边疆各少数民族，在长期的历史发展过程中，形成了各自的宗教信仰，特别是藏传佛教，俗称喇嘛教，16世纪后半期以来，喇嘛教的格鲁派(黄教)已传入蒙古族居住的地区，从此在蒙藏两个民族中得到普遍信仰，它渗透着蒙藏民族历史与社会特点，有着巨大传统影响和社会势力。尤其是喇嘛教首领往往左右着当地的政治形势，影响人心的向背，故此清朝政府欲将其作为控制蒙藏民族的政治工具，利用其特殊社会地位和巨大影响来号令蒙藏各部，并使之牵制蒙藏世俗贵族，用宗教教义“化导”“柔顺”蒙藏民族，达到维护封建统治的目的，不断“从俗从宜”地加以扶植和利用。但是为了防止喇嘛教势力膨胀而威胁到自己的统治地位，清朝政权在表示尊崇、优容的同时，也采取了一系列限制措施，并加强了对宗教的管理。
早在入关以前，皇太极即致书达赖喇嘛，宣布清朝崇敬佛教的政策，此后终清之世，始终没有改变。乾隆曾说：“兴黄教，即所以安众蒙古，所系非小，故不可不保护之。”（见承德市普乐寺藏(乾隆)《普乐寺碑文》。）嘉庆皇帝也说：“因蒙古崇奉喇嘛，最信黄教，因而加以保护，用示怀柔。”（《普陀宗乘之庙瞻礼纪事诗》自注，见《西藏图考》卷首。）清礼亲王昭裢连说得更加明白：“国家宠幸黄僧，并非崇奉其教以祈福祥也。祗以蒙古诸部敬信黄教已久，故以神道设教，借仗其徒，使其诚心归附，以障藩篱。”（啸亭杂录：卷十中华书局本）清政权为了扶植利用和限制管理喇嘛教，采取了以下措施。
(一)对喇嘛教领袖人物赐以封号，颁发金册金印，以示尊崇。1644年清王朝刚定都北京，即迎内蒙古章嘉活佛进京，封为国师并赐金册金印，让其掌管内蒙等处喇嘛教事务，借以加强对蒙古族上层的管理。顺治九年(1652年)，皇帝在北京隆重接待奉召来京的达赖五世。翌年，达赖五世返藏途中，清廷派官员往赐金册金印，封其为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”。康熙三十二年(1693年)，封哲布尊丹巴一世胡图克图为大喇嘛，在漠北蒙古广传黄教。康熙三十四年(1695年)，皇帝遣使册立五世班禅为班禅胡图克图。康熙四十四年(1705年)，封章嘉胡图克图为灌顶普慈广慈大国师，赐敕印，翌年又赏其金印。康熙五十二年(1713年)，诏封班禅胡图克图为班禅额尔德尼，如达赖喇嘛一样颁赐金印金册。雍正元年(1723年)，清政府决定对哲布尊丹巴胡图克图给以金印敕书，授为启法哲布尊丹巴喇嘛，世世永称呼毕勒罕名号。由于清朝政权的赐封，在蒙藏民族中形成了达赖、班禅、哲布尊丹巴、章嘉四大活佛系统，影响遍布蒙藏广大地区。但从另一方面看，行使对喇嘛教首领的封赠权，也就是公开宣布了清中央政府对喇嘛教的管辖权。后来，康熙曾明令废黜由第巴桑结树立的达赖喇嘛仓央嘉措，从而表明，喇嘛教的首领人物，可以像官吏一样，由清廷任命或罢黜。同时广封大喇嘛，以分其权，也是为了防止个别喇嘛教领袖的势力过分膨胀，因此采取“众建而分其势”的办法来加以削弱和抑制。例如达赖实际上只能主前藏，班禅主后藏，哲布尊丹巴胡图克图主喀尔喀蒙古，章嘉胡图克图主内蒙古，造成黄教大喇嘛并足分主教权的局面。
(二)允许和提倡广建寺庙。清朝统治者认为：“演教之地越多，则佛法之流布愈广，而番夷向善者愈众。”（雍正：惠远庙碑文）所以，这是利用喇嘛教的重要措施。1737年理藩院造册统计，西藏“达赖喇嘛所辖寺庙三千百有五十余所，喇嘛三十万二千五百有奇”，“班禅所辖寺庙三百二十七所，喇嘛万有三千七百有奇。”（西藏后记//小方壶斋舆地丛钞：第三轶）在内外蒙古地区各盟旗建立的寺庙，多则10余座，少则数座，总数以千计。仅北京就建有雍和宫、黄寺等17座，热河有溥仁寺等11座。