再次，清朝统治者入关前，由于地域关系，对伊斯兰教没有什么接触。入关后，信仰伊斯兰教的回族穆斯林经常站在抗清斗争的前列，他们表现出的英勇顽强精神给予清朝政权的印象十分深刻，使清廷对伊斯兰教的影响不敢小觑。例如直到顺治二年(1645年)，明末农民战争中着名的“老回回”马守应及其部众还在两湖广大区域坚持抗清斗争。顺治三年(1646年)，为配合贺珍所发动的秦陇抗清浪潮，在宁夏、固原起事的武大定、马德等人，其中有一部分回民，辗转到了云、贵，追随南明桂王抗清。因此，云南回民中流传有“回回保永历”的故事。在广州，涌现过3个为抗清而死的回民将领，民间称做“教门三忠”。顺治五年(1648年)，甘肃河西爆发了以回族米喇印、丁国栋为首的反清大起义。他们以“反清复明”为号召，拥戴明延长王朱识穿，迅速攻占凉州、巩昌、岷州、兰州、临洮等地，控制了整个陇西地区，这场斗争前后延长了5年多。尽管这场起义属于当时方兴未艾的反清斗争的组成部分，具有“复明”的明确政治目的，民族成分只是它的形式问题，但清代统治者和封建史学家仍然把它视为“回乱”，十分重视起义队伍中的穆斯林因素。因此，陕甘总督孟乔芳就很明确的把米、丁起义的原因归之于回族的信仰和风俗习惯，并在事平之后上奏顺治说：“(回回)从来叵测，与百姓同城居住，习俗不一，终为疑二……乞于各府、州、卫五六十里之外，或有屯堡僻阒之地，子女族党，另行安置，勿令养马，勿藏兵器。”并主张对回回要“制其出入”，“不时察斟”（明清史料：丙编，第七、八册）。虽然顺治皇帝当时没有采纳孟乔芳的“治回良策”，而是做了一番收买当地人心的工作，但他派专员到甘州等“抚慰百姓，禁革骚驿”，招抚流民，鼓励垦荒，豁免“八府、州积年荒粮”，废除“散买皮张”等额外加派的举动，恰恰说明了最高统治者对回回穆斯林的社会能量开始有了较多的认识。为了巩固初建的政权，清朝政权以怀柔宽容的手段处理了米、丁起义的“善后”，在这个问题上，“主子”比“奴才”要聪明。
第二节清朝政权对待伊斯兰教事务的基本政策——“齐其政而不易其俗”
清朝前期，即从清兵入关至乾隆四十六年(1644～1781年)间，统治者在处理诸多民族宗教问题时，就确立了用“齐其政而不易其俗”的政策来对待伊斯兰教。清朝政权的这个伊斯兰教政策，与它的其他一系列政策，尤其是民族宗教政策关系密切、相辅相成。通过分析许多史实，我们应该承认，在17世纪中叶到18世纪中叶正值清朝前期的100多年里，清朝政权在实施上述伊斯兰教政策时，能充分注意到维护统治阶级利益与照顾穆斯林习俗这二者之间的平衡，对伊斯兰教给予宽待和利用，故而有利于伊斯兰教在中国各地的传播与发展。但即使在那个时期，清朝政权仍然不曾放松过对伊斯兰教的管理与限制，这种矛盾现象既是该项伊斯兰教政策本身所具有的两重性(即利用与限制)的具体表现，也反映了清朝统治者对待一切宗教的基本态度。
一、清朝前期统治者对伊斯兰教的宽容与利用
在要求穆斯林服从其政治统治的基础上，清朝政权对各族穆斯林的宗教信仰给予一定的尊重和保护，对取缔伊斯兰教的极端主张则予以驳斥，具体表现在以下几方面。
(一)保护穆斯林并给予宗教信仰的权利。清代北京牛街是回民的主要聚居地区，牛街礼拜寺更是一座影响很大、历史悠久的清真寺院，平常宗教活动十分兴盛。传说当时康熙皇帝接到南城巡城御史李某的密奏，告发牛街回民“夜聚明散，图谋造反”，遂召集大学士军机大臣牛熙和王熙商量。牛住家在下斜街，王住在菜市口绳匠胡同，牛、王都说家与牛街不远，但从未听闻此事。以精研覃思着名的康熙便携二大臣微服私访，因正值斋月，见晚间确有很多人到灯火辉煌的礼拜寺从事正常的宗教活动，但并无它举，就下达一道圣旨，并赐半副銮驾安抚回民，以示恩恤。牛街礼拜寺至今还保存着康熙三十三年(1694年)六月皇帝为处理诬告回民谋反而颁发的一块木制圣旨牌，内容如下：“圣谕：朕评汉回古今之大典，自始之宏道也。七十二门修仙成佛，诱真归邪，不法之异端种种生焉。