由于东察合台汗国长期分裂，战争频仍，天山南北的经济遭到严重的破坏。赛义德汗建立新王朝后，识时务顾大局，注重汗国的安定和提倡发展生产力，在汗国统一的基础上创造了和平的社会环境，给广大穆斯林提供了一个休养生息的机会，使凋敝的经济、文化得以复苏。叶尔羌汗国前后共延续166年(1514～1680年)，经历11代汗的统治，它的经济有过停滞不前的时期，也有过繁荣发展的时期。赛义德汗和拉失德汗统治期间，是汗国建立后第一个繁荣阶段。赛义德汗登位后看到前任统治者徭役苛重，征敛无度，于是下令豁免10年赋税，使汗国的经济很快得到恢复。当时叶尔羌绿洲上村庄密集，叶尔羌城内有巨大的集市，手工业、商业都很发达。拉失德统治时期，该城又进一步商业化，大街长达10里，到集日时“货若云屯”，“人如蜂聚，奇珍异宝，往往有之，牲畜果品，尤不可枚举”（西域闻见录：卷二），和许多外族外邦有贸易往来。其他如喀什噶尔回城、阿克苏、哈密等城也极为繁盛。在经济起步的基础上，叶尔羌汗国时期的维吾尔文化也有巨大发展。关于东察合台汗国和叶尔羌汗国的重要史书《拉失德史》《编年史》在这时先后问世，音乐舞蹈尤其得到空前的发展，维吾尔族的大型古典音乐《十二木卡姆》就是在叶尔羌汗国时期经过加工定型的。
在这样的社会背景下，伊斯兰教也获得明显的发展。叶尔羌汗王奉伊斯兰教逊尼派为国教，伊斯兰教渗透到维吾尔族社会生活的各个方面。这一时期，苏非主义教团(新疆地区别称依禅派因其首领被尊称为“依禅”即阁下、大师而得名)得到迅速扩大，教团首领掌握着众多的经济特权和穆里德(即信徒)，是该汗国伊斯兰教影响扩大的第一个标志。其主要表现是他们在天山南部地区占有大量的瓦克夫土地(用以表达伊斯兰教寺院占有土地的一个专用术语)。叶尔羌汗国时期，政治斗争的需要抬高了依禅派的地位，由汗国赐给的瓦克夫土地数字迅速增大。热西德执政时(1533～1570年)，喀哈里克(今叶城)被划归穆罕默德·谢日夫家族所有。叶尔羌汗国中期，整个喀什噶尔地区一度划归伊斯哈克·瓦力所有。15世纪至17世纪依禅派占有的瓦克夫土地，作为当时土地所有制的基本形式之一，成为维吾尔地区农奴制的主要支柱。
叶尔羌汗国时期伊斯兰教影响扩大的第二个标志是热衷于麻扎崇拜。和卓、依禅大量涌入新疆的叶尔羌汗国后，形成新疆历史上第一个麻扎朝拜高潮时期。和卓、依禅虽然不是麻扎朝拜的始作俑者，但狂热朝拜麻扎并使之蔚成风气的却是他们。在他们的推动下，麻扎在伊斯兰教中的地位不断上升，朝拜麻扎逐渐成为新疆穆斯林宗教生活中的一个重要组成部分。16世纪初，买合杜木·艾扎木和卓家族进入新疆，并从阿尔西丁和卓家族手中夺取了大部分地区的宗教管辖权。出于宗教的热忱和利用宗教维护其统治地位的需要，历代汗王都聘请和卓当顾问。和卓们去世后，汗王们不惜重金为他们修建豪华的麻扎，并在麻扎旁为自己修建豪华的陵墓。买合杜木·艾扎木和卓家族后来分裂为白山派和黑山派后，两派都把麻扎作为重要工具来争夺教民和统治权。他们一方面斥巨资修建麻扎，扩充陵园；另一方面极力神话本派的麻扎，要群众把其当做圣地去朝拜。黑山派在其势力较大的莎车，建立了以和卓夏迪和达涅尔的麻扎为中心的麻扎基地，即今阿勒通麻扎；白山派则在其势力中心喀什，建立了以和卓玉素甫(阿帕克和卓之父)麻扎为中心的麻扎基地，即现今阿帕克和卓麻扎。在叶尔羌汗国时代，麻扎还成为和卓、依禅夺权争利的重要工具。据穆罕默德·萨迪克撰《和卓传》记载：当黑山派首领和卓萨迪去世之后，内部陷入沉痛和混乱之时，白山派和卓玉素甫为了乘机瓦解对方，冒着风险前往黑山派的大本营叶尔羌向萨迪的麻扎进行祈祷。玉素甫此举大获人心，当时叶尔羌汗和许多群众开始对他崇拜而舍弃了萨迪的儿子们。
