(三)尊重穆斯林信仰和风俗习惯。其一，据康熙年间马注所作《清真指南》卷一中的《进经疏》所载，康熙巡蠡城登清真阁，见有《古兰经》，诏能讲解《古兰经》的人来，结果无人应诏。以后新疆一带送来《古兰经》，虽在京城有一名阿訇应召，但仍是诵读原经，不会讲解其义。“康熙十八年(1679年)己未，皇上狩于蠡城，登清真阁，见架置天经，徘徊不忍去，诏寺人能讲者来，蠡人无有应诏者。二十一年秋，西域国臣以天经进，上谕礼部侍臣传京师内外，诏能讲者来，皇上登景山以待。时日将晡，次日欲幸五台，及诏至，乃教领之能诵而不能讲者。侍臣复旨，上曰：‘今朕亦忙促，令彼暂回，以率伊众，俟游五台回，宣能讲者，勿虚朕望。’”及旋而诏，但“诏愈下而书愈匿，问愈奇而对愈拙”，十余年间，无一人能承担译述重任。这一记载虽因未见于正史而难以断定虚实，但从马注编写《清真指南》的经过和成书后“欲献上览”的情况来看，康熙对伊斯兰教表示关心，并想了解伊斯兰教最基本的经典《古兰经》的内容，也是有可能的。后来，乾隆四十七年(1782)年，江苏以刘智的《天方典礼》进呈，经批准，被收入四库书目着录，馆臣为此书写了《提要》，且公允可取：“是礼也，虽自天方，而理通于天下。”这是卷帙浩繁的《四库全书》收存的唯一的一部伊斯兰教着作。其二，雍正十一年(1733年)，吐鲁番穆斯林万余口为躲避准噶尔部侵扰，在首领额敏和卓带领下迁往甘肃瓜州定居。雍正认为“回民诚心归向”，“务须安插妥帖”，要求清朝官方协助“筑堡、造房、给与口粮籽种”，又拨料在新置村落前建了礼拜寺。其三，早在明成祖永乐十五年(1417年)时，信奉伊斯兰教的菲律宾苏禄国东王都葛叭答剌在来华访问后，返国途中病故于德州。其次子温哈剌、三子安都鲁等在守丧三年后留居德州，并与中国穆斯林通婚，子孙以温、安为姓，“遂习回俗”。到了约300多年后的雍正十一年（1733年），皇帝拨银修葺墓园，又谕地方官从温、安二姓中各选一人“为东王奉祀，照各省奉祀生例，给予顶戴”。为感谢此举，苏禄国王曾向清朝政府“奉表谢恩”。其四，皇帝曾向一些清真寺赏赐宗教用品。例如牛街礼拜寺现存有一口大铜锅，锅沿上铸有“大清康熙壬午年(1702年)敕赐”和“大清乾隆己未年(1739年)重修”字样，康熙敕赐此锅晚于颁降保护穆斯林的圣旨牌(1694年)8年。该铜锅直径内口130厘米，外口152厘米，为礼拜寺做“圣纪”活动时熬粥使用。此外，寺内还保存着康熙三十七年(1698年)制造的黑字黄地坛状琉璃陶香炉，在炉壁阿拉伯经文之上有浮雕的“敕赐礼拜寺”字样，说明是专为牛街礼拜寺烧制的。其五，尊重回疆穆斯林服饰习惯。清朝在统一汉族地区时，出于民族歧视和民族压迫，曾强制汉民族改变传统生活习惯，发布严厉的薙发令，从而激起广大汉族人民的强烈抵抗。鉴于这个历史经验，清朝在统一新疆以及加强对边疆少数民族行政管理的过程中，采取了“缠头环耳各随宜，何必衣冠尽改之”（清高宗御制诗文十全集：卷九）的“从俗从宜”政策。乾隆二十一年(1756年)在统一准噶尔的过程中，清朝政权即宣布了这项政策：“至于衣服制度，不妨仍其旧俗。若因归降天朝，必尽用天朝服式，势必有所难行。尔等习惯自然，一时岂能骤易？”（清高宗实录：卷五五一）以后，在平定大小和卓之乱过程中又重申了这项政策，清军统帅在收复叶尔羌时明令于众：“不令汝等更改衣冠，照旧各安生业。”（朱批奏折·民族类：卷四五五）曾问吾在《中国经营西域史》一书记载：“回人不着清朝服制，沿用其圆领大袖；又清廷最重视之发辫，回人亦不得留之。”
