明末清初，政治上天崩地裂，思想上再度解放，科学上峰回路转，文化上中西碰撞集于一体，呈现出一幅社会大变动的活跃景象。清朝作为中国历史上继元代以后第二个由少数民族建立的多民族统一王朝，十分重视协调与其他民族的关系，并注意恢复少数民族居住地区的社会经济，以加强周边少数民族对中央政权的向心力，巩固其统治地位。以满族贵族为主，联合汉族上层和蒙古贵族而组成的清朝政权，虽然最终不能摆脱在忠于大清名义下逐渐抬头的大汉族主义影响，但在清朝前期，几代统治者对“华夷之别”一类的观念却极为敏感，在处理民族宗教事务时，对大汉族主义保持着一定戒心。因此，清朝政权非常重视其他民族，尤其是周边少数民族的宗教信仰和传统习俗，并以尊重和宽容的态度，来达到对其他民族的怀柔羁縻。清朝的宗教政策，突出表现在利用喇嘛教作为精神工具以统治广大蒙藏人民。清朝政权对待伊斯兰教，虽然没有像对待喇嘛教一样给予那么高的政治礼遇和经济特权，但根据其民族宗教基本政策和穆斯林在清代经济社会生活中的影响和地位，在要求穆斯林服从其统治及遵守其律令制度的前提下，采取了不仅允许其存在发展，还给予适当尊重的宽容政策，即“齐其政而不易其俗”。当然，这种政策有很大的局限性，就跟清朝对待喇嘛教的政策一样，在宽容的另一面，是一定的约束和限制。在清朝前期，统治阶级对新疆伊斯兰教给予了格外的注意，对不服政令、制造分裂的大小和卓进行了严厉打击，并在新疆维吾尔穆斯林地区实施了政教分离的治理策略，从而实现了新疆的统一。由于清朝前期在执行伊斯兰教政策时比较注意“齐其政”与“不易其俗”的内在统一，因而穆斯林的宗教信仰和风俗习惯得以保持，伊斯兰教在中国的发展得以继续进行，并呈现出一些新的特点。
第一节清代伊斯兰教政策产生的社会背景
清朝政权的伊斯兰教政策，自有其具体针对目标和特殊性，但作为封建统治阶级民族宗教政策中的一个重要组成部分，它的产生，和清朝对待其他少数民族的态度关系极大，与当时各民族穆斯林的实际状况和在社会上的影响也有重要关系。
一、清朝政权处理民族问题的基本方针——“德足绥怀，威足临制”
1626年，后金政权的创建者努尔哈赤去世。1635年皇太极将族名由女真改为满洲，翌年，皇太极继帝位，定国号“大清”。1644年清兵入关，打败李自成、张献忠率领的农民起义军，推翻南明政权，建立起清政府对全国的统治。康熙帝玄烨8岁即位，1667年14岁亲政后，革弊兴利，施行新政。1673年，20岁的康熙帝调兵遣将，兵分三线阻击叛军，经过8年战争，削平了“三藩之乱”，使国家避免了分裂混乱局面。康熙二十九年(1690年)，厄鲁特蒙古准噶尔部博硕克图汗噶尔丹率大军进逼北京，康熙帝又组织分兵合击，于乌兰布通一战打败噶尔丹。康熙三十五年(1696年)，清军在昭莫多彻底击溃得到沙俄支持再次来犯的噶尔丹主力，噶尔丹被迫“饮药自尽”。从此，漠北获得安宁，清朝统治进一步巩固。乾隆帝弘历继承先祖勇于进取的总方针，屡次用兵，兼行招抚，使大清国版图不断扩大和巩固，周边许多原在“王化之外”的少数民族地区，归隶清朝政权的管辖。
至清朝前期，中国当代民族的分布格局基本奠定。东北地区的少数民族主要有满、蒙古、达斡尔、鄂温克、鄂伦春、赫哲、锡伯等族。在西北地区的少数民族主要有畏兀儿（即维吾尔）、回、东乡、撒拉、保安、土、裕固、哈萨克、布鲁特(即柯尔克孜)等族。清代中后期部分乌兹别克、塔塔尔、塔吉克、俄罗斯族陆续迁入新疆地区。在西南地区的少数民族主要有藏、白、彝、傣、拉祜、哈尼、景颇、傈僳、阿昌等族。在中南东南地区长期居住着苗、瑶、壮、侗、布依、黎、土家等十几个少数民族。居于台湾岛上的高山族，于1683年清统一台湾后，根据社会发展情况不同，被称之为“生番”和“熟番”。
