二、内地经堂教育和汉文着译活动的出现
明代“转相化导”的伊斯兰教政策，使按儒家礼制办事受到鼓励，而使坚持按伊斯兰教信仰和风俗习惯行事的穆斯林受到舆论非难。面对日渐沉重的社会压力，在不满和愤慨之后，回族穆斯林内部的一些有识之士，开始寻求一种既能保持自身固有的伊斯兰文化传统，又可以让教外之人明了理解并能容忍接纳伊斯兰教的有效办法。除了上述社会原因外，回族穆斯林内部对寻求伊斯兰教自立图存之道的要求亦十分迫切。首先因为回族还没有自己固有的培养宗教人才的制度，宗教职业者只有靠外来的伊斯兰教学者及其后代充任，明代中叶实行海禁以后，来华的伊斯兰教学者越来越少，各地清真寺普遍出现有宗教知识素养的掌教阿訇后继乏人的现象。其次，由于以往传播和接续伊斯兰教只靠“祖习、风俗、自性”和“家传口授”，不习学经典和研究教义，也不进行对外宣传，往往出现有时需要利用伊斯兰教教义而教义不彰的窘困。再次，由于汉语已成为回族的共同语言，而伊斯兰教的经典仍然完全是阿拉伯语、波斯语的现象，穆斯林不能读懂经文，造成“教道久湮，人心厌弃”，引起了严重的信仰危机。在这样的社会背景下，兴办教育，培养适合穆斯林社会需要的宗教人才，成为伊斯兰教发展的急切需要，以经堂教育为主要形式的中国穆斯林宗教教育便在明末应运而生。经堂教育的发展，使一部分有事业心的经师产生探求伊斯兰教经文真义和用汉文进行详细解释，把经文课程讲深讲透的要求，形成了讨论和研究伊斯兰教教义的学术新风气。这样，继经堂教育倡兴于西北并逐渐扩散到全国回族地区之后，在经济和文化发达的东南地区，穆斯林学者开始用汉文着译伊斯兰教教义。
经堂教育的首创者为陕西咸阳渭城人胡登洲(1522～1597年)。他幼习儒书，后从名师学习伊斯兰教经籍。胡登洲目睹当时关中伊斯兰教“经文匮乏，学人寥落，既传译之不明，复阐扬之无自”（建修胡太师祖佳城记碑中国穆斯林，1981，（1）），慨然立志办学，在家中招收弟子，开始传习经典，栽培新一代伊斯兰教学人。他的做法，为回族同胞所认可，各地清真寺纷纷开始兴办经学，学生的费用由教坊内穆斯林分摊。经堂教育在全国回族地区推广后，形成了固定的教材即“十三本”大经，也产生了各具特点的不同学派，中国伊斯兰教宗教学术活动由此得到开展的同时，还为广大穆斯林的信仰活动和风俗习惯需要提供了一批批合格的宗教职业人士。
随经堂教育兴起而产生的汉文着译活动，和经堂教育一样，属于明代后期伊斯兰教史上的大事。汉文着译的作品范围比较广泛，举凡伊斯兰教的哲学思想、历史、人物传记、典礼制度、民常习俗、语言文字等方面的内容皆有涉及，这是中国穆斯林在伊斯兰文化方面的创造性活动。汉文着译的许多作品看起来只是国外伊斯兰教经籍的翻译和注释，但不少地方是根据中国特点，吸收中国传统文化养料后的一种重新创作。
当时，经堂教育力求培养“经政兼通，回而兼儒”的伊斯兰教职业人才；汉文着译则是穆斯林学者的“以儒诠经”活动，即以儒家传统思想来阐述伊斯兰教义的一种尝试。回族思想文化领域发生的这些变化，表示明代伊斯兰教出现了新的特点，即穆斯林顺从中国传统主体文化的要求，使自己的信仰与中国传统文化相融汇的一种倾向。其实，由于明代伊斯兰教政策的导向作用，上述伊斯兰教的新特点，除了反映在教义思想、教育制度方面的变化外，也反映在回族宗教生活与礼仪制度的变异方面。例如西北回族伊斯兰教派中的有些教派主张将儒家修身养性与释道中清心修炼的内容体现于宗教功课中；一些苏非主义教团根据中国封建宗法社会的现实，也开始建立宗法家族统治，实行教主世袭制与集权专制；在礼仪习俗方面，穆斯林在丧礼中开始穿白戴孝，建树汉字墓碑，把开斋节称为“过年”，建筑清真寺也多采用汉式殿宇样式等。但上述倾向的出现，没有也不可能改变穆斯林对伊斯兰文化的基本价值观念。从这个意义上说，明朝政权的伊斯兰教政策虽然达到了抚治利用伊斯兰教和穆斯林的现实要求，但没有实现同化穆斯林的最终目的。