(四)招抚归附的维吾尔族首领。在他们定居的北京回回营敕建回人礼拜寺，并题写碑记。乾隆二十八年(1763年)，维吾尔族伯克霍集斯、霍什克等一行多人来京，清政府对二位伯克赐居邸舍，授封官职。对其余留住京城的人则“编设佐领”，于长安门西建营房147楹供其定居，设回人佐领事务处于其中并专门为其盖了清真寺，这就是后来的西长安街清真寺。据清末统计，食清室俸禄钱粮者，共108户，人口有795人。该地曾一度名“红帽子营”，未几改为“回子营”。该清真寺始建于乾隆二十八年，次年竣工，建筑宏伟，位置冲要，可谓北京城中真正唯一的国立清真寺。寺属穆斯林皆为吃皇粮的维吾尔族(俗称红帽回)人士，与北京其他各寺都为回族寺有很大区别。民国初年，被袁世凯强行拆除正门、邦克楼及礼拜大殿。据19世纪90年代在中国传教的英国传教士马歇尔·布鲁姆霍尔在《中国伊斯兰教——一个被忽视的问题》一书中记述，“清朝时期最佳的、可称之为样本的一块穆斯林石碑，是乾隆皇帝在北京建立的那块石碑，这块石碑竖立在乾隆皇帝下令用官费修建的一座清真寺内”，“这个清真寺是1764年用官费修建的、而记载此事以作纪念的石碑，也是同时建立的。汉文、突厥文、蒙文和满文四种文字的碑文，是刻在同一块石碑上的，两种文字刻在石碑北侧，其余两种刻在南侧”。在该书卷首的图版部分，刊载了这块石碑正反两面碑文的拓片。据作者称：“这个摹拓的复制品，是作者承北京的阿瑟·科特先生的协助弄到的。原物长7英尺4英寸(约2.24米)，宽2英尺9英寸(约0.84米)。在汉文碑铭的末尾，是乾隆皇帝所盖的印章”（［英］马歇尔·布鲁姆霍尔：《中国伊斯兰教——一个被忽视的问题》，第5章，1910年，伦敦英文版。此书由艾沙·图乐新汉译。1992年5月，宁夏社会科学院古籍整理办公室作为“中国伊斯兰教史译着选编”刊印成册。）。
这块由乾隆署名撰写的“敕建回人礼拜寺碑记”的碑文，以前未见其他书刊介绍，而摹拓的图版中原碑文字迹又不清晰，故此将《中国的伊斯兰教——一个被忽视的问题》第五章中关于此碑文的英文稿中有价值的内容，重新译成汉文，虽然可能在许多地方有失原意，但提供出来，以作参考。“天下至高无上者，乃造物主，因此，即使在遥远地区，人民依然遵从我们的统治，无论什么地方，都能接触我们的法律和制度，都能接受我们的风俗习惯。但是我们过去统治边远地区的方针，始终是符合人民思想和意愿的。因此，一方面按我们的标准和制度教育他们，另一方面又非常小心地保存他们自己的宗教习惯。”“为了实现天地、宗社及土地神的旨意，我们已经攻占了准噶尔的领土，因而使突厥斯坦的各城市趋于平定。赐给他们的头目霍什克、霍集斯等王、公爵位，并赐给他们居住的邸舍。对那些不愿返回故地的部众，让他们居住在长安门西，在职位、职业及旅行方面享受与当地人民相同的待遇。他们的居住区，通常称为回回营。”“因人众多，人们的见解亦不同；由于等级不同，人们的感情亦相互抵触。为了不偏不倚地对待不同民族的人们，使之不存在有不平等的感觉，禁止他们的宗教信仰，或强迫他们的思想与我们一致，那是完全不必要的。自从征服准噶尔以来，为了表示我们的好意，已经修建了如普宁寺、固尔扎庙等，以供人们在那里举行他们的宗教仪式。”“既然穆斯林是我平等的臣民，那么他们的意愿为什么就不应该得到满足呢？我命令动用国库资金，在他们居住区的中心，用来修建这座清真寺及穹门、大殿、回廊和精致的装饰物。这个工程从乾隆二十八年(1763年)四月开工，到次年完成。在这里聚集礼拜的穆斯林，无不时时欢欣。入朝觐见的头目(伯克)们亦均愿意乐意在这里进行祈祷，称赞这所寺院，在其故土上他们从未见到过。问到他们是否还有比在皇帝身边的文明土地上向神跪拜更光荣的事吗，他们都热情回答：‘没有。’”“我朝鉴于不同的民族要用不同的方式统治，因此我们是始终一贯地允许不同民族按自己不同的宗教习惯行事，只有这样，他们才能通过各自的宗教信仰彼此和睦相处。与此相适应，在我们的各种娱乐活动中，我们给你们保留表演走钢丝的游艺场所，在皇宫的宾客中，也有那些头缠白头巾人们的位置。这样，谁还能说不合适呢？这就是我写这段碑文，以志其事的原因。”