清政府建造承德外八庙是利用宗教团结蒙藏各少数民族的重要措施之一，其作用仿佛是各民族的文化宫和宗教活动中心，如溥仁庙是蒙古建筑，为纪念蒙古王公贵族来祝寿而建立；安远庙是维吾尔建筑，是仿新疆固尔扎庙的格式建的；普陀宗乘之庙是藏式建筑，完全仿西藏布达拉宫而建的；须弥福寿之庙则是仿照日喀则的扎什伦布寺的式样建的。但是随着寺院增加，喇嘛人数不断增多，有的参与政务，如青海喇嘛在罗卜藏丹津之乱中，曾推波助澜，清政府开始考虑限制措施。据《清世宗实录》卷20，雍正初年年羹尧奏报，西宁各庙喇嘛“多者二三千，少者五至六百”，不仅役使百姓，而且“私藏盔甲器械”。因此，清政府下令限制喇嘛庙规模，控制喇嘛庙经济，规定喇嘛庙缺额，“嗣后定例：寺庙之房不得过二百间，喇嘛多者三百人，少者十数人，仍每年稽查二次，令首领喇嘛出具甘结存档”。
(三)确认大喇嘛的封建特权，赏赐喇嘛大量银钱，免除喇嘛的差役、赋税，允许一部分大喇嘛直接向群众征税，给予驻京和内地大喇嘛钱粮，供给边疆地区进京朝觐的大喇嘛“廪饩”。乾隆元年(1736年)哲布尊丹巴灵童入觐，清政府赏银10万两，以作归途之费。乾隆四十五年(1780年)，六世班禅到热河为乾隆祝寿，乾隆赏其大量珍宝，价值数十万两白银。但与此同时，清朝也采取多种手段加强中央政府对喇嘛的控制，如设立理藩院，统管喇嘛教事务；取消达赖喇嘛对内外蒙古和厄鲁特蒙古的世俗行政权力；对喇嘛按规定颁发度牒札副，以加强管理与稽查；对于“妨害国政”的喇嘛，则“按律治罪”。
清朝政权对各种宗教，均采取利用与控制相结合的治理策略，是出于巩固皇权，也就是巩固中央专制统治权的需要。尤其是对喇嘛教的扶植利用与限制措施，一方面顺应了蒙藏民族的信仰习惯，密切了中央政权与蒙藏地区关系；另一方面，也使清朝加强了对蒙藏地区僧俗两界上层的控制，有利于巩固其对蒙藏民族的统治地位。清朝政权对伊斯兰教的政策，贯穿了该政权对喇嘛教治理策略的基本精神，即在使信众服从统治者政令和管理措施的基础上，对宗教信仰活动可以给予宽待和优容。当然，清朝政权对伊斯兰教的宽容程度，比起他们对喇嘛教要差得很多了。
三、清代初期穆斯林经济社会状况对统治者的影响
清代制定的伊斯兰教政策，不光与该政权实施的民族政策和宗教政策关系极大，而且也直接受到清初各民族各地区穆斯林经济与社会发展状况的影响。
首先，内地回族等族穆斯林人口增加，分布广泛，真正达到“回回遍全国”的完全意义，他们在西北及其他回族聚居的城乡经济社会生活中发挥了重要作用，不能不引起统治阶级的注意。至道光年间，回族人口已达200余万，以西南、西北各省分布最广。早在乾隆四十六年(1781年)署理陕西巡抚毕沅的奏折中就举陕西回回的情况说：“查陕省各属地方，回回居住较他省为多。而西安府城及本属之长安、渭南、临潼、高陵、咸阳及同州府属之大荔、华州，汉中所属之南郑等州县，回民多聚堡而居，人口更为稠密。西安省城内回民不下数千家，城中礼拜寺共有七座。西安回民大半耕种畜牧及从事贸易经营，颇多家道殷实及曾任武职、大小员弁及当兵科举者。”甘肃、宁夏、青海一带，回民“户口之蕃，亦臻极盛”，“宁夏至平凉千余里，尽系回庄”。自天水、秦安、通渭、渭源、临洮、临夏、西宁，以至西部的张掖、酒泉也都是穆斯林聚居的地方。清代以陕甘为主的关内回族开始大量移居新疆，在乌鲁木齐、昌吉、焉耆等地建立起聚居点。西南地区的云贵川等地回族进一步向中小城市扩散。北京、天津、内蒙古、河北、河南、山东、安徽、江苏、浙江、福建、广西等省区回民则不断开辟新的聚居点，巩固旧的聚居点。此外，回族大量迁居东北三省、西藏各地、台湾诸岛的历史，也开始于这个时期。分布各地的回族与其他各族人民友好相处，发展自己的经济、文化和宗教事业。当时回族农业已非常成熟，农业经营方式也十分先进。回族手工业以屠宰、制革、农产品加工等为主，在不少城镇具有一定影响。