为了加强对少数民族的有效管辖，增进全国的统一，清朝前期历代执政者在勇于进取之外，还善于利用其他民族的力量，以达到自己的目的。他们在民族及其与此关系极为密切的疆域问题上，通过思索与总结，归纳出了“德足绥怀，威足临制”的基本方针。乾隆十二年(1747年)五月十六日，乾隆帝下谕征讨金川时，对此作了阐述：“朕思此等苗蛮，虽属化外，而叛服靡常，端由办理不善。如但谓得其人而不足臣，得其地而不足守，比之禽兽虺蛇，亦何防听其涵孕卵育并生宇宙之间，而此等蜂屯蚁聚之众，果可置之度外乎！……若但来则应之，去则弗追，试思十至而十应，何如以十应之劳用之于一举，毁穴焚巢，芟除荡涤之为愈也。稽之前事，如汉之马援、诸葛亮，蛮中至凛其遗烈，既前明韩雍、王守仁辈，亦能震之兵威，群蛮胆落，坐收一劳永逸之利。近日滇黔古州等境，皆成乐土，具有明效，川省诸番，亦当加意经画。况我朝天威，无远弗届，即蒙古四十八旗，自古所不臣，何尝不在五服要荒之外，而奉令守藩，输诚内向，守辑至今。可见含齿断发之伦，断无不可化诲，惟在德足绥怀，威足临制，得柔远之道耳！”（清高宗实录：卷二九一）由此可见，在清朝执政者的心目中，只要是以“无边弗届之天威”为基础，坚决实施“德足绥怀，威足临制”的民族总方针，就能“化诲”那些“含齿断发之伦”，使“自古所不臣”的蒙古各部及“向在王化之外”的“西南诸夷”都成为清朝的臣民，或“奉令守藩，输诚向内”，或“改土归流，悉成乐土”。
在获得以往经验的基础上，清朝政权将这种恩威并用的“德足绥怀，威足临制”的治理民族问题的总方针，针对不同民族的不同实际，制定出各项具体的民族政策。例如对满族自身，实行“满洲根本”的基本国策，首先是优遇满洲王公大臣，其次是抚恤八旗兵丁。对汉族，实行抚纳政策，在经济上采取对汉族地主有利的措施，在政治上笼络汉族官僚，调整汉官的级别，在思想文化上则崇奉孔子，提倡理学。对蒙古族，则给以多种优遇，以便“属守藩卫”。对维吾尔族，采取安抚回疆政策，以保证清廷在那里的统治地位。对藏族，在允许其上层拥有较大的自治权外，明确规定了西藏是清朝政府直接管辖的一个地区。对南方诸族，则推行“改土归流”的政策。在清朝政权的民族政策中，对少数民族的宗教政策富有特色，关于这个问题将在下一部分专门论述。
清朝政权对民族问题充分重视的表现之一，是设立专门民族管理机构。唐宋时代中央政府都设鸿胪寺掌管国内少数民族事务。元代在中央由礼部“会同馆”掌管“接待引见诸番蛮夷峒官之来朝贡者”，在地方，则由各行省管辖所征服的少数民族地区。明代恢复设立鸿胪寺，并设过“九关通事”、“外夷通事”等官，掌管少数民族事务。明廷中央还设“提督四夷馆”，掌国内外各种民族文字的“译书之事”。清朝中央也设鸿胪寺，但只管“朝会，宾飨赞相礼仪”，不管民族事务。为了表示对民族问题的重视，清朝于六部之外，设置一个职位与六部相等，专管民族事务的理藩院。理藩院下属的六个机构中，其徕远清吏司，“掌回部扎萨克、伯克岁贡年班”，并掌回城卡伦外各民族的职贡；其理刑清吏司，“掌蒙古、番、回刑狱诤讼。”（清史稿：职官二）
清朝政权对民族问题充分重视的表现之二，是对民族地区管理制度“因俗而治”，但加以统管，即“齐其政”。地方行政区域分为省、府(州、厅)、县三级。同时，清朝还“自畿辅达各省，东则奉、吉、黑，西则回、藏，北包内蒙古，分列将军、都统及大臣镇抚之”。清朝对少数民族地区的统治，除西南各省已实行“改土归流”“代以汉官”的地区外，大都采取了不同于内地府州县制的组织。在穆斯林聚居的新疆维吾尔族地区，在清朝统一新疆后，就沿用当地原有的伯克制。各城设阿奇木伯克等官。阿奇木伯克为伯克中最高的官制，“掌综回务”；其次为伊克罕伯克，“掌赞理回务”；再次为噶杂拉齐伯克，“掌地亩粮赋”，还有商伯克、哈资伯克等等。各城的伯克都听命于清廷派驻的驻防大臣。