已往不咎，再违犯者斩。汉诸臣官分职，时享君禄，按时朝参；而回，逐日五时朝主拜圣，并无食朕俸，亦知报本，而汉不及于回也。通晓各省：如官民因小不忿，借端虚报回教谋反者，职司官先斩后奏。天下回民各守清真，不可违命，勿负朕恩有爱道之意也。钦此钦遵。”金吉堂在所着《中国回教史研究》一书中，也有类似记载：“康熙中，天下喘息粗定，京师有欲中伤回教者，乃造为谣言曰：‘回民谋反，夜聚明散。’盖指斋月情形而言也。御史即据之揭于朝，故老相传：圣祖至因此而微服私行访查此中情形，及廉得其实，遂下诏。”其他着作如傅统先在《中国回教史》中亦有相同记述。不过据现已发现的《冈志》沈凤仪抄本《灾异》一节中，所记载马腾云“通敌案”，似乎与这道圣旨的颁发更有直接关系。事情原委是：厄鲁特蒙古准噶尔部首领噶尔丹反清时，曾派2名奸细冒充新疆“红帽回”(指戴红色平顶圆帽的穆斯林)潜入京师打探。东城人马惠泉接待过其中一人，牛街礼拜寺宗教师马腾云不知底细，因同教关系招待他们吃过饭。后其中一人被捕后供出马腾云。理藩院差人包围礼拜寺，抓走了宗教师马腾云和掌教尹良相。兵马司将牛街回民按户造册，派兵封锁街区不准回民出入。当时理藩院尚书满丕上奏或杀尽牛街回民，或悉数遣出京城：“京城回民私通外寇，谋危社稷，此大逆也。臣议无分首从，宜尽屠之，以除心腹之大患。”康熙批驳了奏折，下谕曰：“不然。京城回民亦朕之赤子也，彼各有身家性命，岂肯通连外寇以自丧其身，此必无之事也。或者回民尚义，同类相亲，致有此累。彼若知其叛，为早出有首矣。尔只严缉奸细，毋株连好人。”后奸细被杀，马腾云获释，马惠泉发配3000里，其余人等无干。各清真寺均开经“答谢”(诵《古兰经》以感谢真主恩赐)。此事就发生在康熙三十三年，由于惊扰了回民，降旨安抚是完全可能的，而且在时间和情由上均与牛街礼拜寺的圣旨牌基本相符，比康熙私访说更具有一定可信度。另外，此事在着名回族学者马注所着《清真指南》中也可找到佐证。其卷8《教条八款》称：“夫沙弥游僧，其小者也。革烂得之属因是以离天竺，入秦边，勾妖人，祸乱中原。感皇上洞察舆情，智分泾渭，爱道除邪，御书赞云：‘朕评汉回，古今之大道，自古之宏道也。七十二教诱真归邪，修仙成佛，不法之异端种种生焉。尔汉诸臣日食朕俸，按日朝参；回教未食朕俸，五时朝礼拜主赞圣，尚知根本。尔汉不及回也。’驱革烂得而出诸边，妖人敛迹，鼠辇潜消。”其卷10《左道通晓》又述：“向因嘎尔丹之乱，妖人作祟，入我内境，假冒清真，潜歇寺院，华人难辨西语，几祸鱼池。感皇上洞悉回民，甄别泾渭，传谕回辉一概免究。仰天下各寺具结，勿得隐留外道，尽驱出边。有则即行出首，再违者斩。”
康熙三十三年的上谕，还被镌刻于国内一些清真寺的碑石上。1982年4月，白滨在苏州市大铁局弄14号穆光小学院内(原为清真寺)，就发现了清代康熙、雍正、乾隆三朝上谕碑刻3通。三碑俱高158厘米，宽70厘米。其中一块碑就刻有康熙三十三年的上谕，汉文楷书，共10行（白滨苏州清真寺康熙雍正乾隆三朝上谕碑考//中国社会科学院民族所，编民族史论丛北京：中华书局，1986）。始建于康熙三十二年(1693年)，位于呼和浩特旧城北门外的清真大寺，也保存着刻有上述内容的《康熙圣谕碑》，不过当地回民关于此碑的来源另有说法：噶尔丹反清叛乱后，曾有联合国内回民的打算，为此，清政府准备将张家口和呼和浩特等地东来的回回全部迁返，最后因回回“居此年久”，“断不去也”的消极反对，有数百回回留了下来。由于呼和浩特是征讨噶尔丹驻军的屯粮重地，为稳定当地回民，并安抚国内回民，康熙遂颁此谕旨（呼和浩特回族史呼和浩特：内蒙古人民出版社，1994：276）。
