系共同感情、组成内部凝聚力的精神纽带。此种穆斯林之间的亲情，淡化了他们之间原来国家的、民族的或种族成分方面的差别，从而在思想意识上产生一种无形的靠拢。
第五，穆斯林的教坊组织把处于大分散状态中的回回组合成一个个相似的群体，通过深入到社会生活各个领域的伊斯兰教信仰制度和礼仪方式，把不同地区的回回继续统一在伊斯兰文化的氛围之中，并在处理同中国社会的关系中，形成既有连续性，又富有现实性的共同的价值观念、伦理规范和风俗习惯，为新民族共同体的最终形成提供了稳定的基础。回族形成后，可谓散居全国各地，成为中国分布最广的少数民族。
东乡族，因世居河州(今临夏)东乡而得名，在明代的历史文献中，关于东乡族的记载极少，但从一些间接材料来分析，东乡族在明代已经成为一个具有自己特性的，不同于蒙古族也不同于回回人的穆斯林少数民族共同体。据《东乡族简史》记述，东乡族是14世纪后半叶，即元末到明初由居住于甘肃东乡地区的回回人、蒙古人、汉人以及藏族人共同融合而成的。在东乡族形成过程中，使用蒙古语的那部分回回和信仰伊斯兰教的那部分蒙古人起着主导作用。回回人和信仰伊斯兰教的蒙古人大量进入十分闭塞、自然条件很恶劣的东乡地区，与安西王阿难答的被杀及其属下被排挤、被镇压有密切的关系。
撒拉族，亦称“撒拉回”“沙喇族”，自称“撒拉儿”，主要聚居在青海循化一带。据传说，元代居住在中亚撒马尔罕的西突厥乌古斯部落撒鲁克人的一支，由名叫尕勒莽和阿合莽的两位首领率领本族东迁，来到今循化境内定居下来。他们和藏族及汉族通婚，但没有改变伊斯兰教的风俗习惯。由于宗教信仰和风俗习惯相近，周围回族便成为补充撒拉族新血液的又一主要来源。撒拉族先民初来循化之时，人口大约数百人至千人，据明朝张雨《边政考》卷9记载，到嘉靖年间，撒拉族人口已达“男妇一万名口”，约2000多户，形成一个稳定的穆斯林少数民族共同体。
保安族，亦称“保安回”，自称“保安”。主要聚居于甘肃河州(今临复)积石山一带。比东乡族形成稍晚，是由信仰伊斯兰教的东乡、撒拉、回族等与藏族、土族、汉族等民族通婚繁衍形成的一个民族。明朝万历年间在同仁隆务地区设置“保安营”，修建“保安堡”，置都指挥管理同仁十二工(相当于乡)。当时的保安人，主要聚在隆务河畔的保安城、下庄和尕撒尔三处，时称“保安三庄”，保安的地名借此发展为民族名称。约在清朝咸丰、同治年前后，保安人两度迁徙，定居于积石山下的大河家地区的大墩、梅坡和干河滩，仍沿旧习称做“保安三庄”。