叶尔羌汗国时期伊斯兰教影响扩大的第三个标志是宗教教育的空前发展。早在10世纪上半期萨图克·布格拉汗在位时期，就在喀什噶尔建立了中国伊斯兰教史上第一所高等经文学院“萨吉耶麦德里斯”。历经西辽、蒙古、察合台汗国到叶尔羌汗国时期，社会经济相对稳定，历代汗王都从国库拨款修建经文学院，在首府叶尔羌及喀什噶尔等地都建有经文学院。在叶尔羌有“赛义德麦德里斯”“额什丁麦德里斯”“罕力克麦德里斯”“加航麦德里斯”等10余所。在喀什噶尔，除对原来历史悠久的“罕力克麦德里斯”“阿克麦德里斯”重修外，又于1522年新建了“米尔咱·海答儿麦德里斯”，1630年修建“沙克耶麦德里斯”，等等（陈国光对新疆伊斯兰教的历史回顾世界宗教研究，1991，（2））。上述经文学院都具有一定规模，课程设置上不仅有阿拉伯语、波斯语、经注学、教义学、教法学、伊斯兰教史，而且还有逻辑学、阿拉伯语法和苏非派名家诗集及伊斯兰哲学家的作品。形式上是一种宗教教育，实际上同时具有世俗教育的性质和职能。叶尔羌汗国的经院教育，不仅培养了大批宗教职业人才，还抚育出《拉失德史》作者米尔咱·马黑麻·海答儿，《和加伟人穆罕默德传》的作者、叶尔羌着名苏非派诗人穆罕默德·斯迪克·翟利里等一批优秀人才。经文学院还促进了维吾尔文书法中的楷书、草书和艺术体等多种书法形式的发展，涌现出如赛义德汗、拉失德汗，以及《拉失德史》作者这样一批书法名家。在经文学院里，还专门传播医学知识，并将波斯文大型医书译成维吾尔文。
二、叶尔羌汗国中和卓势力的兴起
随着伊斯兰教影响在维吾尔族中的扩大，伊斯兰教教义日益深刻地渗透进维吾尔族社会、经济、文化及生活的各个方面，在16世纪的叶尔羌汗国中出现了一种新的伊斯兰教贵族势力——和卓势力。和卓一词系波斯语音译，亦译做“和加”“贺加”“霍加”“火者”等等，意为“显贵”或“富有者”。在中亚和新疆地区，则用于专指具有伊斯兰教贵族身份的“圣裔”。具有圣裔身份的，除和卓外还有“赛义德”。据目前传世的所有新疆和卓世系来看，他们都自称是先知穆罕默德嫡传，即其女儿法蒂玛同第四任哈里发阿里的后裔。这些所谓“世系”其实是缺乏依据的。和卓分成两大系统：一是和卓赛·阿塔系统，拥有证明其为圣裔的证书，二是和卓朱巴里，他们遗失了证书，只是靠传统与声誉来树立自己的和卓身份。这就给一些上层人士以可乘之机，“和卓”的名称成为某些人抬高身份的标志，如秃鲁黑·帖木儿汗的儿子黑的儿，就有一个“火者”的头衔。叶尔羌汗国的建立者赛义德汗，也有一个“赛义德”的头衔，其实他们都是地道的蒙古血统。
来自中亚地区的和卓都属于苏非派，其历史悠久，故中亚素有苏非派“大本营”之称。苏非派以神秘主义为主要特征，传入中亚后又吸收当地原有宗教，形成一些地方性宗教派别。13世纪后，和卓利用宗教势力逐步控制了中亚各地的政权，他们主要利用传教机会接近最高统治者。当时新疆的社会条件和环境与中亚相似，故而也成为和卓们觊觎的理想目标。引导东察合台汗王秃黑鲁·帖木儿皈依伊斯兰教的贾马里丁和阿尔西丁和卓父子，就是这样进入汗国最高统治层的，后来连官员的任命、汗位的继承都要得到他们认可，从而操纵了东察合台汗国的政治。
1533年赛义德汗去世，拉失德汗继位后，试图摆脱阿尔西丁和卓家族的控制，并从中亚请来赛兰人穆罕默德·谢里夫和卓，被汗王尊为宗教导师。1565年穆罕默德·谢里夫去世后，拉失德汗在叶尔羌为他修建了豪华的麻扎。在穆罕默德·谢里夫还在世期间，苏非派纳合西班底教团的第五代领袖，麦赫杜姆·阿扎姆来到喀什，以“圣者”身份调解叶尔羌汗国与月即别——哈萨克部的冲突。他在喀什博得统治者的优待，收到馈赠的大片土地，但未能完全施展抱负，不久返回中亚。麦赫杜姆·阿扎姆在1542年去世后，其家族为争夺继承权出现分裂。对峙的一方是其长子、号称“依禅卡朗”的穆罕默德·伊敏，另一方是他的幼子、穆罕默德·伊敏的同父异母弟弟伊斯哈克。最后，由穆罕默德·伊敏继承了其父在中亚的事业。