清朝政权对民族问题充分重视的表现之三，是把民族立法作为治理民族问题的大事来抓。清太祖努尔哈赤就积极推行对蒙古族和东北各少数民族的立法。清太宗皇太极主持制定了较为系统的《蒙古律书》。清朝政府入关后，又加紧推行对青海、西藏、回疆和南方各少数民族地区的立法。经过顺治、康熙、雍正和乾隆四朝皇帝的努力，基本实现了对中国境内各少数民族的全面立法。其中顺治、康熙、乾隆三个皇帝都通过颁布谕旨来制定一系列适用于少数民族地区的法规条例，而雍正皇帝则亲自确立了“从俗从宜，各安其习”的民族立法原则。嘉庆帝继承了先帝民族立法的事业，创立了定期开馆编纂法规的制度，《回疆则例》就是在这个时期编纂完成的。
由此可见，正因为有了清朝政权对民族问题的重视和所确立的“恩威相济”的总方针，才能在这个基础上产生对伊斯兰教“齐其政而不易其俗”的具体政策。
二、清朝政权对各种宗教的利用与限制
有清一代，封建统治阶级把宗教看做思想统治的重要工具，他们对各种宗教的态度，都带有一定的政治背景和明显的控制利用目的。例如他们始终认为民间宗教是所谓“邪教”，是动员人民群众起来反抗的重要组织形式，所以，对其发展蔓延一直采取严厉镇压的措施。但对汉族中流传的其他宗教，却仍然允许存在，并采取宽容的态度，尤其对少数民族信奉的喇嘛教，不仅给予很高的礼遇，还进行多方扶植与利用，但同时，也没有放松过对其进行限制与管理。
据说清初的几代皇帝都重视佛教，对禅宗颇有兴趣。清世宗雍正就以禅门宗匠自居，自号“圆明居士”，曾撰写《御选语录》19卷，意在向禅界“逐一指明”禅学。《龙藏》始刻于雍正，完成于乾隆。乾隆又组织人力将大藏经译为满文，费时18年。其时僧尼达34万人。但中国佛教封建时代的盛期已过，清代除教理上提倡儒佛道三教合一曾领一时风气外，再无新的发展。道光以后，佛教更为不振，佛教徒多致力于佛经的校刻与流通。清代统治者对道教也有所扶持利用，但远不如明代。开国之初的几代皇帝为笼络汉族地主一度对道教表示出关心。当时道教活动主要是在民间。但作为长生之术的鼓吹者，仍不时引起皇室的兴趣，一些道士也受到封赐。顺治八年(1651年)第52代天师张应京入朝，世祖颁赐敕谕，授袭正一嗣教大真人，掌理道箓，统率族属，给一品印。顺治十二年(1655年)又诏第53代天师张洪升袭封，并赦免龙虎山上清宫及天师府徭役。康熙时又授张继宗正一嗣教大真人，光禄大夫，赐银修葺龙虎山上清宫。雍正时诏55代天师张锡麟沿袭光禄大夫品级。但到乾隆年间，敕令天师从一品降至正五品。至道光间，又令禁止天师入宫，去“正一真人”封号。道教日益不受统治者重视，组织松弛，系统的教义几乎无人继承，越加渗透到民间信仰之中。关于天主教，明末意大利耶稣会教士利玛窦开创在华传教的第三个时期，他以传播科学为媒介，以天主教教义与儒家思想相融合作为传教方针，从而为天主教在中国的广泛传播奠定了基础。明末，全国约有天主教徒15万人。清初，汤若望、南怀仁、徐日升等传教士在顺治、康熙两朝赢得信任。到1700年，天主教徒已有30万人，并有了中国主教和神父。在陆续来华的传教士中，一再有人反对利玛窦的传教方针，干涉中国教徒参加“敬孔”和“祭祖”仪式，发生天主教史上的“中国礼仪之争”。1700年起，论争发展为罗马教皇与清朝皇帝的公开冲突，该年康熙皇帝声明，敬孔祭祖乃中国习俗，不含宗教意义。1704年，教皇坚持严禁中国教徒行中国礼仪。1715年，教皇发布《从这日起》通谕，重申不准中国教徒行中国礼仪的前禁，违者与异端同罪。康熙认为此举乃干涉中国内政，遂拘捕传教士，禁止传教。1742年，教皇本笃十四世重申1715年禁令，要传教士设法使中国教徒顺服教皇，清朝政权毫不退让，严禁传教直至1842年。在清廷禁教后的100多年间，教徒人数锐减，一些保持信仰的教徒通过参加地下宗教活动，使天主教依然存在。