作为回族传统经济的商业，在规模、地域、经营品种等方面都比明代有显着的发展和突破，大到珠宝、玉器、茶叶、布匹、丝绸、木材、粮食、牲畜、皮毛、矿产，小到日用百货，都在回回商人经销范围之内。仅就皮毛集散地而言，就从明代的几个大城镇扩大到甘宁青的兰州、大通、张家川、石嘴山、山西长治、陕西大荔羌白镇、河南周口、孟县桑坡、开封朱仙镇、河北大厂、内蒙古包头、山东济宁等几十个地方。当时，还出现了从内蒙古到新疆，从河湟至青藏高原的一支支回族商队。回民历来勇悍尚武，清朝政权对此相当重视，清军入关之初，就重用马蛟麟、马进宝等武将。顺治六年(1649年)前后，清军在湖南的兵力“唯……马蛟麟为最”。曾任广西提督的固原回民马雄，古北口总兵西宁回民马进良，河间府回民哈元生、哈攀龙、哈国兴，都是清初屡建战功的回回名将。陕西回民乌大经，累官至甘肃提督，曾被乾隆当面赞赏为：“真将种也！”
其次，广袤的“回疆”土地辽阔，人文景观多姿多彩，其位于丝绸之路要冲的地理位置，自沙俄东侵以来，已构成中外各种势力关注的目标，而准噶尔上层贵族对维吾尔族人民的控制，使清朝政权的影响难以抵达新疆。为了实现政治上的真正统一，清朝政权对回疆的社会变动，尤其是争取当地各族穆斯林归顺中央政府之事，必然要给予重视，并对穆斯林的习俗及信仰给以相应的认可和尊重。16世纪下半叶以来，沙俄越过乌拉尔山向东扩张，逐渐侵入我国的黑龙江流域。它怂恿与支持新疆厄鲁特准噶尔部奴役维吾尔族人民，践踏喀尔喀蒙古，并一度攻入距北京700里的内蒙古乌珠穆沁地方，对国家统一造成严重威胁。康熙、乾隆两代接连发动反击，解除了北方隐患，于1755年歼灭准噶尔最后一个汗王达瓦齐的势力。随后又派大军声讨阿睦尔撒纳的叛乱，出击伊犁。阿睦尔撒纳兵败势穷逃往俄罗斯。乾隆认为此人“奸诡狡诈”，“既入俄罗斯，岂能郁郁久居，又必将为其所用，以为哈萨克一带之患。”（清高宗实录：卷五五五）坚决要求通过外交途径将其引渡回国。1757年，阿睦尔撒纳患疫病死，沙俄向清朝交还了尸体。至此，清朝结束了准噶尔上层贵族称雄新疆的局面，开始集中精力投入新疆统一的事业。清军攻取伊犁时，释放了被准噶尔禁锢的维吾尔贵族波罗尼都、霍集占兄弟(即大小和卓)，意欲利用他们招服维吾尔各部，但他们乘机从事分裂活动，图霸南疆，完全逆历史发展的潮流而行，也破坏了清朝政权控制新疆的战略意图。因此，清廷很快派出大军进剿，实现了彻底统一天山南北的政治目标。一些事例说明，清朝最高统治者在开国之初即已将原察合台封地的新疆地区纳入同国一体之中看待，并对那里的人文地貌非常关心，对维吾尔族的文化习俗也是给予尊重的。
《清世宗实录》卷26载，顺治二年(1645年)及三年（1646年），叶尔羌汗王阿布都拉的两个兄弟先后入贡朝贺，清世祖敕谕中就富有情感地表达了上述想法：“念尔吐鲁番，原系元朝成吉思汗次子察合台受封此地，故明立国，隔绝二百八十余载，今幸而复合，岂非天意乎？”康熙还曾专门研究过新疆的风土地理与民族情况，康熙五十二年二月甲寅(1713年3月2日)“谕大学士等：……又回子温都斯坦、布海儿、夜儿根等处产绵，制甲四十层可敌浙江绵八十层，曾以鸟枪试验知之。又过哈密六百里有吐鲁番地方，去雪山百余里，其人昼伏，至夜始出耕种。其地甚热而多石。若日出时耕种，辄热死……又西北回子种类极多，皆元太祖后裔……总之西北地方极大，其风土亦各不同。朕曾详悉访问，是以周知也。”（清圣祖康熙皇帝实录：卷二五三）又如乾隆十九年(1754年)改建承德避暑山庄丽正门时，以满、蒙古、汉、维吾尔、藏五种民族文字题写了门额。以后，乾隆又下令将沈阳的大清门，以及永陵、福陵、昭陵等清朝祖陵“所有下马木牌，俱着改用石碑，镌刻清(满)、汉、蒙古、西番(藏)、回子(维吾尔)五体字，以昭我国家一统同文之盛”（王先谦东华续录：卷三七，卷四六）。