1570年(一说1565年)拉失德去世后不久，叶尔羌汗国发生了动乱和内讧。他的合法继承人是次子阿不都·克里木汗，但未得到其他几位兄弟的承认。阿不都·克里木汗为了巩固自己的地位，学习父亲的办法，向中亚继承父业无望的伊斯哈克和卓发出了邀请。但双方的合作并不如愿，伊斯哈克后来奔走于南疆各地，从事发展教徒的活动，历时12年而成为库车、阿克苏以西地区伊斯兰教的精神领袖。1592年，据说他在梦中向阿不都·克里木汗启示了阿不杜拉汗准备偷袭喀什噶尔的情报。事后，喀什噶尔被划归为他传经布道的地盘，并握有向英吉沙、叶尔羌、和田等地委派教团首领的权力。自16世纪末到17世纪中期，伊斯哈克的门徒乌什图尔哈里发，及其次子和卓萨迪克，先后在汗国宫廷担任宗教导师，并拥有大量瓦克夫土地。1605年前后，伊斯哈克返回撒马尔罕，并死于那里。去世前指定次子和卓萨迪克为继承人。
伊斯哈克死后不久，其兄长穆罕默德·伊敏的儿子优素福和卓也前往新疆，遂把他们家族中两派在中亚的分歧和斗争引入新疆地区。当时叶尔羌汗国的汗王阿布都拉汗属于伊斯哈克派的信徒，他与长子尧乐博斯不和，便派他任喀什噶尔的统治者。优素福和卓随即到喀什噶尔投靠了尧乐博斯，取得了当地宗教首领的地位，继而向伊斯哈克次子和卓萨迪克的大本营——叶尔羌进行渗透。萨迪克去世后，优素福和卓又甘冒风险去朝拜其麻扎，争取大批信徒。虽然阿布都拉汗曾一度倾向于优素福和卓，但伊斯哈克派在叶尔羌终究具有雄厚的势力，遂迫使汗王宣布将优素福和卓逐出叶尔羌和喀什噶尔。尽管这一时期和卓之间的斗争焦点仍然是以非武力方式争夺信徒和世俗统治者的支持，但随着两大集团，即“白山派”(伊斯哈克和卓集团)和“黑山派”(穆罕默德·伊敏和卓集团，即依禅卡朗集团)的逐渐形成，流血斗争也随之展开。从表面上看，白山派和黑山派，同属于苏非派的纳合西班底教团，在宗教观点方面是一致的，仅在宗教礼仪方面略显差异，如白山派主张默诵赞词，黑山派以高念为贵。但实质上，他们各自拥有自己的势力范围、宗教首领和信徒，双方的目的都是为了争夺宗教统治权。
优素福和卓被逐后前往哈密，其和卓身份使他仍然受到当地苏非首领的欢迎，并将女儿嫁给他，生下了孩子。其中一个伊达耶图拉，就是后来的阿帕克和卓。据《阿帕克和卓传》述，优素福和卓从中亚直接先来哈密，生下阿帕克和卓后才前往喀什噶尔，被逐后于1622年死在叶尔羌与喀什噶尔之间的托合鲁克，“当时赛义德·阿帕克只有十八岁”，被迫流亡哈密、吐鲁番，还到了兰州和“撒拉城”。叶尔羌汗国发生动乱时，阿帕克和卓前往喀什噶尔。经过20多年苦心经营，形成了名为“伊西克耶”的分支教团。1668年阿帕克和卓支持喀什噶尔统治者尧乐博斯发动反对其父王的叛乱，迫使阿布都拉汗将汗位让给尧乐博斯。尧乐博斯即位后，将汗国的一切事都交给阿帕克和卓。阿帕克和卓随即对黑山派进行残酷的镇压，使整个社会陷入一片恐怖和混乱之中。1670年，南疆黑山派信徒举行暴乱，杀死了尧乐博斯汗，将其弟弟伊斯美尔扶上汗位，阿帕克和卓被逐出天山南路。阿帕克和卓曾纠集党羽发动反对伊斯美尔和黑山派的暴乱，但遭到失败。阿帕克和卓再次出逃，辗转克什克尔、中亚和甘宁青地区，最后不惜向西藏达赖喇嘛求援，利用他对当时天山北部准噶尔部统治者噶尔丹的影响，写信要准噶尔部帮助自己“重建政权”。对南疆早有鲸吞之意的噶尔丹很快发兵12万，于1678年侵入喀什噶尔，将伊斯美尔汗及其亲属掳往伊犁，历时166年之久的叶尔羌汗国遂告灭亡。
从以上材料可知，自16世纪麦赫杜姆·阿扎姆等依禅派入疆以后，新疆伊斯兰教的历史主线条，主要是苏非教团，即依禅派的传播史。大大小小的和卓控制着依禅派的活动，进行着反复不已的争权斗争，使新疆社会长期动荡，社会经济发展受阻。由于和卓势力的蔓延违背了历史进步的潮流，违背了国家统一的总趋势，因而终究要走向没落、衰亡。