三、伊斯兰教在新疆维吾尔等族中的新发展
在东察合台汗国积极推行伊斯兰化的秃黑鲁·帖木儿汗死后，察合台汗国再次发生动乱。杜格拉特部埃米尔因不满秃黑鲁·帖木儿任命其幼侄忽歹达为“兀鲁思别乞”(即埃米尔之首)，遂屠杀汗宗室18个子嗣，篡夺汗位。直到1388年，秃黑鲁·帖木儿幼子黑的儿火者即位(1383～1403年)，才恢复了察合台家族对汗国的统治，他建牙帐于别失八里(今吉木萨尔境内)，故《明史》称其为别失八里王。黑的儿火者汗是一个虔诚的穆斯林，他于(1392～1393年间)用武力归并了哈喇和卓和吐鲁番地区，当地居民皈信了伊斯兰教。从此，这一地区便成了“达尔·伊斯兰”(伊斯兰地区)。后来他又继续向明朝管辖的哈密等地进发，但被明军击败并中箭身亡。1407年，黑的儿火者汗之子穆罕默德继汗位(1407～1415年)，屡屡遣使与明朝修好。他是一个热诚的穆斯林，在汗国内的蒙古人中强制推行伊斯兰教，如蒙古人“不缠头巾，他就要用马蹄铁钉钉入这个人的头中”（拉失德史乌鲁木齐：新疆人民出版社，1983，1：233）。因此他在位期间，新疆的绝大多数蒙兀儿部落都皈依了伊斯兰教。这些蒙古人成为穆斯林后，在与当地的维吾尔人通婚和长期交往中，生活习惯及语言等逐渐维吾尔化，最后融合于维吾尔族中。穆罕默德汗的儿子乌韦斯汗(1418～1434年)对宗教也非常热忱，因为他禁止蒙兀儿人攻击穆斯林，所以便派兵征讨异教徒喀耳木，也就是北疆的瓦剌人。吐鲁番地区信奉伊斯兰教后，据《明史》记载，14世纪末哈密仍“种落杂居，一曰回回，一曰畏兀儿，一曰哈剌灰，其头目不相统属”。这里所说的“回回”，指已信仰伊斯兰教的维吾尔人，“畏兀儿”则是尚未信仰伊斯兰教的维吾尔人。说其“头目不相统属”，是因为15世纪以前哈密的维吾尔人中既有穆斯林，也有佛教徒，另外也表明当时哈密已有伊斯兰教传入，但未占统治地位。15世纪末，信仰伊斯兰教的吐鲁番兴起后，多次侵占哈密，佛教势力在其打击下日渐衰落，为此，明朝曾与吐鲁番地区断绝往来关系，后来明朝因疲于应付，自嘉靖八年(1529年)以后不再过问哈密的事。到16世纪初，伊斯兰教在哈密取得压倒性优势，新疆的维吾尔人，至此全部皈依了伊斯兰教。这件事实说明，伊斯兰教自10世纪初传入喀什，经过6个多世纪的发展，终于在全疆各地取代佛教，成为在新疆占统治地位的宗教。伊斯兰教当时作为联结和壮大民族群体的社会纽带，对维吾尔族的发展起了重要的作用。
明代中后期，在天山以北的伊犁河谷和中亚草原游牧区，伊斯兰教也逐渐占据优势。15世纪时中亚近代的各个民族还没有完全形成，但已经有了形成这些民族的前提条件。其一，13世纪中叶，从金帐汗国中分离出来的白帐汗国，以哈萨克人为主体，沿锡尔河沿岸建筑了许多城镇，许多人因从事手工业、商业而开始定居，使伊斯兰教得以迅速传播，清真寺和经文学校也相继建立。15世纪中叶，由克烈汗和贾尼别克汗统率，哈萨克人在楚河、塔拉斯河流域建起哈萨克汗国，这时伊斯兰教信仰便真正在哈萨克人中占据优势。