(二)驳回朝臣严禁伊斯兰教的奏疏。雍正二年(1724年)九月，山东巡抚陈世倌上疏言：“……如回教，不敬天地，不祀神只，另立宗主，自为岁年，党羽众盛，济恶害民，请概令出教，毁其礼拜寺。”雍正见奏当即传谕：“彼之礼拜寺、回回堂，亦惟彼类中敬奉而已，何能惑众？朕令汝等禁新奇眩幻骇人之事。如僧、道、回回、喇嘛等，其来已久，今无故欲一时改禁革除，不但不能，徒滋纷扰，有是治理乎？”（陈世倌上疏与雍正上谕转引自金吉堂着：《巾国回教史研究》。另可参阅《宫中档雍正朝奏折》第3辑，第177页）雍正七年(1729年)四月陈世倌又于敬陈管见一摺内列举应查禁回教的原因计4款，内容大致同上疏。“普天率土莫不凛正朔，恪守王章，惟回教不问晦朔盈虚，不论闰余寒暑，计满三百六十日为一年，即定岁首，往来贺节，并不遵奉宝历，又崇尚白色，制为白帽，往来街市，略无顾畏，其应禁者一也。且种类遍满天下，声气周通远近，凡行客出外，以诵经咒为号，即面生无不相留，虽千里不携资斧，连植党羽，互相纠结，其应禁者二也。凡城市乡镇关津渡口之所，把持水陆行埠，垄断罔利，恃其齐心并力，辄敢欺凌行客，下压平民，其应禁者三也。又各处创立礼拜寺，干百成群，入寺诵经，因其性凶悍，好习拳勇，打降匪类，人命资案，务多此辈，其应禁者四也。”（宫中档雍正朝奏折：第12辑，第900页）此前三月，陕西总督岳钟琪亦有条折奏回教事说当地回民使他“念之，实怀疑虑”，又密饬地方官派汉民到回民聚居处任职，以便监视回民不得徇隐同类。其奏折还称：“查编户之中，有回民一种，其寺皆名礼拜，其人自号教门，饮食衣冠，异于常俗，所到之处，不约而同，其习尚强梁，好为斗狠，往往一呼百应，声息相关，直省皆然，秦中尤甚。”（宫中档雍正朝奏折：第12辑，第694页）雍正皇帝遂于同年四月初七日下谕内阁：“直省各处皆有回民居住，由来已久。其人既为国家之编氓，即俱为国家之赤子，原不容以异视也。数年来屡有人具折密奏‘回民自为一教，异言异服，且强悍刁顽，肆为不法，请严加惩治约束’等语。朕思回民之有教，乃其先代留遗，家风土俗，亦犹中国人之籍贯不同，嗜好方言亦遂各异。是以回民有礼拜寺之名，有衣服文字之别，要亦从俗从宜各安其习”，“且朝廷一视同仁，回民中拜官受爵、荐登显秩者尝不乏人，则其勉修善行守法奉公以为良民者，亦回民之本心也。”（清世宗实录：卷八〇）雍正颁布的这道上谕，也曾被一些清真寺镌刻成碑予以保存，如北京崇文门外花市清真寺就盖有碑亭保护此碑。不料事隔一年，署理安徽按察司鲁国华又送来五月初十日的条奏，称“回民居住内地，不分大小建，不论闰月，以三百六十日为一年，私计谋日为岁首，群相庆贺。平日皆戴白帽，设立礼拜、清正等寺，妄立把斋名目，违制惑众。应请严行禁革，恪守典章，违者照律定拟。如地方官容隐，督抚徇庇，亦一并议处”，雍正见到这一奏折，便十分恼火，遂下谕说：“朕临御天下，一视同仁，岂忍令回民独处德化之外？”“至回民之自为一教，乃其先代相沿之土俗”，“历观前代，亦未通行禁约，强其画一也。鲁国华此奏甚属苛刻怪诞”，“向后，倘回民本无过愆，而大小官员等但因其习尚稍有不同，以此区区末节故意刻求，妄行渎奏，朕必严加处分。鲁国华此奏非有挟私报复之心，即欲惑乱国政。着将鲁国华交部议处”（清世宗实录：卷九四）。吏部随即奉旨察议，后将鲁国华革职留任，回京赎罪。雍正的这道上谕，也同样被一些清真寺镌刻成碑，如苏州大铁局弄穆光小学(原为清真寺)院内就曾发现镌有这道上谕的石碑，不过碑文内容比清雍正《实录》记载得更为详尽，许多较重要的内容为《实录》所未载。例如鲁国华奏折中称：“(回民)平日尚白……混戴白帽，作此违制异服之事。请令回民遵奉正朔，服制，一应礼拜等寺，尽行禁革。”雍正上谕中则还有：“(回民)如前之马进良、马雄，近日之哈元生者，不胜枚举，皆令名劳绩昭着者也”。“从前参奏回民甚多，陈世倌于雍正元年便亦如此，具摺条奏，朕曾切责。今鲁国华于朕已经降旨通行训导回民之后，仍复如此陈奏，不知其出于何心？”“鲁国华乃庸碌之才……伊于本职有益于地方之事，不知悉心办理，向分外条陈回民风习，妄事更张……使无辜之回民俱不得其所。”七月十一日，顺天府尹孙嘉淦转呈回民太医院使兼光禄寺卿赵世英、赵廷瑞等奏折，以感谢雍正皇帝惩治鲁国华，护佑回民的恩德（唐晋徽清真释疑补辑）。