在碑记正文之后，乾隆以几行四言诗作为结束语（所引诗句后括号内的文字，是原书作者的英文注解，现译为汉文。-作者注。）：“孰为天方(何谓天方)？孰为天堂(何谓天堂)？花门秘刹(神秘的穆斯林殿堂)，依我宫门(邻接皇宫大门)。厥城默伽(其城麦加)，厥宗墨克(其祖穆罕默德)。派哈帕特(祖将经文授信徒)，傅依铁勒(并将经文传给教法官)。经藏三十(经典多卷)，咨之阿浑(授命阿訇)。西向北向(鞠躬向西或向北——原书作者注：中国皇帝上朝时座位向南，因而文武官员向北跪拜。中国穆斯林朝麦加方向礼拜，向西跪拜。中国皇帝把向西向北两个动作放在一起，是表示他与穆罕默德处于同等地位)，同皈一尊(表示敬意则一样)。珉楠梁(云石阶梯，楠木栋梁)，司工所作(工部修建)。会极归极(众星围绕天空运转)，万邦是若(人民跟随我们向前)。”
1996年4月，笔者找到了《御制敕建回人礼拜寺碑记》全文。欣喜之余，将其抄录如下供有识者研究：
……朕寅承天地祖宗鸿庥，平准噶尔，遂定回部各城。其伯克霍集斯、霍什克等并赐爵王公，赐居邸舍，而余众之不令回其故地者，咸居之长安门之西，俾服官执役，受廛旅处，都人因号称回子营。夫齿繁则见庞，辨类则情涣，思所以统同合异，使瞻听无奇邪，初不在辟其教而矫揉之也。且准部四卫拉特内附，若普宁寺，若固尔札庙，既为次第创构，用是宠绥。回人亦吾人也，若之何望有缺耶！爰命将作支内帑羡金，就所居适中之地，为建斯寺。穹门垲殿，翊庑周阿，具中程度。经始于乾隆癸未清和之月(按：指乾隆二十八年四月)，浃岁落成。回众以时会聚其下，轮年入觐之众伯克等无不欢欣瞻拜，诧西域所未曾睹。问：“有叨近日之荣，而兼擅土风之美，如是举者乎！”咸鞠虞扦曰：“然”。复重念之曰：“尔回之俗，向惟知有鲁斯讷墨，今则朔奉朝正矣；向惟知有腾格，今则铸颁泉府矣。越及屯赋觐享诸令典，其大者靡弗同我声教，而国家推以人治人之则，更为之因其教以和其众。揆诸万舞备铜绳之技，九宾缀廛头之班，此物此志云尔。其谁曰不宜！”乃为之记而系以铭：孰为天方？孰为天堂？花门秘刹，依我云阊。厥城默伽，厥宗墨克；派哈帕尔，傅依铁勒。经藏三十，咨之阿浑；西向北向，同归一尊。珉楠梁，司工所作；会极归极，万邦是若。乾隆二十有九年岁在甲申仲夏(按：指五月)之吉，御制并书。
“碑文中除叙述该寺缘起外，还正式阐述了‘国家’对伊斯兰教的政策。即：第一，‘思所以统同合异’，‘初不在辟其教而矫揉之也’。也就是说为了多民族统一帝国的利益，不必否定伊斯兰教。第二，承认伊斯兰教，甚至为其创建此寺，只不过是为了‘因其教以和其众’，‘用是宠绥’，非是提倡伊斯兰教。第三，伊斯兰教的教义教规等等，‘靡弗同我声教’。其朝拜西方与朝拜皇帝，‘同归一尊’，并不冲突，只要其‘朔奉朝正’，服从皇帝，就应当允许其活动。”（姜立勋等北京的宗教天津：天津古籍出版社，1995245～246）
据民间多种传说，该回回营清真寺是乾隆为宽解香妃思乡之念而建立的，清真寺对面的新华门楼阁，乃宫内西苑之宝月楼，百姓俗称为“望家楼”。不管这些传闻是否属实，但被穆斯林广为传颂的香妃，倒是确有其人，她就是《清史稿·后妃传》上的容妃，为乾隆40多个嫔妃中唯一一位穆斯林女子。香妃于乾隆二十五年(1760年)进宫后，直至乾隆五十三年(1788年)去世，其信仰习俗始终受到乾隆的尊重。据故宫档案记述，赐给香妃的御膳大都是羊肉、鸡鸭和素菜，还指派一名叫努倪玛特的维吾尔族厨司，为其供膳。在宫中香妃可穿维族服装，允许进行宗教活动。乾隆四十三年(1778年)七月至九月，香妃随乾隆游览盛京(奉天)，一次围场。猎获野猪、狍子各一只，乾隆赏诸妃猪肉，却把狍肉赏给香妃。1979年考古探查清东陵香妃墓时，在其棺头正中发现用金漆写的阿拉伯文《古兰经》“法谛哈”(首篇)的开头语：“以真主的名义……”（肖之兴香妃史料的新发现文物天地，1979，（2）；于善浦香妃像、香妃墓、香妃其人文物，1981，（4））