至头克汗时期，伊斯兰教已成为汗国的国教，如由他主持制定的《七项法典》规定“侮蔑真主者，经七人证明属实判死刑”，还规定“如背叛伊斯兰教而信奉基督教者，要没收其所有财产”。其二，从15世纪以来原游牧在叶尼塞河上游的柯尔克孜人先民(清代称乞儿吉思)的活动区域逐渐扩展，一部分人来到阿克苏一带进行游牧。当时伊斯兰教在天山南北已有很大影响，在察合台汗国伊斯兰教文化氛围的熏陶下，他们也开始接受伊斯兰教。其三，15世纪及16世纪初以来，从中亚白帐汗国分离出来的一部分乌孜别克族牧民，在昔班尼汗率领下南下进入农业区，与当地使用突厥语的各部落居民融合，逐渐形成乌孜别克人，乌孜别克人的先民早在乌孜别克汗国时期已改宗了伊斯兰教。到18世纪中叶后，不少乌兹别克人因经商等原因东迁新疆喀什、叶尔羌、阿克苏等南疆一些城镇和北疆的伊宁，成为中国又一个信奉伊斯兰教的民族。其四，操伊朗语的塔吉克族，是古代雅利安人的后裔。15世纪以来他们逐渐接受伊斯兰教，但由于各突厥部族在中亚政治上占优势，他们渐渐被排挤到边远区域。生活在帕米尔山区的塔吉克人，受周围民族文化影响，已被突厥化。其五，新疆的塔塔尔族，是被突厥化的蒙古人后裔，早在13世纪至14世纪金帐汗国时期就改信了伊斯兰教。19世纪中叶前后，不少塔塔尔人也因为经商等原因从中亚的喀山、斋桑等地移居到北疆的伊宁、塔城等地。
第四节新疆地区叶尔羌汗国的伊斯兰教
明代中后期由东察合台后裔在新疆建立的叶尔羌汗国，其统治阶级在血统上虽然属于成吉思汗的后裔和蒙古部落尕豁剌惕部成员，然而他们的信仰、生活方式、心理和文化特征由于其在天山南部居住久远，已经与当地的民族差别不大。尤其是居住和统治塔里木盆地维吾尔地区的这一部分人，在生活上已经逐步与维吾尔族融合并信仰伊斯兰教。由于这种情况，叶尔羌汗国的政治演变和思想文化遂成为维吾尔族历史中的一个组成部分，从而在新疆伊斯兰教发展中具有重要地位和研究价值。
一、叶尔羌汗国的建立和伊斯兰教发展情况
东察合台的乌韦斯汗于1428年去世后，两个儿子展开夺权斗争。结果长子羽奴思被逐出汗国，次子也先不花登上汗位。但不久汗国发生内讧，羽奴思在撒马尔罕统治者支持下，返回东察合台汗国，在西部地区称汗，也先不花只控制着蒙兀儿斯坦东部和天山以南的阿克苏及其以东地区。1462年也先不花去世。儿子朵思忒马黑麻继位时间不长也死去，留下一个年幼的儿子被部属挟持到吐鲁番。此时，羽奴思趁机占领了阿克苏，但他本人很快返回塔什干农业地区，一些部下则拥这位可汗的少子阿黑麻逃往蒙兀儿斯坦，经过10年奋斗，统一了蒙兀儿斯坦各部，在汗国东部称汗，在吞并畏兀儿地区后，把吐鲁番作为首都。1487年羽奴思去世后，其长子马合木在塔什干嗣位，后来在内部倾轧中失败后投奔外人时被杀。
阿黑麻汗和马合木汗去世后，满速儿成为整个汗国的可汗，都城仍设在吐鲁番。1514年，满速儿汗的弟弟赛义德由中亚率军进入新疆，先后攻占了喀什噶尔、英吉沙、叶尔羌、和田等地，统一了塔里木盆地西部，后又将其势力伸展到北疆，建立了一个新的政权。这时，在东察合台汗国内出现了两个政权并存的局面。1516年两位可汗在阿克苏和库车之间会晤，满速儿表示臣服于赛义德，形式上完成了汗国的统一，也使新疆大部分地区归于统一。这个以喀什噶尔为中心的伊斯兰封建汗国，史称“赛义德王朝”或“喀什噶尔汗国”，后因其统治中心移至叶尔羌(今莎车)，又称“叶尔羌汗国”。1533年赛义德汗去世，其子阿不都·拉失德嗣位。米尔咱·马黑麻·海答尔撰写的历史名着《拉失德史》(又称《中亚蒙兀儿史》)，就是在他执政期间完成，并以他的名字命名。